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光肩星天牛mtDNACOⅠ基因遗传差异的研究 被引量:9
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作者 安榆林 杨晓军 +3 位作者 林晓佳 师丽敏 黄晓明 陈建东 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期77-83,共7页
应用PCR直接测序法对不同地理来源的24个光肩星天牛、4个不同地理来源的黄斑星天牛及8个近缘种样品和花柳曲窄吉丁共37个样品的线粒体mtDNACOⅠ基因中一段504bp的序列进行测序。序列分析结果表明:光肩星天牛与其近缘种、外缘种间存在明... 应用PCR直接测序法对不同地理来源的24个光肩星天牛、4个不同地理来源的黄斑星天牛及8个近缘种样品和花柳曲窄吉丁共37个样品的线粒体mtDNACOⅠ基因中一段504bp的序列进行测序。序列分析结果表明:光肩星天牛与其近缘种、外缘种间存在明显规律性差异;中国、美国、韩国等不同地理来源的光肩星天牛样品间存在一定的基因差异,并呈现出中国北方、中国南方、美国和韩国4个种群的特征,此研究结果不支持“美国的光肩星天牛是从中国传入的”的观点;光肩星天牛和黄斑星天牛样品间的差异较小,并未达到种级分类水平,应归为同1个种。 展开更多
关键词 光肩星天牛 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基基因 遗传差异
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上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒流行株HN基因遗传进化和生物信息学分析
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作者 刘健 周锦萍 +8 位作者 徐卫兵 白艺兰 杨显超 桂亚萍 夏琦琦 徐锋 沈莉萍 刘佩红 王建 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5371-5380,共10页
【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行株HN基因遗传进化情况,探讨PPMV-1免疫失败的原因,为研发PPMV-1新型疫苗和抗病毒药物提供技术支持。【方法】采集临床送检疑似PPMV-1感染鸽样品(脑、气管、肺脏、肝脏、胰腺和脾脏),应用... 【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行株HN基因遗传进化情况,探讨PPMV-1免疫失败的原因,为研发PPMV-1新型疫苗和抗病毒药物提供技术支持。【方法】采集临床送检疑似PPMV-1感染鸽样品(脑、气管、肺脏、肝脏、胰腺和脾脏),应用RT-PCR方法进行PPMV-1鉴定,阳性样品进行HN基因测序和遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对HN蛋白结构功能进行分析。【结果】送检鸽鉴定为PPMV-1阳性,其HN基因全长为2002 bp,编码区全长1716 bp,编码571个氨基酸,与PPMV-1国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013核苷酸相似性最高,为99.8%,与新城疫(NDV)疫苗株La Sota和Mukteswar核苷酸相似性分别只有83.6%和85.5%。遗传进化分析显示,流行株属于NDV ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,与NDV国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013和pigeon/Ningxia/2068/2016同处一个分支,与La Sota和Mukteswar处于不同分支。HN蛋白为亲水性蛋白,分子质量约为62.71 ku,理论等电点(pI)为7.88,半衰期为30 h,不稳定系数为30.44,脂肪系数为85.48;该蛋白主要分布在线粒体和细胞质中,无信号肽,含有1个跨膜结构、5个潜在的N-糖基化位点、105个O-糖基化位点、13个半胱氨酸残基和75个磷酸化位点。HN蛋白二级结构、三级结构预测以无规则卷曲占比最高,其次为β-折叠和α-螺旋;B细胞抗原表位预测显示,HN蛋白含有10个抗原表位(氨基酸长度≥7)。【结论】上海地区PPMV-1流行株属于NDV强毒株的ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,其HN蛋白具有较好的抗原表位,可作为PPMV-1疫苗研制和抗病毒治疗的靶蛋白。本研究结果为PPMV-1 HN基因遗传进化、蛋白表达、新型疫苗研发和抗病毒药物的筛选等提供理论依据。 展开更多
关键词 型副黏病毒(PPMV-1) HN基因 遗传进化分析 生物信息学分析
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ASFV基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株与基因Ⅰ型、Ⅱ型高毒力毒株的致病力试验数据比较
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作者 戈胜强 左媛媛 +5 位作者 常星 巩明霞 刘春菊 于小静 李金明 王志亮 《中国动物检疫》 2025年第8期72-77,共6页
