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Realization of nonlinear PID with feed-forward controller for 3-DOF flight simulator and hardware-in-the-loop simulation 被引量:3
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作者 Duan Haibin Wang Daobo Yu Xiufen 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2008年第2期342-345,共4页
As friction, intrinsic steady-state nonlinearity poses a challenging dilemma to the control system of 3-DOF (three degree of freedom) flight simulator, a novel hybrid control strategy of nonlinear PID (proportional... As friction, intrinsic steady-state nonlinearity poses a challenging dilemma to the control system of 3-DOF (three degree of freedom) flight simulator, a novel hybrid control strategy of nonlinear PID (proportionalintegral-derivative) with additional FFC (feed-forward controller) is proposed, and the hardware-in-the-loop simulation results are also given. Based on the description of 3-DOF flight simulator, a novel nonlinear PID theory is well introduced. Then a nonlinear PID controller with additional FFC is designed. Subsequently, the loop structure of 3-DOF flight simulator is also designed. Finally, a series of hardware-in-the-loop simulation experiments are undertaken to verify the feasibility and effectiveness of the proposed nonlinear PID controller with additional FFC for 3-DOF flight simulator. 展开更多
关键词 flight simulator nonlinear PID FFC hardware-in-the-loop.
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多光谱法和分子对接模拟法研究褐煤黄腐植酸和纤维素酶的相互作用
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作者 王晓霞 牛浩然 +6 位作者 孙吉盛 王亚雄 王梦涵 付蕊 马庆 张建玲 王炜 《光谱学与光谱分析》 北大核心 2025年第8期2190-2199,共10页
通过荧光光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱、紫外-可见吸收光谱、圆二色谱、红外光谱和分子对接模拟系统性的研究了黄腐植酸(FA)与纤维素酶(CEL)在特定条件下的相互作用及其对CEL构象的影响。荧光光谱分析表明,随着CEL浓度的增加,FA的... 通过荧光光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱、紫外-可见吸收光谱、圆二色谱、红外光谱和分子对接模拟系统性的研究了黄腐植酸(FA)与纤维素酶(CEL)在特定条件下的相互作用及其对CEL构象的影响。荧光光谱分析表明,随着CEL浓度的增加,FA的荧光强度呈现出规律性的猝灭现象。此外,猝灭常数随温度升高而降低,这表明FA对CEL荧光存在显著的静态猝灭效应。热力学分析表明,FA与CEL之间的相互作用主要由范德华力和氢键作用主导,且该反应在热力学上具有自发性。Förster能量转移理论计算表明,FA与CEL之间可能存在非辐射能量转移。紫外-可见吸收光谱和同步荧光光谱进一步验证了静态猝灭机制,并表明FA的结构密度和氨基酸残基微环境发生变化。圆二色谱分析显示,FA与CEL的结合位点位于色氨酸残基附近的疏水腔内,导致CEL二级结构的疏水性降低,肽链更加舒展,进一步证实了两者之间的相互作用及FA对CEL二级结构的影响。分子对接研究表明,FA与CEL之间的相互作用主要由范德华力和氢键主导,二者通过这些作用力实现稳定结合,该结论与热力学计算结果相符。红外光谱结果也支持这一结论。 展开更多
关键词 黄腐植酸 纤维素酶 多光谱法 分子对接模拟法
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多光谱法研究二氢杨梅素对胰脂肪酶的抑制作用 被引量:2
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作者 孟晓慧 黄旭波 +5 位作者 夏张晨 徐娟 王衍彬 程俊文 杨柳 贺亮 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS 北大核心 2025年第1期107-116,共10页
