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遗传基因组学(Genetical genomics)的研究进展被引量：5: 1; 作者刘秀艳谢正苗陈惠哲《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1030-1034,共5页; 遗传基因组学(geneticalgenomics)是将微阵列技术和数量性状座位(QTL)分析结合起来,全基因组水平上定位基因表达的QTL(eQTL).它为研究复杂性状的分子机理和调控网络提供全新的手段.遗传基因组这个概念和研究策略在2001年由Janson和Nap... 展开更多; 关键词微阵列技术基因表达的数量性状座位(qtl) 基因调控网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于大脑不同区域的阿尔茨海默症基因表达数据分析被引量：2: 2; 作者孔薇牟晓阳《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第6期994-997,1002,共5页; 提出了采用Tukey双权函数作为FastICA(Fast Independent Component Analysis)方法的非线性函数,对阿尔茨海默症(Alzheimer’s disease,AD)多个脑区域基因表达数据进行显著基因提取,揭示其基因表达调控关系.针对传统聚类方法基于全局聚... 展开更多; 关键词微阵列基因表达数据阿尔茨海默症独立成分分析基因调控网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

利用Lotka-Volterra方程建立大脑发育中基因的调控网络: 3; 作者郭波涛李辉智 +1 位作者王文昌易东《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2007年第2期138-139,142,共3页; 目的构建脑发育过程中,基因表达的调控网络。方法根据GO数据库选择与发育有关的基因,应用种群动力学的观念,将Lotka-Volterra方程用于基因之间的调控关系的描述。结果得到每个基因表达的内禀增长率和所选基因之间的调控矩阵,并用图像可... 展开更多; 关键词基因调控网络 Lotka-Volterra方程基因芯片; 在线阅读下载PDF 职称材料

整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响被引量：1: 4; 作者王倩王小钦 +3 位作者陈燕珍赵光杰吴宛玲李念夷《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期17-25,共9页; 目的构建具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)特征的整合调控网络,从中筛选出调控ABAT(4-aminobutyrate aminotransferase)基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),并初步探讨其在MDS中的表达和功能。方... 展开更多; 关键词骨髓增生异常综合征(MDS) 长链非编码RNA ABAT基因基因芯片分析共表达网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名遗传基因组学(Genetical genomics)的研究进展被引量：5: 1; 作者刘秀艳谢正苗陈惠哲; 机构杭州电子科技大学中国水稻研究所; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1030-1034,共5页; 基金浙江大学环境修复与生态健康教育部重点实验室开放基金资助项目(050101) 浙江省教育厅科研基金项目资助项目.~~; 文摘遗传基因组学(geneticalgenomics)是将微阵列技术和数量性状座位(QTL)分析结合起来,全基因组水平上定位基因表达的QTL(eQTL).它为研究复杂性状的分子机理和调控网络提供全新的手段.遗传基因组这个概念和研究策略在2001年由Janson和Nap首先提出,到目前为止,遗传基因组学已应用于酵母、老鼠、人以及玉米等植物.研究结果表明:基因表达水平的差异是可遗传的复杂性状;eQTL可以分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL,顺式作用eQTL就是某个基因的eQTL定位到该基因所在的基因组区域,表明可能是该基因本身的差别引起mRNA水平的差别,反式作用就是eQTL定位到其他基因组区域,表明其他基因的差别控制该基因mRNA水平的差异.将eQTL结果、基因功能注解以及多种统计分析方法相结合,不仅能更准确地鉴别控制复杂性状及其相关基因表达的候选基因,而且能构建相应的基因调控网络.; 关键词微阵列技术基因表达的数量性状座位(qtl) 基因调控网络; Keywords microarray, expression qtl （eqtl）, regulatory network; 分类号 Q55 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于大脑不同区域的阿尔茨海默症基因表达数据分析被引量：2: 2; 作者孔薇牟晓阳; 机构上海海事大学信息工程学院美国罗文大学医药研究中心; 出处《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第6期994-997,1002,共5页; 基金国家自然科学基金项目(61271446) 上海市科委青年科技启明星计划(A类)项目(11QA1402900) 上海市教委科研创新项目(11YZ141); 文摘提出了采用Tukey双权函数作为FastICA(Fast Independent Component Analysis)方法的非线性函数,对阿尔茨海默症(Alzheimer’s disease,AD)多个脑区域基因表达数据进行显著基因提取,揭示其基因表达调控关系.针对传统聚类方法基于全局聚类且只能将某个基因聚类到某一类的缺陷,改进的FastICA方法能够对基因表达数据进行快速有效的双向聚类,能够满足同一个基因可能参与不同信号传导通路的生物特性.同时考虑到人脑中海马区、内嗅皮质区、颞中回及视觉皮层区均与学习与记忆功能密切相关,将算法对多个脑区域进行基因表达调控综合分析.