非洲猪瘟病毒(ASFV)按其毒力分为高毒力、中毒力和低毒力三类。我国现有两类高毒力毒株,分别为2018年传入的基因Ⅱ型毒株和2021年出现的基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株。2023年越南和俄罗斯均发现了基因Ⅰ/Ⅱ型重组病毒,且其全基因组序列与中国分... 非洲猪瘟病毒(ASFV)按其毒力分为高毒力、中毒力和低毒力三类。我国现有两类高毒力毒株,分别为2018年传入的基因Ⅱ型毒株和2021年出现的基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株。2023年越南和俄罗斯均发现了基因Ⅰ/Ⅱ型重组病毒,且其全基因组序列与中国分离株高度相似。为研究基因Ⅰ/Ⅱ型重组病毒的毒力水平,汇总了中国、越南和俄罗斯开展的重组病毒动物试验数据,并与基因Ⅰ型、Ⅱ型高毒力毒株进行致病力比较。结果显示同等攻毒剂量下,重组病毒导致的死亡起始或终止时间更早,提示其毒力可能更强。本文为非洲猪瘟相关研究和防控提供了参考。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 基因/Ⅱ型重组毒株 高毒力毒株
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基于线粒体COⅠ基因的江苏湖泊鳙群体遗传多样性分析
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作者 李大命 刘燕山 +4 位作者 唐晟凯 张增 王超群 穆欢 王华 《水产科技情报》 2025年第1期1-6,共6页
为掌握江苏湖泊鳙群体的遗传资源状况,利用COⅠ基因序列研究了6个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖)鳙群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,在分析的630 bp COⅠ基因片段中,碱基A+T含量(55.3%)高于C+G含量(44.7%)。22... 为掌握江苏湖泊鳙群体的遗传资源状况,利用COⅠ基因序列研究了6个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖)鳙群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,在分析的630 bp COⅠ基因片段中,碱基A+T含量(55.3%)高于C+G含量(44.7%)。223条COⅠ序列检测出14个变异位点,定义9个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.494~0.665,核苷酸多样性为0.0009~0.0019,总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.576和0.0012,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,表明6个湖泊鳙群体遗传多样性较低。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内(99.39%),总遗传分化指数为0.0061,群体间遗传分化指数为-0.0228~0.0445,遗传距离为0.0012~0.0027,表明群体间没有明显的遗传分化。单倍型系统发育树和网络结构图显示,单倍型在6个群体中混杂分布,未形成特定的湖泊分支。中性检验和歧点分布分析表明,整个鳙群体经历过显著的种群扩张。结果表明,江苏湖泊鳙群体的遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施提高鳙的遗传多样性。 展开更多
关键词 CO基因 遗传多样性 遗传结构 增殖放流
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基于线粒体COⅠ基因和ITS1基因的新疆主要孤雌生殖卤虫群体的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 刘静 王智超 +1 位作者 刘昌财 程勇 《塔里木大学学报》 2025年第1期11-18,共8页
为了解新疆主要孤雌生殖卤虫群体的遗传多样性,本试验以线粒体COⅠ基因和ITS1基因为分子标记,对新发现的阿拉哈克盐湖(ALHK)的孤雌生殖卤虫群体的线粒体COⅠ基因和ITS1基因进行PCR扩增、测序,从与新疆艾比湖(AB)、巴里坤盐湖(BRK)和阿... 为了解新疆主要孤雌生殖卤虫群体的遗传多样性,本试验以线粒体COⅠ基因和ITS1基因为分子标记,对新发现的阿拉哈克盐湖(ALHK)的孤雌生殖卤虫群体的线粒体COⅠ基因和ITS1基因进行PCR扩增、测序,从与新疆艾比湖(AB)、巴里坤盐湖(BRK)和阿其克库勒湖(AQ)3个已知染色体倍性的孤雌生殖卤虫群体间进行遗传多样性分析。结果表明,ALHK、AB、BRK和AQ的孤雌生殖卤虫群体的771 bp线粒体COⅠ基因序列中共检测出多态性位点115个,定义为9种单倍型,基于线粒体COⅠ基因的新疆4个孤雌生殖卤虫群体间呈现较高的单倍型多样度(0.659)和核苷酸多样指数(0.052 179);4个孤雌生殖卤虫群体的1 039 bp ITS1基因序列中共检测出5个多态性位点,定义为3种单倍型,基于ITS1基因的新疆4个孤雌生殖卤虫群体间呈现出低的单倍型多样度(0.353)和低的核苷酸多样性指数(0.000 96)。基于线粒体COⅠ基因的单倍型网络关系图显示ALHK、BRK和AB的孤雌生殖卤虫群体间存在着基因交流,基于线粒体COⅠ基因的分子系统进化树显示新发现的ALHK的孤雌生殖卤虫与BRK的二倍体孤雌生殖卤虫亲缘关系最近。相较于线粒体COⅠ基因,ITS1基因在新疆孤雌生殖卤虫群体间遗传多样性分析中效果较差,这可能是由于核基因进化速度较慢导致的。 展开更多
