Objective:To investigate the biological functions and molecular regulatory mechanisms of kinesin family member 11(KIF11)in colorectal cancer(CRC).Methods:The expression of KIF11 in CRC was examined by qRT⁃PCR and publ...Objective:To investigate the biological functions and molecular regulatory mechanisms of kinesin family member 11(KIF11)in colorectal cancer(CRC).Methods:The expression of KIF11 in CRC was examined by qRT⁃PCR and public databases.Functional assays(CCK⁃8,colony formation,EdU,and Transwell)were employed to evaluate KIF11’s roles in CRC progression.Western blot,RIP⁃qPCR,MeRIP⁃qPCR,and RNA stability assays were performed to elucidate the molecular mechanism of N6⁃methyladenosine(m6A)modification for KIF11.RNA sequencing(RNA⁃seq)and correlation analysis were used to examine the downstream mechanism of KIF11 regulation.Results:KIF11 was highly expressed in CRC and promoted CRC proliferation and migration.Mechanistically,methyltransferase⁃like 3(METTL3)/insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 2(IGF2BP2)enhanced KIF11 mRNA stability and expression in an m6A⁃dependent way.Furthermore,by means of the PROM1/PI3K/AKT pathway,KIF11 facilitated the progression of CRC.Conclusion:The m6A modification of KIF11 by METTL3/IGF2BP2 contributes to CRC progression via the PI3K/AKT signaling pathway,highlighting its potential as a prognostic biomarker and therapeutic target.展开更多
背景与目的m6A RNA甲基化修饰在肺癌的发生与进展中起着重要作用,可以调节肿瘤免疫进而影响疾病预后。目前很多集中在某些特定的m6A效应器的差异表达及对肿瘤免疫细胞浸润的影响,但单个效应器表达的变化远远不足以反映m6A修饰特征的全貌...背景与目的m6A RNA甲基化修饰在肺癌的发生与进展中起着重要作用,可以调节肿瘤免疫进而影响疾病预后。目前很多集中在某些特定的m6A效应器的差异表达及对肿瘤免疫细胞浸润的影响,但单个效应器表达的变化远远不足以反映m6A修饰特征的全貌,且关于m6A修饰对肺腺癌免疫微环境影响的研究仍较少。本研究拟探讨不同m6A修饰模式对肺腺癌中免疫微环境的影响。方法从癌症基因组图谱数据库(e Cancer Genome Atlas,TCGA)、加州大学圣克鲁兹分校泛癌全基因数据分析工具数据库(University of California Santa Cruz Xena,UCSC Xena)、基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取肺腺癌相关数据信息。使用Maftools R分析肺腺癌队列中24个m6A效应器的基因突变,比较肺腺癌组织和正常组织中m6A效应器的表达差异,并通过Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督聚类的方法构建m6A修饰模式,进行m6A聚类生存分析、GSVA通路富集分析、免疫评分及免疫细胞浸润分析。在68例肺腺癌组织中,通过免疫组化分析LRPPRC蛋白表达水平与CD8、CD68的表达水平,验证LRPPRC与CD8;细胞毒性T细胞及巨噬细胞浸润的关系。结果在567例肺腺癌样本中有150例发生了m6A效应器突变,频率为26.46%。与正常组织相比,肺腺癌组织中共有6个读取器和3个写入器的表达明显上调。IGF2BP1和HNRNPC是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素,且各效应器之间也存在大量的相互作用。构建了3种具有不同免疫细胞浸润特征和临床预后的m6A修饰模式。发现LRPPRC的表达与包括杀伤性T细胞和巨噬细胞在内的多种免疫细胞的浸润呈负相关,并在68例肺腺癌组织中得到验证。结论m6A修饰对肺腺癌免疫微环境的调节起着重要作用,LRPPRC有可能作为预测抗PD1免疫治疗效果的潜在生物标记物。展开更多
