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急性髓系白血病中异柠檬酸脱氢酶1基因突变的生物信息学分析
1
作者
周匡果
黄亮
周剑峰
《华中科技大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期404-408,共5页
目的从分子水平揭示合并异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因突变的正常核型急性髓系白血病(CN-AML)患者的发病机制,为临床诊疗提供新工具。方法在GEO中检索IDH1突变的AML芯片数据,使用BRB-Array Tools、GSEA、MILANO、GAD、GATHER等生物信息学...
目的从分子水平揭示合并异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因突变的正常核型急性髓系白血病(CN-AML)患者的发病机制,为临床诊疗提供新工具。方法在GEO中检索IDH1突变的AML芯片数据,使用BRB-Array Tools、GSEA、MILANO、GAD、GATHER等生物信息学工具进行统合分析。结果经过2组样本数据的统合分析,发现12个差异表达基因,主要集中在细胞粘附、免疫防御反应等生物学过程。与参与凋亡、Toll-like、Jak-Stat等信号通路有关。GSEA分析表明IDH1相关基因分别涉及到脂质代谢、髓系细胞分化和缺氧调节等方面。结论利用生物信息学的方法能提取基因芯片有效信息,为进一步深入研究IDH1在CN-AML的发病机制中的作用开辟新思路。
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关键词
异柠檬酸脱氢酶
1
差异表达
基因芯片
geo
数据库
生物信息学
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职称材料
题名
急性髓系白血病中异柠檬酸脱氢酶1基因突变的生物信息学分析
1
作者
周匡果
黄亮
周剑峰
机构
华中科技大学同济医学院附属同济医院第二临床学院
华中科技大学同济医学院附属同济医院血液科
出处
《华中科技大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期404-408,共5页
基金
国家杰出青年科学基金资助项目(No.81025011)
文摘
目的从分子水平揭示合并异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因突变的正常核型急性髓系白血病(CN-AML)患者的发病机制,为临床诊疗提供新工具。方法在GEO中检索IDH1突变的AML芯片数据,使用BRB-Array Tools、GSEA、MILANO、GAD、GATHER等生物信息学工具进行统合分析。结果经过2组样本数据的统合分析,发现12个差异表达基因,主要集中在细胞粘附、免疫防御反应等生物学过程。与参与凋亡、Toll-like、Jak-Stat等信号通路有关。GSEA分析表明IDH1相关基因分别涉及到脂质代谢、髓系细胞分化和缺氧调节等方面。结论利用生物信息学的方法能提取基因芯片有效信息,为进一步深入研究IDH1在CN-AML的发病机制中的作用开辟新思路。
关键词
异柠檬酸脱氢酶
1
差异表达
基因芯片
geo
数据库
生物信息学
Keywords
isocitrate dehydrogenase 1; differential expression; microarray; geo database; bioinformatics
分类号
R733.72 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
急性髓系白血病中异柠檬酸脱氢酶1基因突变的生物信息学分析
周匡果
黄亮
周剑峰
《华中科技大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012
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