[目的]鉴定蒙古沙棘亚种(Hippophae rhamnoides subsp.mongolica)Dof(DNA binding with one finger)基因家族成员,探究沙棘果肉油脂合成积累过程中的关键Dof基因,为解析关键转录因子Dof调控沙棘果肉含油率提供分子依据。[方法]利用生物...[目的]鉴定蒙古沙棘亚种(Hippophae rhamnoides subsp.mongolica)Dof(DNA binding with one finger)基因家族成员,探究沙棘果肉油脂合成积累过程中的关键Dof基因,为解析关键转录因子Dof调控沙棘果肉含油率提供分子依据。[方法]利用生物信息学方法鉴定沙棘基因组中Dof基因家族成员并对各成员的蛋白质结构域、保守基序、顺式作用元件、系统发育树进行了系统分析;对12个沙棘种质果肉进行绝对定量转录组测序(Unique Molecular Identifier RNA-seq,UMI RNA-seq),根据Dof基因家族成员表达量和果肉含油率挖掘候选关键Dof基因。[结果]沙棘基因组中鉴定到47个Dof成员,均具有典型的Dof结构域,并分布在12条染色体中,识别到10个Motif且具有植物油脂合成和生长发育相关的作用元件;Dof基因家族可被分为3个亚家族,根据系统发育关系分析,部分沙棘Dof与调控大豆(NP001236530.2、NP001315363.1)油脂合成的Dof亲缘关系较近。不同沙棘种质果肉发育期间的UMI RNA-seq分析发现HrDof1.2(Hic_asm_12.3128)橙色果实时期基因表达量显著高于绿色果实时期,且与相应种质的果肉含油率变化规律密切相关。[结论]沙棘Dof基因家族成员参与油脂合成和生长发育过程,沙棘HrDof1.2基因表达与果肉含油率密切相关,为深入解析沙棘Dof基因调控油脂合成积累机理提供科学依据。展开更多
六自由度(Six Degrees of Freedom,6DoF)视频允许用户从全方位、任意视角身临其境体验场景,是下一代沉浸式视频产业的发展方向.部分自由度受限的窗口6DoF视频近年来成为研究热点,本文提出面向窗口6DoF合成视频的主观数据库和客观质量评...六自由度(Six Degrees of Freedom,6DoF)视频允许用户从全方位、任意视角身临其境体验场景,是下一代沉浸式视频产业的发展方向.部分自由度受限的窗口6DoF视频近年来成为研究热点,本文提出面向窗口6DoF合成视频的主观数据库和客观质量评价方法.在主观数据库方面,构建了包含两种交互路径不适性失真、四种绘制失真和四种压缩失真的窗口6DoF合成视频主观质量数据库Windowed-6DoF,并开展主观质量测试及结果分析.在客观质量评价方法方面,设计了一种融合多层特征的窗口6DoF合成视频无参考客观质量评价方法.采用切比雪夫矩提取视频时域切片上的底层形状特征;采用Resnet-50网络提取视频的时域、空域高层语义特征并进行降维处理;最后采用随机森林将底层形状特征和高层语义特征进行融合,且训练得到窗口6DoF合成视频的客观质量评价模型.在提出的数据库Windowed-6DoF和公共数据库IRCCyN/IVC DIBR的测试结果表明,本文提出的客观质量评价方法预测分数的皮尔逊线性相关系数分别达到0.9327和0.8581,与主观评价分数具有较好的一致性.展开更多
DOF(DNA binding with one finger)转录因子是植物特有的转录因子家族,含有一个独特的富含Cys残基的单锌指DNA结合区域,在植物生长发育中参与多种生物学过程。本研究根据拟南芥AtDof1.7基因(GenBank登录号为AT1G51700)序列设计含有不同...DOF(DNA binding with one finger)转录因子是植物特有的转录因子家族,含有一个独特的富含Cys残基的单锌指DNA结合区域,在植物生长发育中参与多种生物学过程。本研究根据拟南芥AtDof1.7基因(GenBank登录号为AT1G51700)序列设计含有不同酶切位点的特异性扩增引物,以拟南芥总DNA为模板,扩增AtDof1.7基因片段,将AtDof1.7基因正向反向分别插入表达载体的相应位置,构建成AtDof1.7基因的RNA干扰载体pADOF1。利用改良的floral-dip方法将干扰载体pADOF1成功转入野生型拟南芥,经草甘膦抗性筛选和PCR检测获得5株阳性转基因植株。利用RT-PCR技术和气相色谱法分别分析了AtDof1.7基因的表达和种子脂肪酸组成,结果表明,5株转基因植株中AtDof1.7基因的表达量不同程度低于野生型植株,种子油酸含量明显上升,亚麻酸含量明显下降,说明AtDof1.7转录因子与拟南芥种子脂肪酸代谢途径有一定的关系,为进一步研究其在脂肪酸代谢过程中的调控作用以及在油菜中研究该类转录因子的功能奠定了基础。展开更多
