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HSVd靶向性ds-sRNA对感病番茄miRNA表达影响的分析
1
作者 李经纬 唐文琨 +2 位作者 严溢 王娅 张万萍 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第2期262-274,共13页
序列与类病毒基因组一致的外源ds-sRNA可在短时间内沉默类病毒基因组,miRNAs广泛参与基因表达调控,在这一生物过程中发挥重要作用。为了挖掘参与外源ds-sRNA沉默类病毒基因组的核心miRNAs,通过对感染啤酒花矮化类病毒(HSVd)的番茄植株... 序列与类病毒基因组一致的外源ds-sRNA可在短时间内沉默类病毒基因组,miRNAs广泛参与基因表达调控,在这一生物过程中发挥重要作用。为了挖掘参与外源ds-sRNA沉默类病毒基因组的核心miRNAs,通过对感染啤酒花矮化类病毒(HSVd)的番茄植株外源施用靶向基因组不同分区的dssRNA,并在施用后不同时间段测定类病毒全基因组滴度,确定靶向HSVd中央保守区的ds-sRNA施用36 h对HSVd沉默效率最佳。基于最佳处理,对样本进行miRNA-seq、降解组测序以及关键miRNAs的实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果表明,与ddH2O处理对照相比,miRNA-seq中检出参与调控植物抗性的sly-MIR10528-p3和参与调控基因沉默的ptc-miR162a_R+1的表达量变化显著,qRT-PCR检出目标miRNA表达趋势与测序数据一致;降解组检测中,sly-MIR10528-p3和ptc-miR162a_R+1的表达趋势与miRNA-seq检测结果基本一致,另外检出参与调控病毒防御的sly-miR162、调控非生物胁迫抗性的vvi-miR3630-3p_L-2R-1_1ss21AT和参与调控基因沉默的bna-MIR169c-p3_2ss12GC17TG的表达量变化显著。本次检测共获得52个显著差异表达的新miRNA信息。本研究结果可为番茄抗病育种和分子药物开发提供新的理论基础和技术支持。 展开更多
关键词 番茄 啤酒花矮化类病毒 靶向性ds-sRNA mirna-seq 降解组测序
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藏鸡胚胎不同发育阶段腿肌组织中miRNA的分析及鉴定
2
作者 李志毅 李洁 +5 位作者 陈楚雯 农意 王佳燕 王孜 吴锦波 李志雄 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1681-1693,共13页
【目的】探索藏鸡胚胎期与骨骼肌生长发育相关的微小RNA(miRNA),对其进行差异表达分析并构建miRNA-mRNA调控网络,为进一步了解miRNA在鸡肌肉生长发育过程中的调控机制提供理论基础。【方法】采集藏鸡胚胎期第10(E10)、14(E14)、18(E18)... 【目的】探索藏鸡胚胎期与骨骼肌生长发育相关的微小RNA(miRNA),对其进行差异表达分析并构建miRNA-mRNA调控网络,为进一步了解miRNA在鸡肌肉生长发育过程中的调控机制提供理论基础。【方法】采集藏鸡胚胎期第10(E10)、14(E14)、18(E18)天腿肌组织进行转录组测序。通过生物信息学分析筛选出在3个日龄中均差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA进行GO功能与KEGG通路富集分析,筛选与肌肉发育相关的mRNA和miRNA构建mRNA-miRNA调控网络,并随机选择6个差异表达的miRNAs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】共有52个miRNAs在E10和E14中差异表达,137个miRNAs在E10和E18中差异表达,33个miRNAs在E14和E18中差异表达,有8个miRNAs在3个藏鸡不同时期胚胎腿肌中均差异表达。GO功能富集结果显示,与骨骼肌生长发育相关的条目有肌动蛋白结合、肌原纤维的组装、肌动球蛋白结构组织和基于肌动蛋白丝的过程、肌纤维膜等。