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基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测 被引量:1
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作者 胡梦 李慧敏 +2 位作者 唐轶 王煜 陈鹏辉 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期303-310,共8页
RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双... RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双向长短时记忆网络和注意力机制,提出了一种预测RNA m5C甲基化位点的深度学习算法。用该方法在人、小鼠、酿酒酵母和拟南芥共4种生物的RNA m5C数据集上进行实验,m5C位点预测AUC值分别达到92.5%、99.7%、93.6%和86.5%。与现有预测方法相比,该方法具有较好的预测性能,并且具有更优的泛化能力,为RNA m5C甲基化位点预测提供了一种新方法。 展开更多
关键词 双向长短时记忆网络 注意力机制 m5c甲基化位点 深度学习
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NSun2在胃癌中的作用及机制初探
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作者 李春雅 黄凌云 +2 位作者 李思琦 种悦阳 商瑜 《北京师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期598-606,共9页
为了探究RNA甲基转移酶NSun2在胃癌发生发展中的生物学功能和作用机制,尝试利用构建的过表达和敲低NSun2的胃癌细胞系,运用蛋白质双向电泳联合质谱的方法,寻找其潜在的下游底物.实验结果显示,在体外NSun2可以促进胃癌细胞的增殖,蛋白质... 为了探究RNA甲基转移酶NSun2在胃癌发生发展中的生物学功能和作用机制,尝试利用构建的过表达和敲低NSun2的胃癌细胞系,运用蛋白质双向电泳联合质谱的方法,寻找其潜在的下游底物.实验结果显示,在体外NSun2可以促进胃癌细胞的增殖,蛋白质组学方法筛选并鉴定出34个差异蛋白,其中蛋白谷胱甘肽S转移酶P(GSTP1-1)和蛋白激酶C抑制蛋白1(KCIP-1)可能是NSun2在胃癌中的潜在作用靶点.这对于认识胃癌发生发展的分子机制具有重要意义. 展开更多
关键词 胃癌 NSun2 m5c甲基化 蛋白质组学
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