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反刍动物乳源microRNA分析技术研究进展
1
作者 孙同玉 荣飞飞 +1 位作者 高展 马涛 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期77-84,共8页
母乳不仅含有幼龄反刍动物生长必要的营养物质,还含有多种生物活性成分如微小核糖核酸(microRNA)。乳源microRNA存在于胞外囊泡之中,后者是一类脂质双分子层包裹的膜状结构,可以被宿主肠道细胞吸收,对幼龄反刍动物的生长发育起到调控作... 母乳不仅含有幼龄反刍动物生长必要的营养物质,还含有多种生物活性成分如微小核糖核酸(microRNA)。乳源microRNA存在于胞外囊泡之中,后者是一类脂质双分子层包裹的膜状结构,可以被宿主肠道细胞吸收,对幼龄反刍动物的生长发育起到调控作用,具有一定的抗逆性。分析乳源microRNA组成前通常要先提取胞外囊泡,主要采用差速离心法、密度梯度离心法和沉淀法,每种提取方法都有其优缺点,需要根据样本特点和试验条件选择合适的提取方法,提取到的胞外囊泡还需要经过电子显微镜、流式细胞术或纳米颗粒追踪分析等进行鉴定。乳源microRNA组成分析主要分为测序和生物信息分析两部分,前者需要选择合适的测序平台,后者主要包括数据质控、数据库比对、差异表达microRNA分析和microRNA功能预测等多个步骤,每个步骤都有多种类型分析软件可供选择,需要根据测序数据和分析软件的特点合理搭配分析方法,对测序数据进行精确且有效的信息挖掘。本文主要总结了近年来针对反刍动物乳源microRNA分析技术的研究进展,旨在为合理利用相应的技术研究乳源microRNA的组成和功能,从而有效调控幼龄反刍动物生长发育提供参考。 展开更多
关键词 反刍动物 乳汁 微小核糖核酸 小RNA测序
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Global Annotation of Small RNA and MicroRNA Mature Sequences from Developing Ovules of Gossypium hirsutum L.
2
作者 ABDURAKHMONOV Ibrokhim Y DEVOR Eric J BURIEV Zabardast T MAKAMOV Abdusalom SHERMATOV Shukhrat E ABDUKARIMOV Abdusattor 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2008年第S1期11-,共1页
The involvement of small RNAs in cotton fiber development is under explored.The objective of this work was to directly clone,annotate,and analyze small RNAs of developing ovules to reveal
关键词 Global Annotation of Small RNA and microrna Mature sequences from Developing Ovules of Gossypium hirsutum L RNA
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山羊肌肉组织microRNA Solexa测序与生物信息学分析 被引量：12
3
作者 凌英会 张晓东 +7 位作者 王丽娟 殷捷 向浩 李运生 张运海 张子军 丁建平 章孝荣 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期481-487,共7页
本研究旨在挖掘山羊肌肉组织miRNA,获取山羊肌肉组织miRNA表达谱并分析其生物学特征,为进一步研究特定miRNA参与山羊肌肉细胞的增殖与分化等生长发育机制奠定理论基础。从山羊肌肉组织中提取总RNA,分离、构建小片段RNA文库,利用Solexa... 本研究旨在挖掘山羊肌肉组织miRNA,获取山羊肌肉组织miRNA表达谱并分析其生物学特征,为进一步研究特定miRNA参与山羊肌肉细胞的增殖与分化等生长发育机制奠定理论基础。从山羊肌肉组织中提取总RNA,分离、构建小片段RNA文库,利用Solexa方法进行测序并进行生物信息学分析,最后利用q-PCR技术验证miRNA在山羊肌肉组织中的表达情况。共鉴定出517个物种间保守的和2个山羊基因组特有的miRNA。其中306个表达量在100以上。随机选择8个miRNA,利用q-PCR验证其在山羊肌肉组织中的表达情况,结果与测序结果一致。同时miRNA靶基因预测和功能分析表明,很多miRNA可能影响一些与动物肌肉发育相关的细胞信号通路。测序成功获取了山羊肌肉组织miRNA序列及其表达谱,山羊肌肉组织miRNA表达丰富且表达量各异。本研究也为进一步研究miRNA调控哺乳动物肌肉发育奠定了理论基础。 展开更多
