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一种新的迭代渐进多序列比对算法被引量：3: 1; 作者张敏方伟武 +1 位作者张俊华迟忠先《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第2期72-74,共3页; 该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。该算法先用渐进方法进行多序列比对,然后通过迭代策略,利用上一轮多序列比对结果修正指导树,产生新一轮比对。重复这一过程,直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止。以比... 展开更多; 关键词多序列比对渐进比对算法迭代策略; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于迭代渐进多序列比对算法研究被引量：1: 2; 作者张敏方伟武 +1 位作者张俊华迟忠先《计算机工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第17期32-33,61,共3页; 提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。采用公共多序列比对数据库BAliBASE中142组蛋白质序列作为比对测试数据,并与ClustalW进行比较。比对结果的统计分析表明,IPMSA算法的比对准确率高于ClustalW。; 关键词迭代渐进多序列比对渐进比对算法迭代策略准确率; 在线阅读下载PDF 职称材料

渐进方法结合蚁群算法求解多序列比对问题: 3; 作者陈娟陈崚《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第21期38-42,共5页; 在所有多重序列比对算法中,渐进比对方法由于简单的算法和高效的计算在生物信息学中得到了广泛的应用。但是渐进方法最大的缺点是在早期阶段形成的错误不能在后期的计算中纠正过来。针对这个问题,我们设计了ProAnt比对算法,即渐进方法... 展开更多; 关键词多序列比对蚁群算法渐进比对方法后验概率概率一致性; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于Profile比对的改进星比对算法被引量：1: 4; 作者陈俊涛邹权《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期353-356,共4页; 多序列比对在序列分析研究中起着重要的作用,包括功能重要位点的识别和系统发育分析等问题。目前大多数比对软件都使用渐进比对或迭代比对的策略,但两种策略都具有较高的时间复杂度,因此难以处理长序列和大规模序列的比对问题。而星比... 展开更多; 关键词星比对多序列比对 profile比对渐进比对; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种新的迭代渐进多序列比对算法被引量：3: 1; 作者张敏方伟武张俊华迟忠先; 机构大连理工大学计算机系中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所; 出处《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第2期72-74,共3页; 基金国家自然科学基金资助项目(编号:90103033); 文摘该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。该算法先用渐进方法进行多序列比对,然后通过迭代策略,利用上一轮多序列比对结果修正指导树,产生新一轮比对。重复这一过程,直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止。以比对数据库BAliBASE中多蛋白质家族1idy为例,对IPMSA算法和ClustalW算法进行的比较研究表明,该算法能更有效地比对分歧较大的序列,并改进其系统发育树。; 关键词多序列比对渐进比对算法迭代策略; Keywords multiple sequence alignment ,progressive alignment algorithm,iterative strategy; 分类号 TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于迭代渐进多序列比对算法研究被引量：1: 2; 作者张敏方伟武张俊华迟忠先; 机构大连理工大学计算机系中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所; 出处《计算机工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第17期32-33,61,共3页; 基金国家自然科学基金资助项目(90103033); 文摘提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。采用公共多序列比对数据库BAliBASE中142组蛋白质序列作为比对测试数据,并与ClustalW进行比较。比对结果的统计分析表明,IPMSA算法的比对准确率高于ClustalW。; 关键词迭代渐进多序列比对渐进比对算法迭代策略准确率; Keywords lteratively progressive multiple sequence alignment（ipmsa） progressive alignment algorithm lterativestrategy Accuracy; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名渐进方法结合蚁群算法求解多序列比对问题: 3; 作者陈娟陈崚; 机构扬州大学信息工程学院计算机系; 出处《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第21期38-42,共5页; 基金国家自然科学基金资助项目(编号:60473012) 国家科技攻关资助项目(编号:2003BA614A-14) +1 种基金南京大学软件新技术国家重点实验室开放基金资助; 文摘在所有多重序列比对算法中,渐进比对方法由于简单的算法和高效的计算在生物信息学中得到了广泛的应用。但是渐进方法最大的缺点是在早期阶段形成的错误不能在后期的计算中纠正过来。针对这个问题,我们设计了ProAnt比对算法,即渐进方法和蚁群算法相结合来求解多重序列比对问题。首先,对输入的多个序列进行预处理,用蚁群算法和概率一致性更新计算出所有字符对在最终比对中出现的概率,称为“后验概率”,计算后验概率是为了预防早期错误的发生。然后我们将后验概率作为字符对之间的匹配得分,用渐进方法得到最终的比对结果。用BAliBASE数据库对算法进行测试,实验结果显示,该算法能够在保持合理的运算时间的前提下显著改善渐进比对方法的正确性。; 关键词多序列比对蚁群算法渐进比对方法后验概率概率一致性; Keywords multiple sequence alignment,ant colony algorithm,progressive alignment,posterior probability,probabilistic consistency; 分类号 TP37 [自动化与计算机技术—计算机系统结构] O141.3 [理学—基础数学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Profile比对的改进星比对算法被引量：1: 4; 作者陈俊涛邹权; 机构电子科技大学基础与前沿研究院; 出处《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期353-356,共4页; 基金国家自然科学基金(62131004,61922020)。; 文摘多序列比对在序列分析研究中起着重要的作用,包括功能重要位点的识别和系统发育分析等问题。目前大多数比对软件都使用渐进比对或迭代比对的策略,但两种策略都具有较高的时间复杂度,因此难以处理长序列和大规模序列的比对问题。而星比对虽然具有很低的时间复杂度,但精度并不理想,目前只适用于相似度非常高的序列。针对此问题,引进了渐进比对中的profile比对来改进星比对算法的精度,同时避免大幅度地增加星比对的时间复杂度。最后,通过实验证明了改进的星比对算法可以有效地提高比对的精度。; 关键词星比对多序列比对 profile比对渐进比对; Keywords center star alignment multiple sequence alignment profile alignment progressive alignment; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	一种新的迭代渐进多序列比对算法	张敏方伟武张俊华迟忠先	《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心	2005	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于迭代渐进多序列比对算法研究	张敏方伟武张俊华迟忠先	《计算机工程》 EI CAS CSCD 北大核心	2005	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	渐进方法结合蚁群算法求解多序列比对问题	陈娟陈崚	《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心	2006	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于Profile比对的改进星比对算法	陈俊涛邹权	《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料