关键词 孤雌生殖卤虫 线粒体CO基因 ITS1基因 遗传多样性
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非洲猪瘟病毒基因Ⅰ型和Ⅱ型PCR-RFLP鉴别方法的建立
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作者 孙仁杰 徐慧玲 +6 位作者 孙思琪 柴娟 虞一聪 谢荣辉 李肖梁 赵灵燕 张传亮 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第5期1017-1028,共12页
本研究旨在建立一种非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)基因Ⅰ型和Ⅱ型的PCR-RFLP鉴别方法。通过对ASFV基因Ⅰ型与基因Ⅱ型基因组序列的比对分析,针对B385R基因和B125R基因保守区设计1对特异性PCR-RFLP引物,与其他临床上常... 本研究旨在建立一种非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)基因Ⅰ型和Ⅱ型的PCR-RFLP鉴别方法。通过对ASFV基因Ⅰ型与基因Ⅱ型基因组序列的比对分析,针对B385R基因和B125R基因保守区设计1对特异性PCR-RFLP引物,与其他临床上常见的9种猪病病毒均无交叉反应。通过该引物扩增获得覆盖B646L基因全长的DNA片段作为检测靶标,结合BmgBⅠ酶切进行RFLP图谱分析,即可实现对B646L基因全序列的快速检测,有效区分ASFV基因Ⅰ型和Ⅱ型,最低检测DNA质量浓度可达到5 pg·mL^(-1)。模拟临床样本的研究结果表明,本方法还能够有效应对实际检测中基因Ⅰ型和Ⅱ型的混合感染。综上,本方法操作简便、准确性高、特异性强、灵敏度高、成本较低,具有良好的应用前景,为基层兽医技术人员开展非洲猪瘟疫情的监测和流行病学研究提供了一种新方法。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 基因 基因Ⅱ型
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基于线粒体COⅠ基因的湖南省棉叶蝉种群遗传多样性研究
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作者 刘冰蕾 王永波 +2 位作者 张正云 杨彬 李彩红 《棉花学报》 北大核心 2025年第1期59-70,共12页
【目的】棉叶蝉(Amrasca biguttula)在湖南省棉田发生日趋严重,旨在解析当地棉叶蝉的遗传多样性与遗传分化。【方法】2023年在湖南省采集了14个棉叶蝉地理种群样本,基于聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)获得的线粒体DNA(m... 【目的】棉叶蝉(Amrasca biguttula)在湖南省棉田发生日趋严重,旨在解析当地棉叶蝉的遗传多样性与遗传分化。【方法】2023年在湖南省采集了14个棉叶蝉地理种群样本,基于聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)获得的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列,利用MEGA 7.0、DnaSP 6.1、Arlequin 3.5和Network 10.2等软件对湖南省14个棉叶蝉地理种群的遗传多样性、遗传分化、种群动态和系统进化等进行分析。【结果】在140头棉叶蝉个体中扩增获得长度为568 bp的mtDNA COⅠ序列。共检测到14个单倍型(Hap1~Hap14),其中Hap1被所有种群共享,其发生频率达87.86%,是原始单倍型。棉叶蝉群体的单倍型多样性指数为0.22695,核苷酸多样性为0.00052,核苷酸平均差异数为0.29625。各单倍型间的遗传距离为0.00176~0.00709。棉叶蝉群体的遗传分化程度低(遗传分化系数为0.01684),基因交流频繁(基因流为29.19)。分子方差分析结果表明遗传变异主要来自种群内。棉叶蝉群体Tajima’D、Fu and Li’s D和Fu and Li’s F中性检验结果均为负值且显著,表明湖南省棉叶蝉种群正在经历扩张。【结论】湖南省棉叶蝉种群遗传多样性水平较低,种群基因交流频繁,遗传分化程度低,群体正在经历扩张,应该采取积极的监测和防控措施,保障湖南省棉花产业的健康发展。 展开更多
关键词 棉叶蝉 线粒体CO基因 地理种群 遗传多样性 湖南省
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5′UTR区的编辑降低大麦GBSSⅠ基因表达
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作者 薛瑞莹 刘永菊 +5 位作者 姜燕燕 彭欣雅 曹东 李云 刘宝龙 包雪梅 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期83-89,共7页
