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国内新型基因2型牛病毒性腹泻病毒研究进展 被引量:15
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作者 张倩 陶洁 +10 位作者 张东 区炳明 林航 杨颖 张信军 朱礼倩 王建业 贺生中 孟婷 谢静 朱国强 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2017年第1期80-86,共7页
牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)有两种基因型:基因1型(BVDV-1)和基因2型(BVDV-2)。以往的流行病学调查显示BVDV-1的分布和流行区域更加广泛,但近年来国内BVDV-2的发病率呈持续升高趋势。BVDV-2通常会引起严重的急... 牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)有两种基因型:基因1型(BVDV-1)和基因2型(BVDV-2)。以往的流行病学调查显示BVDV-1的分布和流行区域更加广泛,但近年来国内BVDV-2的发病率呈持续升高趋势。BVDV-2通常会引起严重的急性感染和出血综合征,给养牛业造成巨大损失。本文就BVDV-2特异性检测方法和基因分型的建立,型特异性BVDV-2毒株的分离与鉴定,BVDV-2优势分离株的全基因组测定与遗传特性分析及BVDV-1和BVDV-2抗原和抗体检测平台的建立等方面展开简要综述。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 分离株 检测 鉴定 全基因组
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结核分枝杆菌Ag85A口服脂质体DNA疫苗安全性的初步验证
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作者 姜燕 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2011年第6期66-69,共4页
对重组pcDNA3.1+/Ag85A DNA阳离子脂质体疫苗的安全性进行初步评价,为临床经口接种DNA疫苗提供理论和实验依据。取质粒存在最丰富的2个部位,即脾、小肠,提取基因组中DNA,并以此为模板进行PCR扩增。分析质粒重组体是否与基因组DNA整合,... 对重组pcDNA3.1+/Ag85A DNA阳离子脂质体疫苗的安全性进行初步评价,为临床经口接种DNA疫苗提供理论和实验依据。取质粒存在最丰富的2个部位,即脾、小肠,提取基因组中DNA,并以此为模板进行PCR扩增。分析质粒重组体是否与基因组DNA整合,同时将受试动物实验组与对照组在受试期间体重、食量、一般活动等方面比较;受试小鼠脏器重量与对照组进行比较。结果显示,质粒重组体并未与基因组DNA整合,同时受试动物实验组与对照组之间,无论受试期还是恢复期之间体重、食量、一般活动等方面未见明显改变。受试小鼠脏器重量与对照组相比,无明显差别,从而证明脂质体pcDNA3.1+/Ag85A DNA未与宿主基因组整合,间接说明pcDNA3.1+/Ag85A DNA疫苗对免疫动物并没有潜在的致癌作用。 展开更多
关键词 阳离子脂质体 DNA疫苗 基因组 整合
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猪札幌病毒VPg基因的原核表达及免疫原性研究 被引量:1
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作者 单兴娜 杨彬 +3 位作者 柳纪省 张韵 杨勃 兰喜 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第4期816-822,共7页
为获得猪札幌病毒病毒基因组连接蛋白(viral protein genome-linked,VPg),本试验以中国西北地区猪札幌病毒CH430株RNA为模板,通过RT-PCR扩增VPg基因,将其克隆至pMD19-T Simple Vector,双酶切及基因测序鉴定后,再亚克隆至pET-30a中构建... 为获得猪札幌病毒病毒基因组连接蛋白(viral protein genome-linked,VPg),本试验以中国西北地区猪札幌病毒CH430株RNA为模板,通过RT-PCR扩增VPg基因,将其克隆至pMD19-T Simple Vector,双酶切及基因测序鉴定后,再亚克隆至pET-30a中构建重组质粒,并转化至大肠杆菌BL21(DE3)中进行诱导表达。将纯化的目的蛋白免疫家兔得到超免疫血清。结果显示,获得的VPg基因全长为339bp,编码113个氨基酸。SDS-PAGE结果显示,重组菌在37℃、1.0mmol/L IPTG诱导表达6h时重组蛋白表达量最高,表达的目的蛋白主要以包涵体的形式存在,大小为22ku,与预期结果相符。Western blotting分析结果表明,该重组蛋白与超免疫血清具有良好的反应原性。超免疫血清ELISA效价可达1∶12 800,且具有良好的特异性。本试验获得的超免疫血清为研究猪札幌病毒非结构蛋白VPg的结构与功能奠定了基础。 展开更多
关键词 猪札幌病毒 病毒基因组连接蛋白(VPg) 原核表达 纯化
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E型牛肠道病毒新疆BL311株的分离鉴定及致病性分析 被引量:2
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作者 陈俊贞 李祯 +4 位作者 张成远 袁圆圆 张乐乐 付强 史慧君 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第5期144-151,共8页
