嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析 被引量：15

1

作者 古小彬 余增莹 +4 位作者 杨光友 孙家刚 魏洪 李开均 王淑贤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期746-754,共9页

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚... 本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。 展开更多

关键词 长角血蜱 嗜群血蜱 ITS-2 COⅠ COⅱ 序列变异 亲缘关系

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放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较

2

作者 王振东 武松 +5 位作者 曲泽岚 齐永红 朱绪伟 李喜升 秦利 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期60-65,共6页

核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传... 核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。 展开更多

关键词 柞蚕 放养型 野生型 核糖体基因转录间隔区ⅱ 遗传变异

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旋毛虫ITSⅡ区基因的克隆及其在分类学上的应用 被引量：8

3

作者 董晓波 李冬梅 +2 位作者 花丽茹 路义鑫 宋铭忻 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期173-175,共3页

克隆了6个不同旋毛虫隔离种的核糖体RNA ITSⅡ区的基因片段,序列分析结果表明,黑龙江省猪旋毛虫和猫旋毛虫为旋毛形线虫(Trichinella spiralis);犬旋毛虫为本地毛形线虫(Trichinella nativa),与传统的分类结果基本一致,为传统的分类学... 克隆了6个不同旋毛虫隔离种的核糖体RNA ITSⅡ区的基因片段,序列分析结果表明,黑龙江省猪旋毛虫和猫旋毛虫为旋毛形线虫(Trichinella spiralis);犬旋毛虫为本地毛形线虫(Trichinella nativa),与传统的分类结果基本一致,为传统的分类学方法提供了基础依据。 展开更多

关键词 旋毛虫 隔离种 ITSⅱ区基因

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ITS2条形码对白及属植物的初步分析研究 被引量：7

4

作者 宋爽 周洋帆 +6 位作者 黄丽 杨娟 文国松 徐绍忠 查应洪 赵明富 赵昶灵 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2017年第1期95-100,共6页

本研究通过ITS2条形码对云南白及本地种的分布情况初步了解,并对药用白及和云南本地种进行分析研究。选取滇东南、滇东北、滇西北、滇西的材料,进行DNA提取、PCR、测序,MEGA 5.1软件进行序列比对、NJ系统聚类树构建,并预测ITS2二级结构... 本研究通过ITS2条形码对云南白及本地种的分布情况初步了解,并对药用白及和云南本地种进行分析研究。选取滇东南、滇东北、滇西北、滇西的材料,进行DNA提取、PCR、测序,MEGA 5.1软件进行序列比对、NJ系统聚类树构建,并预测ITS2二级结构。结果表明:药用白及和本地种ITS2序列之间存在明显差异,在NJ树上分别聚为两类。ITS2可以区分药用白及和本地种,且可以作为初步分析药用白及真伪的潜在条形码。 展开更多

关键词 白及 its2 物种鉴定

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11株螨虫分离株的ITS－2序列分析与系统关系研究 被引量：6

5

作者 古小彬 张晓谦 +2 位作者 杨光友 贾小勇 王帅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期235-242,共8页

为探讨动物体上一些常见寄生螨虫的分类地位，对11株螨虫分离株的核糖体第二内部转录间隔区（ITS-2）基因序列进行测定，并从GenBank下载21条螨虫的ITS-2序列，用UPGMA法构建分子系统树。序列分析结果显示：6株疥螨分离株ITS－2基因全... 为探讨动物体上一些常见寄生螨虫的分类地位，对11株螨虫分离株的核糖体第二内部转录间隔区（ITS-2）基因序列进行测定，并从GenBank下载21条螨虫的ITS-2序列，用UPGMA法构建分子系统树。序列分析结果显示：6株疥螨分离株ITS－2基因全长均为361bp，含有335个保守性位点，15个变异位点和9个简约信息位点；序列间的同源性为96．9％～99．7％。5株足螨分离株ITS－2基因存在长度上的变异（225～232bp），序列中包括184个保守性位点，44个变异位点，9个简约信息位点；分离自黄牛和奶牛的4株足螨分离株的ITS-2序列同源性为92．4％～97．3％，而熊猫足螨分离株同黄牛、奶牛足螨分离株的同源性较低（78．7％～82．6％）。UPGMA显示：32株螨虫分离株分成2个支系，第1个支系包括疥螨科的疥螨属Sarcoptes和背肛螨属Notoedres；第2个支系包括痒螨科的足螨属Chorioptes和痒螨属Psoroptes。从分析结果来看，笔者支持疥螨的单种说法；而足螨属中分离自熊猫的足螨和痒螨属中分离自水牛的痒螨的分类地位还有待进一步探讨。 展开更多

