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枇杷iPBS分子标记的PCR体系优化与引物筛选 被引量:2
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作者 顾林平 张冰 +2 位作者 费艳 王化坤 王鹏凯 《中国南方果树》 北大核心 2019年第1期41-46,共6页
以枇杷的DNA为模板进行iPBS-PCR扩增,采用预备试验中效果较好的iPBS分子标记引物2241,对枇杷iPBS-PCR反应体系中的dNTP、Mg2+、引物、模板用量进行优化。根据检测结果确定枇杷iPBS-PCR使用10×Taq buffer 2μL,25mM Mg2+1.6μL,2.5m... 以枇杷的DNA为模板进行iPBS-PCR扩增,采用预备试验中效果较好的iPBS分子标记引物2241,对枇杷iPBS-PCR反应体系中的dNTP、Mg2+、引物、模板用量进行优化。根据检测结果确定枇杷iPBS-PCR使用10×Taq buffer 2μL,25mM Mg2+1.6μL,2.5mM dNTP 1.6μL,10μmol/L Primer 1μL,5U/μL Taq酶0.2μL,模板DNA 5ng的20μL反应体系。反应程序中的退火温度可以参考iPBS引物理论Tm值。对33条iPBS引物扩增测试的结果显示在该反应体系下可以筛选到谱带清晰、多态性好的引物22条,可用于枇杷的分子标记分析。 展开更多
关键词 枇杷 ipbs分子标记 体系优化 引物筛选
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基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建 被引量:11
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作者 崔学强 唐璇 +4 位作者 黄昌艳 邓杰玲 李秀玲 卢家仕 张自斌 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2021年第2期317-324,共8页
以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得... 以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx 6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数(N_(a))为2.000,平均有效等位基因数(N_(e))为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数(H_(e))为0.153,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc 2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667~0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。 展开更多
关键词 石斛兰 ipbs分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析 被引量:11
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作者 尹跃 安巍 +4 位作者 赵建华 王亚军 何军 戴国礼 曹有龙 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第6期612-617,共6页
采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量... 采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析. 展开更多
关键词 枸杞 ipbs分子标记 遗传多样性
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金花茶组植物种质资源遗传多样性的iPBS分析 被引量:4
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作者 卢家仕 黄展文 +5 位作者 李先民 孙明艳 余海娟 周锦业 李春牛 卜朝阳 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第8期1638-1644,共7页
【目的】分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据。【方法】以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定... 【目的】分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据。【方法】以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定、清晰的引物对所有供试材料进行PCR扩增,利用非加权平均距离法(UPGMA)构建系统发育进化树,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性。【结果】从50条iPBS引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在24份金花茶组植物种质资源中共扩增出280条条带,平均每条引物扩增条带数为28条,多态性条带268条,多态性比率为92.68%,平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon多样性信息指数(I)分别为1.9571、1.3544、0.2332和0.3767,表明金花茶组植物种质资源具有丰富的遗传多样性;24份金花茶组植物种质资源的遗传相似系数为0.543~0.836,在遗传相似系数0.680处,可将24份金花茶组植物种质资源聚为3组。【结论】iPBS分子标记多态性高,重复性好,便于操作,能有效进行金花茶组植物种质资源的遗传多样性分析,可供金花茶种质资源的品种鉴定、亲缘关系分析和分子辅助育种参考应用。 展开更多
关键词 金花茶组植物 种质资源 ipbs分子标记 遗传多样性 亲缘关系
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