关键词 山羊 肌肉 microrna 测序 特征
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利用深度测序技术检测玉米根系和叶片中已知的microRNAs 被引量：10
4
作者 陈洁 林海建 +6 位作者 潘光堂 张志明 张彪 沈亚欧 覃成 张谦 赵茂俊 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1175-1186,共12页
microRNA(miRNA)是一类具有20～24nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用。文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶... microRNA(miRNA)是一类具有20～24nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用。文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶片中已知miRNA的类型、丰度及靶基因进行了分析。研究发现,在根系中共检测到92个已知的miRNA,分别属于18个miRNA家族,其表达丰度在1～105943之间;在叶片中,共发现86个已知的miRNA,分别属于17个miRNA家族,其表达丰度在1～85973之间。靶基因预测结果表明,根系中的18个miRNA家族共靶向54个蛋白,进一步的功能预测发现,这些基因涉及了转录调控、物质能量代谢、电子传递、胁迫响应和信号转导等过程。以上研究结果表明,就已知的miRNA而言,无论是miRNA的类型还是表达丰度,在玉米根系和叶片中都存在较大差异。 展开更多
关键词 玉米 microrna 深度测序 丰度分析 靶基因预测
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基于microRNA测序分析miRNA在刺葡萄抗白腐病中的作用 被引量：7
5
作者 张颖 樊秀彩 +2 位作者 姜建福 李民 刘崇怀 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期143-152,共10页
【目的】在前期的种质资源评价过程中,发掘一株中国野生刺葡萄0943,该株系高抗葡萄白腐病。基于mi-croRNA(miRNA)在植物抗病中的重要作用,拟从miRNA水平探讨刺葡萄在受到病原菌侵染后的表达调控机制。【方法】以抗病的中国野生刺葡萄为... 【目的】在前期的种质资源评价过程中,发掘一株中国野生刺葡萄0943,该株系高抗葡萄白腐病。基于mi-croRNA(miRNA)在植物抗病中的重要作用,拟从miRNA水平探讨刺葡萄在受到病原菌侵染后的表达调控机制。【方法】以抗病的中国野生刺葡萄为试材,对比感病的欧亚种'美人指’,分别以病原菌诱导,在0 hpi(hours post inoculation)和病菌诱导后的12 hpi、36 hpi处理后采样,进行二代测序,并对数据进行KEGG及表达量的差异分析。【结果】对比感病葡萄'美人指’,分析了抗病刺葡萄在基础代谢和抗病途径中的差异,结合miRNA的表达量,获得了150个表达量发生变化的miRNA,其中44个miRNA的表达在刺葡萄和'美人指’之间存在差异。5个miRNA在刺葡萄中特异表达,但是在'美人指’中不表达,实施定量验证了这一结果。靶基因预测显示,其靶基因包括与抗病的紧密相关的WRKY、SPL、EFR等转录因子,还包括与抗病直接相关的LRR类的抗病基因。【结论】筛选出5个在刺葡萄上特异表达候选miRNA(miR172a、miR172b、miR845a、novel_81和miR159a),可作为刺葡萄抗白腐病研究的目标。 展开更多
关键词 葡萄白腐病 microrna 抗病 测序
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绵羊不同部位脂肪组织microRNA高通量测序及生物信息学分析 被引量：8
6
作者 张方 胡子乔 +5 位作者 景炅婕 潘洋洋 乔利英 李宝钧 刘建华 刘文忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1093-1101,共9页