关键词 螨虫分离株 核糖体ITS-2基因 序列分析 分子系统发生

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长耳珠母贝核rRNA基因ITS-2序列分析 被引量：12

6

作者 何毛贤 黄良民 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期81-84,共4页

以相应引物聚合酶链式反应(PCR)扩增长耳珠母贝(Pinctadachemnitzi)核核糖体RNA基因第2转录间隔区(ITS 2),PCR产物大小约500bp,经克隆、测序,所得序列包含5.8S和28SrRNA基因部分序列和ITS 2全序列,4种碱基含量分别为27.11%(A)、24.95%(G... 以相应引物聚合酶链式反应(PCR)扩增长耳珠母贝(Pinctadachemnitzi)核核糖体RNA基因第2转录间隔区(ITS 2),PCR产物大小约500bp,经克隆、测序,所得序列包含5.8S和28SrRNA基因部分序列和ITS 2全序列,4种碱基含量分别为27.11%(A)、24.95%(G)、21.26%(T)和26.68%(C)。5个克隆的DNA序列差异为0.0%—0.4%,不存在个体内变异。对其潜在应用进行了讨论。 展开更多

关键词 长耳珠母贝 ITS-2 序列分析

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旋毛虫各隔离种ITSⅡ区基因克隆和序列分析 被引量：2

7

作者 董晓波 李冬梅 +2 位作者 花丽茹 路义鑫 宋铭忻 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期164-166,共3页

克隆了6个不同旋毛虫隔离种的核糖体RNAITSⅡ区的基因片段,序列分析结果表明,黑龙江省猪旋毛虫和猫旋毛虫为旋毛形线虫(Trichinellaspiralis);犬旋毛虫为本地毛形线虫(Trichinellanativa)。结果与传统的分类结果基本一致,为传统的分类... 克隆了6个不同旋毛虫隔离种的核糖体RNAITSⅡ区的基因片段,序列分析结果表明,黑龙江省猪旋毛虫和猫旋毛虫为旋毛形线虫(Trichinellaspiralis);犬旋毛虫为本地毛形线虫(Trichinellanativa)。结果与传统的分类结果基本一致,为传统的分类学方法提供了基础依据。 展开更多

关键词 旋毛虫 隔离种 ITS ⅱ区基因

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栀子栽培品种与近缘种的ITS2序列分析 被引量：3

8

作者 邓绍勇 李康琴 +3 位作者 贾全全 陈宜均 朱培林 杨春霞 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1140-1148,共9页

