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活性污泥宏基因组Fosmid文库的构建 被引量:3
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作者 苟敏 曲媛媛 +2 位作者 周集体 许炳雯 曹湘禹 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第1期120-124,共5页
大插入片段宏基因组文库的构建是开发大片段目的基因及分析其结构与功能的基础.文中分别采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、试剂盒及琼脂糖包埋法提取活性污泥宏基因组DNA,其中琼脂糖包埋法获得的DNA片段大于23kbp,利用此DNA成功构建了... 大插入片段宏基因组文库的构建是开发大片段目的基因及分析其结构与功能的基础.文中分别采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、试剂盒及琼脂糖包埋法提取活性污泥宏基因组DNA,其中琼脂糖包埋法获得的DNA片段大于23kbp,利用此DNA成功构建了以pCC1FOS为载体的Fosmid文库,该文库含有5280个克隆,平均插入片段长度为35~40 kbp,共包含约200 Mbp的宏基因组DNA.从此文库中随机挑选200个克隆,利用活性筛选方法快速筛选到了1个含有淀粉酶的阳性克隆,表明活性污泥Fosmid文库可用于功能基因的活性筛选,具有开发新基因的潜力. 展开更多
关键词 活性污泥 基因组DNA fosmid文库 活性筛选 淀粉酶
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深海沉积物宏基因组文库构建及淀粉酶筛选 被引量:2
2
作者 黄雅丽 张炯 +3 位作者 曹理想 谭红铭 陆勇军 周世宁 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期144-148,共5页
深海环境通常具有高盐,高压,高/低温,无光照等特点,使得海洋微生物存在一套独特的生理代谢机制和分子细胞结构,然而迄今绝大部分深海微生物不能在实验室条件下被分离培养,深海微生物资源开发遇到很大挑战。本研究通过不依赖培养的方法... 深海环境通常具有高盐,高压,高/低温,无光照等特点,使得海洋微生物存在一套独特的生理代谢机制和分子细胞结构,然而迄今绝大部分深海微生物不能在实验室条件下被分离培养,深海微生物资源开发遇到很大挑战。本研究通过不依赖培养的方法研究海洋微生物的基因资源,构建了南海深海沉积物fosmid宏基因组文库,共获得约39 600个克隆,插入片段范围在24~45kb之间,平均插入片段大小为33kb,克隆片段的总库容达到1 320Mb。通过功能筛选获得3个具有淀粉酶活性的克隆子,选取其中最适温度较低的amy7作为进一步研究对象。构建amy7插入片段的重组质粒文库,获得一个同样有淀粉酶活性的克隆子amy7—6。经测序,克隆子amy7—6含有3 291bp插入片段,序列比对分析后发现其中一个大小为1 920bp的ORF,其编码的蛋白质序列(AmyS)与各种来源的糖苷酶有着较高的相似性。 展开更多
关键词 深海沉积物 fosmid宏基因组文库 海洋微生物 淀粉酶
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荷斯坦奶牛瘤胃微生物元基因组Fosmid文库的构建与分析 被引量:10
3
作者 李旦 王加启 +2 位作者 卜登攀 刘开朗 李发弟 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2009年第6期1-4,共4页
采用包埋法提取荷斯坦奶牛瘤胃微生物大片段总DNA,纯化后脉冲场电泳回收大小为36-48 kb,与pcc2FOS vector连接,转染至大肠埃希菌EPI 300宿主细胞,构建瘤胃微生物Fosmid基因组文库。对文库进行鉴定,该文库平均插入片段大小约35 kb,共保存... 采用包埋法提取荷斯坦奶牛瘤胃微生物大片段总DNA,纯化后脉冲场电泳回收大小为36-48 kb,与pcc2FOS vector连接,转染至大肠埃希菌EPI 300宿主细胞,构建瘤胃微生物Fosmid基因组文库。对文库进行鉴定,该文库平均插入片段大小约35 kb,共保存30 000个克隆,空载体率小于2%,库容达1050 Mb。 展开更多
关键词 基因组 瘤胃微生物 包埋法 fosmid文库
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土壤宏基因组文库的构建及格尔德霉素类PKS基因的初步筛选 被引量:5
4