藤茶中主要黄酮类物质——二氢杨梅素(DMY)具有多种生物活性,而其降血脂机理鲜有报道。采用紫外光谱研究了DMY对胰脂肪酶(PL)的抑制作用,结合荧光光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱及分子对接模拟法研究了二者之间的相互作用及机理。紫... 藤茶中主要黄酮类物质——二氢杨梅素(DMY)具有多种生物活性,而其降血脂机理鲜有报道。采用紫外光谱研究了DMY对胰脂肪酶(PL)的抑制作用,结合荧光光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱及分子对接模拟法研究了二者之间的相互作用及机理。紫外光谱测得DMY对PL的半抑制浓度为2.6×10^(-4)mol·L^(-1),表明其对PL具有较好的抑制作用,采用Lineweaver-Burk方程得出该抑制剂为竞争性作用,其抑制常数为6×10^(-4)mol·L^(-1);通过Stern-Volmer方程和静态猝灭双对数公式对293和310 K两者互作的荧光光谱计算,结果表明DMY能猝灭PL的自发荧光,荧光猝灭方式为静态猝灭,猝灭常数K_(SV)与温度负相关;结合常数K a与温度正相关,结合位点数n约为1,说明DMY与PL结合并形成稳定的配位复合物;采用Van't Hoff方程求出结合过程中的热力学参数ΔS=0.2014 J·mol^(-1)·K^(-1),ΔH=32.311 kJ·mol^(-1),ΔG小于0,表明两者通过疏水作用力自发结合且放热;由F rster非辐射能量转移理论计算出结合距离r=1.475 nm,说明DMY与PL结合生成复合物时发生了非辐射能量转移;同步荧光光谱结果表明,DMY与PL的相互作用对PL的二级构象发生了明显改变,主要作用于色氨酸(Tyr)附近。紫外光谱进一步揭示DMY可使PL发生π→π跃迁,导致其氨基酸残基的微环境变化;三维荧光光谱显示DMY可使PL两个特征峰(peak1,peak2)分别红移10和5 nm,荧光强度分别下降51.38%和41.93%,证实两者发生疏水作用后PL的微环境极性增大,构象改变;分子对接模拟结果表明,DMY结合位点位于PL中由PHE77、PHE215、TYR114、ILE209、PRO180氨基酸形成的疏水口袋内,其A环C5、B环C4′、C环C3、C环C O的-OH分别与氨基酸HIS263、TYR114、SER152、PHE215形成氢键,与氨基酸LRU213、GLU179、ALA178、THR78产生范德华力。实验数据有助于深入解DMY的降血脂分子作用机制,其独特的结构为天然抑制剂的药物合成和筛选提供了理论依据。 展开更多
关键词 二氢杨梅素 胰脂肪酶 多光谱法 分子对接模拟
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面阵激光雷达在空间站对接场景中的探测仿真与点云匹配研究 被引量:1
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作者 胡昕旸 李铭 +5 位作者 马英杰 刘鸿彬 沈佳毅 王凤香 黄庚华 舒嵘 《红外与激光工程》 北大核心 2025年第8期33-47,共15页
设计了一种基于面阵单光子激光雷达的稀疏光子仿真模型和点云匹配方法,并结合匹配结果进行点云匹配效果影响因素分析。以空间交会对接为应用场景,选取天和核心舱模型为目标,依据对接任务的探测需求及激光雷达系统硬件设计参数,搭建了适... 设计了一种基于面阵单光子激光雷达的稀疏光子仿真模型和点云匹配方法,并结合匹配结果进行点云匹配效果影响因素分析。以空间交会对接为应用场景,选取天和核心舱模型为目标,依据对接任务的探测需求及激光雷达系统硬件设计参数,搭建了适用于不同探测条件的仿真模型。该模型不仅能够准确模拟实际的探测过程,而且能够生成具有代表性的高保真度点云数据,充分反映目标的空间分布和几何特征。在点云匹配中,提出了一种基于动态匹配权重因子和非线性目标函数优化的精配准方法。该方法较迭代最近点方法及其变体匹配精度提升25%,较深度学习方法匹配效率提升45%,实现高匹配精度和高匹配效率的平衡。此外,还探讨了视场角和面阵规模对点云稀疏性及匹配精度的影响,研究发现,合理选择视场角设置可以有效平衡精度与系统复杂度;在选择阵列规模时应综合考虑实际应用需求与成本效益,以优化系统性能。该研究为应用于空间站交会对接任务中的激光雷达系统设计与优化提供理论支持和技术参考。 展开更多
关键词 激光雷达 面阵探测器 空间站对接 仿真建模 点云匹配
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藏羊血红蛋白抗氧化肽模拟酶解筛选及活性验证 被引量:2
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作者 刘鑫 罗唐君 +4 位作者 韩丽娟 桂林生 侯生珍 孙胜男 赵成周 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第7期64-73,共10页
该文以生物信息学为理论基础,使用计算机模拟酶解藏羊血红蛋白,利用在线活性评分、活性预测和分子对接技术对藏羊血红蛋白抗氧化肽进行筛选,并通过DPPH自由基、ABTS阳离子自由基清除率实验对其抗氧化性进行验证。使用UniProt数据库筛选... 该文以生物信息学为理论基础,使用计算机模拟酶解藏羊血红蛋白,利用在线活性评分、活性预测和分子对接技术对藏羊血红蛋白抗氧化肽进行筛选,并通过DPPH自由基、ABTS阳离子自由基清除率实验对其抗氧化性进行验证。使用UniProt数据库筛选藏羊血红蛋白的氨基酸序列,对其潜在的生物活性进行评价,应用ExPASy Peptide Cutter在线工具对筛选的肽链进行酶解,应用Peptide Ranker对生物活性预测评分,利用在线工具Innovagen、ToxinPred、iBitter-SCM、A11erTOP和AdmetSAR对其溶解性、毒性、苦味、致敏性和ADMET进行筛选,使用Keap1受体进行分子对接,预测其活性,最后利用DPPH自由基、ABTS阳离子自由基清除率实验验证筛选得到的藏羊血红蛋白抗氧化肽。