叶甲科部分种类Cyt b基因序列及系统发育关系初探 被引量：6

1

作者 方雪梅 聂晓萌 +1 位作者 黄菲 郑哲民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2006年第6期1-5,共5页

测定分析了叶甲科(Chrysomelidae)15种昆虫mtDNA_Cyt b基因部分序列,结果显示,在获得的390 bp序列中,198个核苷酸位点为多态性位点(约占50.8%),序列间碱基差异平均值为18.9%,A+T含量为72.7%,碱基转换呈现明显的TC偏向性,颠换主要以TA为... 测定分析了叶甲科(Chrysomelidae)15种昆虫mtDNA_Cyt b基因部分序列,结果显示,在获得的390 bp序列中,198个核苷酸位点为多态性位点(约占50.8%),序列间碱基差异平均值为18.9%,A+T含量为72.7%,碱基转换呈现明显的TC偏向性,颠换主要以TA为主,转换/颠换(R)值为0.8。依据分子数据建立了该15种昆虫的系统发育关系,结果表明:跳甲亚科(Alticinae)和叶甲亚科(Chrysomelinae)的亲缘关系较近,萤叶甲亚科(Galerucinae)与前两者的关系较远。萤叶甲亚科中瓢萤叶甲为最早分化的类群,长跗萤叶甲属(Monolepta)、凹翅萤叶甲属(Paleosepharia)、长刺萤叶甲属(Atrachya)能形成姊妹群。克萤叶甲属(Cneorane)和守瓜属(Aulacophora)的亲缘关系较近。基于蛋白质序列构建的系统树的置信值高于核苷酸序列建立的系统发育树。 展开更多

关键词 鞘翅目 叶甲科 mtdna-cyt b 系统发育关系

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基于线粒体细胞色素b基因序列的新安江流域温州光唇鱼群体遗传研究 被引量：7

2

作者 周华兴 胡玉婷 +3 位作者 段国庆 凌俊 江河 潘庭双 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第2期43-50,共8页

为了解新安江流域温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)的群体遗传变异规律,本研究采集6个不同地理群体共170个体,采用线粒体基因组细胞色素b(mtDNA Cyt b)测序方法,研究群体遗传结构以及群体变化的历史动态。研究显示,温州光唇鱼... 为了解新安江流域温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)的群体遗传变异规律,本研究采集6个不同地理群体共170个体,采用线粒体基因组细胞色素b(mtDNA Cyt b)测序方法,研究群体遗传结构以及群体变化的历史动态。研究显示,温州光唇鱼不同地理群体间的遗传多样性差异较大,整体遗传多样性水平较低。群体间检测到了不同程度的遗传分化,但由于分化时间较短(上新世晚期),分子遗传变异主要来自于群体内。温州光唇鱼约于335万年前发生过群体扩张事件。群体扩张时,全球处于末次冰川时期的早期,群体的扩张并未受到低温的影响,因此,推测新安江流域可能是潜在的冰期避难所。祖籍地重建分析结果表明,新安江流域温州光唇鱼起源于率水上游和练江上游,经过一系列的群体扩散–隔绝–分化事件,形成现今的分布。原种的鉴定为新安江流域光唇鱼群体保育工作提供理论依据。 展开更多

关键词 新安江流域 温州光唇鱼 MTDNA CYTB 群体遗传分析

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我国主要地方绵羊品种mtDNA细胞色素b基因PCR-RFLP研究 被引量：12

3

作者 巩元芳 李祥龙 刘铮铸 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期649-653,共5页

应用PCRRFLP方法,对我国9个地方绵羊品种和3个引入品种共计120个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytb)基因进行了分析。结果表明,12种限制性内切酶在所研究的个体中共检测到22个酶切位点,15种限制性态型,其中StuⅠ、EcoRⅠ和MboⅡ表... 应用PCRRFLP方法,对我国9个地方绵羊品种和3个引入品种共计120个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytb)基因进行了分析。结果表明,12种限制性内切酶在所研究的个体中共检测到22个酶切位点,15种限制性态型,其中StuⅠ、EcoRⅠ和MboⅡ表现出多态,15种限制性态型归结为4种基因单倍型,即单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ和单倍型Ⅳ。单倍型Ⅰ为受试绵羊品种的基本单倍型。线粒体DNA细胞色素b基因遗传多态度为0.0142%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度贫乏。 展开更多