Dof（DNA-binding with one zinc finger）锌指蛋白是植物特有的一类转录因子,在多种代谢途径中发挥着重要作用。为全面了解Dof基因在马铃薯基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定出了马铃薯Dof基因家族成员,并对基因的结构、染色体定...Dof（DNA-binding with one zinc finger）锌指蛋白是植物特有的一类转录因子,在多种代谢途径中发挥着重要作用。为全面了解Dof基因在马铃薯基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定出了马铃薯Dof基因家族成员,并对基因的结构、染色体定位、系统进化关系和保守结构域进行了预测,分析了Dof基因在不同组织和系列胁迫下的表达特征。结果表明,马铃薯Dof转录因子家族由35个基因编码43个蛋白质;基因分布于除7号和12号染色体外的其余10条染色体上;STDOF蛋白长度在165～503个氨基酸之间,等电点介于4.72～10.04;系统发生分析表明,STDOF蛋白分为4个亚族;转录组数据分析显示,St Dof基因的表达具有组织特异性,在不同胁迫条件下,多数St Dof基因的表达也呈现有不同程度的差异。本研究为深入探讨St Dof基因的功能及在马铃薯的遗传改良中的应用奠定了基础。展开更多
Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,包含一个C2-C2锌指,其N-末端保守的Dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域。在过去10多年的研究中,Dof蛋白在多种单子叶和双子叶植物中被分离。Dof蛋白作为转...Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,包含一个C2-C2锌指,其N-末端保守的Dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域。在过去10多年的研究中,Dof蛋白在多种单子叶和双子叶植物中被分离。Dof蛋白作为转录的激活子或抑制子在植物的生长和发育中发挥重要作用。就Dof转录因子及其生物学功能的进展进行了综述。展开更多
Dof(DNA-binding one zinc finger)蛋白是一类植物所特有的转录因子,N-末端具有高度保守的C2-C2单锌指结构域,C-末端的转录调控区的氨基酸具有高度多样性,其在植物光合、细胞周期及逆境响应等过程中发挥着重要的作用。本研究基于金银花...Dof(DNA-binding one zinc finger)蛋白是一类植物所特有的转录因子,N-末端具有高度保守的C2-C2单锌指结构域,C-末端的转录调控区的氨基酸具有高度多样性,其在植物光合、细胞周期及逆境响应等过程中发挥着重要的作用。本研究基于金银花测序数据,利用生物信息学的方法筛选了候选的LjDof基因,并对其理化性质、亚细胞定位、同源序列比对、保守基序、系统进化发育和表达模式进行了深入分析。结果表明,金银花Dof转录因子家族包含11个基因,编码的氨基酸的个数为157~492,理论等电点为5.45~9.48,均为不稳定亲水性蛋白。亚细胞定位显示,LjDof基因都在细胞核中有定位,个别在其他部位也有定位。同源比对和Motif分析发现,11个LjDof基因都含有完整的C2-C2单锌指结构。系统进化发育分析表明,金银花Dof蛋白分为五个亚类。实时荧光定量PCR及表达模式分析表明,LjDof基因在金银花低温胁迫不同时间下有着不同的表达规律。本研究结果为进一步研究金银花Dof基因在逆境胁迫下的功能提供了理论基础。展开更多
文摘六自由度(Six Degrees of Freedom,6DoF)视频允许用户从全方位、任意视角身临其境体验场景,是下一代沉浸式视频产业的发展方向.部分自由度受限的窗口6DoF视频近年来成为研究热点,本文提出面向窗口6DoF合成视频的主观数据库和客观质量评价方法.在主观数据库方面,构建了包含两种交互路径不适性失真、四种绘制失真和四种压缩失真的窗口6DoF合成视频主观质量数据库Windowed-6DoF,并开展主观质量测试及结果分析.在客观质量评价方法方面,设计了一种融合多层特征的窗口6DoF合成视频无参考客观质量评价方法.采用切比雪夫矩提取视频时域切片上的底层形状特征;采用Resnet-50网络提取视频的时域、空域高层语义特征并进行降维处理;最后采用随机森林将底层形状特征和高层语义特征进行融合,且训练得到窗口6DoF合成视频的客观质量评价模型.在提出的数据库Windowed-6DoF和公共数据库IRCCyN/IVC DIBR的测试结果表明,本文提出的客观质量评价方法预测分数的皮尔逊线性相关系数分别达到0.9327和0.8581,与主观评价分数具有较好的一致性.