结果表明,5条藏羊血红蛋白链含有20种氨基酸,经酶解共得到258种多肽(485条),通过生物活性评分系统筛选出110种评分大于0.5的多肽(194条),经过活性预测,得到18种溶解性好、无毒、无苦味且非过敏原的多肽,对肠道吸收较好的10条多肽进行分子对接,将分子对接评分前3位的多肽KRM、FPL、FL进行体外抗氧化活性实验,结果显示,FPL和KRM的自由基清除能力均超过了阳性对照,其中KRM对DPPH自由基和ABTS阳离子自由基清除能力超过了阳性对照,IC_(50)分别为(0.125 0±0.012 3)和(0.339 1±0.031 4) mg/mL,FPL对DPPH自由基和ABTS阳离子自由基清除能力也超过了阳性对照,IC_(50)分别为(0.256 5±0.014 1)和(0.374 6±0.047 1) mg/mL。FL对DPPH自由基和ABTS阳离子自由基清除能力分别达到了阳性对照的88.90%和94.40%,IC_(50)分别为(1.106 1±0.279)和(1.601±0.296) mg/mL,均表现出较强的抗氧化活性。该方法与传统酶解实验相比,能快速、经济地筛选抗氧化肽,为藏羊血液资源的高值化利用与开发提供研究基础。 展开更多
关键词 藏羊血红蛋白 虚拟酶解 模拟筛选 抗氧化肽 分子对接
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鲍源ACE/ACE2双靶点活性肽的分离及其活性分析
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作者 李萌 张捷凯 +4 位作者 何弼璐 翁凌 张凌晶 孙乐常 曹敏杰 《食品科学》 北大核心 2025年第19期124-133,共10页
目的:以血管紧张素转换酶(angiotensin-converting enzyme,ACE)抑制活性和ACE2上调活性作为评价指标,用鲍鱼肌肉制备降压活性肽,并探讨其作用机制。方法:采用酶解法优化鲍鱼肌肉酶解条件,筛选出体外较高ACE抑制活性和ACE2上调活性的组分... 目的:以血管紧张素转换酶(angiotensin-converting enzyme,ACE)抑制活性和ACE2上调活性作为评价指标,用鲍鱼肌肉制备降压活性肽,并探讨其作用机制。方法:采用酶解法优化鲍鱼肌肉酶解条件,筛选出体外较高ACE抑制活性和ACE2上调活性的组分,并利用超滤、凝胶柱层析及反相高效液相色谱分离纯化活性肽,结合液相色谱-串联质谱鉴定其序列。通过分子对接、抑制动力学及分子动力学模拟分析其抑制类型与结合稳定性。结果:鲍鱼肌肉经酶解和分离纯化后,通过De novo测序获得26条降压肽。基于分子对接结合自由能筛选,选定Ala-GlyPhe(AGF)、Ala-Thr-Lys(ATK)、Pro-Ile-Ile-Thr-Lys(PIITK)、Ala-Lys(AK)、Pro-Val-Gly-Arg(PVGR)和Pro-Trp(PW)6个肽段,其中PIITK与PVGR显示出较强的ACE抑制活性;在ACE2上调方面,PW效果最为显著,其次为PVGR、AK和ATK。对ACE抑制作用方面,PIITK表现为混合性抑制,而PVGR表现为竞争性抑制。动力学模拟结果表明,PIITK-ACE及PVGR-ACE复合物体系均具有较高的结合稳定性。结论:利用鲍鱼肌肉制备生物活性肽为鲍鱼功能性食品的研发和高值化利用提供了理论依据。 展开更多
关键词 鲍鱼 降压肽 分子对接 分子动力学模拟
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牦牛骨胶原蛋白肽的抗氧化活性验证、稳定性评估及机制分析
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作者 王子俊 徐鹏飞 +6 位作者 朱天晴 胡博 顾正华 辛瑜 郭忠鹏 郭自涛 张梁 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第19期126-134,共9页
近年来,食源性抗氧化肽因其易吸收、安全性强,在食品和医疗保健品领域越来越受到关注。该团队前期从牦牛骨胶原蛋白水解物中研究鉴定了4条具有抗氧化潜力的生物活性肽:GPPGPAGPAG(P1)、GPAGPAGPIGPVG(P2)、GPAGPSGPAGK(P3)和GPAGPQGPR(... 近年来,食源性抗氧化肽因其易吸收、安全性强,在食品和医疗保健品领域越来越受到关注。该团队前期从牦牛骨胶原蛋白水解物中研究鉴定了4条具有抗氧化潜力的生物活性肽:GPPGPAGPAG(P1)、GPAGPAGPIGPVG(P2)、GPAGPSGPAGK(P3)和GPAGPQGPR(P4)。该研究首先通过DPPH自由基清除能力、Fe^(2+)螯合能力、羟自由基清除能力和ABTS阳离子自由基清除能力验证了这4条肽的抗氧化活性。其次,以DPPH自由基清除能力为指标,考察了温度、pH值、食品辅料、金属离子、光照和体外模拟胃肠道消化对4条牦牛骨胶原蛋白肽抗氧化活性的影响。最后,采用分子对接模拟了4条肽与Keap1蛋白的结合机制。结果表明,4条肽都具有良好的抗氧化活性,其中P1展现出最好的DPPH自由基清除能力[(50.36±0.33)%],P4展现出最好Fe 2+螯合能力[(45.99±0.32)%]。此外,4条肽经体外模拟胃肠道消化后,DPPH自由基清除能力都能提升至60%以上,且在其他条件下,4条肽都表现出良好的抗氧化稳定性,其DPPH自由基清除能力都维持在85%以上。分子对接研究显示,P1、P2和P3能通过氢键和范德华力与抗氧化通路的关键蛋白Keap1有效结合。该研究为将牦牛骨胶原蛋白开发成天然功能性食品和保健品提供了理论与实践基础。 展开更多
关键词 牦牛骨胶原蛋白 抗氧化肽 稳定性 分子对接 模拟胃肠消化
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锰过氧化物酶与阴离子型聚丙烯酰胺计算机分子模拟