以采集自新疆博乐某牛场腹泻牛的粪便,接种胎牛肾细胞(Madin-Darby bovine kidney,MDBK),盲传15代分离牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV),使用蚀斑纯化法连续纯化5轮得到纯化病毒,并命名为BL311。使用BL311株感染MDBK细胞后,观察细胞... 以采集自新疆博乐某牛场腹泻牛的粪便,接种胎牛肾细胞(Madin-Darby bovine kidney,MDBK),盲传15代分离牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV),使用蚀斑纯化法连续纯化5轮得到纯化病毒,并命名为BL311。使用BL311株感染MDBK细胞后,观察细胞病变效应(cytopathic effect,CPE),采用Reed-Muench法计算病毒滴度,利用理化性质检测、透射电镜观察、基因型分析及对小鼠的致病性试验鉴定BL311分离株。结果显示,BL311分离株感染MDBK细胞24 h后细胞出现变圆、破裂和脱落等致细胞病变效应,病毒滴度显著增高(P<0.05);36 h后细胞出现大量CPE,病毒滴度极显著增高(P<0.01)。理化性质鉴定结果显示BL311分离株对有机溶剂具有一定抵抗力,紫外光照射1 h或56℃环境培养1 h可使毒株失活。电镜下观察BL311毒株为直径25~30 nm的球形颗粒,具有典型的小RNA病毒粒子形态。基因测序结果显示BL311毒株的基因全长是7514 nt,与国内报道的HY12分离株(KF748290)的同源性高达99%,属于BEV-E3型。致病性实验结果显示,BALB/c小鼠感染BL311毒株后,器官表现为肿大,且伴有出血;病理组织学观察可见组织器官炎性细胞浸润及出血。本研究分离纯化得到1株具有较强致病性的E种肠道病毒,将为新疆BEV的流行病学调查及致病机制研究提供依据。 展开更多
关键词 牛肠道病毒 分离鉴定 全基因组序列 致病性
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Boronate Affinity-assisted Electrochemically Controlled ATRP for Ultrasensitive Electrochemical Aptasensing of Carcinoembryonic Antigen 被引量:1
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作者 Qiong Hu Shi-Qi Li +4 位作者 Yi-Yi Liang Wen-Xing Feng Yi-Lin Luo Xiao-Jing Cao Li Niu 《电化学》 CAS 北大核心 2023年第6期56-64,共9页
As an acidic glycoprotein,carcinoembryonic antigen(CEA)is of great value as a broad-spectrum tumor marker in the differential diagnosis and surveillance of malignant tumors.In this work,we report an electrochemical ap... As an acidic glycoprotein,carcinoembryonic antigen(CEA)is of great value as a broad-spectrum tumor marker in the differential diagnosis and surveillance of malignant tumors.In this work,we report an electrochemical aptasensor for the ultrasensitive and highly selective detection of CEA,taking advantage of the dual amplification by the boronate affinity-assisted electrochemically controlled atom transfer radical polymerization(BA-eATRP).Specifically,the BAeATRP-based electrochemical aptasensing of CEA involves the capture of target antigens by nucleic acid aptamers,the covalent crosslinking of ATRP initiators to CEA antigens via the selective interactions between the phenylboronic acid(PBA)group and the cis-diol group of the monosaccharide residues,and the collection of the ferrocene(Fc)reporters via the eATRP of ferrocenylmethyl methacrylate(FcMMA).As CEA is decorated with hundreds of cis-diol groups,the BA-based crosslinking can result in the labeling of each CEA with hundreds of ATRP initiators;furthermore,the eATRP of FcMMA results in the surface-initiated growth of long-chain ferrocenyl polymers,leading to the tethering of each ATRP initiator-conjugated site with hundreds to thousands of Fc reporters.Such that,the BAeATRP can result in the efficient labeling of each CEA with a plenty of Fc reporters.Under the optimized conditions,the BA-eATRP-based strategy enables the highly selective aptasensing of CEA at a concentration as low as 0.34 pg·mL^(-1),with a linear range of 1.01000 pg·mL^(-1).Besides,this aptasensor has been successfully applied to the quantitative analysis of CEA in human serum.The BA-eATRP-based electrochemical aptasensor is cost-effective and simple in operation,holding broad application prospect in the ultrasensitive and highly selective detection of CEA. 展开更多