【目的】栀子属植物是重要的观赏、药用、色素和油用资源植物,有着悠久的栽培历史。由于生长环境的不同,以及长期的人工栽培和选育,使其习性、叶的形状、花的形态、果实的形状及大小等发生诸多变异,使得栀子栽培群体的变异类型丰富,并... 【目的】栀子属植物是重要的观赏、药用、色素和油用资源植物,有着悠久的栽培历史。由于生长环境的不同,以及长期的人工栽培和选育,使其习性、叶的形状、花的形态、果实的形状及大小等发生诸多变异,使得栀子栽培群体的变异类型丰富,并形成了一些较为稳定的品种类型。开展栀子栽培品种和近缘种核糖体DNA内部转录间隔区2(nrDNA ITS2)序列变异程度、遗传距离和亲缘关系研究,为栀子属植物品种鉴定、遗传育种及多样性保护提供科学依据。【方法】以保存于江西省林业科学院中药资源圃内的栀子18个栽培品种和3个近缘种共38个样品为试验材料,进行聚合酶链式反应(PCR)直接测序法,对样品进行ITS2片段扩增和双向测序,所得序列用Codon Code Aligner v6.0.1软件拼接后,采用Lasergene Edit Seq 11.1软件进行平均碱基组成百分比统计,用MEGA7.0软件进行分析比对,获得序列长度、GC含量以及变异位点,基于K2P模型分析遗传距离,用UPGMA法构建系统聚类树。【结果】序列变异程度分析显示,狭叶栀子和栀子的ITS2序列长度均为347 bp,GC含量为66.86%,大黄栀子序列长度为355 bp,GC含量为67.61%,栀子栽培品种序列长度除‘燃叶’、‘金福水栀’为348 bp外,其他品种序列长度和栀子一致,均为347 bp,栀子栽培品种与近缘种间的平均GC含量相差不明显,GC含量为66.28%~67.15%,其中‘白蟾’GC含量最低,‘雀舌栀子’和‘银边雀舌’GC含量最高。所有样本ITS2序列比对共产生12个变异位点,10个碱基插入,其中8个碱基插入是大黄栀子所独有的,且存在5个特异的变异位点,一部分表型特征有共性的品种之间有共同的变异位点,如植株矮小、叶片小而窄长的品种‘雀舌栀子’和‘银边雀舌’在50 bp处,果实相对较大的品种‘分关1号’、‘金福水栀’和‘金元’在84 bp处等。一些品种具有特异的变异位点,如‘白蟾’(133 bp处)、‘小白蟾’(229 bp处)等。序列遗传距离分析显示,栀子属种间遗传距离普遍小于近缘种和品种间的遗传距离,大于栀子栽培品种之间的遗传距离,所有样本平均遗传距离为0.0055,大黄栀子和‘白蟾’间遗传距离最大,为0.0206。聚类分析结果显示,栀子属乔木树种大黄栀子单独成一支,与栀子属其它种和栀子栽培品种亲缘关系最远,狭叶栀子和野生栀子所有个体总体表现出较近的亲缘关系。【结论】分析结果表明,3种栀子属植物在ITS2序列长度和GC含量上表现出较高的保守性,研究发现的部分品种共同变异位点以及部分品种特异变异位点将对栀子品种鉴定有较大的应用价值。部分聚类结果和以表型数据为基础的数量分类结果类似,但并没有像数量分类结果那样以花重瓣、大果、小果等性状形成明显的系统分枝,研究结果对栀子品种起源、资源保护和种质创新等方面有重要的指导价值。 展开更多

关键词 栀子属 DNA条形码 its2序列 分子鉴定 亲缘关系

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核糖体转录间隔子2应用于鱼类种属的鉴别 被引量：7

9

作者 袁万安 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期369-374,共6页

为了防止珍稀鱼类的非法捕捞和销售,鱼类种属的鉴别就成为非常关键的问题,特别是形态学方法无法区分的样品(如鱼苗、鱼鳞、鱼卵、鱼肉及其加工产品等)。为了帮助珍稀鱼类资源的管理和保护,文章报道了一种利用核糖体基因的转录间隔子2鉴... 为了防止珍稀鱼类的非法捕捞和销售,鱼类种属的鉴别就成为非常关键的问题,特别是形态学方法无法区分的样品(如鱼苗、鱼鳞、鱼卵、鱼肉及其加工产品等)。为了帮助珍稀鱼类资源的管理和保护,文章报道了一种利用核糖体基因的转录间隔子2鉴别鱼类种属的分子遗传学方法:(1)利用同一目鱼类5.8SrRNA和28SrRNA基因的保守性,设计出扩增鲤形目鱼类这两个基因间转录间隔子2DNA片段,测序获得它们的碱基排列顺序;(2)再根据不同鱼类转录间隔子2序列的差异,设计出每种鱼的种属特异引物、种属鉴别标准物,构建鱼类分子分类图谱,利用PCR复合扩增技术鉴别鱼类种属。通过对国内不同地方采集的5种鲤形目鱼类的210个单一品种样本和40个混合样本的鉴别检验,该方法能够准确、灵敏和快速鉴别这5种鱼,可用于鱼类资源保护和评估、管理和开发,特别是在渔业管理人员渔业执法、海关打击珍稀鱼类走私、防止商业欺诈和外来有害生物入侵等方面非常有用。 展开更多

关键词 鱼类 转录间隔子2(its2) 分子分类学 种属鉴定 资源保护

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利用ITS2序列识别盾蚧科昆虫 被引量：1

10

作者 魏久锋 赵婉清 +1 位作者 李荣荣 张虎芳 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2016年第11期761-767,785,共8页

