旨在利用全基因组关联分析探寻敖汉细毛羊羊毛性状新的分子标记和候选基因。本研究采集1~2周岁的健康敖汉细毛羊耳组织与羊毛作为试验素材,其中,母羊248只,公羊81只,总计329只。羊毛进行性状测定(包括纤维直径、自然长度、伸直长度、伸...旨在利用全基因组关联分析探寻敖汉细毛羊羊毛性状新的分子标记和候选基因。本研究采集1~2周岁的健康敖汉细毛羊耳组织与羊毛作为试验素材,其中,母羊248只,公羊81只,总计329只。羊毛进行性状测定(包括纤维直径、自然长度、伸直长度、伸直率),并对表型数据进行描述性统计和相关性分析。利用绵羊40K液相SNP芯片对全部个体进行基因分型。使用Plink 1.07软件对芯片数据进行质控,使用GCTA软件和PopLDdecay软件对质控数据进行群体结构分析。利用GMEMA混合线性模型对4种羊毛性状进行了全基因组关联分析(genomewide association study,GWAS),利用在线软件对候选基因进行GO和KEGG富集分析。质控后得到329只个体的30079个SNPs位点用于后续分析。通过GWAS分析筛选出4个在全基因组上显著相关的SNPs位点可能影响羊毛经济性状,分别位于1号、6号及8号染色体上。筛选出9个在染色体水平上显著相关的SNPs位点可能对羊毛性状具有潜在意义,分别位于3、5、8、11、18、21、22、25号染色体,寻找到39个可能影响羊毛性状的候选基因。本研究结果为后续探究敖汉细毛羊羊毛性状的遗传机制及分子育种标记开发提供重要参考。展开更多
为了筛选不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织中的差异表达基因,本研究利用Agilent公司绵羊表达谱芯片和Affymetrix公司牛表达谱芯片对不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织mRNA进行了芯片杂交;运用Sig-nificance Analysis of Microarrays(S...为了筛选不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织中的差异表达基因,本研究利用Agilent公司绵羊表达谱芯片和Affymetrix公司牛表达谱芯片对不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织mRNA进行了芯片杂交;运用Sig-nificance Analysis of Microarrays(SAM)法对基因表达谱进行了差异分析;并通过分子注释系统平台(MAS3.0)对差异表达基因进行了功能富集类分析和调控通路分析;通过实时定量PCR对部分差异表达基因进行了验证。芯片试验共检测到267个差异表达的基因,其中上调基因106个,下调基因161个。Kegg和GO分析表明,参与细胞凋亡、增殖及分化、蛋白质代谢、Wnt信号通路以及羊毛角蛋白结构等生物学过程的多个基因表达水平发生了显著变化。所验证的差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。结果表明,不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织的基因表达谱存在差别,这些基因的不同表达可能通过改变皮肤毛囊和羊毛分化过程影响被毛纤维直径。这些基因的发现将为进一步筛选影响羊毛纤维直径性状的重要候选基因/分子标记提供研究基础。展开更多
文摘旨在利用全基因组关联分析探寻敖汉细毛羊羊毛性状新的分子标记和候选基因。本研究采集1~2周岁的健康敖汉细毛羊耳组织与羊毛作为试验素材,其中,母羊248只,公羊81只,总计329只。羊毛进行性状测定(包括纤维直径、自然长度、伸直长度、伸直率),并对表型数据进行描述性统计和相关性分析。利用绵羊40K液相SNP芯片对全部个体进行基因分型。使用Plink 1.07软件对芯片数据进行质控,使用GCTA软件和PopLDdecay软件对质控数据进行群体结构分析。利用GMEMA混合线性模型对4种羊毛性状进行了全基因组关联分析(genomewide association study,GWAS),利用在线软件对候选基因进行GO和KEGG富集分析。质控后得到329只个体的30079个SNPs位点用于后续分析。通过GWAS分析筛选出4个在全基因组上显著相关的SNPs位点可能影响羊毛经济性状,分别位于1号、6号及8号染色体上。筛选出9个在染色体水平上显著相关的SNPs位点可能对羊毛性状具有潜在意义,分别位于3、5、8、11、18、21、22、25号染色体,寻找到39个可能影响羊毛性状的候选基因。本研究结果为后续探究敖汉细毛羊羊毛性状的遗传机制及分子育种标记开发提供重要参考。
文摘为了筛选不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织中的差异表达基因,本研究利用Agilent公司绵羊表达谱芯片和Affymetrix公司牛表达谱芯片对不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织mRNA进行了芯片杂交;运用Sig-nificance Analysis of Microarrays(SAM)法对基因表达谱进行了差异分析;并通过分子注释系统平台(MAS3.0)对差异表达基因进行了功能富集类分析和调控通路分析;通过实时定量PCR对部分差异表达基因进行了验证。芯片试验共检测到267个差异表达的基因,其中上调基因106个,下调基因161个。Kegg和GO分析表明,参与细胞凋亡、增殖及分化、蛋白质代谢、Wnt信号通路以及羊毛角蛋白结构等生物学过程的多个基因表达水平发生了显著变化。所验证的差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。结果表明,不同被毛纤维直径的细毛羊皮肤组织的基因表达谱存在差别,这些基因的不同表达可能通过改变皮肤毛囊和羊毛分化过程影响被毛纤维直径。这些基因的发现将为进一步筛选影响羊毛纤维直径性状的重要候选基因/分子标记提供研究基础。