【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg... 【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg介导的基因编辑系统,对GBSSⅠ基因的5′非编码区域(5′UTR)进行靶向编辑,实现GBSSⅠ基因表达的精细调控。【结果】14株M0代5′UTR植株的第5分蘖叶片均发生了体细胞编辑,编辑效率为1.22%-84.49%,收获体细胞编辑效率最高的第5分蘖的种子,并在其23株M1代单株中鉴定到6株编辑系,编辑植株比例达26.08%。RT-qPCR检测GBSSⅠ基因的表达,编辑系的表达量比对照下降了40%-82%。【结论】通过编辑5′UTR区可以调控GBSSⅠ基因的表达,为直链淀粉合成的精细调控提供新思路。 展开更多
关键词 基因编辑 BSMV-sg系统 5′UTR GBSS基因 表达调控 大麦
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马鹿CO Ⅰ基因编码蛋白的结构与功能分析
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作者 孟訾靖 田新民 《中南农业科技》 2025年第3期30-34,共5页
明确基因及其编码蛋白的结构和功能可以更好地了解其传递和表达特性,采用生物信息学的方法,基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库获取马鹿(Cervus canadensis)CO Ⅰ的基因序列,分析该基因及其编码产物的结构和功能。结果显示,共获... 明确基因及其编码蛋白的结构和功能可以更好地了解其传递和表达特性,采用生物信息学的方法,基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库获取马鹿(Cervus canadensis)CO Ⅰ的基因序列,分析该基因及其编码产物的结构和功能。结果显示,共获得607 bp的序列,其中碱基A、T、G和C的含量分别为27.68%、30.48%、16.80%和25.04%,AT含量高于GC含量,约占60%。马鹿CO Ⅰ基因编码的蛋白由202个氨基酸组成,等电点为4.93,氨基酸含量最高的是亮氨酸,是疏水性蛋白质;二级结构主要为无规则卷曲,具有2个N-糖基化位点和13个磷酸化位点,存在4个跨膜螺旋结构。 展开更多
关键词 马鹿(Cervus canadensis) CO基因 编码蛋白质 线粒体疾病 结构 功能
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伪狂犬病病毒gE基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 邓鑫 魏博文 +7 位作者 彭文婧 颜其贵 赵勤 黄小波 文翼平 杜森焱 曹三杰 伍锐 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第3期69-74,共6页
本研究通过比对伪狂犬病病毒变异株与经典株的gE基因,选择其保守区域设计了1对特异性引物,建立了一种快速检测猪伪狂犬病病毒的荧光定量PCR检测方法。结果表明,所建立的gE基因荧光定量PCR检测方法重复性好,批内和批间的变异系数分别为0.... 本研究通过比对伪狂犬病病毒变异株与经典株的gE基因,选择其保守区域设计了1对特异性引物,建立了一种快速检测猪伪狂犬病病毒的荧光定量PCR检测方法。结果表明,所建立的gE基因荧光定量PCR检测方法重复性好,批内和批间的变异系数分别为0.62%~1.30%和0.47%~1.36%;此方法对日本乙型脑炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒以及伪狂犬疫苗毒株均无扩增反应,特异性强;敏感性实验表明此方法能检测到的最低模板拷贝浓度为100拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍。对76份临床样本同时进行荧光定量PCR与普通PCR反应,其中荧光定量PCR检测阳性率为42.11%(32份),普通PCR检测阳性率为36.84%(28份),两种方法的符合率为95%;对其中4份荧光定量PCR检测为阳性但普通PCR检测为阴性的PCR扩增产物进行测序,结果均为gE目的基因片段。因此,本研究建立的gE基因荧光定量PCR检测方法快速、准确,能够用于伪狂犬野毒感染和疫苗免疫的鉴别诊断。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 GE基因 SYBR Green 荧光定量PCR
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黄胸鹀COⅠ基因遗传多样性分析
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作者 陈俊杰 张俊 +3 位作者 何小云 卢思励 张佳欢 周璨林 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第5期1331-1340,共10页
