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嗜盐古生菌AJ4中BR蛋白基因部分片段和16S rRNA基因序列研究 被引量:7
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作者 许学伟 吴敏 +2 位作者 阮红 洪洁 黄伟达 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期55-60,共6页
为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(bacteriorhodopsin ,BR)蛋白资源 ,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ4 ,采用PCR方法扩增出其 16SrRNA基因 (16SrDNA)和编码螺旋C至螺旋G的BR蛋白基因片... 为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(bacteriorhodopsin ,BR)蛋白资源 ,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ4 ,采用PCR方法扩增出其 16SrRNA基因 (16SrDNA)和编码螺旋C至螺旋G的BR蛋白基因片断 ,并测定了基因的核苷酸序列 .通过BR蛋白部分片段序列分析表明 ,BR蛋白中对于完成质子泵功能以及与视黄醛结合的关键性氨基酸残基均为保守序列 ,位于膜内侧的序列比位于膜外侧的序列更保守 ;基于BR蛋白基因和16SrDNA序列的同源性比较以及 16SrDNA序列的系统发育学研究表明 ,AJ4是Haloarcula属中新成员 .由此建立了一种快速筛选具有新BR蛋白的新嗜盐古生菌的方法 . 展开更多
关键词 嗜盐古生菌 BR蛋白基因 16srRNA 基因序列 系统发育
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嗜盐古生菌AJ6的分离及系统发育分析 被引量:6
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作者 徐晓红 吴敏 +2 位作者 曹轶 吴月红 张婷 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期83-88,共6页
从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖分离纯化得到嗜盐古生菌AJ6,革兰氏染色呈阴性、杆状、少数球形、菌体大小为0.2~0.6μm×1.6~4.2μm,最适NaCl和Mg2+质量浓度分别为15%和0.6%,在pH为6.0~7.0条件下生长良好.在此基础上... 从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖分离纯化得到嗜盐古生菌AJ6,革兰氏染色呈阴性、杆状、少数球形、菌体大小为0.2~0.6μm×1.6~4.2μm,最适NaCl和Mg2+质量浓度分别为15%和0.6%,在pH为6.0~7.0条件下生长良好.在此基础上,进一步通过PCR方法扩增了菌株AJ6的16SrRNA基因(16SrDNA),测定了该基因的核苷酸序列,并利用"Clustalw"软件和"PHYLIP"软件包分析16SrDNA序列,对其进行同源性比较和系统发育学分析,建立了嗜盐古细菌的系统发育树.结果表明菌株AJ6与Nnm.pallidum、Nnm.pellirubrum和Nnm.versiforme分在同一类群中,16SrDNA序列同源性分别为97.47%,96.44%和98.12%,菌株AJ6是Natrinema属中的一个新成员,命名为Natrinemaaltuensis.菌株AJ6的16SrDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为AY277584. 展开更多
关键词 新疆阿尔金山盐湖地区 嗜盐古生菌 16s rdna 系统发育
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一个新的Br蛋白基因部分序列测定及分析 被引量:6
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作者 许学伟 吴敏 +2 位作者 阮红 黄伟达 迪丽拜尔.托乎提 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期343-348,共6页
从新疆北部艾比湖分离纯化到极端嗜盐古生菌AB1,采用PCR方法扩增了其165 rRNA基因(16S rDNA)和编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质(bacteriorhodopsin,Br)蛋白基因片段,并测定了基因的核苷酸序列。基于16S rDNA序列的同源性比较及系统发育... 从新疆北部艾比湖分离纯化到极端嗜盐古生菌AB1,采用PCR方法扩增了其165 rRNA基因(16S rDNA)和编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质(bacteriorhodopsin,Br)蛋白基因片段,并测定了基因的核苷酸序列。基于16S rDNA序列的同源性比较及系统发育学研究表明,AB1是Natronococcus属中新成员。通过对菌株AB1的Br蛋白亲水性分析表明,AB1的Br蛋白与已报道Br蛋白有类似的超二级结构,进一步的蛋白质序列聚合比对结果表明,AB1中Br蛋白螺旋C至螺旋G的氨基酸序列与其他菌株差异明显。研究结果表明菌株AB1的Br蛋白是一种新的Br蛋白。 展开更多
关键词 嗜盐古生菌 细菌视紫红质 16s rdna
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嗜盐古菌中氯视紫红质基因序列的遗传分析 被引量:1
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作者 时晗 吴敏 +1 位作者 许学伟 周祯 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期80-86,共7页
采用PCR方法扩增了嗜盐古菌AB19、AB30和AJ5编码螺旋C至螺旋G的氯视紫红质(halorhodopsin,HR)蛋白基因片断和16S rRNA基因(16S rDNA),测定了它们的核苷酸序列,与已报道的hr基因序列差异显著.获得AJ5 HR蛋白基因序列在Halobiforma属中尚... 采用PCR方法扩增了嗜盐古菌AB19、AB30和AJ5编码螺旋C至螺旋G的氯视紫红质(halorhodopsin,HR)蛋白基因片断和16S rRNA基因(16S rDNA),测定了它们的核苷酸序列,与已报道的hr基因序列差异显著.获得AJ5 HR蛋白基因序列在Halobiforma属中尚属首次.对hr基因序列进行的遗传分析,包括GC含量、转换与颠换的比值、密码子使用偏好,表明hr基因面临进化选择和偏倚突变压的双重制约,是一类进化程度较高的基因.对比br基因编码蛋白螺旋C到G的序列发现它们具有相似的种属特征.采用BR和HR蛋白螺旋C到G序列构建系统发生树比传统的16S rDNA序列具有优势,BR和HR可以作为两种新型的分子指标. 展开更多
关键词 嗜盐古菌 氯视紫红质 细菌视紫红质 遗传分析 16s rdna
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嗜盐古生菌br基因的遗传分析 被引量:1
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作者 徐晓红 吴敏 +1 位作者 张会斌 刘志虎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期376-380,共5页
从新疆阿尔金山地区阿乌拉仔盐湖分离纯化到几株极端嗜盐古生菌AJ11,AJ12和AJ13,采用PCR技术分别扩增了其16S rRNA基因(16S rDNA)和编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质(bacteriorhodopsin,BR)蛋白基因片段,测定了基因的核苷酸序列。基于16S... 从新疆阿尔金山地区阿乌拉仔盐湖分离纯化到几株极端嗜盐古生菌AJ11,AJ12和AJ13,采用PCR技术分别扩增了其16S rRNA基因(16S rDNA)和编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质(bacteriorhodopsin,BR)蛋白基因片段,测定了基因的核苷酸序列。基于16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,分离到的菌株是Natrinema属中成员,并构成一个独立的微生物种群。随后的遗传分析,包括GC含量、转换与颠换的比率、同义突变率分析,表明br基因间具有较高的遗传分歧程度,并面临着净化选择和偏倚突变压的双重抑制。研究为物种资源及BR蛋白资源的进一步利用打下基础。 展开更多
关键词 嗜盐古生菌 16s rdna 系统发育 细菌视紫红质 遗传分析
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