作者 林灵 陈菲菲 +2 位作者 王以光 赫卫清 王相晶 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期426-430,共5页
目的构建土壤宏基因组文库并对格尔德霉素类I型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因进行初步筛选研究。方法直接提取土壤样品中宏基因组DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库。根据格尔德霉素的I型PKS基因的保守序列设计引物,使用菌... 目的构建土壤宏基因组文库并对格尔德霉素类I型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因进行初步筛选研究。方法直接提取土壤样品中宏基因组DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库。根据格尔德霉素的I型PKS基因的保守序列设计引物,使用菌落PCR方法直接筛选所获得的宏基因组文库。结果成功构建了土壤宏基因组文库,获得约6800个克隆子,其平均插入片段在25kb以上,覆盖至少170Mb的基因组信息。通过PKS基因筛选,获得了新的PKS基因片段。结论本文报道了土壤宏基因组文库的成功构建,并为利用宏基因组技术寻找新的聚酮类次级代谢产物的生物合成基因,以便于其异源表达或组合生物合成新的聚酮类次级代谢产物奠定基础。 展开更多
关键词 基因组文库 PKS 土壤
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土壤宏基因组文库的构建及拮抗稻瘟菌克隆子的筛选 被引量:6
5
作者 陈旭玉 周亚奎 +2 位作者 余贤美 林春花 郑服丛 《西北农业学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期165-169,共5页
从橡胶林土壤中提取微生物总DNA,用PstI酶切后,酶切液与pBluescriptKS+载体连接转入大肠杆菌,构建了包含7 680个克隆子的宏基因组文库,76.2%的质粒含有外源DNA,插入片段的平均大小为4.3kb,DNA文库的容量为32.25MB。首先用序列筛选方法... 从橡胶林土壤中提取微生物总DNA,用PstI酶切后,酶切液与pBluescriptKS+载体连接转入大肠杆菌,构建了包含7 680个克隆子的宏基因组文库,76.2%的质粒含有外源DNA,插入片段的平均大小为4.3kb,DNA文库的容量为32.25MB。首先用序列筛选方法对土壤宏基因组文库进行筛选,共得到11个克隆子,通过对11个克隆子进行功能筛选(复筛),发现克隆子JKDL-1和JKDL-2对稻瘟菌有明显抑制作用,其余的9个克隆子对稻瘟菌没有明显活性。具有拮抗作用的克隆子通过NCBI的Blastx分析,发现JKDL-1和JKDL-2分别与柄杆菌属(Caulobactersp.K31)和布克氏菌属(Burkholderia ambifariaMC40-6)有75%和77%的同源性,初步预测其功能为组氨酸激酶(GAF sensor hybrid histidine kinase)和乙酰辅酶A乙酰转移酶(acetyl-CoA acetyltransferases)。 展开更多
关键词 基因组文库 拮抗 稻瘟菌 筛选
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以质粒载体构建土壤宏基因组文库的研究 被引量:4
6
作者 樊奔 崔中利 +2 位作者 邱珊莲 曹慧 李顺鹏 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期513-516,共4页
关键词 土壤总DNA 基因组 DNA文库 活性物质
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Fosmid基因组文库构建及应用现状 被引量:4
7
作者 李昂 张安 +3 位作者 唐君 周志林 赵东兰 曹清河 《江苏农业科学》 北大核心 2013年第6期28-30,共3页
稳定的大片段基因组文库是生物基因组学研究的基础材料平台。近年来Fosmid载体由于其插入片段大小适中、易于构建、稳定性好、拷贝数可诱导等优点,越来越广泛地被应用于物理作图、基因挖掘、辅助测序等工作。本文就Fosmid克隆载体发展... 稳定的大片段基因组文库是生物基因组学研究的基础材料平台。近年来Fosmid载体由于其插入片段大小适中、易于构建、稳定性好、拷贝数可诱导等优点,越来越广泛地被应用于物理作图、基因挖掘、辅助测序等工作。本文就Fosmid克隆载体发展历程、Fosmid文库的功能及其在各领域的应用现状、发展前景等方面展开论述,主要呈现构建Fosmid基因组文库的作用及应用现状。 展开更多