文摘DOF(DNA binding with one finger)转录因子是植物特有的转录因子家族,含有一个独特的富含Cys残基的单锌指DNA结合区域,在植物生长发育中参与多种生物学过程。本研究根据拟南芥AtDof1.7基因(GenBank登录号为AT1G51700)序列设计含有不同酶切位点的特异性扩增引物,以拟南芥总DNA为模板,扩增AtDof1.7基因片段,将AtDof1.7基因正向反向分别插入表达载体的相应位置,构建成AtDof1.7基因的RNA干扰载体pADOF1。利用改良的floral-dip方法将干扰载体pADOF1成功转入野生型拟南芥,经草甘膦抗性筛选和PCR检测获得5株阳性转基因植株。利用RT-PCR技术和气相色谱法分别分析了AtDof1.7基因的表达和种子脂肪酸组成,结果表明,5株转基因植株中AtDof1.7基因的表达量不同程度低于野生型植株,种子油酸含量明显上升,亚麻酸含量明显下降,说明AtDof1.7转录因子与拟南芥种子脂肪酸代谢途径有一定的关系,为进一步研究其在脂肪酸代谢过程中的调控作用以及在油菜中研究该类转录因子的功能奠定了基础。
文摘Dof（DNA-binding with one zinc finger）锌指蛋白是植物特有的一类转录因子,在多种代谢途径中发挥着重要作用。为全面了解Dof基因在马铃薯基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定出了马铃薯Dof基因家族成员,并对基因的结构、染色体定位、系统进化关系和保守结构域进行了预测,分析了Dof基因在不同组织和系列胁迫下的表达特征。结果表明,马铃薯Dof转录因子家族由35个基因编码43个蛋白质;基因分布于除7号和12号染色体外的其余10条染色体上;STDOF蛋白长度在165～503个氨基酸之间,等电点介于4.72～10.04;系统发生分析表明,STDOF蛋白分为4个亚族;转录组数据分析显示,St Dof基因的表达具有组织特异性,在不同胁迫条件下,多数St Dof基因的表达也呈现有不同程度的差异。本研究为深入探讨St Dof基因的功能及在马铃薯的遗传改良中的应用奠定了基础。
文摘Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,包含一个C2-C2锌指,其N-末端保守的Dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域。在过去10多年的研究中,Dof蛋白在多种单子叶和双子叶植物中被分离。Dof蛋白作为转录的激活子或抑制子在植物的生长和发育中发挥重要作用。就Dof转录因子及其生物学功能的进展进行了综述。
文摘Dof(DNA-binding one zinc finger)蛋白是一类植物所特有的转录因子,N-末端具有高度保守的C2-C2单锌指结构域,C-末端的转录调控区的氨基酸具有高度多样性,其在植物光合、细胞周期及逆境响应等过程中发挥着重要的作用。本研究基于金银花测序数据,利用生物信息学的方法筛选了候选的LjDof基因,并对其理化性质、亚细胞定位、同源序列比对、保守基序、系统进化发育和表达模式进行了深入分析。结果表明,金银花Dof转录因子家族包含11个基因,编码的氨基酸的个数为157~492,理论等电点为5.45~9.48,均为不稳定亲水性蛋白。亚细胞定位显示,LjDof基因都在细胞核中有定位,个别在其他部位也有定位。同源比对和Motif分析发现,11个LjDof基因都含有完整的C2-C2单锌指结构。系统进化发育分析表明,金银花Dof蛋白分为五个亚类。实时荧光定量PCR及表达模式分析表明,LjDof基因在金银花低温胁迫不同时间下有着不同的表达规律。本研究结果为进一步研究金银花Dof基因在逆境胁迫下的功能提供了理论基础。