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作者 王方略 张力雯 +3 位作者 张东晨 徐敬尧 吴学凤 邓胜松 《环境化学》 北大核心 2025年第4期1468-1477,共10页
为探究锰过氧化物酶(MnP)与阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)的微观相互作用,采用分子对接和分子动力学(MD)模拟研究阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)与MnP的结合,根据-CDOCKER Energy_score打分最高的原则,对获得最佳结合构象进行分析.结合亲和力分... 为探究锰过氧化物酶(MnP)与阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)的微观相互作用,采用分子对接和分子动力学(MD)模拟研究阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)与MnP的结合,根据-CDOCKER Energy_score打分最高的原则,对获得最佳结合构象进行分析.结合亲和力分析表明,MnP对HPAM-5有最高的亲和力,而且MnP对HPAM的亲和力随其碳链的延长逐渐升高.相互作用分析表明,MnPHPAM-2的稳定性比MnP-HPAM-3更差是由于HPAM-2分子内氢键;MnP-HPAM-4比MnP-HPAM-2和MnP-HPAM-3更稳定是由于盐桥;强氢键是MnP-HPAM-5最稳定的主要原因.MD模拟结果分析表明,MnP-HPAM-4享有最小的RMSD、RMSF和Rg,此时复合物结合是最稳定的.根据模拟及降解实验结果提出了MnP降解HPAM机理:H2O2引发MnP中Mn^(2+)氧化为Mn^(3+);Mn^(3+)从HPAM(1)和(2)攻击位点上抢夺一个电子而引发自由基链反应,在不破坏化学键下产生2种阳离子自由基,而且Mn^(3+)还原成Mn^(2+)供循环使用. 展开更多
关键词 锰过氧化物酶(MnP) 阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM) 分子对接 分子动力学(MD) 模拟.
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基于虚拟筛选和分子动力学模拟发现新型核桃源α-葡萄糖苷酶抑制肽
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作者 杨春婷 弘子姗 +6 位作者 张丽 龚婉莹 汪雯婧 黄俏 张惟韬 解静 田洋 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第16期236-244,共9页
核桃富含蛋白质,是多种生物活性肽的重要来源。研究表明,核桃源多肽可能具有缓解糖尿病症状的作用,而α-葡萄糖苷酶是治疗2型糖尿病的重要靶点,但目前核桃源α-葡萄糖苷酶抑制肽仍未被充分挖掘。该实验旨在从核桃中筛选出新型潜在的α-... 核桃富含蛋白质,是多种生物活性肽的重要来源。研究表明,核桃源多肽可能具有缓解糖尿病症状的作用,而α-葡萄糖苷酶是治疗2型糖尿病的重要靶点,但目前核桃源α-葡萄糖苷酶抑制肽仍未被充分挖掘。该实验旨在从核桃中筛选出新型潜在的α-葡萄糖苷酶抑制肽。基于数据库获取核桃蛋白序列,进行虚拟酶解,利用生物信息学和分子对接技术筛选潜在α-葡萄糖苷酶抑制肽,并通过分子动力学模拟进行验证。结果表明,经过虚拟酶解的8条核桃蛋白共得到1769条多肽,其中胃蛋白酶(pH>2)理论水解度最高,为35.67%。通过Peptide Ranker系统筛选出100条肽序列,进一步通过Innovagen、ToxinPred和A11erTop数据库筛选得到7条具有较好溶解性、无毒性和无致敏性的多肽。利用分子对接技术评估多肽与α-葡萄糖苷酶的相互作用,发现肽段SPDW的结合亲和力最高,为-9.3 kcal/mol,其次FQR和GQRPW结合能都为-9.0 kcal/mol,其主要通过氢键和静电相互作用与α-葡萄糖苷酶靶蛋白结合。分子动力学模拟结果表明,FQR与受体蛋白结合具有较高的稳定性,推测其可能是潜在的α-葡萄糖苷酶抑制肽。该研究利用虚拟筛选技术筛选出潜在的核桃源α-葡萄糖苷酶抑制肽,为核桃源降糖肽的发现提供新思路。 展开更多
关键词 核桃蛋白 α-葡萄糖苷酶抑制肽 虚拟筛选 分子对接 分子动力学模拟
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坤泰胶囊治疗子宫内膜异位症的机制研究:网络药理学、分子对接及分子动力学模拟方法
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作者 李珊珊 沈珑慧 《中国全科医学》 北大核心 2025年第28期3573-3582,共10页
背景子宫内膜异位症(EMT)为妇科常见疾病,坤泰胶囊能改善EMT相关症状,但其药理和分子机制尚缺系统阐明。目的探讨坤泰胶囊治疗EMT中的作用机制。方法于2024-01-01—04-31,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、中药分子机制生物信息学分... 背景子宫内膜异位症(EMT)为妇科常见疾病,坤泰胶囊能改善EMT相关症状,但其药理和分子机制尚缺系统阐明。目的探讨坤泰胶囊治疗EMT中的作用机制。方法于2024-01-01—04-31,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、Pubchem和SwissTargetPrediction数据库中获取坤泰胶囊的活性成分及对应靶点。从GeneCards、DisGeNET、TTD、OMIM和Drugbank数据库中检索与EMT相关的疾病靶点,使用维恩图获得坤泰胶囊和EMT的交集靶点。