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利用90K基因芯片进行小麦株高QTL分析 被引量:9
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作者 武炳瑾 冯洁 +2 位作者 崔紫霞 张传量 孙道杰 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期578-584,共7页
为给小麦株高标记辅助选择提供可供选择的分子标记,并进一步对株高QTL进行精细定位及相关基因克隆,以小麦骨干亲本周8425B和小偃81衍生的包含102个家系的RIL群体(F_8)为材料,利用90K芯片标记构建高密度遗传图谱,在3个环境下对株高进行QT... 为给小麦株高标记辅助选择提供可供选择的分子标记,并进一步对株高QTL进行精细定位及相关基因克隆,以小麦骨干亲本周8425B和小偃81衍生的包含102个家系的RIL群体(F_8)为材料,利用90K芯片标记构建高密度遗传图谱,在3个环境下对株高进行QTL检测。结果表明,所构建的图谱含有9 290个SNP标记,覆盖了小麦21条染色体的63个连锁群,图谱总长3 894.64cM,平均标记密度为0.42cM。共检测到9个控制株高的QTL,分布于1B、4A、4D、6B、7A、7B和7D染色体上,变异解释率为2.23%~16.25%。QPh.nafu.4D、QPh.nafu.4A、QPh.nafu.1B-2与前人定位到的位置相同或相近。QPh.nafu.7A具有较大的LOD值(8.17)和变异解释率(14.69%),为主效QTL。QPh.nafu.6B、QPh.nafu.7B-1、QPh.nafu.7B-2均能在多个环境下使用多种QTL检测方法定位到,可能为新的较稳定的控制株高的QTL。 展开更多
关键词 小麦 90k基因芯片 QTL定位 株高
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棉花60K功能位点基因芯片的制备及应用
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作者 王亚雯 戚正阳 +6 位作者 尤佳琦 聂新辉 曹娟 杨细燕 涂礼莉 张献龙 王茂军 《作物学报》 北大核心 2025年第5期1178-1188,共11页
棉花是最重要的天然纺织纤维来源,同时是重要的油料来源。功能位点基因芯片作为一种可以提高育种值评估准确性和育种效率的工具,在棉花中应用较少。本研究制备了一款棉花60K功能位点基因芯片。该芯片制备基于已获得的棉花不同品种的Assa... 棉花是最重要的天然纺织纤维来源,同时是重要的油料来源。功能位点基因芯片作为一种可以提高育种值评估准确性和育种效率的工具,在棉花中应用较少。本研究制备了一款棉花60K功能位点基因芯片。该芯片制备基于已获得的棉花不同品种的Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq)、Chromatin Immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)、High-throughput Chromosome Conformation Capture (Hi-C)等组学数据,相较棉花领域已有的基因芯片,包含了更多经过多维组学数据注释的功能遗传变异的位点,所携带的有效功能信息更多。本研究将该芯片应用于棉花群体的全基因组关联分析中,鉴定到40个与棉花纤维品质性状相关的显著SNP位点,其中与纤维伸长率(FE)相关的显著位点共25个,与马克隆值(FM)相关的显著位点共5个,与纤维强度(FS)相关的显著位点共2个,与纤维长度(FL)相关的显著位点共4个,与纤维整齐度(FU)相关的显著位点共4个。本研究中棉花60K功能位点基因芯片可应用于棉花种质资源评价、遗传定位及全基因组选择育种等方面,助力棉花基因组育种。 展开更多
关键词 棉花育种 基因芯片 棉花60k功能位点基因芯片 基因组关联分析 驯化选择
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利用90k芯片技术进行小麦穗部性状QTL定位 被引量:7
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作者 武炳瑾 简俊涛 +5 位作者 张德强 马文洁 冯洁 崔紫霞 张传量 孙道杰 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1087-1095,共9页