KEGG通路富集结果发现,大量基因显著富集到与细胞的黏附、生存、迁移、增殖、代谢和分化、免疫调节等生物学功能有关的信号通路中。miRNA-mRNA调控网络结果显示,miRNA-210a-3p-MYO1D/PDLIM3、miRNA-1662-DMD/SYNM、miRNA-184-3p-FHOD1等相互调控可能在鸡胚胎期肌肉生长发育过程中起重要作用。研究筛选出miRNA-133c-3p、miRNA-184-3p、miRNA-1662、miRNA-210a-3p、miRNA-1a-3p等miRNAs可能参与肌肉生长发育的过程。实时荧光定量PCR验证结果显示,6个miRNAs的表达趋势与转录组测序结果相一致。【结论】本研究共测得222个差异表达的miRNAs,其中有8个miRNAs在3个日龄中均差异表达,为后续miRNA在调控鸡胚胎时期肌肉生长发育的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 藏鸡 胚胎期 肌肉发育 MIRNA 转录组测序
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雌雄蕊原基分化期低温胁迫下2个小麦品种幼穗miRNA表达谱分析 被引量：2
3
作者 张自阳 王斌 +4 位作者 王智煜 王志伟 朱启迪 茹振钢 刘明久 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期81-94,共14页
为探讨春季低温(倒春寒)胁迫下抗倒春寒能力不同的小麦品种相关miRNA及其响应规律,提供miRNA的表达谱和差异表达miRNA的信息,揭示差异表达miRNA在小麦抗倒春寒中的作用,采用高通量测序(Small RNA-seq)技术对雌雄蕊原基分化期0℃低温胁迫... 为探讨春季低温(倒春寒)胁迫下抗倒春寒能力不同的小麦品种相关miRNA及其响应规律,提供miRNA的表达谱和差异表达miRNA的信息,揭示差异表达miRNA在小麦抗倒春寒中的作用,采用高通量测序(Small RNA-seq)技术对雌雄蕊原基分化期0℃低温胁迫72 h及未低温处理(对照)的矮抗58(AK58)和郑麦366(ZM366)幼穗进行测序,通过生物信息学分析,以padj<0.05且|log2(Fold_change)|≥1为条件,筛选低温胁迫下差异表达显著的miRNA,利用psRobot(v1.2)对差异表达miRNA靶基因进行预测,然后对差异表达显著miRNA的靶基因进行GO富集分析和KEGG Pathway分析。结果表明,小麦幼穗测序共鉴定到112类miRNA,分属于38个不同的MIRNA家族。AK58、ZM366分别鉴定出85,88个差异表达miRNA,AK58有27个miRNA表达有显著差异,其中23个显著上调表达,4个显著下调表达,差异表达极显著的miRNA为2个,分别是tae-miR9672b、tae-miR9672a-3p;ZM366有48个差异表达显著的miRNA,13个显著上调表达,35个显著下调表达,差异表达极显著的miRNA为4个,分别为tae-miR9672b、tae-miR9672a-3p、tae-miR6201、tae-miR9674b-5p。对低温胁迫下AK58与ZM366差异表达的miRNA进行靶基因预测,AK5885个差异表达miRNA对应848个靶基因;ZM36688个差异表达miRNA对应6537个靶基因。GO功能富集分析结果显示,AK58差异表达miRNA靶基因有20个生物学过程、6个细胞成分、6个分子功能类别极显著富集(FDR<0.01);ZM366有10个生物学过程、14个细胞成分、19个分子功能类别极显著富集(FDR<0.01)。对2个小麦品种幼穗中差异表达miRNA靶基因进行KEGG代谢通路(Pathway)富集分析,AK58差异表达miRNA靶基因显著富集(P<0.05)到RNA聚合酶,嘌呤代谢,嘧啶代谢,光合生物固碳途径,自噬,托烷、哌啶和吡啶生物碱的生物合成,核苷酸切除修复,错配修复,DNA复制,核糖体,烟酸和烟酰胺代谢11个代谢通路;ZM366差异表达miRNA靶基因显著富集(P<0.05)在植物-病原互作,植物昼夜节律,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,细胞周期,苯丙氨酸代谢,苯丙烷生物合成,RNA聚合酶,植物激素信号转导,氰胺酸代谢,次生代谢产物的生物合成,光合生物中碳固定,丙酮酸代谢,类胡萝卜素生物合成13个代谢通路。miRNA调控mRNA参与小麦应答低温胁迫中,小麦可能通过miRNA171a、miRNA156、miRNA398等多个miRNA的介导调控来抵御倒春寒胁迫,植物昼夜节律代谢途径可能与低温胁迫密切相关。2个小麦品种抗倒春寒能力不同的原因可能与miRNA调控光形态建成转导途径和开花过程的靶基因表达模式不同有关。 展开更多