关键词 fosmid克隆载体 基因组文库 发展史 应用现状
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温泉土壤宏基因组文库构建及普鲁兰酶筛选 被引量:3
8
作者 陆坚 杜丽琴 +3 位作者 庞浩 马贵 韦宇拓 黄日波 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期725-730,共6页
【目的】构建温泉土壤宏基因组文库并进行普鲁兰酶活性筛选,以期获得高活力、耐高温的新型普鲁兰酶基因。【方法】采用间接法提取温泉土壤样品中宏基因组DNA,经SephadexG200(含2%PVPP)凝胶柱和电洗脱两步纯化后,扩增16SrRNA序列,通过序... 【目的】构建温泉土壤宏基因组文库并进行普鲁兰酶活性筛选,以期获得高活力、耐高温的新型普鲁兰酶基因。【方法】采用间接法提取温泉土壤样品中宏基因组DNA,经SephadexG200(含2%PVPP)凝胶柱和电洗脱两步纯化后,扩增16SrRNA序列,通过序列比对和系统发育进化树分析温泉土壤微生物的多样性;然后以pCC1FOS为载体构建温泉土壤宏基因组文库,并对所获得的宏基因组文库进行活性筛选。【结果】利用宏基因组技术提取温泉土壤样品中微生物的基因组DNA,构建了一个约含1146个克隆的温泉土壤16S rRNA文库,经遗传进化分析,发现温泉土壤样品中的大部分微生物未被研究过,主要来源于厚壁菌门(Firmicutes),其次为恐球菌—栖热菌门(Deinococcus-Thermus)和变形杆菌门(Proteobacteria)。用提取获得的宏基因组DNA成功构建了温泉土壤微生物宏基因组Fosmid文库,文库约含2.7万个克隆,平均插入片段长度为40.0 kb,文库外源DNA总容量为1.2×109bp;通过活性筛选共获得9个可表达普鲁兰酶活性的克隆。【结论】宏基因组文库技术是获取极端环境微生物新酶的有效手段,可为进一步挖掘普鲁兰酶的应用潜力及研究其耐热机理奠定基础。 展开更多
关键词 普鲁兰酶 基因组 16S RRNA DNA文库 温泉土壤
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沼气池宏基因组文库中未培养微生物β-葡萄糖苷酶基因的克隆与鉴定 被引量:5
9
作者 唐咸来 车志群 +3 位作者 李双喜 蒋建林 罗奉奉 武波 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期790-794,共5页
以间接提取法提取了沼气池样品的微生物宏基因组DNA,用柯斯质粒载体pWEB:TNC构建了一个含三万个克隆的沼气池宏基因组文库,对文库中的克隆随机分析表明,该文库的外源片段平均长度为40 kb,文库的总容量为1 .2×106kb。对其中的一个... 以间接提取法提取了沼气池样品的微生物宏基因组DNA,用柯斯质粒载体pWEB:TNC构建了一个含三万个克隆的沼气池宏基因组文库,对文库中的克隆随机分析表明,该文库的外源片段平均长度为40 kb,文库的总容量为1 .2×106kb。对其中的一个在七叶苷平板上显色的阳性克隆pGXN100进行进一步亚克隆、测序和序列分析。结果表明,pGXN100上有一个全长为1 863bp的ORF,编码621个氨基酸组成的蛋白质。将该基因命名为Unglu100。与产气克雷伯菌属的一个β-葡萄糖苷酶基因AN292在核苷酸和氨基酸水平上分别有76%和85%的同源性,利用SMART软件进行预测表明,Unglu100可能是PTS中β-葡萄糖苷酶特异性的转运蛋白组件。 展开更多
关键词 沼气池 基因组文库 Β-葡萄糖苷酶
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堆肥未培养细菌的宏基因组文库构建及新的木聚糖酶基因的克隆和鉴定 被引量:7
10
作者 张鹏 段承杰 +6 位作者 庞浩 封毅 靳振江 许跃强 莫新春 唐纪良 冯家勋 《广西科学》 CAS 2005年第4期343-346,352,共5页
从自制堆肥样品中提取未培养细菌的总DNA,用柯斯质粒pW EB∷TNC为载体构建宏基因组文库,对文库进行筛选获得表达木聚糖酶活性的克隆,再进行亚克隆、测序分析以及B lastx搜索G enB ank分析木聚糖酶基因。结果构建得到一个包含约5万个克... 从自制堆肥样品中提取未培养细菌的总DNA,用柯斯质粒pW EB∷TNC为载体构建宏基因组文库,对文库进行筛选获得表达木聚糖酶活性的克隆,再进行亚克隆、测序分析以及B lastx搜索G enB ank分析木聚糖酶基因。