结果表明,大量炎症反应是AD致病的重要因素之一.; 关键词微阵列基因表达数据阿尔茨海默症独立成分分析基因调控网络; Keywords microarray gene expression data Alzheimer＇s disease independent component analysis gene regulatory network; 分类号 Q343.1 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名利用Lotka-Volterra方程建立大脑发育中基因的调控网络: 3; 作者郭波涛李辉智王文昌易东; 机构第三军医大学卫生统计学教研室西南政法大学刑侦系; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2007年第2期138-139,142,共3页; 基金国家自然基金资助(60371034); 文摘目的构建脑发育过程中,基因表达的调控网络。方法根据GO数据库选择与发育有关的基因,应用种群动力学的观念,将Lotka-Volterra方程用于基因之间的调控关系的描述。结果得到每个基因表达的内禀增长率和所选基因之间的调控矩阵,并用图像可视化。结论Lotka-Volterra方程可作为描述调控网络的一种方法。; 关键词基因调控网络 Lotka-Volterra方程基因芯片; Keywords Gene expression regulatory networks Lotka- Volterra equations Gene microarray; 分类号 R318.0 [医药卫生—生物医学工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响被引量：1: 4; 作者王倩王小钦陈燕珍赵光杰吴宛玲李念夷; 机构复旦大学附属华山医院血液科复旦大学附属华山医院国际医疗中心; 出处《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期17-25,共9页; 文摘目的构建具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)特征的整合调控网络,从中筛选出调控ABAT(4-aminobutyrate aminotransferase)基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),并初步探讨其在MDS中的表达和功能。方法采用甲基化芯片和全基因组表达谱基因芯片对MDS患者和对照者的骨髓标本进行差异基因筛选,将筛选出的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异甲基化基因(differentially methylated genes,DEMs)、差异表达LncRNA(differentially expressed LncRNAs,DELs)进行整合分析,构建共表达调控网络,从中筛选出与ABAT基因具有相关性的LncRNA-SET2-1。采用qRT-PCR检测MDS患者和对照者骨髓标本中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平,并在MDS转白细胞系SKM-1、急性白血病细胞系THP-1,以及对照细胞系HEK-293T中检测LncRNA-SET2-1的表达水平。建立稳定过表达LncRNA-SET2-1的SKM-1、THP-1细胞系,qRT-PCR检测ABAT表达变化、CCK-8法检测细胞增殖活力变化、流式细胞术检测细胞凋亡变化。并在ABAT敲减的SKM-1、THP-1细胞中检测LncRNA-SET2-1表达变化。结果通过共表达调控网络分析,筛选得到LncRNA-SET2-1与ABAT的相关性最高。MDS患者及SKM-1、THP-1细胞中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平均显著下调(P<0.0001)。LncRNA-SET2-1过表达后,ABAT的表达量显著上调(P<0.01),而ABAT敲减后,LncRNA-SET2-1的表达量未发生显著变化。LncRNA-SET2-1过表达后,SKM-1、THP-1细胞的增殖活力显著下降,而凋亡细胞比例显著升高。结论LncRNA-SET2-1可能为ABAT的上游调控分子。LncRNA-SET2-1在MDS患者和MDS转白细胞系中均异常低表达,具有抑制MDS转白细胞增殖活力及促进细胞凋亡的功能。; 关键词骨髓增生异常综合征(MDS) 长链非编码RNA ABAT基因基因芯片分析共表达网络; Keywords myelodysplastic syndrome(MDS) long non-coding RNA ABAT gene microarray analysis co-expression regulatory network; 分类号 R551.3 [医药卫生—血液循环系统疾病]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	遗传基因组学(Genetical genomics)的研究进展	刘秀艳谢正苗陈惠哲	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2006	5	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于大脑不同区域的阿尔茨海默症基因表达数据分析	孔薇牟晓阳	《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心	2013	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	利用Lotka-Volterra方程建立大脑发育中基因的调控网络	郭波涛李辉智王文昌易东	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2007	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响	王倩王小钦陈燕珍赵光杰吴宛玲李念夷	《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2021	1	在线阅读下载PDF 职称材料