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2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究
1
作者
柯自立
张小玄
+5 位作者
徐海滨
高亚东
罗朝晨
黄梦颖
邱玉锋
杨劲松
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期708-715,共8页
目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列...
目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析。结果福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源。产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致。泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率。结论福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测。
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关键词
霍乱弧菌
全基因组测序
生物信息学分析
核心基因组多位点序列分型
泛基因组
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职称材料
一株分离自母乳的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496的菌株鉴定
被引量：
1
2
作者
刘冲
马霞
+11 位作者
于学健
刘艺茹
刘伟贤
刘蕊
辛迪
唐腾飞
刘红强
葛媛媛
孙婷
蒋秋悦
洪维鍊
姚粟
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第19期67-74,共8页
以母乳来源的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496为研究对象,收集5株不同批次的YLGB-1496作为目标菌株,收集8株长双歧杆菌参比菌株实物,同时收集28株长双歧杆菌婴儿亚种全基因组序列。采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质...
以母乳来源的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496为研究对象,收集5株不同批次的YLGB-1496作为目标菌株,收集8株长双歧杆菌参比菌株实物,同时收集28株长双歧杆菌婴儿亚种全基因组序列。采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定技术和全基因组测序技术,建立了适用于YLGB-1496的菌株鉴定方法。结果表明,5株YLGB-1496与模式菌株B.longum subsp.infantis ATCC 15697 T的平均核苷酸一致性值均大于98%,数字DNA-DNA杂交值均大于85%,5株不同批次来源YLGB-1496鉴定为长双歧杆菌婴儿亚种。对YLGB-1496和参比菌株的1059个共有核心基因开展多位点序列分型分析,结果表明该菌株可与其他参比菌株有效区分。以菌株YLGB-1496-1的基因组序列为参考开展单核苷酸位点多态性分析,结果表明YLGB-1496不同来源菌株间SNP差异小于30,并且与其他参比菌株差异大于18000,系统发育分析可以有效区分YLGB-1496与其他参比菌株。益生菌的安全性和功能性评价均在菌株水平具有特异性,研究建立的表型、基因型相结合的菌株鉴定方法可为菌株鉴定标准提供有效技术支撑,对促进益生菌在食品行业更加安全和广泛的应用具有重要意义。
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关键词
长双歧杆菌婴儿亚种
菌株鉴定
全基因组测序
多位点序列分型
单核苷酸位点多态性
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职称材料
题名
2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究
1
作者
柯自立
张小玄
徐海滨
高亚东
罗朝晨
黄梦颖
邱玉锋
杨劲松
机构
福建省疾病预防控制中心传染病预防控制所
福建医科大学公共卫生学院
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期708-715,共8页
基金
福建省自然科学基金项目(No.2022J01399)
福建省卫生健康科技计划项目(No.2021CXA024)联合资助。
文摘
目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析。结果福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源。产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致。泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率。结论福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测。
关键词
霍乱弧菌
全基因组测序
生物信息学分析
核心基因组多位点序列分型
泛基因组
Keywords
Vibrio cholerae
whole genome
sequenc
ing
bioinformatics analysis
core-genome
multilocus
sequence
typing
(
cgmlst
)
pan-genome
分类号
R378.3 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
一株分离自母乳的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496的菌株鉴定
被引量：
1
2
作者
刘冲
马霞
于学健
刘艺茹
刘伟贤
刘蕊
辛迪
唐腾飞
刘红强
葛媛媛
孙婷
蒋秋悦
洪维鍊
姚粟
机构
中国食品发酵工业研究院有限公司
内蒙古乳业技术研究院有限责任公司
内蒙古伊利实业集团股份有限公司
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第19期67-74,共8页
文摘
以母乳来源的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496为研究对象,收集5株不同批次的YLGB-1496作为目标菌株,收集8株长双歧杆菌参比菌株实物,同时收集28株长双歧杆菌婴儿亚种全基因组序列。采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定技术和全基因组测序技术,建立了适用于YLGB-1496的菌株鉴定方法。结果表明,5株YLGB-1496与模式菌株B.longum subsp.infantis ATCC 15697 T的平均核苷酸一致性值均大于98%,数字DNA-DNA杂交值均大于85%,5株不同批次来源YLGB-1496鉴定为长双歧杆菌婴儿亚种。对YLGB-1496和参比菌株的1059个共有核心基因开展多位点序列分型分析,结果表明该菌株可与其他参比菌株有效区分。以菌株YLGB-1496-1的基因组序列为参考开展单核苷酸位点多态性分析,结果表明YLGB-1496不同来源菌株间SNP差异小于30,并且与其他参比菌株差异大于18000,系统发育分析可以有效区分YLGB-1496与其他参比菌株。益生菌的安全性和功能性评价均在菌株水平具有特异性,研究建立的表型、基因型相结合的菌株鉴定方法可为菌株鉴定标准提供有效技术支撑,对促进益生菌在食品行业更加安全和广泛的应用具有重要意义。
关键词
长双歧杆菌婴儿亚种
菌株鉴定
全基因组测序
多位点序列分型
单核苷酸位点多态性
Keywords
Bifidobacterium longum subsp.infantis
strain identification
whole genome
sequenc
ing
complete genome
multilocus
sequence
typing
(
cgmlst
)
single nucleotide polymorphism(SNP)
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究
柯自立
张小玄
徐海滨
高亚东
罗朝晨
黄梦颖
邱玉锋
杨劲松
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
一株分离自母乳的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496的菌株鉴定
刘冲
马霞
于学健
刘艺茹
刘伟贤
刘蕊
辛迪
唐腾飞
刘红强
葛媛媛
孙婷
蒋秋悦
洪维鍊
姚粟
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
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职称材料
已选择
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