结果构建得到一个包含约5万个克隆的宏基因组文库,文库中外源DNA总容量约为1.8×106kb,获得2个表达木聚糖酶活性的克隆:pGXN 1050和pGXN 1051,鉴定分析表明:pGXN 1050上潜在的木聚糖酶基因um xyn 11A具1个771bp的ORF(Open R ead ing F ram e),可编码含257个氨基酸的蛋白质,所编码产物与混合纤维弧菌(C ellv ibr io m ix tus)的内切-1,4-β-木聚糖酶(G enB ank索引号Z48925.1)的氨基酸序列有46%的一致性和57%的相似性;pGXN 1051上潜在的木聚糖酶基因um xyn 11B具一个723bp的ORF,可编码含241个氨基酸的蛋白质,编码产物与混合纤维弧菌的内切-1,4-β-木聚糖酶(G enB ank索引号Z48925.1)的氨基酸序列有73%的一致性和80%的相似性。木聚糖酶Um xyn11A和Um xyn11B都属于糖基水解酶家族11的成员。 展开更多
关键词 细菌 基因组文库 木聚糖酶基因
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稻瘟病抗性鉴定田土壤宏基因组文库构建及分析 被引量:4
11
作者 王闵霞 龙虎 +5 位作者 蔡平钟 高方远 向跃武 张志雄 张志勇 任光俊 《西南农业学报》 CSCD 2007年第6期1217-1219,共3页
从稻瘟病抗性鉴定田中提取土壤微生物宏基因组DNA,EcoRⅠ和BamHI双酶切后插入到经同样双酶切的pSK+载体中,转化至DH5α感受态细胞,构建了土壤微生物宏基因组文库。随机挑选了9个克隆测序,并通过NCBI的Blastx分析了序列可能所属的物种和... 从稻瘟病抗性鉴定田中提取土壤微生物宏基因组DNA,EcoRⅠ和BamHI双酶切后插入到经同样双酶切的pSK+载体中,转化至DH5α感受态细胞,构建了土壤微生物宏基因组文库。随机挑选了9个克隆测序,并通过NCBI的Blastx分析了序列可能所属的物种和基因。结果其中有6个能与库中序列达到较大匹配,3个的分析结果表明可能是新基因,说明所建文库的生物多样性和新基因数较丰富。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 基因组文库 构建 多样性分析
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海绵宏基因组文库构建及抗菌肽功能基因的初步筛选 被引量:11
12
作者 吴杰 李志勇 张戌升 《生物技术通报》 CAS CSCD 2006年第3期95-98,103,共5页
宏基因组文库技术是利用未培养微生物基因资源的有效途径。成功构建澳大利亚厚皮海绵的Fosmid宏基因组文库,插入片段平均大小为36.8kb。利用建立的宏基因组文库,采用PCR技术初步筛选到具有编码抗菌肽的功能基因。这是我国首次尝试构建... 宏基因组文库技术是利用未培养微生物基因资源的有效途径。成功构建澳大利亚厚皮海绵的Fosmid宏基因组文库,插入片段平均大小为36.8kb。利用建立的宏基因组文库,采用PCR技术初步筛选到具有编码抗菌肽的功能基因。这是我国首次尝试构建海绵宏基因组文库,对于今后开发利用海绵丰富的基因资源具有重要的意义。 展开更多
关键词 澳大利亚厚皮海绵 基因组文库 抗菌肽 功能基因
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甘薯近缘种Ipomoea trifida (Kunth) G.Don基因组Fosmid文库构建及PCR筛选体系建立 被引量:2
13
作者 李昂 吴志明 +6 位作者 周志林 赵冬兰 张安 马代夫 李亚栋 唐君 曹清河 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期45-50,共6页
为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida(2x,编号DLP4597)基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平... 为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida(2x,编号DLP4597)基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平滑化和磷酸化处理,脉冲场电泳回收33-48 kb的DNA片段,然后连接到Fosmid载体pCC1FOS(Epicentre)上,包装转化大肠杆菌EPI300,构建了I.trifida的基因组Fosmid文库,该文库包含101 952个单克隆,保存于1 062个96孔培养板中,平均插入片段35 kb,覆盖基因组约6.7倍,理论上任意片段筛出率达到99.88%。以20个96孔板为一组构建三维PCR筛选体系,共分为53个组(第53组包含22个96孔板),每组包含1个超级池,20个板池,12个列池,8个行池,理论上最多通过93个PCR反应即可筛选到1个阳性单克隆。随机选择来自I.trifida的10个基因进行文库克隆筛选,平均阳性克隆数为8.2个,最少阳性克隆数为3个,最多为16个。 展开更多