试验旨在研究RNA m6A修饰相关基因去甲基化酶Alk B同源蛋白5(Alk B homologue 5,ALKBH5)、去甲基化酶肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)、甲基转移酶样蛋白3(methyltransferase like 3,METTL3)、甲基转移酶样...试验旨在研究RNA m6A修饰相关基因去甲基化酶Alk B同源蛋白5(Alk B homologue 5,ALKBH5)、去甲基化酶肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)、甲基转移酶样蛋白3(methyltransferase like 3,METTL3)、甲基转移酶样蛋白14(methyltransferase like 14,METTL14)和成肾细胞瘤1-结合蛋白(Wilms’tumor 1-associating protein,WTAP)在鸡骨骼肌发育过程中的表达,分析其与骨骼肌m6A甲基化水平的相关性。首先,利用实时荧光定量PCR技术检测m6A甲基化相关基因在金茅花鸡12(E12)、14(E14)、16(E16)、18(E18)胚龄和1日龄腿肌和胸肌组织中mRNA表达水平,以及其在鸡成肌细胞50%、100%增殖期和1、2、3、4、5 d分化期的mRNA表达水平;随后,利用m6A甲基化试剂盒检测金茅花鸡E12和1日龄腿肌和胸肌组织中m6A甲基化修饰水平,与m6A甲基化相关基因表达水平进行相关性分析。结果显示,m6A去甲基化基因ALKBH5和FTO mRNA表达水平在骨骼肌发育过程中显著上调(P<0.05),即在E12、E14低表达,E16、E18逐渐上调,1日龄达到最高。m6A甲基化写入基因METTL14、METTL3和WTAP mRNA表达水平在E12、E14、E16逐渐上升,E18下降,随后至1日龄表达量回升。在细胞增殖过程中,ALKBH5、FTO、METTL14、METTL3和WTAP基因表达均上调;在细胞分化过程中ALKBH5和FTO基因表达水平显著上调(P<0.05),在分化第5天达到最高。METTL14、METTL3和WTAP基因mRNA表达水平在细胞诱导分化的1、2、3、4 d表达量呈下降趋势,而在诱导分化的第5天有所回升。甲基化水平检测结果显示,腿肌和胸肌m6A甲基化水平变化趋势一致,均在胚胎发育过程中显著下降(P<0.05),至1日龄达到最低。相关性分析结果显示,鸡骨骼肌RNA m6A甲基化水平与m6A去甲基化修饰基因ALKBH5、FTO mRNA表达水平呈显著负相关(P<0.05)。综合以上试验结果,推测m6A甲基化修饰与鸡骨骼肌发育相关,而去甲基化基因ALKBH5、FTO可能通过调控RNA m6A甲基化水平,影响鸡骨骼肌发育。本研究结果为进一步研究m6A甲基化修饰调控鸡骨骼肌生长发育的功能和分子机制提供理论依据。展开更多
目的建立m6A特异性烯丙基标记测序(m6A-selective allyl chemical labeling and sequencing,m6A-SAC-seq)实验方法体系,在单核苷酸分辨率水平对RNA的N6-甲基腺苷(m6A)修饰进行检测。方法m6A烯丙基标记测序(m6A-SAC-seq)使用特异性甲基...目的建立m6A特异性烯丙基标记测序(m6A-selective allyl chemical labeling and sequencing,m6A-SAC-seq)实验方法体系,在单核苷酸分辨率水平对RNA的N6-甲基腺苷(m6A)修饰进行检测。方法m6A烯丙基标记测序(m6A-SAC-seq)使用特异性甲基转移酶MjDim1对m6A添加烯丙基标记成为N6-烯丙基-甲基腺苷(am6A),使用I2处理产生N1,N6-环化腺苷(A)产物,在逆转录时引入突变,从而实现在单核苷酸分辨率水平的检测。通过HPLC法纯化甲基转移酶MjDim1,使用探针及液相色谱-质谱联用系统(LC-MS/MS)检测m6A的转换率,计算MjDim1活性作为质控。提取样品RNA,用烯丙基标记m6A,并用m6A-SAC-seq技术构建文库,测序后通过数据分析得到m6A位点信息,通过标准曲线校准计算得到m6A的含量。结果m6A-SAC-seq处理后,HIV逆转录酶识别环化的am6A位点,引入突变,但附近未修饰位点不发生突变。通过特定的A突变成T/C的突变位置(A to T/C)来识别m6A位点,并添加内参探针,用标准曲线来定量m6A含量。结论m6A-SAC-seq技术仅需30 ng的mRNA或去除了rRNA的总RNA样本就可以实现m6A位点在单核苷酸分辨率水平的检测。展开更多
