期刊文献+
共找到5篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
基于全域跨语义融合的多级酶功能预测
1
作者 周汉文 邓赵红 张炜 《计算机科学与探索》 北大核心 2025年第6期1588-1597,共10页
蛋白质在生物活动中发挥着关键作用,酶作为一种重要的蛋白质,因其催化功能在多个领域得到广泛应用。然而,通过生化实验验证酶的功能既费时又昂贵。传统的酶功能注释方法主要依赖于序列相似性,但在目标酶序列与已知酶差异较大时,这些方... 蛋白质在生物活动中发挥着关键作用,酶作为一种重要的蛋白质,因其催化功能在多个领域得到广泛应用。然而,通过生化实验验证酶的功能既费时又昂贵。传统的酶功能注释方法主要依赖于序列相似性,但在目标酶序列与已知酶差异较大时,这些方法效果不佳。近年来,科研人员初步探索了一些基于深度学习的方法,但现有的深度学习方法受限于传统酶序列编码方式,并且仅利用单一视图或单层次的信息,这使得模型在处理结构复杂或功能多样的酶时表现出一定的局限性。对此,提出一种新的全域跨语义融合的多级酶功能预测方法(GCMEFP)。所提方法使用了两种最新的蛋白质大语言模型进行序列词嵌入学习。构建了多语义深度特征学习模块,该模块通过卷积神经网络构建语义金字塔,实现了不同层级语义信息的提取。还提出了全域跨视图语义融合模块,用于探索不同视图之间隐藏的相互作用信息,并去除冗余信息来增强模型的泛化性。实验结果表明:提出的GCMEFP在基准数据集上的精度达到89.6%,较现有最优方法高出0.048;在独立测试集New-379上的精度达到55.6%,较现有最优方法高出0.14。 展开更多
关键词 多级酶功能预测 多语义深度特征学习 大模型词嵌入 多视图特征融合
在线阅读 下载PDF
基于层级和全局特征结合的蛋白质序列EC编号预测 被引量:1
2
作者 杨帆 韩巧玲 +1 位作者 赵文迪 赵玥 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期661-670,共10页
酶功能的识别对理解生命活动的机制、推进生命科学的发展有重要作用。然而现有的酶EC编号预测方法,并未充分利用蛋白质序列信息,在识别精度上仍有所不足。针对上述问题,本研究提出一种基于层级特征和全局特征的EC编号预测网络(EC number... 酶功能的识别对理解生命活动的机制、推进生命科学的发展有重要作用。然而现有的酶EC编号预测方法,并未充分利用蛋白质序列信息,在识别精度上仍有所不足。针对上述问题,本研究提出一种基于层级特征和全局特征的EC编号预测网络(EC number prediction network using hierarchical features and global features,ECPN-HFGF)。该方法首先通过残差网络提取蛋白质序列通用特征,并通过层级特征提取模块和全局特征提取模块进一步提取蛋白质序列的层级特征和全局特征,之后结合两种特征信息的预测结果,采用多任务学习框架,实现酶EC编号的精确预测。计算实验结果表明,ECPN-HFGF方法在蛋白质序列EC编号预测任务上性能最佳,宏观F1值和微观F1值分别达到95.5%和99.0%。ECPN-HFGF方法能有效结合蛋白质序列的层级特征和全局特征,快速准确预测蛋白质序列EC编号,比当前常用方法预测精确度更高,能够为酶学研究和酶工程应用的发展提供一种高效的思路和方法。 展开更多
关键词 酶功能预测 蛋白质序列 深度学习 层级多标签分类 全局特征
在线阅读 下载PDF
尖孢镰刀菌甜瓜专化型基因组规模分泌蛋白的预测与分析 被引量:11
3
作者 聂燕芳 周淦 +2 位作者 黄嘉瑶 王振中 李云锋 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期24-29,共6页
利用Signal P、Wo LF PSORT、TMHMM、big-PI Predictor、Target P和Secretome P等软件,对尖孢镰刀菌甜瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.melonis,FOM)全基因组26 811条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明,FOM全基... 利用Signal P、Wo LF PSORT、TMHMM、big-PI Predictor、Target P和Secretome P等软件,对尖孢镰刀菌甜瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.melonis,FOM)全基因组26 811条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明,FOM全基因组编码蛋白中有1 145个经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的4.3%;有8 471个非经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的31.6%。对经典分泌蛋白特征进行分析,发现其氨基酸长度集中在100~600个氨基酸,信号肽长度集中在17~22个氨基酸。对经典分泌蛋白的功能预测分析表明,有605个分泌蛋白获得了注释,主要涉及糖代谢、转运过程、过氧化氢代谢和生物合成等。对碳水化合物酶类(CAZymes)进行分析,结果表明有277个分泌蛋白为CAZymes,占经典分泌蛋白总数的24.2%。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌甜瓜专化型 分泌蛋白 信号肽 碳水化合物酶类 蛋白功能预测