本研究旨在挖掘绵羊不同脂肪组织中特异表达的miRNAs。构建肾周(PEF)、皮下(SUF)和尾部(TAF)脂肪组织的3个小RNA文库,利用Solexa测序技术进行测序,用Stem-loop qRT-PCR技术和生物信息学方法对测序结果进行验证和分析。结果表明,8个随机... 本研究旨在挖掘绵羊不同脂肪组织中特异表达的miRNAs。构建肾周(PEF)、皮下(SUF)和尾部(TAF)脂肪组织的3个小RNA文库,利用Solexa测序技术进行测序,用Stem-loop qRT-PCR技术和生物信息学方法对测序结果进行验证和分析。结果表明,8个随机选择的miRNAs中有7个miRNAs的表达与测序结果一致。在肾周和皮下脂肪组织的sRNA文库中分别检测到128和112个保守miRNAs,分别发现198和196个新miRNAs。结合前期在尾脂中检测到miRNAs的分析结果,肾周脂肪中特异表达的有12个保守的和66个新miRNAs;皮下脂肪中特异表达的保守和新miRNAs分别为1个和30个;尾脂中特异表达的保守和新miRNAs分别为1个和34个。上述结果将为进一步研究miRNA调控绵羊的脂肪代谢提供科学依据。 展开更多
关键词 绵羊 脂肪组织 microrna Solexa测序 生物信息学方法
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高通量技术挖掘猪microRNA的研究进展 被引量：5
7
作者 吴望军 陈杰 +1 位作者 黄瑞华 刘红林 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1857-1866,共10页
microRNA(miRNA)是一类功能强大的小RNA分子,大量的研究表明miRNA在生物的各种生命活动中发挥着重要的作用。本文首先对miRNA的发现、生成与作用机制进行了简单的阐述,并对测序技术的发展历史与新一代测序技术的出现进行了回顾;之后重... microRNA(miRNA)是一类功能强大的小RNA分子,大量的研究表明miRNA在生物的各种生命活动中发挥着重要的作用。本文首先对miRNA的发现、生成与作用机制进行了简单的阐述,并对测序技术的发展历史与新一代测序技术的出现进行了回顾;之后重点对高通量miRNA芯片技术与深度测序技术在猪miRNA研究中的应用进行了综述,并对未来miRNA的研究重点进行了展望。 展开更多
关键词 microrna MIRNA芯片 深度测序 猪
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核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证 被引量：6
8
作者 罗晓燕 侍婷 +1 位作者 蔡斌 高志红 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第2期75-81,共7页
microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs... microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20～23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。 展开更多
关键词 microrna 生物信息学预测 李属 核果类果树 表达序列标签 基因组勘测序列
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牛多个组织microRNA Solexa测序与生物信息学分析 被引量：3
9
作者 刘飞 杨继业 +10 位作者 孙志颖 胡鑫 李娟 孔令娜 梁瑞圆 宋振宇 张路培 陈燕 高雪 李俊雅 孙少华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第6期1409-1416,共8页
本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础。运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析... 本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础。运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析。随机选取了一条成熟miRNA:bta-miR-2346-5p和两条新预测的miRNAs:novel_miR-48和novel_miR-86,采用茎环RT-PCR进行验证。共鉴定了604条miRNAs,其中429条为牛的已知miRNAs,175条为新预测的miRNAs。通过茎环RT-PCR发现选取的这3条miRNAs在背最长肌、心肌、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠中均有表达,证明了高通量测序结果的准确性。本试验得到的数据在一定程度上丰富了牛miRNA的数量和种类,为后续牛或其他物种的miRNA相关生物学研究提供了更加详实的信息。 展开更多