关键词 地方绵羊品种 线粒体DNA 细胞色素B基因 PCR-RFLP

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长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析 被引量：13

4

作者 陈会娟 刘明典 +4 位作者 汪登强 董微微 吕浩 陈大庆 李云 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2018年第1期20-25,68,共7页

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析... 鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。 展开更多

关键词 鲢(Hypophthalmichthys molitrix) 线粒体 遗传多样性 CYT b D-LOOP

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大黄鱼、鮸鱼及美国红鱼线粒体DNA的Cyt b基因序列比较 被引量：12

5

作者 李鹏飞 周永东 徐汉祥 《南方水产》 2008年第3期43-47,共5页

利用PCR技术对大黄鱼Pseudosciaena crocea、鮸鱼Scioenops ocellatus和美国红鱼Miichthys miiuy线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因片段进行了扩增,PCR产物直接测序,分别获得大黄鱼和美国红鱼1140bp的序列,鮸鱼1125bp的序列。通过对3种鱼... 利用PCR技术对大黄鱼Pseudosciaena crocea、鮸鱼Scioenops ocellatus和美国红鱼Miichthys miiuy线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因片段进行了扩增,PCR产物直接测序,分别获得大黄鱼和美国红鱼1140bp的序列,鮸鱼1125bp的序列。通过对3种鱼的Cytb序列的比对分析,得出3种鱼序列的相似性为91.49%;分析了3种鱼序列的碱基组成及碱基变异情况,发现3种鱼的序列差异明显,碱基替换较多,可以将Cytb基因作为种间分子鉴定或更高分类界元遗传分析的分子标记;计算了3种鱼序列的遗传距离并构建了系统树,结果显示,鮸鱼与美国红鱼的遗传距离较近。 展开更多

关键词 大黄鱼 鮸鱼 美国红鱼 线粒体DNA CYT B基因

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家鹅线粒体细胞色素b跨膜螺旋结构分析 被引量：2

6

作者 刘安芳 王继文 朱庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期117-121,共5页

采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的部分序列，经测序分析表明该序列（1401bp）包括了细胞色素b（cytochrome b，Cytb）基因的完整序列（1143bp）。通过对家鹅... 采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的部分序列，经测序分析表明该序列（1401bp）包括了细胞色素b（cytochrome b，Cytb）基因的完整序列（1143bp）。通过对家鹅线粒体基因组的研究，首次报道了家鹅线粒体Cytb的跨膜螺旋结构，并对家鹅Cytb跨膜螺旋结构及各区域序列的变异特征进行了分析。结果表明：鸿雁、灰雁和白额雁的Cytb具有完整而且完全相同的跨膜螺旋结构；家鹅Cytb基因的核苷酸序列在膜内、膜间和膜外的变异位点数分别为12、9和10，膜内、膜间的变异均属同义替换，而膜外有2个位点发生了非同义替换，表明跨膜螺旋的膜外区域变异程度高于膜间和膜内。研究的结果将为进一步探讨家鹅细胞色索b结构与功能的关系奠定基础。所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库，序列号为AY427800-AY427805和AY427812-AY427814。 展开更多

关键词 家鹅 MTDNA CYT b 跨膜螺旋结构 序列变异

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三个鲤品种线粒体基因片段序列保守性 被引量：25

7

作者 童金苟 吴清江 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期54-60,共7页

在红鲤、镜鲤和野鲤中进行线粒体 1 6SrRNA和Cytb基因片段的序列测定。结果发现 ,3个鲤品种在多达 859个碱基长度上无变异 ,但是与已报道的鲤全序列中的同源序列则有约 1 5%的趋异。这个结果提示 3个鲤品种可能在起源中是独立的一支 。

关键词 锂 品种 线粒体序列 16SrRNA CYTB 保守性 基因

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基于细胞色素b基因序列对蜻科部分种类系统进化研究(蜻蜓目:差翅亚目) 被引量：4