关键词 小麦 幼穗 低温胁迫 RNA-seq MIRNA
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一种高通量自动化血浆miRNA文库构建方法及其跨批次性能评估 被引量：1
4
作者 么欣彤 孙善月 +2 位作者 刘雅晴 石乐明 郑媛婷 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期425-434,共10页
目的建立一种适用于低起始量血浆样本的高通量(96样本/批次)、自动化miRNA文库构建方法,并系统评估该方法的可靠性与跨批次一致性。方法基于PerkinElmer公司的NEXTFLEX^(■)small RNA-seq试剂盒和Sciclone^(■)NGSx液体工作站,建立自动... 目的建立一种适用于低起始量血浆样本的高通量(96样本/批次)、自动化miRNA文库构建方法,并系统评估该方法的可靠性与跨批次一致性。方法基于PerkinElmer公司的NEXTFLEX^(■)small RNA-seq试剂盒和Sciclone^(■)NGSx液体工作站,建立自动化miRNA文库构建方法。制备3类血浆参考物质(分别来自健康男性、健康女性和糖尿病患者)模拟临床血浆样本,并使用自动化建库方法进行4个批次文库构建实验。从miRNA检出种类、绝对定量、不同样本间相对定量及差异表达分析等层面评估方法性能及跨批次一致性。结果miRNA检出种类一致性:批次内和批次间并交比(Jaccard index)分别为0.61和0.62;miRNA表达水平绝对定量一致性:批次内和批次间Pearson相关系数平均值均为0.96;两个不同样本间相对定量水平在不同批次间的相关系数平均值为0.74,且超过60%的差异表达miRNA可在多个批次中检出。结论本研究建立了一种高通量自动化血浆miRNA文库构建方法,具有良好的批次内性能和跨批次一致性,可用于大型队列血浆miRNA文库构建实验。 展开更多
关键词 二代测序 miRNA测序技术(mirna-seq) 文库构建 性能评估 跨批次一致性
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摄食不同种类饵料的鲤肝脏组织miRNA表达谱分析及验证 被引量：1
5
作者 罗杰 杨淞 +5 位作者 杜杰 刘巧 杜宗君 杨世勇 李胜杰 赵柳兰 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2020年第1期31-37,共7页
MicroRNA(miRNAs)是一类长度为18-25nt的内源性非编码单链小RNA,参与细胞增殖与凋亡、免疫、脂肪代谢等过程。本试验以三组投喂不同类型饵料的鲤(Cyprinus carpio)肝脏为研究材料,通过HiSeq 2500深度测序技术和生物信息学分析miRNA,鉴定... MicroRNA(miRNAs)是一类长度为18-25nt的内源性非编码单链小RNA,参与细胞增殖与凋亡、免疫、脂肪代谢等过程。本试验以三组投喂不同类型饵料的鲤(Cyprinus carpio)肝脏为研究材料,通过HiSeq 2500深度测序技术和生物信息学分析miRNA,鉴定出235个已知miRNAs。三种饵料组共表达的差异miRNAs有13个,随机挑选5个miRNA并采用qPCR进行验证,表达趋势在qRT-PCR结果和RNA测序结果中高度相似;对13个共表达的差异表达miRNAs进行靶基因预测,共预测到靶基因530个。对预测靶基因进行KEGG通路分析,结果显示参与2-羰基羧酸代谢,糖基磷脂酰肌醇(GPI)-锚定生物合成,柠檬酸循环(TCA循环)等通路的调节。本研究首次了解鲤摄食不同种类饵料的miRNAs表达特征,可以为深入了解miRNA对鲤摄食不同种类饵料过程的调控作用奠定基础。 展开更多