关键词 牛 多组织 microrna 高通量测序
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基于miRNA测序技术探讨艾灸治疗骨质疏松模型大鼠的分子机制
10
作者 崔露 李萧 +4 位作者 李杏 陈小丽 胡笑燊 周海燕 李享 《中国比较医学杂志》 北大核心 2025年第6期22-34,共13页
目的基于微小RNA(micro-RNA,miRNA)高通量测序技术,探究艾灸改善骨质疏松模型大鼠的分子机制。方法18只雌性SD大鼠随机分为假手术(SO)组(6只)和手术组(12只)。手术组以去卵巢手术法制备骨质疏松症(osteoporosis,OP)模型,将造模成功的12... 目的基于微小RNA(micro-RNA,miRNA)高通量测序技术,探究艾灸改善骨质疏松模型大鼠的分子机制。方法18只雌性SD大鼠随机分为假手术(SO)组(6只)和手术组(12只)。手术组以去卵巢手术法制备骨质疏松症(osteoporosis,OP)模型,将造模成功的12只大鼠随机分为模型(OVX)组和艾灸(MOX)组,每组6只。艾灸组大鼠艾灸双侧“肾俞”“关元”穴,每天1次,每天20 min,持续12周。Micro-CT扫描大鼠股骨并成像,分析骨小梁厚度(trabecular thickness,Tb.Th)、骨小梁分离度(trabecular separation,Tb.Sp)、骨体积分数(bone volume/total volume,BV/TV);HE染色观察大鼠胫骨组织形态;ELISA法检测血清碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)、骨钙素(osteocalcin,OCN)含量;随机挑选3只大鼠的右胫骨进行miRNA高通量测序,筛选差异表达的miRNA,并对差异表达miRNA进行功能富集分析与靶基因预测。结果Micro-CT图像显示艾灸组骨密度优于模型组,与模型组比较,艾灸组骨小梁厚度显著增加,骨体积分数显著上升,骨小梁分离度显著下降(P<0.05);ELISA结果表明,与模型组比较,艾灸组血清ALP活性显著降低,血清OCN含量显著上升(P<0.05);miRNA测序结果显示模型组上调基因与干预后下调基因共同表达34个,模型组下调与干预后上调基因共同表达15个。KEGG通路富集分析结果显示,差异基因的表达主要富集于MAPK、Ras、FoxO、TNF、癌症中的miRNA等信号通路途径。对显著性最高的前5个差异miRNA(miR-153-5p、miR-201-5p、miR-449c-5p、miR-451-3p、miR-153-3p)的靶基因预测得到10个主要靶点(Ebf2、Rtn4、Fbxl3、Naa15、Vamp2、Daam1、Akap6、Camta1、Ptprz1、Lamp1)。结论艾灸能够延缓OP病程、改善骨微结构、平衡骨代谢,这种治疗作用可能通过调控miRNA及其靶基因表达来实现,更详细的机制有待进一步探索。 展开更多
关键词 骨质疏松症 艾灸 miRNA测序 生物信息学分析
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唐氏综合征胎儿脐带血单个核细胞microRNA差异表达研究 被引量：2
11
作者 李武县 徐勇 +4 位作者 李紫微 乔王敏 曾君 戴勇 涂植光 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第19期1944-1948,共5页
目的检测唐氏综合征(Down syndrome,DS)胎儿和正常胎儿脐带血单个核细胞全基因组microRNA(miRNA)的差异表达。方法运用Solexa高通量测序技术对6例DS胎儿(DS组)和6例正常胎儿(对照组)脐带血单个核细胞miRNA表达水平进行检测,比较分析2组m... 目的检测唐氏综合征(Down syndrome,DS)胎儿和正常胎儿脐带血单个核细胞全基因组microRNA(miRNA)的差异表达。方法运用Solexa高通量测序技术对6例DS胎儿(DS组)和6例正常胎儿(对照组)脐带血单个核细胞miRNA表达水平进行检测,比较分析2组miRNA表达的差异,并用Stem-loop qRT-PCR对Solexa测序结果进行验证。结果 2组样本显著性差异表达miRNA有167种,8种miRNA在DS组样本中表达上调,159种miRNA表达下调;还有38种和139种miRNA分别特异性表达于DS组和对照组样本中;21号染色体上5个miRNA,除miR-802在DS组中高表达外,miR-99a、let-7c、miR-125b和miR-155均低表达。结论 DS胎儿和健康胎儿脐带血单个核细胞miRNA的表达差异显著,可能与DS胎儿免疫系统的发育缺陷及DS胎儿循环T、B淋巴细胞数目的减少有关;差异显著和特异性表达的miRNA可作为DS胎儿潜在的产前筛查诊断指标。 展开更多