[目的]盾蚧科隶属于半翅目蚧总科,大多数种类是危害很严重的经济害虫。由于其外部形态特征简单,导致识别该类群物种相对困难。利用DNA条形码为解决这个问题提供有效的方法。[方法]共采集了5个省47个样本,属于7属11个种,并从GeneBank下载... [目的]盾蚧科隶属于半翅目蚧总科,大多数种类是危害很严重的经济害虫。由于其外部形态特征简单,导致识别该类群物种相对困难。利用DNA条形码为解决这个问题提供有效的方法。[方法]共采集了5个省47个样本,属于7属11个种,并从GeneBank下载了4属5个物种的序列。采用distance-based方法和tree-based方法对ITS2基因片段是否可以作为盾蚧科DNA条形码的补充做了分析。[结果]虽然ITS2没有Barcode gap存在,然而所有的分支都表现出了明显的单系群,表现出较高的物种识别能力。同时,Best Match(BM)和Best closed match(BCM)也表现出了超过90%的识别能力。[结论]这些结果证实ITS2在盾蚧科物种的识别有效性方面具有较高的应用价值。 展开更多

关键词 盾蚧 its2 DNA条形码 物种识别 分类

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用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分 被引量：1

11

作者 陈雪贞 李兆雯 +1 位作者 吴新 芦春斌 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期94-100,共7页

日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、... 日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088~0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030~0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。 展开更多

关键词 山葵 辣根 芥末 内部转录间隔区ⅱ(its2) 物种鉴定

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ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

12

作者 周池 饶力群 杨华 《湖南农业科学》 2016年第5期1-4,共4页

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列... 采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2（ITS2）作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。 展开更多

关键词 青风藤 内转录间隔区2(its2) DNA条形码 中药材 鉴别

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基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究

13

作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页

目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多

关键词 北苍术 关苍术 internal transcribed spacer 2(its2) Sequence-related amplified polymorphism(SRAP) Inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region DNA(DAMD) Sequence characterized amplified regions(SCAR)

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人工养殖与选育对罗氏沼虾遗传多样性的影响 被引量：22

14

作者 陈雪峰 杨国梁 +7 位作者 孔杰 栾生 张宇飞 王军毅 高强 罗坤 宫金华 叶少群 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期866-873,共8页

为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal ... 为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal transcribed spacer 2,ITS2)基因序列,结果发现58个碱基变异位点,定义56个单倍型。在5个群体中,孟加拉野生群体的遗传多样性最高(平均核苷酸差异数K和核苷酸多态性指数Pi分别为7.186和0.0155),依次为缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体,选育群体"南太湖2号"遗传多样性最低(K和Pi分别为3.032和0.0065)。5个群体间配对Fst分析表明,养殖群体与野生群体遗传分化显著(P<0.01),选育群体"南太湖2号"不仅与野生群体遗传分化显著,同时还与广西养殖群体产生了显著的遗传分化(P<0.01)。系统树显示,孟加拉野生群体和缅甸野生群体聚为一支,浙江养殖群体、广西养殖群体和选育群体"南太湖2号"则聚为另一支。研究结果表明,人工养殖和选育降低了罗氏沼虾的遗传多样性水平,并导致群体间发生了显著的遗传分化。 展开更多

关键词 罗氏沼虾 its2基因 遗传多样性 遗传分化

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黑龙江与广州颚口线虫幼虫分离株的形态学观察及其分子鉴定 被引量：8

15

作者 李雯雯 李树清 +4 位作者 张子群 李健 陈志飞 王艳 黄维义 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期104-107,共4页

本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线... 本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线虫(Gnathostoma nipponicum)第3期幼虫相符。序列分析结果显示与GenBank中登录的日本颚口线虫ITS2和CO1基因的同源性分别为100%和99%。邻位连接法构建的50%一致树也均与日本颚口线虫处于同一分支。表明从黑龙江及广州地区泥鳅中分离的颚口线虫幼虫为日本颚口线虫幼虫,首次证明了中国存在日本颚口线虫。 展开更多

关键词 日本颚口线虫 泥鳅 核糖体第二内转录间隔区 线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基

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二化螟不同地理种群遗传差异分析 被引量：5

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作者 杨凤霞 谢霖 +1 位作者 王利华 方继朝 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第3期493-498,共6页