运用Cytoscape构建疾病-成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建共同靶蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图。采用Cytoscape对PPI网络进行拓扑分析,筛选核心靶点。利用DAVID数据库进行基因本体(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。使用AutoDockTools进行分子对接。使用GROMACS分子动力学模拟进一步验证最佳结合能量模型的稳定性。结果共确定了182个共同靶点。核心成分包括谷甾醇、二甲氧基黄酮和黄芩黄酮。其中,肿瘤坏死因子(TNF)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)在坤泰胶囊治疗EMT的生物网络中发挥重要作用,这些核心靶点主要参与凋亡途径的负调控及磷脂肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号等癌症通路,在EMT治疗中发挥治疗作用。分子对接和分子动力学模拟进一步证实了谷甾醇与AKT1的稳定且紧密地结合。结论坤泰胶囊可能通过调节核心靶点如TNF,激活多条信号通路,从而在EMT中发挥治疗效果。这些发现不仅加深了对坤泰胶囊作用机制的理解,也为传统中药在EMT治疗中的潜在临床应用提供了新的见解。未来研究可以进一步探讨TCM药物如何干预EMT的病理过程。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 坤泰胶囊 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟
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基于数据挖掘、网络药理学及分子动力学模拟探究中药治疗阿尔茨海默病的用药规律及作用机制
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作者 赵书洋 赵健和 +3 位作者 刘志红 吴君 刘艾林 方坚松 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第6期1766-1779,共14页
目的基于古今医案云平台V2.3.7,分析名家医案中常用中药治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的用药规律及作用机制。方法根据纳入和排除标准检索平台中治疗AD的名家医案,筛选治疗AD的核心中药;进一步建立疾病-核心中药-活性成分... 目的基于古今医案云平台V2.3.7,分析名家医案中常用中药治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的用药规律及作用机制。方法根据纳入和排除标准检索平台中治疗AD的名家医案,筛选治疗AD的核心中药;进一步建立疾病-核心中药-活性成分-共有靶点网络模型。通过共有靶点建立蛋白-蛋白互作网络,利用David平台进行基因本体富集分析与京都基因与基因组百科全书通路分析;通过分子对接及分子动力学模拟评估潜在关键靶标与活性成分之间的结合能力与稳定性。结果从建库起至的2023年10月所有名家医案进行数据挖掘。获得核心中药理气药有陈皮、枳实;补气药有人参、大枣、党参、黄芪、白术、山药、甘草。进一步筛选得出核心中药包含活性成分778种,对应靶点377个,疾病靶点1986个;与AD靶点取交集后得到79个共有靶点,通过PPI网络拓扑分析,确定了包括TNF、AKT1、TP53、PPARG等7个核心靶点。GO和KEGG通路富集分析证实,核心中药的活性成分的靶点涉及138条通路,通过调控化学致癌-受体激活、血清素能突触、化学致癌物-活性氧等通路治疗AD。分子对接和分子动力学模拟结果表明关键靶点与核心成分之间具有良好的结合能力及稳定性。结论通过数据挖掘分析治疗AD的核心中药,从分子层面对其关键活性成分12-O-烟酸单烯酮、香豆亭治疗AD作用机制进行初步探讨,揭示潜在的生物学机制,为其应用提供理论依据。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 名家医案 数据挖掘 网络药理学 分子对接 动力学模拟
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蔗糖对木瓜蛋白酶活性影响及其分子机制 被引量:2
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作者 韩佳钰 黄业传 +3 位作者 代雯 李典典 胡霄 管思彤 《粮食与油脂》 北大核心 2025年第1期151-156,共6页
为研究蔗糖对木瓜蛋白酶活性的影响及其分子机制,将木瓜蛋白酶经5种不同浓度(0、0.25、0.50、0.75、1.00mol/L)蔗糖溶液处理,测定其酶活性,并在这5种浓度下进行分子模拟、分子对接和荧光分析,分析木瓜蛋白酶的均方根误差(RMSD)、二级结... 为研究蔗糖对木瓜蛋白酶活性的影响及其分子机制,将木瓜蛋白酶经5种不同浓度(0、0.25、0.50、0.75、1.00mol/L)蔗糖溶液处理,测定其酶活性,并在这5种浓度下进行分子模拟、分子对接和荧光分析,分析木瓜蛋白酶的均方根误差(RMSD)、二级结构变化机理。结果显示:蔗糖能促进木瓜蛋白酶酶活性,浓度为0.25mol/L时的促进作用最强,但随着蔗糖浓度的继续增加酶相对活性下降。分子模拟结果显示蔗糖能减小RMSD的波动,使蛋白酶结构更加稳定;当浓度为0.25mol/L时,木瓜蛋白酶的活性中心结构变得更加稳定且与底物结合较为紧密,此结构能够有效地促进催化反应的进行。因此,蔗糖溶液的加入引起了木瓜蛋白酶活性中心结构的变化,从而促进了木瓜蛋白酶酶活性。 展开更多
关键词 蔗糖 木瓜蛋白酶 酶活性 分子模拟 分子对接
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基于等效气动效应法的双机气动干扰建模