【目的】探究黄胸鹀(Emberiza aureola)的遗传多样性,利用线粒体COⅠ基因对黄胸鹀的遗传多样性水平进行研究。【方法】利用线粒体细胞色素c氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因,对黄胸鹀的遗传多样性水平进行分析。选取24个黄胸鹀的肌肉样本,利用... 【目的】探究黄胸鹀(Emberiza aureola)的遗传多样性,利用线粒体COⅠ基因对黄胸鹀的遗传多样性水平进行研究。【方法】利用线粒体细胞色素c氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因,对黄胸鹀的遗传多样性水平进行分析。选取24个黄胸鹀的肌肉样本,利用DNA提取试剂盒提取基因组DNA,并对线粒体COⅠ基因进行PCR扩增和测序。通过MEGA11软件对测序结果进行多重序列比对,计算碱基组成和单倍型间的遗传距离,并构建系统发育树。利用NETWORK10.2软件绘制单倍型网络关系图,分析单倍型之间的进化关系。此外,使用Arlequin3.5软件评估单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸变异数,以全面了解黄胸鹀的遗传多样性水平。【结果】黄胸鹀COⅠ基因序列长度为675 bp,碱基A、T、C、G的含量分别为25.25%、23.71%、32.53%、18.51%,显示出不明显的CG偏倚性。在31条序列当中共检测到77个碱基变异位点和23个单倍型,表明黄胸鹀具有较高的遗传变异水平。单倍型多样性为0.9763±0.0163,核苷酸多样性为0.018192±0.009395,平均核苷酸变异数为12.279570±5.700130,这些指标均表明黄胸鹀种群具有较高的遗传多样性。系统发育树分析显示,黄胸鹀单倍型分为两个主要支系(Clade A和Clade B),其中Clade A包含17个单倍型,Clade B包含6个单倍型。单倍型网络图显示,Hap5单倍型处于中心位置,表明其为黄胸鹀的原始单倍型,且通过突变产生了多个其他单倍型。此外,Hap1、Hap2、Hap4、Hap9、Hap16和Hap20这6个单倍型与其他单倍型的平均遗传距离均大于0.03,表现出一定的遗传分化水平。【结论】黄胸鹀表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性,表明其种群遗传多样性水平较高,近亲繁殖水平较低。尽管黄胸鹀种群数量急剧下降,但仍具有较强的恢复潜力。 展开更多
关键词 黄胸鹀 脱氧核糖核酸 线粒体CO基因 遗传多样性
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GNAS基因变异导致的假性甲状旁腺功能减退症ⅠA型伴亚临床甲状腺功能减退症一例报告
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作者 陈畹琪 高爱民 杨莹 《中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志》 北大核心 2025年第4期453-458,共6页
报告1例假性甲状旁腺功能减退症(pseudo-hypoparathyroidism,PHP)ⅠA型并亚临床甲状腺功能减退症患者及其家系成员的临床及遗传学分析。应用全外显子测序技术对先证者进行致病突变筛查,结合表型资料,确定候选基因的致病位点,用Sanger测... 报告1例假性甲状旁腺功能减退症(pseudo-hypoparathyroidism,PHP)ⅠA型并亚临床甲状腺功能减退症患者及其家系成员的临床及遗传学分析。应用全外显子测序技术对先证者进行致病突变筛查,结合表型资料,确定候选基因的致病位点,用Sanger测序对先证者及其家系成员进行验证。先证者及其母亲和其弟弟都携带GNAS基因c.22_24delinsTAA杂合无义变异,该变异目前尚未有文献报道,扩大了GNAS基因变异图谱,有助于GNAS基因相关疾病的尽早诊断和治疗。 展开更多
关键词 假性甲状旁腺功能减退症A型 亚临床甲状腺功能减退 GNAS基因 全外显子测序
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非洲猪瘟基因Ⅰ型毒株检测和防控策略构思
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作者 李颂潮 刘文 +1 位作者 江飙 苏伟桐 《广东畜牧兽医科技》 2025年第3期111-114,共4页
非洲猪瘟基因Ⅰ型毒株与基因Ⅱ型毒株感染猪只临床表现存在明显的差异。养殖场除了做好日常生物安全外,检测方案也需要根据病毒特点进行调整,确保能尽早发现场内存在的风险。合理的检测和防控方案,对非洲猪瘟临床防控至关重要。该文就... 非洲猪瘟基因Ⅰ型毒株与基因Ⅱ型毒株感染猪只临床表现存在明显的差异。养殖场除了做好日常生物安全外,检测方案也需要根据病毒特点进行调整,确保能尽早发现场内存在的风险。合理的检测和防控方案,对非洲猪瘟临床防控至关重要。该文就基因Ⅰ型毒株的特点,浅谈一下临床检测策略的一些构思,以期为非洲猪瘟的科学防控提供参考。 展开更多
关键词 非洲猪瘟 基因型毒株 防控 检测策略
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一株血清Ⅰ型副猪嗜血杆菌的分离鉴定与毒力基因分析
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作者 黄海愉 文愈 +2 位作者 欧美玲 赵觊哲 阮怡颖 《广西畜牧兽医》 2025年第5期199-201,213,共4页