8

作者 张大治 戴金霞 郑哲民 《四川动物》 CSCD 北大核心 2006年第4期695-699,共5页

采用PCR产物直接测序法,获得了蜻科6属9种蜻蜓的线粒体细胞色素b(Cytb)核苷酸序列(长度576 bp)。A+T平均含量较高,为69.2%。氨基酸密码子第三位点的A+T平均含量最高(86.5%)。变异位点数为216个(约占37.5%),简约信息位点148个,数据显示... 采用PCR产物直接测序法,获得了蜻科6属9种蜻蜓的线粒体细胞色素b(Cytb)核苷酸序列(长度576 bp)。A+T平均含量较高,为69.2%。氨基酸密码子第三位点的A+T平均含量最高(86.5%)。变异位点数为216个(约占37.5%),简约信息位点148个,数据显示这几种蜻蜓之间DNA序列变异丰富。用一种豆娘Megalestes maai作外群构建系统发育树表明:蜻科为单系群,灰蜻属较进化,黄蜻属相对较古老一些。这6属的起源关系为:黄蜻属和赤蜻属→宽腹蜻属→椎腹蜻属和红蜻属→灰蜻属。 展开更多

关键词 细胞色素b(Cyt b) 线粒体DNA(mtDNA) 系统进化 蜻科 蜻蜓目

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蚁科弓背蚁属部分种的分子系统学研究 被引量：2

9

作者 庞广福 秦峰 +1 位作者 周善义 秦新民 《广西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2009年第3期62-66,共5页

对弓背蚁属12种昆虫的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因部分序列进行测定,获得了长度为487 bp的序列片段。基于Cyt b基因序列数据,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大相似法(ML)分析其系统发育关系,研究结果表明,弓背蚁属12种蚂蚁分成4支... 对弓背蚁属12种昆虫的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因部分序列进行测定,获得了长度为487 bp的序列片段。基于Cyt b基因序列数据,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大相似法(ML)分析其系统发育关系,研究结果表明,弓背蚁属12种蚂蚁分成4支:第一个支系包括杂色弓背蚁C.variegates、拟光腹弓背蚁C.pseudoirritans、黄斑弓背蚁C.albosparsus和弓背蚁C.sp1;第二个支系由尼科巴弓背蚁C.nicobarensis、弓背蚁C.sp2和日本弓背蚁C.japonicus组成;第三个支系包含哀弓背蚁C.dolendus、少毛弓背蚁C.spanis与平和弓背蚁C.mitis;第四个支系由弓背蚁C.sp和浅毛弓背蚁C.albivillosus组成,属内种间的分类关系明确。遗传距离的分子数据支持将未定种弓背蚁C.sp定为弓背蚁属的新种。 展开更多

关键词 弓背蚁属 蚂蚁 细胞色素B基因 线粒体DNA 分子系统学

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秦川牛mtDNA cyt b基因序列多态性分析 被引量：4

10

作者 蔡欣 张宝 +3 位作者 雷初朝 胡沈荣 苏丽红 陈宏 《黄牛杂志》 2005年第6期30-32,共3页

对我国秦川牛6个个体mtDNAcytb基因1140bp序列进行了分析。结果表明：6头秦川牛的cytb基因序列中，共检测到核苷酸多态位点19个。cytb基因全序列突变类型只有转換。6个个体具有4种单倍型。以欧洲牛mtDNAcytb基因全序列为标准，其中单倍... 对我国秦川牛6个个体mtDNAcytb基因1140bp序列进行了分析。结果表明：6头秦川牛的cytb基因序列中，共检测到核苷酸多态位点19个。cytb基因全序列突变类型只有转換。6个个体具有4种单倍型。以欧洲牛mtDNAcytb基因全序列为标准，其中单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ的核苷酸变异率较低，都为0．071%，而单倍型Ⅳ的核苷酸变异率较高，为1．21%。应用MEGA软件中UPGMA法构建6头秦川牛的分子进化树，结果表明秦川牛有2个母系起源即普通牛起源(单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ和单倍型Ⅲ)和瘤牛起源(单倍型Ⅳ)，但是本研究发现作为中原牛之一的秦川牛受普通牛的影响比较大。 展开更多

