旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点...旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,对其遗传结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及其亲缘关系和家系构建等方面进行了深入的分析。结果显示,149头西门塔尔牛平均测序深度为5×,质控后共鉴定到1265356个SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.067,平均多态信息含量为0.083,平均观察杂合度为0.121,平均期望杂合度为0.157。亲缘关系G矩阵与状态同源(identical by state,IBS)遗传距离矩阵具有相似的结果,大部分个体间的亲缘关系呈中等水平。在149头西门塔尔牛个体中,共检测到70个基因组ROH,且ROH总长度为127627.935 kb,其中有98.57%的ROH是长度介于在1~5 Mb之间。基于ROH计算得到的近交系数为0.0003,提示近亲繁殖程度不高。此外,进化树分析将这149头西门塔尔牛划分成为22个不同的家系分支。综上所述,西门塔尔牛群体表现出相对丰富的多样性和适度的亲缘关系。在少数个体中观察到近亲繁殖,但种群的整体近亲繁殖水平仍然很低。展开更多
旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检...旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测。利用Plink软件计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、核苷酸多样性(Pi)、有效等位基因数(Ne)及次要等位基因频率(MAF)等6项遗传多样性指标;GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建;Plink软件构建IBS遗传距离矩阵,R语言绘制热图;PHYLP构建系统发育树;detect RUNS工具检测ROH。结果表明,99只子午岭黑山羊个体共检测到996042个SNPs。子午岭黑山羊群体的PIC、Pi、Ne及MAF值分别是0.161、0.193、1.295、0.130,且Ho(0.167)低于He(0.192),说明子午岭黑山羊群体遗传多样性较低。G矩阵和IBS遗传距离结果均表明子午岭黑山羊群体间大部分个体间亲缘关系较远。主成分分析结果揭示子午岭黑山羊群体内部不存在明显分化,系统发育树结果说明子午岭黑山羊群体公羊可大致分为6个家系,所有家系公羊数量较少。子午岭黑山羊群体的近交系数FROH为0.0496,说明子午岭黑山羊群体内部近交程度相对较低。综上所述,子午岭黑山羊群体遗传多样性较低,大部分个体间亲缘关系较远,群体内近交程度较低,后期应注意后代的选育,避免血统流失。展开更多
旨在深入了解武雪山羊的群体结构,探究种群内部的遗传变异与分化和种群间的遗传差异及地理分布特征,为该品种的种质资源利用与开发提供重要依据。本研究采集18只武雪山羊(WXG)、9只湘东黑山羊(XDB)、9只合川白山羊(HCW)、9只大足黑山羊(...旨在深入了解武雪山羊的群体结构,探究种群内部的遗传变异与分化和种群间的遗传差异及地理分布特征,为该品种的种质资源利用与开发提供重要依据。本研究采集18只武雪山羊(WXG)、9只湘东黑山羊(XDB)、9只合川白山羊(HCW)、9只大足黑山羊(DZB)、11只马关无角山羊(MGG)以及10只云岭山羊(YLG)的耳组织样本,用于全基因组重测序,平均测序深度约为10×。本研究基于全基因组数据分别利用GCTA、Plink、Admixture、Vcftools及PopLDdecay软件对6个群体进行了主成分分析、系统发育分析、群体遗传结构分析、杂合度分析、群体分化分析以及连锁不平衡分析。主成分分析的结果显示,武雪山羊与湘东黑山羊被聚为同一大类,表明这两个山羊品种遗传背景相似。系统进化分析的结果显示,武雪山羊与其他品种山羊群体单独聚为一支,在进化树上与湘东黑山羊的遗传距离较近。群体遗传结构分析的结果显示,当CV值最小时(K=3),武雪山羊与湘东黑山羊具有相同的遗传组分,说明两个群体间遗传分化指数程度较小,遗传背景相似。杂合度分析的结果显示,武雪山羊的核苷酸多态性(π)较低,观测杂合度(Ho)最低,且低于期望杂合度(He);ROH(runs of homozygosity)分析显示,武雪山羊的ROH数量和长度也明显高于其他品种,且基因组近交系数(F_(ROH))明显高于其他5个群体,这表明武雪山羊在基因组水平上存在明显的纯合片段积累和遗传多样性降低的现象。连锁不平衡分析的结果显示,武雪山羊表现出最高程度的连锁不平衡,进一步证实了该群体较低的遗传多样性。总之,这项研究系统解析了武雪山羊的遗传特性和群体结构,发现武雪山羊与湘东黑山羊遗传背景相似,其群体的遗传多样性较低,且存在一定的近交趋势,结果提示在后续的保种工作中需重点关注群体规模的扩大和近交系数的控制。这些发现不仅为深入了解其遗传背景提供了科学依据,同时为该品种的遗传资源保护与合理开发利用提供了重要理论参考。展开更多