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作者 岳皓 李荣杰 +2 位作者 孟德虹 王昊 刘钒 《南京航空航天大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期749-759,共11页
针对空中加油或无人机自主回收过程中子机气动特性容易受到母机尾流干扰影响的问题,采用计算流体力学(Computational fluid dynamics,CFD)和等效气动效应法建立双机气动干扰快速预测模型。首先,采用CFD方法获取母机的尾流速度分布场,基... 针对空中加油或无人机自主回收过程中子机气动特性容易受到母机尾流干扰影响的问题,采用计算流体力学(Computational fluid dynamics,CFD)和等效气动效应法建立双机气动干扰快速预测模型。首先,采用CFD方法获取母机的尾流速度分布场,基于逐点积分和加权平均方法计算子机在母机尾流场中的等效速度和等效角速度,进而求解出子机在尾流影响下的附加气动力和气动力矩。为验证气动干扰模型的有效性,采用CFD方法计算了不同位置处子机受到的附加气动力和气动力矩,并将结果与建立的气动干扰模型比较。结果显示,本文建立的气动干扰模型能够较好地模拟子机在尾流影响下的附加气动力和气动力矩,可大幅提高双机气动干扰的计算效率。 展开更多
关键词 空中对接 等效气动效应法 数值模拟 尾流干扰 气动特性
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基于SPR垂钓技术的连翘靶向RSV-F蛋白“功效物质”筛选
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作者 王琳 王平 +5 位作者 蔡雯 丁晓彦 王仪 王成 张梦茹 杜海涛 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第5期1405-1416,共12页
目的探索连翘水提液中与RSV-F蛋白特异性结合的效应物质,并验证其作用效果。方法采用表面等离子共振亲和垂钓技术,富集、再生和回收连翘水提液中与RSV-F蛋白特异性结合的活性成分,运用超高效液质联用分析对回收样本进行分析鉴定,并采用... 目的探索连翘水提液中与RSV-F蛋白特异性结合的效应物质,并验证其作用效果。方法采用表面等离子共振亲和垂钓技术,富集、再生和回收连翘水提液中与RSV-F蛋白特异性结合的活性成分,运用超高效液质联用分析对回收样本进行分析鉴定,并采用分子对接、分子动力学模拟及SPR亲和力检测筛选与F蛋白稳定结合的活性成分,利用动物实验进行药效学验证。将BALB/c小鼠随机分为正常组、模型组、阳性对照组、原儿茶酸组和毛蕊花糖苷组。实验组均滴鼻RSV造模;各给药组于造模当天开始灌胃干预,连续4 d后取材。采用HE染色观察肺组织病变情况,ELISA法检测肺组织炎性因子变化。结果多种连翘水提液活性成分可与RSV-F蛋白结合,其中以毛蕊花糖苷、原儿茶酸结果更为稳定;体内药效学结果表明,与正常组相比,模型组小鼠肺组织有明显病变,炎性因子水平升高,采用毛蕊花糖苷、原儿茶酸干预后病变状态有所改善。结论连翘可通过毛蕊花糖苷、原儿茶酸等多种连翘水提液活性成分干预RSV-F蛋白表达以减轻RSV引起的肺组织病变程度,可能是其抗RSV的物质基础。 展开更多
关键词 连翘 SPR垂钓技术 RSV-F蛋白 分子对接 分子动力学模拟
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C端替换提高酚酸脱羧酶BJ6PAD的底物催化活性及其分子动力学模拟
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作者 陈阴竹 李琴 +4 位作者 胡凯弟 李建龙 赵宁 苟良逊 刘书亮 《食品科学》 北大核心 2025年第10期95-107,共13页
酚酸脱羧酶是一种生物催化剂,利用该酶的脱羧反应制备4-乙烯基衍生物具有诸多优势和良好的发展前景。采用酶蛋白序列C端替换方式改造枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)J6酚酸脱羧酶,以期获得催化能力更强的突变体,并利用同源建模、分子... 酚酸脱羧酶是一种生物催化剂,利用该酶的脱羧反应制备4-乙烯基衍生物具有诸多优势和良好的发展前景。采用酶蛋白序列C端替换方式改造枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)J6酚酸脱羧酶,以期获得催化能力更强的突变体,并利用同源建模、分子对接和分子动力学模拟分析酶与底物间的相互作用。结果表明,C端替换会影响酶的底物亲和力和催化效率,所构建的突变体BJ6PAD-C1和BJ6PAD-C2对大部分底物酚酸的催化活性有明显提高,尤其是咖啡酸,较原酶分别提高20.34%和29.97%;且2个突变酶对阿魏酸、咖啡酸和芥子酸的亲和力增强,其中,BJ6PAD-C1对这3种酚酸的催化效率分别增加4%、24%、145%,BJ6PAD-C2的催化效率分别增加7%、37%、114%。最后通过分子对接对底物结合关键位点进行预测,发现C端替换会影响底物结合腔中关键氨基酸残基间的相互作用,并利用分子动力学模拟计算,从蛋白质结构和能量差异方面确定了影响酶催化性能的原因,即突变可能会扩宽蛋白质的入口通道,使配体能够更易进入底物结合口袋并发生反应;同时,酶结构的改变可能会造成底物“脱靶”,从而降低其催化活性。本研究不仅在一定程度上丰富了酚酸脱羧酶资源,也为酚酸脱羧酶结构与功能的研究提供了新思路。 展开更多
关键词 酚酸脱羧酶 C端替换 酶学性质 分子对接 分子动力学模拟
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基于网络药理、分子对接和分子动力学模拟探讨蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的作用机制 被引量:2