关键词 甘薯近缘野生种 基因组 fosmid文库 文库筛选体系
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宏基因组技术构建土壤宏基因组文库研究进展 被引量:4
14
作者 陈旭玉 周亚奎 郑服丛 《广东农业科学》 CAS CSCD 2008年第1期32-34,52,共4页
土壤中大部分的微生物不能被培养,从而限制了对土壤微生物的开发利用,宏基因组技术可以解决这一难题,成为开发微生物资源的一种工具。阐述了宏基因组文库的构建、土壤宏基因组文库的特点及筛选文库获得的一些成果,并分析了构建土壤宏基... 土壤中大部分的微生物不能被培养,从而限制了对土壤微生物的开发利用,宏基因组技术可以解决这一难题,成为开发微生物资源的一种工具。阐述了宏基因组文库的构建、土壤宏基因组文库的特点及筛选文库获得的一些成果,并分析了构建土壤宏基因组文库存在的问题。 展开更多
关键词 土壤 基因组技术 土壤基因组文库
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红树林土壤微生物宏基因组文库的构建及两种新颖的β-葡萄糖苷酶基因的鉴定 被引量:4
15
作者 麦志茂 苏宏飞 +1 位作者 李丽珍 张偲 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期168-172,共5页
宏基因组技术是挖掘微生物新酶的重要途径。通过构建红树林土壤微生物Fosmid文库,共获得了约100 000个阳性克隆,该文库外源插入片段平均长度约为30 kb,文库容量达3 Gb。通过对文库中10 000个克隆进行功能筛选,获得了17个具有β-葡萄糖... 宏基因组技术是挖掘微生物新酶的重要途径。通过构建红树林土壤微生物Fosmid文库,共获得了约100 000个阳性克隆,该文库外源插入片段平均长度约为30 kb,文库容量达3 Gb。通过对文库中10 000个克隆进行功能筛选,获得了17个具有β-葡萄糖苷酶活性的克隆。对其中2个表达β-葡萄糖苷酶的克隆进行亚克隆,获得2个新颖的β-葡萄糖苷酶的基因,分别命名MhGH3和bgl66。生物信息学分析表明,MhGH3基因由1 992个碱基对组成,bgl66基因由2 025个碱基对组成。在氨基酸水平上,MhGH3和bgl66编码的蛋白质与GenBank数据库中已知β-葡萄糖苷酶的一致性分别为64%和55%。 展开更多
关键词 Β-葡萄糖苷酶 纤维素酶 红树林 基因组文库
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宏基因组文库技术获得聚酮化合物 被引量:12
16
作者 杨建 洪葵 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1330-1336,共7页
聚酮化合物是一类重要的具有生物活性的次级代谢物。由于运用传统方法从自然界中直接筛选新型天然聚酮化合物的重现率很高,近年来出现了很多开发新型聚酮化合物的新方法,文章主要介绍通过环境宏基因组文库获得新聚酮类化合物的方法。
关键词 聚酮化合物 基因组文库
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环境细菌宏基因组研究及海洋细菌生物活性物质BAC文库筛选 被引量:10
17
作者 杨官品 茅云翔 《青岛海洋大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2001年第5期718-722,共5页
宏基因组是特定环境全部生物遗传物质总和 ,决定生物群体生命现象。特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到基因集合的转变 ,宏基因组研究将使人们摆脱物种界限 ,揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。在目前的基因结... 宏基因组是特定环境全部生物遗传物质总和 ,决定生物群体生命现象。特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到基因集合的转变 ,宏基因组研究将使人们摆脱物种界限 ,揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。在目前的基因结构功能认识和基因操作技术背景下 ,环境细菌宏基因组成为研究和开发的主要对象。环境细菌宏基因组细菌人工染色体文库筛选和基因系统学分析使研究者能更有效地开发细菌基因资源 。 展开更多