关键词 秦川牛 MTDNA CYT B基因 多态性 单倍型 起源

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基于线粒体DNA Cyt b西伯利亚狍种群分子系统地理学研究 被引量：1

11

作者 梁雪 周绍春 刘艳华 《野生动物学报》 北大核心 2020年第3期560-565,共6页

世界上对西伯利亚狍的分类和系统地理格局划分意见不一,目前普遍认为将西伯利亚狍分为Capreolus pygargus pygargus、Capreolus pygargus tianschanicus、Capreolus pygargus melanotis 3个亚种。本研究对中国小兴安岭地区的西伯利亚狍... 世界上对西伯利亚狍的分类和系统地理格局划分意见不一,目前普遍认为将西伯利亚狍分为Capreolus pygargus pygargus、Capreolus pygargus tianschanicus、Capreolus pygargus melanotis 3个亚种。本研究对中国小兴安岭地区的西伯利亚狍(40份样品)的线粒体DNA Cyt b部分序列进行分析,共扩增出32条序列,获得9个单倍型。并利用从GenBank下载的来自世界各地的40条西伯利亚狍的线粒体DNA Cyt b序列分析西伯利亚狍的系统地理状况。系统发育和单倍型网络分析结果表明,西伯利亚狍由4个单倍群组成:A由俄罗斯远东地区(Khabarovsk、Yakutia)和韩国济州岛的单倍型组成。B由哈萨克斯坦、俄罗斯西伯利亚地区(Sverdlovsk、Irkutsk)和波兰等地区的单倍型组成。C由中国东北地区的单倍型组成。D由蒙古地区的单倍型组成。本文研究结果与西伯利亚狍亚种分类相吻合,且认为西伯利亚狍具有清晰的系统发育关系和地理模式,此外,根据研究成果对西伯利亚狍的保护和管理提出了建议。 展开更多

关键词 西伯利亚狍 线粒体DNA Cyt b 分子系统地理学

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关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究 被引量：4

12

作者 邓书湛 刘若余 《现代农业科技》 2010年第2期326-327,共2页

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-... 测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。 展开更多

关键词 奶山羊 线粒体DNA 细胞色素B基因 遗传多样性

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中国南海绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA序列分析

13

作者 郭昱嵩 王中铎 刘楚吾 《广东海洋大学学报》 CAS 2009年第1期6-9,共4页

测定了南海海域绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b,EU918367、EU918368)和控制区(D-loop,EU918363、EU918364、EU918365、EU918366)的全序列以及细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ,EU600157、EU600158)5’端DNA标签序列。Cyt b基... 测定了南海海域绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b,EU918367、EU918368)和控制区(D-loop,EU918363、EU918364、EU918365、EU918366)的全序列以及细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ,EU600157、EU600158)5’端DNA标签序列。Cyt b基因全序列和COⅠ标签序列(DNA barcode)与GenBank中的相应序列比对,确认样本均为绿海龟。D-loop区序列聚类分析显示中国南海绿海龟分别与中东太平洋、西南太平洋和印度洋的绿海龟存在较近的亲缘关系。 展开更多

关键词 线粒体DNA 绿海龟 CYT b COⅠ D-LOOP

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利用线粒体DNA Cyt b基因PCR-RFLP分析方法鉴别羊肉和鸭肉 被引量：16

14

作者 冯海永 刘丑生 +2 位作者 何建文 安添午 韩建林 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2012年第13期319-321,共3页

建立了一种利用线粒体DNA(mtDNA) Cyt b基因PCR-RFLP分析来鉴别羊肉和鸭肉的方法。采用一对通用引物扩增绵羊、山羊和鸭的mtDNACytb基因,并对扩增产物用DNA限制性内切酶Bsu36I和SpeI进行酶切,电泳分析酶切产物的变化。结果表明通用引物... 建立了一种利用线粒体DNA(mtDNA) Cyt b基因PCR-RFLP分析来鉴别羊肉和鸭肉的方法。采用一对通用引物扩增绵羊、山羊和鸭的mtDNACytb基因,并对扩增产物用DNA限制性内切酶Bsu36I和SpeI进行酶切,电泳分析酶切产物的变化。结果表明通用引物可扩增羊和鸭472bp的PCR产物,经两种内切酶酶切后,绵羊、山羊和鸭的PCR产物分别被切为大小不同的片段,其中绵羊和山羊被SpeI切为213bp和259bp,而鸭则被Bsu36I切为95bp和377bp。利用PCR-RFLP分析mtDNA Cyt b基因的方法操作简单,是一种快速鉴别羊肉和鸭肉的可靠方法。 展开更多