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作者 冯苗苗 徐小苒 +2 位作者 李宁丽 杨铭真 翟远坤 《华西口腔医学杂志》 北大核心 2025年第2期249-261,共13页
目的联合使用网络药理学、分子对接和分子动力学模拟技术探讨蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的活性成分及潜在靶点,并探讨其可能的作用机制。方法通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction数据库并结合文献报道筛选蛇床子的主要化学成分及... 目的联合使用网络药理学、分子对接和分子动力学模拟技术探讨蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的活性成分及潜在靶点,并探讨其可能的作用机制。方法通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction数据库并结合文献报道筛选蛇床子的主要化学成分及作用靶点;采用多种数据库预测牙周炎和骨质疏松的作用靶点;利用Venny 2.1获取蛇床子与牙周炎和骨质疏松的交集靶点;采用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络(PPI)图并使用Cytoscape 3.9.1软件构建活性成分−交集靶点网络,对其进行拓扑分析筛选关键靶点和核心活性成分;基于Metascape平台对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;选取节度点(degree)值排名前5位的核心靶点和核心活性成分,使用Discovery Studio 2019软件对配体和受体进行分子对接,并将结果可视化;使用Gromacs2022.3进行分子动力学模拟,以评估核心活性成分和关键靶点之间相互作用的稳定性。结果筛选得到蛇床子的20个潜在活性成分,蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的作用靶点116个;对116个交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析发现,蛇床子可能通过磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶、晚期糖基化终产物-糖基化终末产物受体等信号通路发挥治疗作用;分子对接结果发现核心活性成分与关键靶点能够较好地结合,分子动力学模拟进一步验证了香叶木素-AKT1复合体稳定性。结论本研究揭示蛇床子通过多成分、多靶点、多途径的特点治疗牙周炎伴骨质疏松的潜在分子药理机制,为后续药物开发研究及临床应用提供理论基础。 展开更多
关键词 蛇床子 牙周炎 骨质疏松 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟
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基于网络药理学和实验验证鉴定降糖调脂方改善糖脂代谢紊乱的关键靶点及作用机制
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作者 方心怡 张明晢 +1 位作者 田佳星 仝小林 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第9期2536-2552,共17页
目的降糖调脂方改善糖脂代谢紊乱疗效显著,然而,其具体作用机制尚未完全确定。本研究旨在通过网络药理学、分子对接、分子动力学模拟和实验验证,探讨降糖调脂方改善糖脂代谢紊乱的潜在靶点和作用机制。方法糖脂代谢紊乱相关靶标来自Gene... 目的降糖调脂方改善糖脂代谢紊乱疗效显著,然而,其具体作用机制尚未完全确定。本研究旨在通过网络药理学、分子对接、分子动力学模拟和实验验证,探讨降糖调脂方改善糖脂代谢紊乱的潜在靶点和作用机制。方法糖脂代谢紊乱相关靶标来自GeneCards数据库,而降糖调脂方主要活性成分相关作用靶标来自CTD和SwissTarget数据库。使用STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。选择潜在关键靶点后,通过Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并构建“药物-成分-靶点-通路”网络图谱。使用AutoDock和PyMOL软件进行分子对接,以验证降糖调脂方的主要成分与核心靶点之间的相关性。对分子对接获得的最佳核心蛋白质-化合物复合物进行分子动力学模拟。建立糖脂代谢紊乱小鼠模型,并通过体内实验验证网络药理学结果。结果PPI网络的拓扑分析揭示了TNF、CTNNB1、AKT1、NF-κB1、ESR1、FN1、TP53、IL-1β、IL-6、EGFR10个核心靶点。GO功能富集分析显示,这些靶点主要与信号转导和转录调控有关。KEGG通路分析表明,这些靶点与脂质和动脉粥样硬化通路相关。分子对接结果表明降糖调脂方的核心活性成分与AKT1、FN1和IL-6具有一定的结合亲和力。分子动力学模拟揭示了lovastatin、coptisine、salvianolic acid B和AKT1之间良好的结合能力。动物实验表明,降糖调脂方可能通过下调脂质和动脉粥样硬化通路中AKT1、TP53及炎症因子的表达,并抑制FN1和EGFR的表达,增加CTNNB1和ESR1的表达,从而降低糖脂代谢紊乱小鼠血糖、血脂水平,改善糖脂代谢紊乱。结论降糖调脂方参与脂质和动脉粥样硬化通路的调节,综合调控糖脂代谢并改善动脉粥样硬化病变,从而防治糖脂代谢紊乱及其并发症的发生发展。 展开更多
关键词 降糖调脂方 糖脂代谢紊乱 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟 脂质和动脉粥样硬 化通路
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船坞坞位与舾装泊位联合调度优化
