【目的】对武夷黑猪热休克蛋白A5(heat shock protein family A member 5,HSPA5)进行生物信息学预测与分析,为探究其生物学功能提供参考。【方法】对武夷黑猪HSPA5基因编码区进行克隆并测序,再与不同物种进行相似性比对并构建系统进化树...【目的】对武夷黑猪热休克蛋白A5(heat shock protein family A member 5,HSPA5)进行生物信息学预测与分析,为探究其生物学功能提供参考。【方法】对武夷黑猪HSPA5基因编码区进行克隆并测序,再与不同物种进行相似性比对并构建系统进化树,利用生物信息学方法预测其蛋白的理化特性、结构及功能,最后测定其在武夷黑猪不同组织中的表达量。【结果】武夷黑猪HSPA5基因编码区长1965 bp,编码654个氨基酸。相似性比对和进化树分析结果表明,武夷黑猪HSPA5氨基酸序列与杜洛克猪转录本变体2和鼠的HSPA5氨基酸序列相似性最高(100%),且与鼠的亲源关系最近,而与大黄花鱼的亲源关系最远。武夷黑猪HSPA5蛋白为酸性亲水蛋白,含有信号肽序列,在内质网中含量最高。主要由α-螺旋构成,且保守基序位于2个重叠的功能结构域内;含有56个磷酸化位点,76个O-糖基化位点,24个化学因子作用位点。同时具有26个抗原决定簇、11个T细胞抗原表位,13个B细胞抗原表位。与热休克蛋白90(heat shock protein member 90,HSP90)、激活转录因子6(activating transcription factor 6,ATF6)等互作关系密切。实时荧光定量PCR结果表明,HSPA5基因在武夷黑猪肝脏和子宫中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆了武夷黑猪HSPA5基因,且与鼠的亲源关系最近。武夷黑猪HSPA5蛋白主要定位于细胞质中,包含磷酸化、O-糖基化修饰位点,含有与T或B细胞抗原表位重叠的抗原决定簇序列,与未折叠蛋白反应通路中相关蛋白互作,在肝脏表达量最高。这些特征可为进一步研究HSPA5蛋白生物学功能提供参考。展开更多
文摘【目的】对武夷黑猪热休克蛋白A5(heat shock protein family A member 5,HSPA5)进行生物信息学预测与分析,为探究其生物学功能提供参考。【方法】对武夷黑猪HSPA5基因编码区进行克隆并测序,再与不同物种进行相似性比对并构建系统进化树,利用生物信息学方法预测其蛋白的理化特性、结构及功能,最后测定其在武夷黑猪不同组织中的表达量。【结果】武夷黑猪HSPA5基因编码区长1965 bp,编码654个氨基酸。相似性比对和进化树分析结果表明,武夷黑猪HSPA5氨基酸序列与杜洛克猪转录本变体2和鼠的HSPA5氨基酸序列相似性最高(100%),且与鼠的亲源关系最近,而与大黄花鱼的亲源关系最远。武夷黑猪HSPA5蛋白为酸性亲水蛋白,含有信号肽序列,在内质网中含量最高。主要由α-螺旋构成,且保守基序位于2个重叠的功能结构域内;含有56个磷酸化位点,76个O-糖基化位点,24个化学因子作用位点。同时具有26个抗原决定簇、11个T细胞抗原表位,13个B细胞抗原表位。与热休克蛋白90(heat shock protein member 90,HSP90)、激活转录因子6(activating transcription factor 6,ATF6)等互作关系密切。实时荧光定量PCR结果表明,HSPA5基因在武夷黑猪肝脏和子宫中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆了武夷黑猪HSPA5基因,且与鼠的亲源关系最近。武夷黑猪HSPA5蛋白主要定位于细胞质中,包含磷酸化、O-糖基化修饰位点,含有与T或B细胞抗原表位重叠的抗原决定簇序列,与未折叠蛋白反应通路中相关蛋白互作,在肝脏表达量最高。这些特征可为进一步研究HSPA5蛋白生物学功能提供参考。