关键词 PCR-RFLP 物种鉴别 线粒体DNACytb基因

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基于线粒体DNA Cyt b序列的双齿围沙蚕群体遗传多样性分析 被引量：5

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作者 邓园 宋娜 +1 位作者 刘名 高天翔 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期597-601,共5页

双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）俗称红虫,隶属于多毛纲（Polychaeta）、沙蚕亚科（Nereidinae）、围沙蚕属（Perinereis）,是我国潮间带河口泥沙滩上的优势种,体大且肥,可做饵料,也是我国沿海河口增养殖种类之一。该种为热带、... 双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）俗称红虫,隶属于多毛纲（Polychaeta）、沙蚕亚科（Nereidinae）、围沙蚕属（Perinereis）,是我国潮间带河口泥沙滩上的优势种,体大且肥,可做饵料,也是我国沿海河口增养殖种类之一。该种为热带、亚热带的广布种,分布于韩国、泰国、菲律宾、印度、印度尼西亚以及我国近海[1]。近年来随着沙蚕的采捕量增大及环境变化,导致沙蚕资源逐渐匮乏,影响到其资源的可持续利用与发展[2]。 展开更多

关键词 双齿围沙蚕 CYT b 群体遗传结构 遗传多样性 群体扩张

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澜沧江老挝纹胸鮡Cytb基因的序列变异与遗传结构分析 被引量：3

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作者 金菊 刘明典 +3 位作者 阴双雨 汪登强 刘绍平 陈大庆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期255-261,共7页

老挝纹胸鮡是分布于澜沧江流域的一种特有鱼类,喜激流底栖生活。为了解其各地理种群间的遗传结构与遗传变异,文章分析了129尾采自澜沧江8条支流水系的老挝纹胸鮡mtDNA细胞色素b基因1 138 bp的序列变异,共发现16个多态性位点,定义了15个... 老挝纹胸鮡是分布于澜沧江流域的一种特有鱼类,喜激流底栖生活。为了解其各地理种群间的遗传结构与遗传变异,文章分析了129尾采自澜沧江8条支流水系的老挝纹胸鮡mtDNA细胞色素b基因1 138 bp的序列变异,共发现16个多态性位点,定义了15个单倍型。澜沧江老挝纹胸鮡遗传变异较低,平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别是h=0.299,π=0.299,有3个种群甚至没有变异,分子变异方差分析结果表明各种群内变异大于各种群间变异,种群间没有差异。对老挝纹胸鮡所有种群进行的单倍型错配分布呈现单峰型,中性检验结果均为负值(Tajima's D=?2.36965,P<0.02;Fu's Fs=?20.975,P<0.05)表明,澜沧江老挝纹胸鮡自然种群可能经历过近期的种群扩张事件。 展开更多

关键词 老挝纹胸鮡 mtDNACytb 遗传结构 种群扩张

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线粒体基因及其Cyt b基因与昆虫分子系统学研究 被引量：3

17

作者 牛京京 张守纯 +1 位作者 金谷 于宁 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期52-55,共4页

由于mtDNA及其Cyt b基因独特的进化速率及遗传特性,已成为追溯母系起源和群体遗传分化可信的遗传标记,被广泛应用于研究动物起源和分化,揭示群体的遗传背景,阐释种间和种内的系统演化关系,研究种内多态性和地理分布的关系。对mtDNA及其C... 由于mtDNA及其Cyt b基因独特的进化速率及遗传特性,已成为追溯母系起源和群体遗传分化可信的遗传标记,被广泛应用于研究动物起源和分化,揭示群体的遗传背景,阐释种间和种内的系统演化关系,研究种内多态性和地理分布的关系。对mtDNA及其Cyt b基因的分子特点及其在昆虫系统学研究中的应用进行综述。 展开更多