关键词 鲤(Cyprinus carpio) miRNA测序 饵料 肝脏 差异表达miRNA
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拟南芥ago1-27突变体的RNA-seq分析 被引量：4
6
作者 马轩 李盛本 +2 位作者 莫蓓莘 曹晓风 陈雪梅 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期27-32,共6页
miRNA在植物生长发育和环境适应等方面起着极为重要的作用.本研究对拟南芥ago1-27突变体进行了RNA-seq,鉴定到几千个差异表达基因,并且miRNA靶基因倾向于在ago1-27中表达上调.ago1-27 RNA-seq结合降解组分析鉴定到新的miRNA靶基因,如miR... miRNA在植物生长发育和环境适应等方面起着极为重要的作用.本研究对拟南芥ago1-27突变体进行了RNA-seq,鉴定到几千个差异表达基因,并且miRNA靶基因倾向于在ago1-27中表达上调.ago1-27 RNA-seq结合降解组分析鉴定到新的miRNA靶基因,如miR396靶向半胱氨酸蛋白酶基因和miR167靶向编码AT-hook DNA结合蛋白的基因等. 展开更多
关键词 植物生物化学 MIRNA ago1-27基因 RNA-SEQ 降解组 靶基因 拟南芥
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水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定 被引量：1
7
作者 马轩 莫蓓莘 曹晓风 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2017年第3期55-58,共4页
microRNA(miRNA)在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.研究发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达.此外,对水稻降解... microRNA(miRNA)在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.研究发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达.此外,对水稻降解组数据的分析鉴定到一些新的miRNA靶基因,包括2个新的miR444靶基因,它们分别编码WD40蛋白和热休克因子型DNA结合蛋白. 展开更多
关键词 水稻 小RNA测序 降解组 MIRNA 靶基因
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鸭胚胎期胸肌miRNA-mRNA的关联分析
8
作者 顾丽红 林哲敏 +2 位作者 邢漫萍 刘圈炜 叶保国 《中国家禽》 北大核心 2017年第6期5-10,共6页
miRNA与mRNA互作关系研究是构建骨骼肌发育调控网络的基础。研究利用北京鸭胚胎期不同孵化时间胸肌组织的差异miRNA和mRNA数据进行miRNA和mRNA的关联分析。结果显示:①E13-E19间有43个miRNA和22个mRNA关联到一起,E27-E19间有48个miRNA和... miRNA与mRNA互作关系研究是构建骨骼肌发育调控网络的基础。研究利用北京鸭胚胎期不同孵化时间胸肌组织的差异miRNA和mRNA数据进行miRNA和mRNA的关联分析。结果显示:①E13-E19间有43个miRNA和22个mRNA关联到一起,E27-E19间有48个miRNA和141个mRNA关联到一起;②E27-E19间关联到基因的GO条目主要与肌肉发育相关,E13-E19间关联到基因的GO条目主要与DNA复制有关;③E19-E27的关联基因KEGG分析表明,显著富集的通路主要与DNA复制和细胞周期有关。研究结果对于深入开展北京鸭骨骼肌发育机制提供了基础数据。 展开更多
关键词 鸭 骨骼肌 MIRNA RNA-SEQ 关联分析
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