关键词 微RNAS 唐氏综合征 胎血 Solexa测序
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泡桐的microRNAs及其功能预测 被引量：2
12
作者 牛苏燕 范国强 +2 位作者 赵振利 邓敏捷 董焱鹏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期77-82,共6页
以不同种（品种）泡桐叶片为材料，利用第二代高通量测序技术和生物信息学方法构建泡桐小RNA（sRNA）文库，并对其microRNA（miRNA）靶基因功能进行分析。结果表明：在得到的87066707条高质量reads中，能与泡桐转录组完全匹配的有41399... 以不同种（品种）泡桐叶片为材料，利用第二代高通量测序技术和生物信息学方法构建泡桐小RNA（sRNA）文库，并对其microRNA（miRNA）靶基因功能进行分析。结果表明：在得到的87066707条高质量reads中，能与泡桐转录组完全匹配的有41399208条，占高质量序列的47．55％。sRNA长度主要分布在20—25nt之间，其中，长度为24nt的数量最多，其次为21nt的sRNA。鉴定出的44个保守miRNA分属于14个不同miRNA家族，并且不同miRNA家族的miRNA成员数量也存在差异。对鉴定出的27个新miRNA进行靶基因预测及功能分析，结果为阐明miRNAs在泡桐生长发育过程中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 泡桐 microrna 高通量测序 功能分析
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蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测 被引量：1
13
作者 高飞 孙鹏 +5 位作者 陈静 李章磊 张孜宸 李华云 王宁 周宜君 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期485-494,共10页
蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。... 蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。MicroRNA（miRNA）是一类长度约为21个核苷酸的内源性非编码小分子RNA,在植物生长发育和逆境应答等生物学过程中发挥着重要的调控作用。目前,许多植物物种的miRNAs已经获得鉴定,但未见蒙古沙冬青miRNAs的相关报道。文章应用高通量测序和生物信息学分析方法对蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的类型、表达丰度以及靶基因进行了分析和预测。共鉴定了10个家族的19种保守miRNAs,其表达丰度介于55~1920269个拷贝之间。通过在线软件psRNATarget预测了其中14个保守miRNAs的靶基因。对于这些靶基因的功能分析表明,蒙古沙冬青的保守 miRNA 主要通过转录调控、激素信号途径、物质代谢和胁迫应答等生物学过程参与植物生长发育和环境响应。 展开更多
关键词 蒙古沙冬青 micrornaS 高通量测序 靶基因预测
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高通量测序技术筛选口腔扁平苔藓患者组织中microRNAs的差异表达谱及分析 被引量：2
14
作者 刘健 李天翠 +3 位作者 吴景景 姚曼曼 许彦枝 李京哲 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期768-772,共5页