在线阅读 下载PDF
粉垄耕作对耕地土壤酶活性、微生物群落结构和功能多样性的影响 被引量:19
4
作者 陈彦云 夏皖豫 +1 位作者 赵辉 曾明 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期5009-5021,共13页
粉垄耕作是中国的一种新型耕作技术,对耕地质量和作物增产有重要影响。设置传统耕作深度20 cm(CK)、粉垄耕作深度35 cm(FL1)和粉垄耕作深度50 cm(FL2)对玉米耕地进行处理,重点研究了粉垄耕作技术对土壤微生态的影响,并阐明土壤微生物群... 粉垄耕作是中国的一种新型耕作技术,对耕地质量和作物增产有重要影响。设置传统耕作深度20 cm(CK)、粉垄耕作深度35 cm(FL1)和粉垄耕作深度50 cm(FL2)对玉米耕地进行处理,重点研究了粉垄耕作技术对土壤微生态的影响,并阐明土壤微生物群落组成及功能对粉垄耕作的响应。结果表明,FL1、FL2和CK处理玉米产量分别为8.58、8.38和6.22 t/hm^(2),FL1和FL2处理增产率分别为34.7%—37.9%。在0—20、20—40 cm土层中,粉垄耕作两个处理的土壤酶活性、微生物群落多样性和功能多样性均显著高于CK处理。通过结构方程模型发现,粉垄耕作直接提高了土壤酶活性、细菌参与养分循环的功能基团和细菌的群落结构,并通过细菌群落间接影响了真菌群落,增加了真菌参与养分循环的功能基团和真菌群落多样性,使土壤微生物碳源利用的能力和功能多样性指数得到提升,以FL1效果更佳。总之,研究从微生物的角度解释了粉垄耕作对土壤微生态的影响机制,为粉垄耕作提升土壤耕地质量提供了理论依据。 展开更多
关键词 粉垄耕作 土壤微生物群落 土壤酶活性 功能多样性 Biolog-ECO 功能预测
在线阅读 下载PDF
细胞色素P450酶代谢N-亚硝胺类化合物的反应机理研究 被引量:1
5
作者 宋润芊 金玲敏 +1 位作者 苏丽静 季力 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期68-78,共11页
细胞色素P450酶在生物体内分布广泛,在有机污染物的代谢中发挥重要作用。N-亚硝胺类化合物(N-nitrosamines,NAs)在P450酶的初始催化作用下,所生成的亲电化合物易于与DNA加合,从而可能产生致畸变和致癌毒性。本研究对21种NAs的α-C上的C... 细胞色素P450酶在生物体内分布广泛,在有机污染物的代谢中发挥重要作用。N-亚硝胺类化合物(N-nitrosamines,NAs)在P450酶的初始催化作用下,所生成的亲电化合物易于与DNA加合,从而可能产生致畸变和致癌毒性。本研究对21种NAs的α-C上的C—H键解离能(bond dissociation energy,BDE_(C-H))和P450酶介导的α-羟基化反应的氢提取活化能(ΔE^*)进行密度泛函理论计算模拟,探讨链状和环状NAs的BDE_(C-H)和ΔE^*的规律。计算结果表明,链状NAs的BDE_(C-H)为83.8~91.6 kcal·mol^(-1)(1 kcal=4.1859 kJ),ΔE*为8.3~15.9 kcal·mol^(-1)(1 kcal=4.1859 kJ);环状NAs的BDE_(C-H)为74.4~88.6 kcal·mol^(-1)(1 kcal=4.1859 kJ),ΔE*为8.7~15.1 kcal·mol^(-1)(1 kcal=4.1859 kJ)。建立的NAs反应性模型经多元线性回归(MLR)拟合后表明模型的稳健性良好,链状NAs模型的可决系数(R^(2))=0.9,平均绝对误差(MAE)=0.8 kcal·mol^(-1)(1 kcal=4.1859 kJ),环状NAs模型的R^(2)=0.9,MAE=1.0 kcal·mol^(-1)(1 kcal=4.1859 kJ)。同时,以甲基乙烯基亚硝胺为例,理论预测P450酶代谢的环氧化反应和羟基化反应的区域选择性,从动力学和热力学角度表明2种反应均可发生。本研究开发了一种计算成本小的P450酶代谢NAs作用机制的方法,从而为NAs环境健康风险评估提供理论基础。 展开更多
关键词 N-亚硝胺类化合物 细胞色素P450酶 代谢毒性 密度泛函理论 预测模型 区域选择性
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部