小麦穗部性状与产量密切相关,挖掘穗部性状基因及其关联分子标记具有重要意义。本研究以周8425B?小偃81衍生的RIL群体(F8)为材料,利用90k芯片标记构建的高密度遗传图谱对3个环境下的穗长、小穗数、不育小穗数、穗粒数、千粒重进行QTL定... 小麦穗部性状与产量密切相关,挖掘穗部性状基因及其关联分子标记具有重要意义。本研究以周8425B?小偃81衍生的RIL群体(F8)为材料,利用90k芯片标记构建的高密度遗传图谱对3个环境下的穗长、小穗数、不育小穗数、穗粒数、千粒重进行QTL定位。共检测到19条染色体上的71个QTL,变异解释率(PVE)范围为2.10%~45.25%,其中37个位点为主效QTL(PVE>10%)。QSl.nafu-6A.2(穗长)、QSl.nafu-7A(穗长)、QSsn.nafu-2A.1(不育小穗数)、QSsn.nafu-2D(不育小穗数)和QGns.nafu-2B(穗粒数)在多个环境中被检测到,且LOD>10,PVE>20%。位于同一个基因簇中的QSl.nafu-6A.2(穗长)、QGns.nafu-6A(穗粒数)和QTgw.nafu-6A(千粒重)在多个环境中被检测到,且与已报道的相关位点位置相同或相近,在分子标记辅助育种中具有较大参考价值。 展开更多
关键词 小麦 穗部性状 90k基因芯片 QTL定位
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利用高密度SNP遗传图谱定位小麦穗部性状基因 被引量:19
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作者 刘凯 邓志英 +4 位作者 李青芳 张莹 孙彩铃 田纪春 陈建省 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期820-831,共12页
小麦穗部性状之间相关性密切,其中穗粒数和千粒重是重要的产量构成要素,挖掘与穗部性状相关联的基因位点对分子标记辅助育种及解释基因效应具有重要意义。本研究以RIL群体(山农01-35×藁城9411)173个F_(8:9)株系为材料,利用90 ... 小麦穗部性状之间相关性密切,其中穗粒数和千粒重是重要的产量构成要素,挖掘与穗部性状相关联的基因位点对分子标记辅助育种及解释基因效应具有重要意义。本研究以RIL群体(山农01-35×藁城9411)173个F_(8:9)株系为材料,利用90 k小麦SNP基因芯片、DAr T芯片技术及传统的分子标记技术构建的高密度遗传图谱,在5个环境下进行穗部相关性状QTL定位。检测到位于1B、4B、5B、6A染色体上7个控制千粒重的加性QTL,解释表型变异率6.00%~36.30%,加性效应均来自大粒母本山农01-35;检测到8个控制穗长的加性QTL,解释表型变异率14.34%~25.44%;3个控制穗粒数的加性QTL;5个控制可育小穗数的加性QTL;3个控制不育小穗数的加性QTL,贡献率为8.70%~37.70%;4个控制总小穗数的加性QTL;6个控制小穗密度的加性QTL。通过基因型与环境互作分析,检测到32个加性QTL,解释表型变异率0.05%~1.05%。在4B染色体区段EX_C101685–RAC875_C27536检测到控制粒重、穗长、穗粒数、可育小穗数、不育小穗数、总小穗数的一因多效QTL,其贡献率为5.40%~37.70%,该位点在多个环境中被检测到,是稳定主效QTL。在6A染色体wPt-0959-TaGw2-CAPS区间上检测到控制粒重、总小穗数的QTL。研究结果为穗部性状的分子标记开发、基因精细定位和功能基因克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 普通小麦 90 k基因芯片 QTL定位 穗部 SNP
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利用SSR标记和SNP芯片对小麦EMS突变体进行真实性鉴定 被引量:7
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作者 耿皆飞 王娜 +5 位作者 蒋宏宝 刘录祥 许喜堂 魏红升 王成社 谢彦周 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期1-6,共6页
为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H... 为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H261与LF2010和LF2099之间的差异位点分别为66和12个,分别占总数的0.080 9%和0.014 7%,2个突变体与H261的纯合差异SNP数目均为0;而H261与LF2100之间的差异位点为2 846个,占总数的3.487 9%,二者之间纯合差异SNP为784,占总数的0.960 8%。综上所述,LF2010和LF2099突变体与亲本H261的遗传背景高度一致,是H261经过EMS诱变的后代,而LF2100是天然异交或机械混杂产生的假突变体。本研究结果为更好地发挥小麦突变体在遗传改良和功能基因组研究奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 普通小麦 90k基因芯片 SSR标记 突变体 真实性鉴定
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