目的:通过高通量测序筛选口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)患者和正常人口腔黏膜组织中差异表达的微小RNA(miRNAs),探讨miRNAs在OLP发病机制中的作用。方法:收集3例就诊于河北医科大学第四医院口腔科的OLP患者病变组织(P组)和3例... 目的:通过高通量测序筛选口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)患者和正常人口腔黏膜组织中差异表达的微小RNA(miRNAs),探讨miRNAs在OLP发病机制中的作用。方法:收集3例就诊于河北医科大学第四医院口腔科的OLP患者病变组织(P组)和3例正常口腔黏膜组织(N组),进行illumina高通量测序,筛选差异表达的miRNAs,利用生物信息学分析对差异最显著的6个miRNA进行靶基因预测和功能富集分析。结果:应用DESeq软件,筛选出两组间差异表达的miRNAs共61个(|log2FoldChange|>1,P<0.05),其中表达上调的23个,下调的38个。选择上调(miR-449c-5p、miR-663b和miR-196a-5p)和下调(miR-133b、miR-1-3p和miR-133a-3p)最显著的miRNA各3个进行靶基因预测,GO分析显示这些靶基因主要富集在细胞膜区域,可能参与了细胞迁移、分化、代谢和分泌调节等生物过程,KEGG分析显示这些靶基因显著富集在MAPK、Rap1、NF-κB、Ras等信号通路上。结论:OLP和正常口腔黏膜之间存在差异表达的miRNA,这些miRNA可通过SEMA3F、HECW1、POLDIP等靶基因作用于MAPK、NF-κB、Rap1等通路,参与OLP的发生发展。 展开更多
关键词 口腔扁平苔藓 高通量测序 微小RNA 生物信息学分析
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中国汉族帕金森病人microRNA-7变异分析(英文)
15
作者 张学伟 郭纪锋 +12 位作者 艾三喜 胡雅岑 孙启英 徐倩 吕占云 李凯 董晓丽 沈璐 江泓 潘乾 夏昆 严新翔 唐北沙 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1189-1192,共4页
目的:调查中国大陆帕金森病(Parkinson’s disease,PD)患者microRNA-7基因的变异。方法:对225例汉族PD患者应用DNA测序技术进行microRNA-7基因突变分析。结果:在本组PD患者中未发现microRNA-7变异。结论:MicroRNA-7基因突变不是导致中... 目的:调查中国大陆帕金森病(Parkinson’s disease,PD)患者microRNA-7基因的变异。方法:对225例汉族PD患者应用DNA测序技术进行microRNA-7基因突变分析。结果:在本组PD患者中未发现microRNA-7变异。结论:MicroRNA-7基因突变不是导致中国人群罹患PD的主要因素。 展开更多
关键词 帕金森病 microrna-7基因 基因突变 DNA测序
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大规模平行测序技术筛选人肾细胞癌组织中差异表达microRNAs及其验证
16
作者 翟庆娜 周亮 +3 位作者 余振东 唐爱发 王勇 桂耀庭 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期306-310,共5页
目的:以大规模平行测序技术(massively parallel signature sequencing,MPSS)筛选人肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)和癌旁组织中差异表达的microRNAs(miRNAs),并验证差异表达miRNAs之一的miR-660在人RCC中的表达。方法:MPSS检测10... 目的:以大规模平行测序技术(massively parallel signature sequencing,MPSS)筛选人肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)和癌旁组织中差异表达的microRNAs(miRNAs),并验证差异表达miRNAs之一的miR-660在人RCC中的表达。方法:MPSS检测10例RCC组织及相应癌旁组织中miRNAs的表达,筛选RCC组织中差异表达miRNAs。RT-PCR检测5例RCC与癌旁组织中miR-660的表达,qPCR检测40例RCC与癌旁组织中miR-660的表达。结果:MPSS结果显示,RCC组织中283个miRNAs表达下调,187个表达上调,其中miR-660在RCC组织中表达量是癌旁组织的17.5%。RT-PCR初步验证了此结果;qPCR验证结果显示,40例RCC组织中33例miR-660表达显著低于癌旁组织,RCC组织中miR-660平均表达量是癌旁的19.5%。结论:人RCC组织中283个miRNAs表达下调、187个上调。miR-660在RCC组织中低表达,有可能成为RCC诊断及治疗的新靶点。 展开更多
关键词 肾细胞癌 micrornaS 大规模平行测序技术 miR-660
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转录物组学研究揭示miR⁃3910促进神经母细胞瘤进展