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作者 苏志棚 唐国磊 +2 位作者 张远大 吴青谊 赵卓瑶 《科学技术与工程》 北大核心 2025年第25期10927-10936,共10页
船坞坞位与舾装泊位调度是船厂调度的关键且两者相互协调与衔接,直接关系船舶建造效率和交付时间。为此,将船坞坞位调度和舾装泊位调度决策联合起来,以最小化交船总延误时间为目标,建立船坞坞位与舾装泊位联合调度优化模型。针对船厂作... 船坞坞位与舾装泊位调度是船厂调度的关键且两者相互协调与衔接,直接关系船舶建造效率和交付时间。为此,将船坞坞位调度和舾装泊位调度决策联合起来,以最小化交船总延误时间为目标,建立船坞坞位与舾装泊位联合调度优化模型。针对船厂作业的复杂性和动态性特征,考虑坞内多种建造模式、船舶分段移位、双档靠泊等复杂流程,提出基于仿真优化的模型求解方法。结果表明,提出的优化模型和基于仿真优化的模型求解方法,能够有效优化船坞坞位与舾装泊位联合调度,为船坞坞位与舾装泊位调度计划优化提供参考。 展开更多
关键词 船坞坞位 舾装泊位 联合调度 智能体仿真 优化
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对香豆酸、曲酸和绿原酸对苹果不同形态多酚氧化酶的抑制作用研究
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作者 李姿 彭亦瑾 +3 位作者 姚瑶 江永利 易俊洁 周林燕 《食品工业科技》 北大核心 2025年第19期20-33,共14页
苹果中多酚氧化酶(polyphenol oxidase,PPO)通常以膜结合态(membrane-bound polyphenol oxidase,mPPO)和可溶态(soluble polyphenol oxidase,sPPO)两种形态存在,两者具有不同的酶学特性和高级结构。本研究从红富士苹果中分离纯化分别获... 苹果中多酚氧化酶(polyphenol oxidase,PPO)通常以膜结合态(membrane-bound polyphenol oxidase,mPPO)和可溶态(soluble polyphenol oxidase,sPPO)两种形态存在,两者具有不同的酶学特性和高级结构。本研究从红富士苹果中分离纯化分别获得sPPO和mPPO,分析其最适pH和最适温度,并研究对香豆酸、曲酸、绿原酸对两种酶的抑制作用。结果表明,sPPO的分子量为30 kDa、最适pH和最适温度分别为7.0和45℃,而mPPO分别是67 kDa、7.5和55℃。基于氨基酸测序同源建模获得PPO的高级结构,sPPO主要由6个α-螺旋、2个β-折叠和多个无规卷曲组成,mPPO主要由8个α-螺旋、3个β-折叠和多个无规卷曲组成。对香豆酸和曲酸对PPO的抑制效果优于绿原酸,并且sPPO比mPPO更容易被抑制。对香豆酸、曲酸和绿原酸三种抑制剂对sPPO和mPPO均为可逆抑制。其中,对香豆酸和曲酸为竞争性抑制,绿原酸为混合型抑制。三种抑制剂能有效猝灭PPO荧光,并对PPO具有单一结合位点。分子对接结果表明抑制剂主要通过氢键和疏水相互作用与PPO结合,抑制剂可进入到sPPO的双铜结合区,而只结合于mPPO的疏水空腔。分子动力学模拟表明,与mPPO体系相比,抑制剂加入后sPPO体系的均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)、均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF)、回转半径(radius of gyration,Rg)值波动更大,氨基酸残基更灵活,sPPO的稳定性显著降低。本研究为深入研究抑制剂对PPO的抑制机理提供了一定的理论基础,对未来开发高效、绿色PPO抑制剂提供了一定的科学依据。 展开更多
关键词 苹果 多酚氧化酶 褐变抑制 分子对接 分子动力学模拟
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深度学习结合分子模拟高效筛选宏基因组数据中的抗菌肽
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作者 田源 韩爱萍 徐春明 《食品科学技术学报》 北大核心 2025年第4期138-149,共12页
抗菌肽是一种可以通过与细菌细胞膜或细胞内生物分子相互作用,破坏细菌生理过程,最终导致细菌死亡,发挥抗菌功能的多肽。通过构建全新的深度学习模型,从土壤宏基因组数据中筛选抗菌肽,并使用分子对接和分子动力学模拟等技术对筛选出的... 抗菌肽是一种可以通过与细菌细胞膜或细胞内生物分子相互作用,破坏细菌生理过程,最终导致细菌死亡,发挥抗菌功能的多肽。通过构建全新的深度学习模型,从土壤宏基因组数据中筛选抗菌肽,并使用分子对接和分子动力学模拟等技术对筛选出的肽进行验证。模型的精准度为98.7%、准确率为96.5%、召回率为91.9%、F1-score为95.2%、特异性为99.2%,该模型展现了出色的筛选性能和强大的泛化能力,同时在效率、可解释性和实际应用价值方面也体现出了显著的优势。经过训练后,模型成功地识别出了若干极具抗菌潜力的短肽,并选择了部分样本进一步研究。结果表明,筛选出的短肽Gly-Thr-Ala-Trp-Arg-Trp-His-Tyr-Arg-Ala-Arg-Ser能有效地附着在细菌的转录调节因子MrkH蛋白上,对肺炎克雷伯氏菌、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌产生抑制作用。研究旨在结合深度学习与分子模拟技术等,为开发食品行业新型抗菌剂的开发和应用提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 深度学习 分子对接 分子动力学模拟 抗菌肽 抗菌活性验证
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