副猪嗜血杆菌(Haemophilus Parasuis,HPS),属于巴斯德氏菌科(Pasteurellacea)、嗜血杆菌属成员副猪嗜血杆菌病是引发猪的一种泛嗜性细菌性传染病,各年龄段猪均可发病,主要影响断奶前后和保育阶段猪。临床特征以多发性纤维素性浆膜炎,如... 副猪嗜血杆菌(Haemophilus Parasuis,HPS),属于巴斯德氏菌科(Pasteurellacea)、嗜血杆菌属成员副猪嗜血杆菌病是引发猪的一种泛嗜性细菌性传染病,各年龄段猪均可发病,主要影响断奶前后和保育阶段猪。临床特征以多发性纤维素性浆膜炎,如关节炎、胸膜炎、心包炎、腹膜炎和伴发肺炎等^([1])。副猪嗜血杆菌为革兰氏阴性菌,不具有溶血性,NAD依赖型细菌,为杆状菌,具有多形性,从球杆状到纤细丝状不等,具有荚膜。副猪嗜血杆菌至少有血清1型~血清15型15个不同的血清型,其中血清型1、5、10、12、13、14型毒力最强,其余血清型通常因患猪不死亡、临床症状不明显,被认为是低毒力菌株^([2])。 展开更多
关键词 血清 纤维素性浆膜炎 毒力基因 副猪嗜血杆菌
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上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒F基因遗传进化及生物信息学分析
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作者 刘健 周锦萍 +6 位作者 沈莉萍 桂亚萍 葛菲菲 王晓旭 杨显超 刘佩红 王建 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5150-5161,共12页
【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行毒株F基因遗传变异情况,分析F蛋白生物信息学特征,为PPMV-1的防控提供技术支持。【方法】应用RT-PCR方法扩增分离株F基因,测序并进行遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对F蛋白结构... 【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行毒株F基因遗传变异情况,分析F蛋白生物信息学特征,为PPMV-1的防控提供技术支持。【方法】应用RT-PCR方法扩增分离株F基因,测序并进行遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对F蛋白结构功能进行预测分析。【结果】分离株F基因编码区全长为1662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株序列结构特征。系统进化树分析结果显示,分离株属于新城疫病毒(NDV)ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,与疫苗株La Sota和Mukteswar处于不同进化分支,与国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013和pigeon/Ningxia/2068/2016同属Ⅵ.2.1.1.2.2分支。生物信息学分析结果表明,F蛋白为亲水性蛋白,分子质量约为59.03 ku,理论等电点(PI)为7.87,半衰期为30 h,不稳定系数为35.06,脂肪系数为109.73。F蛋白主要分布在细胞质膜和内质网中,具有跨膜结构和信号肽,包含6个潜在的N-糖基化位点、13个半胱氨酸残基、103个O-糖基化位点,以及67个磷酸化位点。二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链、β-转角分别占46.11%、31.46%、18.08%及4.34%,三级结构预测结果与二级结构相一致。B细胞抗原位点预测结果显示,F蛋白含有11个抗原表位(氨基酸数目≥7)。【结论】本研究分离获得的PPMV-1分离株属于NDV ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,其F蛋白具有较好的抗原表位,可作为PPMV-1疫苗研制和抗病毒治疗的靶蛋白。研究结果为有效防控PPMV-1感染提供了一定的参考依据,同时也为进一步研发新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 型副黏病毒 F基因 遗传进化 生物信息学
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枇杷HD-ZipⅠ转录因子家族全基因组鉴定及表达模式分析 被引量:1
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作者 赵双 朱静雯 +4 位作者 陈甜甜 王鹏凯 郄红丽 王化坤 尤伟忠 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2025-2037,共13页
【目的】同源结构域-亮氨酸拉链(HD-Zip)转录因子参与多种植物的非生物胁迫响应过程。然而,在枇杷中,HD-ZipⅠ基因家族尚未被鉴定。【方法】利用生物信息学方法对全基因组范围内枇杷HD-ZipⅠ基因家族成员进行鉴定和综合分析,通过qRT-PC... 【目的】同源结构域-亮氨酸拉链(HD-Zip)转录因子参与多种植物的非生物胁迫响应过程。然而,在枇杷中,HD-ZipⅠ基因家族尚未被鉴定。【方法】利用生物信息学方法对全基因组范围内枇杷HD-ZipⅠ基因家族成员进行鉴定和综合分析,通过qRT-PCR法分析基因家族成员在枇杷不同组织和干旱胁迫下的表达特征。【结果】在枇杷基因组中筛选出20个HD-ZipⅠ家族成员。共线性分析结果发现了3对串联复制序列和22对片段复制序列,表明串联复制和片段复制可能促进了枇杷HD-ZipⅠ基因家族的扩张。蛋白序列比对分析表明,所有的HD-ZipⅠ家族成员均具有高度保守的HD和Zip结构域。系统发育分析表明,枇杷HD-ZipⅠ家族可以分为7个分支。HD-ZipⅠ各基因在枇杷不同组织中的表达模式有所差异。启动子序列分析表明,HD-ZipⅠ家族成员的启动子上含有多个与干旱胁迫和胁迫相关激素信号响应的顺式作用元件。干旱处理能够诱导EjHB9、EjHB10、EjHB17、EjHB18和EjHB20在叶片中的表达显著上调,预示着这些基因参与枇杷对干旱胁迫的响应。【结论】鉴定出5个受干旱胁迫显著诱导表达的枇杷HD-ZipⅠ基因,为进一步研究HD-ZipⅠ基因在响应枇杷干旱胁迫中的分子功能提供理论依据。 展开更多