文摘旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序,并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,对其遗传结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及其亲缘关系和家系构建等方面进行了深入的分析。结果显示,149头西门塔尔牛平均测序深度为5×,质控后共鉴定到1265356个SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.067,平均多态信息含量为0.083,平均观察杂合度为0.121,平均期望杂合度为0.157。亲缘关系G矩阵与状态同源(identical by state,IBS)遗传距离矩阵具有相似的结果,大部分个体间的亲缘关系呈中等水平。在149头西门塔尔牛个体中,共检测到70个基因组ROH,且ROH总长度为127627.935 kb,其中有98.57%的ROH是长度介于在1~5 Mb之间。基于ROH计算得到的近交系数为0.0003,提示近亲繁殖程度不高。此外,进化树分析将这149头西门塔尔牛划分成为22个不同的家系分支。综上所述,西门塔尔牛群体表现出相对丰富的多样性和适度的亲缘关系。在少数个体中观察到近亲繁殖,但种群的整体近亲繁殖水平仍然很低。
文摘旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测。利用Plink软件计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、核苷酸多样性(Pi)、有效等位基因数(Ne)及次要等位基因频率(MAF)等6项遗传多样性指标;GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建;Plink软件构建IBS遗传距离矩阵,R语言绘制热图;PHYLP构建系统发育树;detect RUNS工具检测ROH。结果表明,99只子午岭黑山羊个体共检测到996042个SNPs。子午岭黑山羊群体的PIC、Pi、Ne及MAF值分别是0.161、0.193、1.295、0.130,且Ho(0.167)低于He(0.192),说明子午岭黑山羊群体遗传多样性较低。G矩阵和IBS遗传距离结果均表明子午岭黑山羊群体间大部分个体间亲缘关系较远。主成分分析结果揭示子午岭黑山羊群体内部不存在明显分化,系统发育树结果说明子午岭黑山羊群体公羊可大致分为6个家系,所有家系公羊数量较少。子午岭黑山羊群体的近交系数FROH为0.0496,说明子午岭黑山羊群体内部近交程度相对较低。综上所述,子午岭黑山羊群体遗传多样性较低,大部分个体间亲缘关系较远,群体内近交程度较低,后期应注意后代的选育,避免血统流失。
文摘旨在深入了解武雪山羊的群体结构,探究种群内部的遗传变异与分化和种群间的遗传差异及地理分布特征,为该品种的种质资源利用与开发提供重要依据。本研究采集18只武雪山羊(WXG)、9只湘东黑山羊(XDB)、9只合川白山羊(HCW)、9只大足黑山羊(DZB)、11只马关无角山羊(MGG)以及10只云岭山羊(YLG)的耳组织样本,用于全基因组重测序,平均测序深度约为10×。本研究基于全基因组数据分别利用GCTA、Plink、Admixture、Vcftools及PopLDdecay软件对6个群体进行了主成分分析、系统发育分析、群体遗传结构分析、杂合度分析、群体分化分析以及连锁不平衡分析。主成分分析的结果显示,武雪山羊与湘东黑山羊被聚为同一大类,表明这两个山羊品种遗传背景相似。系统进化分析的结果显示,武雪山羊与其他品种山羊群体单独聚为一支,在进化树上与湘东黑山羊的遗传距离较近。群体遗传结构分析的结果显示,当CV值最小时(K=3),武雪山羊与湘东黑山羊具有相同的遗传组分,说明两个群体间遗传分化指数程度较小,遗传背景相似。杂合度分析的结果显示,武雪山羊的核苷酸多态性(π)较低,观测杂合度(Ho)最低,且低于期望杂合度(He);ROH(runs of homozygosity)分析显示,武雪山羊的ROH数量和长度也明显高于其他品种,且基因组近交系数(F_(ROH))明显高于其他5个群体,这表明武雪山羊在基因组水平上存在明显的纯合片段积累和遗传多样性降低的现象。连锁不平衡分析的结果显示,武雪山羊表现出最高程度的连锁不平衡,进一步证实了该群体较低的遗传多样性。总之,这项研究系统解析了武雪山羊的遗传特性和群体结构,发现武雪山羊与湘东黑山羊遗传背景相似,其群体的遗传多样性较低,且存在一定的近交趋势,结果提示在后续的保种工作中需重点关注群体规模的扩大和近交系数的控制。这些发现不仅为深入了解其遗传背景提供了科学依据,同时为该品种的遗传资源保护与合理开发利用提供了重要理论参考。