关键词 mtDNA CYT b基因 分子特征 昆虫 分子系统学

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基于mtDNA Cyt b基因全序列探讨岩扇贝与3种扇贝的遗传变异水平及其亲缘关系 被引量：2

18

作者 廖德杰 童金苟 +5 位作者 曹善茂 周颖 俞小牧 付北德 刘阳 王潇 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期190-196,共7页

为探讨新引进种岩扇贝Crassadoma gigantea与国内3种主要经济扇贝(虾夷扇贝Patinopecten yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians)的遗传变异水平及其之间的亲缘关系,通过PCR扩增及测序获得4种扇贝的mtDNA ... 为探讨新引进种岩扇贝Crassadoma gigantea与国内3种主要经济扇贝(虾夷扇贝Patinopecten yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians)的遗传变异水平及其之间的亲缘关系,通过PCR扩增及测序获得4种扇贝的mtDNA Cyt b基因全序列,并对其序列组成、遗传多样性、遗传距离和系统发育等进行了分析。结果表明:4种扇贝的单倍型数、多态性位点数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数,分别在3~4、2~15、0.545~0.800、0.001 00~0.005 72和0.788~6.545之间,表现出较低的遗传变异水平;4种扇贝的种间遗传距离为0.255~0.429,其中,岩扇贝与虾夷扇贝的遗传距离最近(0.255),与海湾扇贝的遗传距离最远(0.429);系统进化树分析显示,岩扇贝与虾夷扇贝独自聚为一支,表明二者之间的亲缘关系较近。本研究结果将为岩扇贝的引种与养殖以及今后的遗传育种研究工作提供基础信息。 展开更多

关键词 线粒体DNA 细胞色素B 岩扇贝 遗传多样性 亲缘关系

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基于线粒体Cyt b DNA阿拉善马鹿分子系统学研究 被引量：7

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作者 乔付杰 李俊乐 +3 位作者 高惠 滕丽微 王继飞 刘振生 《野生动物学报》 北大核心 2019年第2期307-311,共5页

阿拉善马鹿为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,本研究于2016年8—9月和2017年2—3月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本... 阿拉善马鹿为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,本研究于2016年8—9月和2017年2—3月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本396份,使用线粒体Cyt b区DNA引物对提取的DNA进行物种鉴定和9对微卫星引物对其个体识别,共鉴定出278个阿拉善马鹿个体,基于线粒体Cyt b DNA对其全序列进行分析。使用线粒体Cyt b区引物对提取的粪便DNA扩增,获得了1 075 bp的序列,检测到10个变异位点,并定义了10个单倍型。其中10个变异位点占分析长度的0. 93%,均为碱基代换,无碱基插入和缺失。其单倍型多样性为0. 243,核苷酸多样性为0. 000 32。中性检验Tajima's D值为显著负值,Fu和Li's D值为不显著的负值,表示阿拉善马鹿可能经历瓶颈事件并随后出现种群扩张。在系统发育树中,阿拉善马鹿单独聚成一支且与东北马鹿亲缘关系较近,与其他中国马鹿亚种亲缘关系较远。本研究表明野生阿拉善马鹿种群总体遗传多样性较低,建议加强对该亚种的保护力度。 展开更多

关键词 阿拉善马鹿 线粒体DNA CYT b 遗传多样性

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基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景 被引量：3

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作者 杨秋蕾 魏旭东 +3 位作者 马志杰 陈生梅 晁生玉 乌兰巴特尔 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期285-292,共8页

为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系... 为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明:柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.5882±0.0300,核苷酸多样度为0.0040±0.0022,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.0104~0.1618,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.1618),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.0104)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体与茫崖群体也最先聚为一起,随后它们再聚为1类,而乌兰群体单独为另一类,2类最后聚为一大类。系统发育分析表明,柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系遗传支系组成,表明柴达木黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源且以普通牛起源为主。此外,研究发现,茫崖、乌兰、都兰各群体均有1个个体为牦牛mtDNA Cyt b单倍型序列类型,占总头数的1.12%,提示柴达木黄牛品种中存在一定程度的牦牛基因渗入。 展开更多

关键词 柴达木黄牛 MTDNA Cyt b 遗传多样性 分化 母系起源

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