通过对中国二化螟(Chilo suppressalis Walker)14个地理种群的线粒体DNACOⅡ基因和核糖体DNAITS基因的测序,分析了二化螟不同地理种群之间的COⅡ和ITS序列的进化分歧及相似性;同时运用Mega 3.0软件建立其系统发育关系。结果表明:14个地... 通过对中国二化螟(Chilo suppressalis Walker)14个地理种群的线粒体DNACOⅡ基因和核糖体DNAITS基因的测序,分析了二化螟不同地理种群之间的COⅡ和ITS序列的进化分歧及相似性;同时运用Mega 3.0软件建立其系统发育关系。结果表明:14个地理种群间的COⅡ基因共有8个变异位点,占全长的1.4%,而且这些变异位点全部发生在密码子第3位点,江西宁都种群(ND)与其他13个种群的核苷酸差异相对较大,有5～7个碱基的差异,占全长的的0.88%～1.23%;ITS序列长度变异范围为545～585 bp,平均为576 bp,长度变异为40 bp。进化树显示,在COⅡ分子标记方法中江西宁都种群与其他种群差异最大,而在ITS分子标记方法中江西兴国种群与其他种群差异最大;两种方法中,龙南、婺源、庐江和上杭4个种群都聚为一支。 展开更多

关键词 二化螟 COⅱ基因 ITS基因 地理种群 系统发育关系

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中药络石藤及其习用品的DNA条形码鉴定 被引量：6

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作者 宫璐 黄志海 +4 位作者 张靖 白俊其 苏贺 张晓柠 徐文 《世界科学技术-中医药现代化》 2016年第8期1413-1418,共6页

目的:本研究应用ITS2序列鉴定区分络石藤及其习用品广东络石藤、地瓜藤、薜荔藤和扶芳藤。方法:提取以上5种中药基原植物基因组DNA,扩增不同样品的ITS2序列。采用隐马尔科夫模型HMMer进行序列注释,Clustal W法进行序列比对,K2P模型计算... 目的:本研究应用ITS2序列鉴定区分络石藤及其习用品广东络石藤、地瓜藤、薜荔藤和扶芳藤。方法:提取以上5种中药基原植物基因组DNA,扩增不同样品的ITS2序列。采用隐马尔科夫模型HMMer进行序列注释,Clustal W法进行序列比对,K2P模型计算种内和种间遗传距离分析,邻接法和最大似然法构建进化树。结果:5个物种的ITS2序列长度各不相同,在220-243 bp之间。遗传距离分析显示,5个物种的最大种内遗传距离为0.038,最小种间遗传距离为0.113,最大种内遗传距离大于最小种间遗传距离。同时5个物种可以在进化树上区分开来。结论:ITS2序列可以用于中药络石藤及其习用品的分子鉴定,为准确区分该类药材提供新的技术手段。 展开更多

关键词 络石藤 鉴定 its2 条形码

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倒卵叶五加药材的基原鉴定研究 被引量：3

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作者 赵新礼 舒泉湧 +1 位作者 崔蕾 朱爱华 《安徽农业科学》 CAS 2021年第15期166-172,180,共8页

[目的]应用DNA条形码鉴定技术对短柄五加等五加属植物进行研究,以弄清倒卵叶五加和短柄五加的物种关系。[方法]通过对馆藏标本与现地植物形态进行观测,采用通用引物ITS2和psbA-trnH对采自陕甘宁地区的短柄五加等50个样本进行扩增后双向... [目的]应用DNA条形码鉴定技术对短柄五加等五加属植物进行研究,以弄清倒卵叶五加和短柄五加的物种关系。[方法]通过对馆藏标本与现地植物形态进行观测,采用通用引物ITS2和psbA-trnH对采自陕甘宁地区的短柄五加等50个样本进行扩增后双向测序,并从GenBank数据库下载了五加属等相关植物的序列,分别通过ITS2 database或其序列注释,获得ITS2和psbA-trnH序列,随后进行BLAST比对鉴定分析;用MEGA 6.06软件对所得序列进行比对,分析变异位点,计算GC含量、种内和种间遗传距离,构建NJ系统发育树。[结果]ITS2和psbA-trnH序列的PCR扩增和测序成功率均为100%;倒卵叶五加和短柄五加的植物形态、ITS2序列和psbA-trnH序列完全相同。ITS2序列:短柄五加和糙叶五加仅有一个碱基的差异,蜀五加与藤五加序列相同;psbA-trnH序列:短柄五加与糙叶五加的差异显著,短柄五加与蜀五加序列相同。[结论]同时使用ITS2、psbA-trnH这2个标记的DNA条形码可以准确鉴别短柄五加等五加属植物;短柄五加与倒卵叶五加为同一种植物。 展开更多

关键词 倒卵叶五加 短柄五加 基原鉴定 DNA条形码 its2 PSBA-TRNH

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