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题名枣结果枝cDNA文库的构建与部分ESTs分析
被引量：11
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作者
孟玉平
曹秋芬
孙海峰
周慧
张春芬
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机构
山西省农业生物技术研究中心
山西大学化学化工学院
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出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2009年第5期102-106,共5页
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基金
山西省自然科学基金项目(20051081
2008011062-2)
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文摘
用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性ESTs 101个),有68个ESTs是NCBI中有序列注释的未知蛋白,有41个ESTs是NCBI中没有的未知序列(新基因)。将已知基因进行功能分类,其中包含有参与基础代谢的基因46个,蛋白质合成与转运基因27个,光合作用基因24个,细胞结构基因22个,信号转导基因19个,细胞生长基因19个,抗病防御基因11个,花发育基因6个,膜运输基因4个,金属转运基因2个。抗逆基因的表达可能与枣树本身耐寒、耐旱、耐瘠薄、耐重金属等抵抗不良环境能力强的性状有关。
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关键词
壶瓶枣
结果枝
CDNA文库
ESTs分析
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Keywords
ziziphus jujuba Mill HUPinG
fruit-bearing shoot
cDNA library
ESTs analysis
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分类号
S665.1
[农业科学—果树学]
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题名枣结果枝核糖体蛋白的生物信息学分析
被引量：1
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作者
戎宏立
王长彪
李倩
孟玉平
曹秋芬
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机构
山西大学生物工程学院
山西省农业科学院生物技术研究中心
农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室
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出处
《山西农业科学》
2013年第2期110-114,145,共6页
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基金
山西省自然科学基金项目(2010011038-2)
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文摘
应用生物信息学的方法对枣(Ziziphus jujuba Mill.)生长初期结果枝的cDNA文库ESTs进行了功能注释,查找核糖体蛋白基因,并对其氨基酸序列组成、基本理化性质、蛋白质二级结构、疏水性/亲水性及潜在磷酸化位点等进行了初步分析预测,旨在了解其结构特征,进而发掘枣树的优良基因。结果表明,625个ESTs中,有397个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复ESTs 77个);将320条ESTs通过KEGG数据库进行代谢分析,得到123条ESTs的62个代谢途径。对获得的枣树24个核糖体蛋白进行分析发现,其分子量在6 931.12～32 764.44之间,α-螺旋和无规则卷曲是其主要的结构元件,多肽链都表现为亲水性,磷酸化潜在位点普遍存在于核糖体蛋白多肽链中;并构建了24个核糖体蛋白的进化树,对其分子进化进行了探讨。
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关键词
枣结果枝
EST分析
核糖体蛋白
生物信息学
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Keywords
fruit bearing shoot in ziziphus jujuba
EST analysis
ribosomal protein
bioinformatics
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分类号
S665.1
[农业科学—果树学]
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