关键词 枇杷 HD-Zip转录因子 基因组鉴定 表达分析
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基于mtDNA COⅠ基因序列的山香圆平背粉虱遗传多样性分析 被引量:1
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作者 孟泽洪 王威锐 +3 位作者 罗林丽 李帅 蒲运丹 周玉锋 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期74-79,共6页
为探究茶树害虫山香圆平背粉虱(Crenidorsum turpiniae)的遗传多样性,掌握山香圆平背粉虱的遗传分化现状及精准防控提供理论依据,通过基因组DNA提取、PCR扩增与测序,测定贵州省11个不同地理区域的山香圆平背粉虱种群mtDNA COⅠ基因序列... 为探究茶树害虫山香圆平背粉虱(Crenidorsum turpiniae)的遗传多样性,掌握山香圆平背粉虱的遗传分化现状及精准防控提供理论依据,通过基因组DNA提取、PCR扩增与测序,测定贵州省11个不同地理区域的山香圆平背粉虱种群mtDNA COⅠ基因序列片段,开展基因序列特征、单倍型及遗传多样性、遗传分化与基因交流、分子变异和单倍型系统发育分析。结果表明,山香圆平背粉虱mtDNA COⅠ基因序列片段扩增长度均为658 bp,序列具有明显的A+T偏倚性,共定义10个单倍型。贵州茶园山香圆平背粉虱总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(Hd=0.800)和高核苷酸多样性(Pi=0.067 0)。11个地理种群的山香圆平背粉虱总群体遗传分化程度高(Fst=0.920 3),基因交流水平低(Nm=0.04)。AMOVA分析显示,山香圆平背粉虱的遗传变异主要来自组间(FCT=0.912 9);中性检验与错配分布分析综合表明,山香圆平背粉虱近期未发生过明显扩张现象;单倍型系统发育分析及中介网络图聚类结果均表明,山香圆平背粉虱聚为3分支,分化枝可能已达物种水平。 展开更多
关键词 茶树新害虫 山香圆平背粉虱 线粒体CO基因 遗传多样性 遗传分化
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鸡呼肠孤病毒基因Ⅰ型变异株的分离鉴定和致病性分析
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作者 许明清 汪建华 +10 位作者 马芹 刘丹丹 张中波 赵杰 石艳红 唐代萍 王胜 郭明 胡峰 于可响 李玉峰 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第8期54-61,共8页
为探究导致山东省某肉种鸡场种鸡出现腿病的病原并进行致病性分析,本试验从该肉种鸡场收集病料,进行鸡胚分离、细胞传代、反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测、序列分析、商品肉鸡的致病性试验和免疫攻毒保护试验。结果显示,分离获得1株... 为探究导致山东省某肉种鸡场种鸡出现腿病的病原并进行致病性分析,本试验从该肉种鸡场收集病料,进行鸡胚分离、细胞传代、反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测、序列分析、商品肉鸡的致病性试验和免疫攻毒保护试验。结果显示,分离获得1株鸡呼肠孤病毒(ARV),命名为ARV-LL-2020,该病毒对鸡胚的致死率为100%,在鸡肝癌细胞系(LMH)上具有较强的适应性。ARV-LL-2020毒株与经典的S1133疫苗株同属基因Ⅰ型,但两者的主要抗原σC基因的核苷酸同源性为73.6%,氨基酸同源性为59.1%。ARV-LL-2020毒株回归商品肉鸡能复制出与实际生产中完全一致的发病症状。S1133株商品化弱毒活疫苗对ARV-LL-2020毒株的保护率仅有50%。结果表明,导致种鸡腿病的ARV-LL-2020毒株是1株ARV基因I型变异株,目前S1133株商品化弱毒活疫苗无法对其提供完全保护。 展开更多
关键词 鸡呼肠孤病毒 基因 分离鉴定 致病性
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一株GⅠ-19基因型禽传染性支气管炎病毒基因序列分析及致病性研究
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作者 武奇 徐梦成 +3 位作者 魏邓乐 张雪花 李丁 梅梅 《中国家禽》 北大核心 2024年第9期94-102,共9页
