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新一代测序技术应用于microRNA检测 被引量:9
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作者 汤海明 陈红 +2 位作者 张静 任景怡 许宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期784-792,共9页
MicroRNAs(miRNAs)是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA(~22nt),在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年... MicroRNAs(miRNAs)是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA(~22nt),在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年来飞速发展的新一代测序技术在miRNA检测方面具有重要的应用。文章简要介绍了新一代测序技术3大平台的基本步骤和原理,测序数据的生物信息学分析方法以及新一代测序技术在miRNA方向的主要应用。相比于传统的miRNA检测方法,新一代测序技术具有通量高、对遗传物质检测完全且准确度高,可重复性好等优点,在探索新miRNA、miRNA互补链、miRNA编辑、miRNA异构体检测以及miRNA靶基因检测等方面具有巨大优势。随着新一代测序技术的不断发展,测序成本不断降低,在未来几年,新一代测序技术的使用率或将大大增加。新一代测序技术的不断应用将进一步促进人类对于miRNA在各种生理病理过程中的功能和调控的认识。 展开更多
关键词 micrornas(mirnas)检测 新一代测序技术 mirna检测 mirna靶基因检测
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正常与氧糖剥夺再复氧培养的星形胶质细胞来源外泌体miRNA测序分析 被引量:1
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作者 龙培艳 张文萍 +4 位作者 郑菊 付燕林 高霄 王正薇 肖雁 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期356-364,共9页
本研究通过高通量测序技术,分析正常培养和氧糖剥夺再复氧(oxygen and glucose deprivation/reoxygenation,OGD/R)培养星形胶质细胞来源外泌体的差异微小RNA(microRNA,miRNA)。采用超速离心法提取正常组和OGD/R组星形胶质细胞培养基上... 本研究通过高通量测序技术,分析正常培养和氧糖剥夺再复氧(oxygen and glucose deprivation/reoxygenation,OGD/R)培养星形胶质细胞来源外泌体的差异微小RNA(microRNA,miRNA)。采用超速离心法提取正常组和OGD/R组星形胶质细胞培养基上清的外泌体,透射电镜观察到提取的外泌体呈典型囊泡状,包膜完整,含有低电子密度的物质;纳米颗粒追踪技术(NTA)检测到星形胶质细胞外泌体大小为100.5±31.1 nm,占比为96.8%;免疫印迹检测显示,提取物中有外泌体标志性蛋白肿瘤易感蛋白(tumour-susceptibility protein,TSG101)、热休克蛋白60(heat shock proteins 60,Hsp60)、ALG-2相互作用蛋白X(ALG-2-interacting protein X,ALIX)的表达。与正常组相比,OGD/R组共有41个miRNA发生显著改变,其中20个miRNA显著升高,21个miRNA显著降低(P<0.05)。基因本体功能(GO)分析显示,差异靶基因主要参与蛋白质糖基化、脂质代谢过程、磷酸化作用、高尔基体、内质网、内吞体、细胞质囊泡和细胞突起等生物学过程;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析发现,差异靶基因主要与丁酸代谢、β-丙氨酸代谢、脂肪酸降解、线粒体自噬和P53信号通路等代谢途径和信号通路有关。通过对正常组和OGD/R组的星形胶质细胞来源的外泌体miRNA测序并进一步施行靶基因功能富集分析,为后续研究星形胶质细胞外泌体对氧糖剥夺再灌注神经元发挥的保护作用的具体机制提供了一定的研究基础。 展开更多
关键词 氧糖剥夺再灌注 星形胶质细胞 外泌体 高通量测序技术 微小RNA
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MiR-155在大鼠肝移植术后排斥反应中作用机制的研究 被引量:3
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作者 李坤 孔伟浩 +5 位作者 张俊斌 陈强星 孙翀 尹东亮 李慧 张剑 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期194-199,共6页
目的探讨微小核糖核酸(miRNA,miR)-155在大鼠肝移植术后排斥反应中的作用机制。方法将大鼠分为异系移植模型组(排斥组,n=10),供体为雄性Lewis大鼠,受体为雄性BN大鼠;同系移植模型组(对照组,n=10),供、受体均为雄性Lewis大鼠;两组均按照&... 目的探讨微小核糖核酸(miRNA,miR)-155在大鼠肝移植术后排斥反应中的作用机制。方法将大鼠分为异系移植模型组(排斥组,n=10),供体为雄性Lewis大鼠,受体为雄性BN大鼠;同系移植模型组(对照组,n=10),供、受体均为雄性Lewis大鼠;两组均按照"二袖套法"建立大鼠原位肝移植模型。术后第7日处死大鼠取血标本和肝组织。检测肝功能指标丙氨酸转氨酶(ALT)、总胆红素(TB)以及细胞因子白细胞介素(IL)-2、IL-4、干扰素(IFN)-γ的水平;光学显微镜下观察肝组织的病理变化情况。对两组大鼠肝组织样本每组选取3例进行高通量测序,检测排斥反应相关miRNA,进行生物信息学分析,预测并分析其相关的信号通路以及基因。结果肝功能检测显示排斥组大鼠血清中ALT、TB水平均高于对照组,差异均有统计学意义(均为P<0.01)。外周血细胞因子检测显示,与对照组比较,排斥组的IL-2和IFN-γ水平升高(均为P<0.01),IL-4水平下降(P<0.01)。病理检查结果提示,与对照组比较,排斥组发生了明显的排斥反应。高通量检测结果示排斥组miR-155表达上调明显,为对照组5.89倍。生物信息学分析提示,miR-155的上调表达与哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(m TOR)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)及T细胞受体信号通路有关,可能参与调节的基因有酵母自噬基因(ATG1)及其同源基因ULK2、胰岛素样生长因子-1(Igf-1)以及G蛋白偶联受体的调节基因(Arrb1)等。结论 miR-155可能促进了大鼠肝移植术后排斥反应的发生发展,涉及此过程的信号通路可能有m TOR、MAPK信号通路及T细胞受体信号途径,ATG1、ULK2、Igf-1以及Arrb1等基因可能参与了此过程。 展开更多
关键词 肝移植 急性排斥反应 免疫耐受 微小核糖核酸(mirna) MIR-155 高通量测序 信号通路 生物信息学分析 基因
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