Background and Objective N6-methyladenosine(m6A)plays critical roles in many fundamental biological processes and a variety of diseases.The aim of this study was to investigate the effect of the m6ASNPs on lipid level...Background and Objective N6-methyladenosine(m6A)plays critical roles in many fundamental biological processes and a variety of diseases.The aim of this study was to investigate the effect of the m6ASNPs on lipid levels.Methods We examined the association of m6A-SNPs with lipid levels in a GWAS of 188,578 individuals.Furthermore,we performed eQTL and differential expression analyses to add additional information for the identified m6A-SNPs.展开更多
基金江苏省卫生健康委员会医学科研重点项目(K2023024)789 Outstanding Talent Program of SAHNMU(789ZYRC202090147)。
文摘Objective:To investigate the biological functions and molecular regulatory mechanisms of kinesin family member 11(KIF11)in colorectal cancer(CRC).Methods:The expression of KIF11 in CRC was examined by qRT⁃PCR and public databases.Functional assays(CCK⁃8,colony formation,EdU,and Transwell)were employed to evaluate KIF11’s roles in CRC progression.Western blot,RIP⁃qPCR,MeRIP⁃qPCR,and RNA stability assays were performed to elucidate the molecular mechanism of N6⁃methyladenosine(m6A)modification for KIF11.RNA sequencing(RNA⁃seq)and correlation analysis were used to examine the downstream mechanism of KIF11 regulation.Results:KIF11 was highly expressed in CRC and promoted CRC proliferation and migration.Mechanistically,methyltransferase⁃like 3(METTL3)/insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 2(IGF2BP2)enhanced KIF11 mRNA stability and expression in an m6A⁃dependent way.Furthermore,by means of the PROM1/PI3K/AKT pathway,KIF11 facilitated the progression of CRC.Conclusion:The m6A modification of KIF11 by METTL3/IGF2BP2 contributes to CRC progression via the PI3K/AKT signaling pathway,highlighting its potential as a prognostic biomarker and therapeutic target.
文摘背景与目的m6A RNA甲基化修饰在肺癌的发生与进展中起着重要作用,可以调节肿瘤免疫进而影响疾病预后。目前很多集中在某些特定的m6A效应器的差异表达及对肿瘤免疫细胞浸润的影响,但单个效应器表达的变化远远不足以反映m6A修饰特征的全貌,且关于m6A修饰对肺腺癌免疫微环境影响的研究仍较少。本研究拟探讨不同m6A修饰模式对肺腺癌中免疫微环境的影响。方法从癌症基因组图谱数据库(e Cancer Genome Atlas,TCGA)、加州大学圣克鲁兹分校泛癌全基因数据分析工具数据库(University of California Santa Cruz Xena,UCSC Xena)、基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取肺腺癌相关数据信息。使用Maftools R分析肺腺癌队列中24个m6A效应器的基因突变,比较肺腺癌组织和正常组织中m6A效应器的表达差异,并通过Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督聚类的方法构建m6A修饰模式,进行m6A聚类生存分析、GSVA通路富集分析、免疫评分及免疫细胞浸润分析。在68例肺腺癌组织中,通过免疫组化分析LRPPRC蛋白表达水平与CD8、CD68的表达水平,验证LRPPRC与CD8;细胞毒性T细胞及巨噬细胞浸润的关系。结果在567例肺腺癌样本中有150例发生了m6A效应器突变,频率为26.46%。与正常组织相比,肺腺癌组织中共有6个读取器和3个写入器的表达明显上调。IGF2BP1和HNRNPC是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素,且各效应器之间也存在大量的相互作用。构建了3种具有不同免疫细胞浸润特征和临床预后的m6A修饰模式。发现LRPPRC的表达与包括杀伤性T细胞和巨噬细胞在内的多种免疫细胞的浸润呈负相关,并在68例肺腺癌组织中得到验证。结论m6A修饰对肺腺癌免疫微环境的调节起着重要作用,LRPPRC有可能作为预测抗PD1免疫治疗效果的潜在生物标记物。