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作者 李佳佳 贾艳梅 +3 位作者 刘玉玲 刘菲 王惠茹 陈利荣 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第7期1019-1030,共12页
神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)作为儿童最常见的颅外实体肿瘤,其高度恶性特征和不良预后亟待深入研究。近年来,微小RNA(miRNA)作为重要的转录后调控分子,在肿瘤发生发展中发挥关键作用。基于上述背景,本研究将重点关注miR-3910,探讨其... 神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)作为儿童最常见的颅外实体肿瘤,其高度恶性特征和不良预后亟待深入研究。近年来,微小RNA(miRNA)作为重要的转录后调控分子,在肿瘤发生发展中发挥关键作用。基于上述背景,本研究将重点关注miR-3910,探讨其在NB细胞系SH-SY5Y中的生物学功能以及其分子调控机制。通过生物信息学分析和转录物组测序技术,我们发现了miR-3910的潜在关键靶分子,从而为NB的精准诊断和有效治疗提供基因靶点。在本研究中,运用qRT-PCR检测转染mimic nc与miR-3910 mimic后的SH-SY5Y细胞中miR-3910表达水平,与nc组相比,mimic组的SH-SY5Y细胞中miR-3910表达显著上调(P<0.01);采用CCK-8法和细胞划痕试验定量分析miR-3910对细胞增殖与迁移能力的影响,细胞增殖能力在48 h显著提高(P<0.05),迁移能力在48 h明显增强(P<0.01);借助流式细胞术测定miR-3910对细胞周期进程的作用,细胞周期进展加速,G_(0)/G_(1)期细胞百分数减少(P<0.01),S期细胞显著增加(P<0.05)。综合生物信息学分析及高通量转录物组测序技术预测miR-3910过表达后SH-SY5Y细胞中的关键分子变化。经转录物组测序及生物信息学分析,筛选出EIF3CL(EIF3C)、RNF103-CHMP 3(VPS24)、SULT1A 4(SULT1A4)、CORO7-PAM 16(CORO7)、H4C 12(Histone H4)、TBC1D 3(TBC1D3A/B/C)等6个(别名来自GeneCards数据库)与NB相关基因,且qRT-PCR和Western印迹验证结果与测序结果一致(P<0.01)。综上所述,miR-3910过表达显著促进SH-SY5Y细胞的增殖、迁移及周期进展,并揭示了一系列潜在的靶向关键分子,为深入理解NB发病机制提供了新视角,为NB的分子靶向治疗提供理论依据和潜在干预靶点。 展开更多
关键词 神经母细胞瘤 微RNA-3910 SH-SY5Y 转录物组测序 生物信息学分析
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新一代测序技术应用于microRNA检测 被引量：9
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作者 汤海明 陈红 +2 位作者 张静 任景怡 许宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期784-792,共9页
MicroRNAs（miRNAs）是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA（~22nt）,在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年... MicroRNAs（miRNAs）是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA（~22nt）,在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年来飞速发展的新一代测序技术在miRNA检测方面具有重要的应用。文章简要介绍了新一代测序技术3大平台的基本步骤和原理,测序数据的生物信息学分析方法以及新一代测序技术在miRNA方向的主要应用。相比于传统的miRNA检测方法,新一代测序技术具有通量高、对遗传物质检测完全且准确度高,可重复性好等优点,在探索新miRNA、miRNA互补链、miRNA编辑、miRNA异构体检测以及miRNA靶基因检测等方面具有巨大优势。随着新一代测序技术的不断发展,测序成本不断降低,在未来几年,新一代测序技术的使用率或将大大增加。新一代测序技术的不断应用将进一步促进人类对于miRNA在各种生理病理过程中的功能和调控的认识。 展开更多