为了解传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异及致病性,试验对江苏某鸡场发病鸡进行病原分离和鉴定,并对分离株S1基因进行同源性、遗传进化树、糖基化位点、S蛋白裂解位点和致病性分析。结果显示:从发病鸡肾脏组织中分离并鉴定到1株IBV,该... 为了解传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异及致病性,试验对江苏某鸡场发病鸡进行病原分离和鉴定,并对分离株S1基因进行同源性、遗传进化树、糖基化位点、S蛋白裂解位点和致病性分析。结果显示:从发病鸡肾脏组织中分离并鉴定到1株IBV,该分离株经SPF鸡胚盲传5代后,可引起典型的侏儒胚特征病变,其S1基因大小为1620 bp,分离株被命名为CK/CH/WJ215;CK/CH/WJ215与GⅠ-19基因型毒株S1核苷酸序列相似性为94.3%,与流行优势基因型GⅠ-19属于同一分支;RDP4重组分析显示该分离株S1蛋白不存在重组事件;进一步糖基化位点分析表明,与常用疫苗株相比,CK/CH/WJ215 S1蛋白在第51、77、103、138、163、178、247、276、283、530位点出现变异,值得注意的是,与H120疫苗株和QXL87疫苗株相比,CK/CH/WJ215 S1蛋白分别在138和530位出现了新的糖基化位点;7日龄SPF鸡致病性试验显示,该分离株可导致SPF鸡100%(15/15)发病,66.7%(10/15)死亡,并且导致严重的肾脏病变;感染鸡从第2天开始持续排毒,直到第21天气管和泄殖腔排毒率仍为80%(4/5)和100%(5/5)。研究表明,从江苏某鸡场发病鸡群种分离的GⅠ-19基因型IBV对SPF雏鸡具有很强的致病性,结果为该地区传染性支气管炎流行病学及防控提供参考。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 G-19基因 S1基因 致病性
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MICA基因多态性及其单核苷酸多态性位点与玫瑰痤疮易感性的相关性 被引量:1
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作者 尹湘丽 朱权 +2 位作者 李吉 邹义洲 罗奇志 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期319-330,共12页
目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾... 目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾病的发生和发展密切相关。玫瑰痤疮是一种慢性炎症性皮肤病,其发病机制复杂,与遗传、自身免疫异常等因素有关。本研究分析MICA基因多态性及其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与玫瑰痤疮易感性的关系,旨在为玫瑰痤疮的发病机制提供新的见解。方法:收集2017年11月至2019年11月在中南大学湘雅医院皮肤科门诊就诊的84例玫瑰痤疮患者(玫瑰痤疮组)外周血DNA样本,另收集223名健康志愿者(对照组)外周血DNA样本。采用聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction-sequencing-based typing,PCR-SBT)和二代测序(the next-generation sequencing,NGS)技术分析MICA基因多态性分型,并比较2种分型方法的准确性。比较玫瑰痤疮组与对照组MICA等位基因分布频率的差异。对所有MICA多态性分子进行氨基酸聚类分析和SNP位点分析,确定相关连锁SNP位点,并对MICA多态性分子进行分类。比较玫瑰痤疮组与对照组不同分类MICA多态性分子的分布频率差异。结果:玫瑰痤疮患者血生化检测结果以中性粒细胞计数轻度升高为主要特征,淋巴细胞计数无显著变化。PCR-SBT和NGS均能准确地鉴定MICA等位基因分型,其中MICA*010:01、MICA*008:04和MICA*019:01是玫瑰痤疮组最常见的等位基因;玫瑰痤疮组等位基因MICA*002:01、MICA*027分布频率均低于对照组(6.55%vs 18.16%、 1.19%vs 5.38%), MICA*009:01、 MICA*010:01分布频率均高于对照组(7.74%vs 3.36%、 31.55%vs18.61%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。本研究检测到5种短串联重复序列(short tandem repeats,STR)等位基因,其中玫瑰痤疮组MICA-A4、MICA-A9分布频率均低于对照组(16.07%vs 23.32%、7.74%vs 17.26%),MICA-A6分布频率高于对照组(10.12%vs 4.03%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。通过氨基酸序列聚类分析和SNP位点分析发现MICA基因存在6个连锁SNP位点,并据此将MICA多态性分子分为Ⅰ型(C36+M129+K173+G206+W210+S215)和Ⅱ型(Y36+V129+E173+S206+R210+T215)。玫瑰痤疮患者I型MICA多态性分子与玫瑰痤疮易感性密切相关。结论:MICA基因多态性与玫瑰痤疮易感性相关。MICA基因存在6个连锁SNP位点,可据此将MICA多态性分子分为I型和II型,其中I型与玫瑰痤疮发病密切相关。 展开更多
关键词 主要组织相容性复合体类链相关基因A 人类白细胞抗原 玫瑰痤疮 等位基因 基因多态性 单核苷酸多态性 聚合酶链反应-直接测序法 二代测序 短串联重复序列
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