关键词 Boronate affinity Atom transfer radical polymerization Electrochemical aptasensor Carcinoembryonic antigen Tumor marker Signal amplification
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中华按蚊OCT家族基因的多样性及序列特征
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作者 雷丹 闫振天 +1 位作者 张肖肖 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期337-347,共11页
【目的】在全基因组水平鉴定、分类和命名中华按蚊Anopheles sinensis有机阳离子转运体(organic cation transporter,OCT)家族基因,为昆虫OCT基因提供信息框架。【方法】从NCBI,VectorBase和EMBL数据库下载冈比亚按蚊An.gambiae、黑腹果... 【目的】在全基因组水平鉴定、分类和命名中华按蚊Anopheles sinensis有机阳离子转运体(organic cation transporter,OCT)家族基因,为昆虫OCT基因提供信息框架。【方法】从NCBI,VectorBase和EMBL数据库下载冈比亚按蚊An.gambiae、黑腹果蝇Drosophila melanogaster和秀丽隐杆线虫Caenorhabditis elegans已知的OCT氨基酸序列作为询问序列,基于中华按蚊基因组与转录组测序数据,通过本地Blast搜索鉴定中华按蚊基因组上OCT基因;运用生物信息学方法预测中华按蚊OCT基因的基因结构、Scaffold定位和保守基序等特征,通过最大似然法构建中华按蚊OCT基因的系统发育树。【结果】中华按蚊共有54个OCT家族基因,分属于OCTA,OCTB和OCTC 3个亚家族,分别有33,15和6个基因。除AsOCTA20和AsOCTB2外,其余OCT基因编码的氨基酸序列均具有MFS_1和Sugar_tr跨膜结构域(transmembrane domain,TMD),大多数OCT氨基酸序列有12个TMD。所有OCT氨基酸序列都有GRK-(PT)-VL,PES-(APVS)和EQFPT-(VI)-RN 3个保守基序,各亚家族还有各自的保守基序。4对基因(AsOCTB4a和AsOCTB4b,AsOCTA10a和AsOCTA10b,AsOCTA19a和AsOCTA19b,以及AsOCTA23a和AsOCTA23b)源自基因重复事件。AsOCTC基因较为原始,AsOCTB基因较为进化,都是明显的单系;AsOCTA基因介于两者之间,进化关系较为复杂。【结论】本研究丰富了中华按蚊基因组数据,为后续中华按蚊OCT基因功能特别是杀虫剂抗性机制方面的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 中华按蚊 有机阳离子转运体家族 全基因组鉴定 序列保守性 系统发育
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人工智能在肺癌影像基因组学方面的研究与进展 被引量:3
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作者 贾利叶 任雪婷 +2 位作者 赵涓涓 武炜 杨倩倩 《太原理工大学学报》 CAS 北大核心 2022年第4期571-587,共17页
基于人工智能技术的影像基因组学在肺癌的个性化治疗和精准医学等方面都显示出巨大的潜力,为肺癌的智能诊断与预后预测提供了重要的理论基础和技术支撑。为了更加深入有效的探索和广泛的应用,详细描述了人工智能方法在肺癌影像基因组学... 基于人工智能技术的影像基因组学在肺癌的个性化治疗和精准医学等方面都显示出巨大的潜力,为肺癌的智能诊断与预后预测提供了重要的理论基础和技术支撑。为了更加深入有效的探索和广泛的应用,详细描述了人工智能方法在肺癌影像基因组学领域用于诊断与预后的相关研究进展。首先介绍了人工智能在影像基因组学中的角色与应用,以及人工智能技术在肺癌影像基因组学的主要研究方向,分别从肺癌基因表型识别、影像基因双向相关分析、预后预测三个方面进行了综述,并且评估了放射组学与深度学习算法在每个问题中的优缺点以及面临的问题和挑战。其次,总结了智能影像基因组学现阶段面临的主要挑战,并对未来的研究方向做出了展望。基于人工智能的影像基因组学在肺癌诊断、生存复发预测、疗效反应评估和了解肿瘤生物学机制等方面虽然取得了一定的进展,但还需要结合实际的临床需求,建立一种统一、标准、完善的计算机辅助临床程序,进一步探讨人工智能在肺癌影像基因组学中研究成果应用的可解释性、可重复性和普遍性验证,为肺癌的智能化诊疗与评估提供保障。 展开更多
关键词 人工智能 影像基因组学 肺癌 基因表型识别 双向相关性 预后预测
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四维细胞核体调控基因表达的数学理论
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作者 王子豪 张圳泉 张家军 《中山大学学报(自然科学版)(中英文)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期254-264,共11页
多尺度三维基因组结构驱动基因表达和细胞命运决定.尽管在一维线性基因组层面上的研究取得了显著进展,但三维空间基因组动态结构如何在功能上影响时空基因表达的变化仍不清楚.近年来,测序技术和影像技术的发展,使得四维核体基因组学的... 多尺度三维基因组结构驱动基因表达和细胞命运决定.尽管在一维线性基因组层面上的研究取得了显著进展,但三维空间基因组动态结构如何在功能上影响时空基因表达的变化仍不清楚.近年来,测序技术和影像技术的发展,使得四维核体基因组学的研究取得一系列进展.在本文中,讨论了三维基因组结构的多尺度性、其对基因表达的复杂调控以及时空动力学.接着对这一复杂的染色质结构动力学、表观修饰动力学和基因表达动力学进行理论建模,提出了可预测的多尺度耦合系统的建模框架.最后,讨论了未来关于四维核体动力学的研究方向. 展开更多
关键词 三维基因组 基因表达 染色质构象 表观修饰 基因调控
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