关键词 micrornas(miRNAs)检测 新一代测序技术 新miRNA检测 miRNA靶基因检测
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PRL促进乳腺癌细胞增殖及与microRNA表达谱变化的相关性研究 被引量：1
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作者 何伟 魏钦俊 +3 位作者 刘然 姚俊 鲁雅洁 曹新 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期303-307,共5页
目的:探讨基于催乳素(prolactin,PRL)反应的人乳腺癌细胞microRNA(miRNA)表达谱变化,以了解其在乳腺癌发生和发展中的潜在作用。方法:人重组PRL处理高表达催乳素受体(PRLR)的人乳腺癌T-47D细胞系,MTT法检测细胞增殖能力变化,流式细胞术... 目的:探讨基于催乳素(prolactin,PRL)反应的人乳腺癌细胞microRNA(miRNA)表达谱变化,以了解其在乳腺癌发生和发展中的潜在作用。方法:人重组PRL处理高表达催乳素受体(PRLR)的人乳腺癌T-47D细胞系,MTT法检测细胞增殖能力变化,流式细胞术检测细胞周期和凋亡变化情况。利用Solexa高通量测序技术检测PRL处理组和未处理组的T-47D细胞miRNAs表达谱,荧光定量PCR法进行初步验证,同时进行相关的生物信息学分析。结果:PRL作用于T-47D细胞后,MTT结果显示细胞增殖能力增强,细胞周期检测结果表明PRL处理后,G1期的细胞比例减少,S期的细胞比例升高,而G2/M期没有变化。细胞凋亡分析结果则显示PRL可抑制细胞凋亡,导致细胞凋亡率下降。通过Solexa高通量测序技术成功检测了PRL处理和未处理组的人乳腺癌T-47D细胞miRNA表达谱,两组中分别检测到821个和798个miRNAs成熟体,其中428个共表达,42个为两组间明显差异表达。选取的4个miRNAs分子经荧光定量PCR法证实其细胞内的表达与测序结果一致。两组miRNA表达谱中同时也检测到86个和115个novel miRNAs成熟体,其中46个novel miRNAs在两组细胞中共表达。结论:在初期实验明确PRL对人乳腺癌T-47D细胞产生促增殖作用的基础上,利用Solexa高通量测序技术检测两类T-47D细胞miRNAs表达谱,获得了一系列与PRLR信号通路高度相关的miRNAs分子,为进一步研究miRNAs分子在人乳腺癌发生发展中的作用奠定重要的研究基础。 展开更多
关键词 乳腺癌 Solexa高通量测序 催乳素 microrna
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花生荚果发育过程中的microRNA鉴定与表达分析 被引量：2
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作者 胡冬秀 刘浩 +2 位作者 洪彦彬 梁炫强 陈小平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期613-625,共13页
花生(Arachis hypogaea L.)是典型“地上开花、地下结果”的作物,为从转录后调控水平解析此独特的果实发育现象,本文应用small RNA测序技术研究荚果发育11个时期果壳及种子中的microRNA及其靶基因。通过测序分别获得212个已知的microRNA... 花生(Arachis hypogaea L.)是典型“地上开花、地下结果”的作物,为从转录后调控水平解析此独特的果实发育现象,本文应用small RNA测序技术研究荚果发育11个时期果壳及种子中的microRNA及其靶基因。通过测序分别获得212个已知的microRNA和112个新microRNA,其中,已知microRNA包括197个保守microRNA和15个花生特异microRNA,新microRNA来自62个新的microRNA前体序列。表达分析发现,67个microRNA及其靶基因在荚果发育的11个时期存在时空特异性表达,部分microRNA的表达量积累阶段性调节果壳与种子的发育,表明microRNA参与了花生荚果暗发育的整个过程。此外,对28个microRNA与30个靶基因进行荧光定量PCR验证发现,microRNA和靶基因的表达趋势与测序结果基本一致。本研究通过对花生荚果不同发育时期的果壳和种子进行small RNA测序,鉴定参与调控花生荚果膨大相关的microRNA,为研究黑暗条件下植物果实发育的调控机制与花生遗传改良奠定理论基础。 展开更多
关键词 花生 荚果发育 small RNA测序 microrna 靶基因
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