文摘试验旨在研究RNA m6A修饰相关基因去甲基化酶Alk B同源蛋白5(Alk B homologue 5,ALKBH5)、去甲基化酶肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)、甲基转移酶样蛋白3(methyltransferase like 3,METTL3)、甲基转移酶样蛋白14(methyltransferase like 14,METTL14)和成肾细胞瘤1-结合蛋白(Wilms’tumor 1-associating protein,WTAP)在鸡骨骼肌发育过程中的表达,分析其与骨骼肌m6A甲基化水平的相关性。首先,利用实时荧光定量PCR技术检测m6A甲基化相关基因在金茅花鸡12(E12)、14(E14)、16(E16)、18(E18)胚龄和1日龄腿肌和胸肌组织中mRNA表达水平,以及其在鸡成肌细胞50%、100%增殖期和1、2、3、4、5 d分化期的mRNA表达水平;随后,利用m6A甲基化试剂盒检测金茅花鸡E12和1日龄腿肌和胸肌组织中m6A甲基化修饰水平,与m6A甲基化相关基因表达水平进行相关性分析。结果显示,m6A去甲基化基因ALKBH5和FTO mRNA表达水平在骨骼肌发育过程中显著上调(P<0.05),即在E12、E14低表达,E16、E18逐渐上调,1日龄达到最高。m6A甲基化写入基因METTL14、METTL3和WTAP mRNA表达水平在E12、E14、E16逐渐上升,E18下降,随后至1日龄表达量回升。在细胞增殖过程中,ALKBH5、FTO、METTL14、METTL3和WTAP基因表达均上调;在细胞分化过程中ALKBH5和FTO基因表达水平显著上调(P<0.05),在分化第5天达到最高。METTL14、METTL3和WTAP基因mRNA表达水平在细胞诱导分化的1、2、3、4 d表达量呈下降趋势,而在诱导分化的第5天有所回升。甲基化水平检测结果显示,腿肌和胸肌m6A甲基化水平变化趋势一致,均在胚胎发育过程中显著下降(P<0.05),至1日龄达到最低。相关性分析结果显示,鸡骨骼肌RNA m6A甲基化水平与m6A去甲基化修饰基因ALKBH5、FTO mRNA表达水平呈显著负相关(P<0.05)。综合以上试验结果,推测m6A甲基化修饰与鸡骨骼肌发育相关,而去甲基化基因ALKBH5、FTO可能通过调控RNA m6A甲基化水平,影响鸡骨骼肌发育。本研究结果为进一步研究m6A甲基化修饰调控鸡骨骼肌生长发育的功能和分子机制提供理论依据。
文摘目的建立m6A特异性烯丙基标记测序(m6A-selective allyl chemical labeling and sequencing,m6A-SAC-seq)实验方法体系,在单核苷酸分辨率水平对RNA的N6-甲基腺苷(m6A)修饰进行检测。方法m6A烯丙基标记测序(m6A-SAC-seq)使用特异性甲基转移酶MjDim1对m6A添加烯丙基标记成为N6-烯丙基-甲基腺苷(am6A),使用I2处理产生N1,N6-环化腺苷(A)产物,在逆转录时引入突变,从而实现在单核苷酸分辨率水平的检测。通过HPLC法纯化甲基转移酶MjDim1,使用探针及液相色谱-质谱联用系统(LC-MS/MS)检测m6A的转换率,计算MjDim1活性作为质控。提取样品RNA,用烯丙基标记m6A,并用m6A-SAC-seq技术构建文库,测序后通过数据分析得到m6A位点信息,通过标准曲线校准计算得到m6A的含量。结果m6A-SAC-seq处理后,HIV逆转录酶识别环化的am6A位点,引入突变,但附近未修饰位点不发生突变。通过特定的A突变成T/C的突变位置(A to T/C)来识别m6A位点,并添加内参探针,用标准曲线来定量m6A含量。结论m6A-SAC-seq技术仅需30 ng的mRNA或去除了rRNA的总RNA样本就可以实现m6A位点在单核苷酸分辨率水平的检测。
文摘Background and Objective N6-methyladenosine(m6A)plays critical roles in many fundamental biological processes and a variety of diseases.The aim of this study was to investigate the effect of the m6ASNPs on lipid levels.Methods We examined the association of m6A-SNPs with lipid levels in a GWAS of 188,578 individuals.Furthermore,we performed eQTL and differential expression analyses to add additional information for the identified m6A-SNPs.