关键词 细菌 基因组 细菌人工染色体文库 生物活性物质 微生物 基因工程
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牛瘤胃宏基因组文库来源的新型木聚糖酶基因的克隆、表达及酶学性质 被引量:2
18
作者 姚健 陈庆隆 +2 位作者 钟国祥 马吉平 桂伦 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期58-62,共5页
为了从牛瘤胃的微生物中获取新型的木聚糖酶,采用直接法提取牛瘤胃内容物微生物总DNA,构建宏基因组文库,通过功能驱动法筛选得到1个木聚糖酶基因(yh-1),该基因大小为987 bp,编码329个氨基酸;SDS-PAGE电泳分析YH-1的相对分子量为36.2 kDa... 为了从牛瘤胃的微生物中获取新型的木聚糖酶,采用直接法提取牛瘤胃内容物微生物总DNA,构建宏基因组文库,通过功能驱动法筛选得到1个木聚糖酶基因(yh-1),该基因大小为987 bp,编码329个氨基酸;SDS-PAGE电泳分析YH-1的相对分子量为36.2 kDa,该酶的最适反应温度和最适反应pH是50℃和8.0~8.5;该酶有较强的温度稳定性,50℃条件下保温60 min,仍保留90%以上的剩余酶活性,65~75℃保留80%以上的剩余酶活性;2 mmol/L Zn^(2+)、Na^+、Co^(2+)和Ni^(2+)对该酶具有一定的激活作用;经过24 h的处理后,该酶可以从玉米芯、稻草和甘蔗叶中分别获得0.014、0.381和0.19 mg的还原糖。上述特征使得该酶在烘焙体系以及其他领域具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 牛瘤胃 基因组文库 木聚糖酶 热稳定性
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式根岛海绵宏基因组文库的抗菌吲哚三聚体 被引量:1
19
作者 贺蕊 王伯初 +1 位作者 祝连彩 刘德芳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2772-2777,共6页
构建了式根岛海绵的宏基因组文库,对其进行双层琼脂抗菌活性功能筛选,得到1株抗菌活性克隆pDC111.以抗菌活性为指导,对pDC111的化学成分进行分析和分离,得到化合物1,并通过1D NMR(1H NMR和13C NMR)及2D NMR(1H-1H COSY,HMQC和HMBC)结合H... 构建了式根岛海绵的宏基因组文库,对其进行双层琼脂抗菌活性功能筛选,得到1株抗菌活性克隆pDC111.以抗菌活性为指导,对pDC111的化学成分进行分析和分离,得到化合物1,并通过1D NMR(1H NMR和13C NMR)及2D NMR(1H-1H COSY,HMQC和HMBC)结合HR-TOFMS数据,确定其结构为吲哚三聚体.抗菌活性实验结果表明,化合物1在10μg/paper(id=6 mm)时,对蜡状芽孢杆菌的抑菌圈达到12 mm.本文利用功能宏基因组方法,从蕴藏大量不可培养微生物的海绵中寻找到活性物,并具有通过分子生物学技术获得其功能基因的潜能. 展开更多
关键词 海绵 基因组文库 双层琼脂法 吲哚三聚体
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稻田土壤细菌宏基因组文库构建 被引量:1
20
作者 张建萍 段桂芳 +2 位作者 周勇军 陆永良 余柳青 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2011年第2期18-20,共3页
为了从土壤宏基因组文库中筛选获得具有微生物农药活性的化合物及其基因簇,本研究构建了稻田土壤细菌宏基因组文库。采用直接裂解法提取土样DNA并对其纯化,之后RFLP-PCR分析土样DNA中细菌16S rDNA基因的多样性,最后以提纯的土壤DNA为外... 为了从土壤宏基因组文库中筛选获得具有微生物农药活性的化合物及其基因簇,本研究构建了稻田土壤细菌宏基因组文库。采用直接裂解法提取土样DNA并对其纯化,之后RFLP-PCR分析土样DNA中细菌16S rDNA基因的多样性,最后以提纯的土壤DNA为外源片段,以Fosm id载体构建了土壤宏基因组文库。提取纯化后的DNA片段大于23 kb,RFLP-PCR分析土样DNA具有丰富的遗传多样性,构建获得的土样宏基因组文库约含10 000个克隆子,文库容量为3.56×108bp。本研究掌握了构建土壤宏基因组文库的方法,构建的宏基因组文库可为后续的文库筛选以及获得绿色环保的微生物农药奠定了基础。 展开更多
关键词 土壤 微生物农药 RFLP-PCR分析 基因组文库
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