目的探讨基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术及染色体核型分析在染色体异常检测中的应用价值。方法采用CNV-seq技术和传统的染色体核型分析对42例患者进行染色体分析,对比分析两种检测方法的优势及局...目的探讨基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术及染色体核型分析在染色体异常检测中的应用价值。方法采用CNV-seq技术和传统的染色体核型分析对42例患者进行染色体分析,对比分析两种检测方法的优势及局限性。结果CNV-seq结果显示,42例标本中染色体拷贝数异常7例,检出率为 16.67%;而染色体核型分析结果显示,存在8例染色体异常(其中染色体结构异常6例,数目异常2例),检出率为 19.04%;此外,还检出4例为染色体多态性变异。结论CNV-seq技术不仅能检测出常规的染色体数目和结构异常(尤其能对来源未知的染色体片段提供更为精准的检测信息),还能检测到100 kb以上的染色体片段的微缺失和微重复;CNV-seq技术不能检测染色体平衡易位和倒位等。传统的染色体核型分析联合CNV-seq检测将会为染色体异常患者提供更为精确的临床诊断。展开更多
目的分析高龄孕妇介入性产前诊断胎儿染色体异常结果的特征。方法回顾性选取2020年1月至2023年6月于唐山市妇幼保健院产前诊断遗传病诊断中心就诊的行羊膜腔穿刺术的638例高龄孕妇作为研究对象,按照孕妇预产年龄分为A组(35~<40岁,n=4...目的分析高龄孕妇介入性产前诊断胎儿染色体异常结果的特征。方法回顾性选取2020年1月至2023年6月于唐山市妇幼保健院产前诊断遗传病诊断中心就诊的行羊膜腔穿刺术的638例高龄孕妇作为研究对象,按照孕妇预产年龄分为A组(35~<40岁,n=463)和B组(≥40岁,n=175),统计2组高龄孕妇羊水细胞染色体核型分析结果和全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)检测结果。统计学方法采用χ^(2)检验。结果638例高龄孕妇中,羊水细胞染色体异常核型检出率为8.3%(53/638),其中A组和B组的检出率分别为6.9%(32/463)和12.0%(21/175),B组高于A组(χ^(2)=15.241,P<0.05)。CNV-seq检测结果显示,羊水细胞染色体异常拷贝数变异(copy number variation,CNV)检出率为10.2%(65/638),其中A组和B组的检出率分别为8.9%(41/463)和13.7%(24/175),B组高于A组(χ^(2)=13.634,P<0.05)。结论在高龄孕妇中,胎儿染色体异常发生率随着孕妇年龄增长而上升,行产前诊断羊水细胞染色体核型分析及CNV-seq检测可提高胎儿染色体遗传病的检出率。展开更多
通过DNA从头测序分析人胸膜间皮瘤发生的高关联度突变基因。提取恶性胸膜间皮瘤(MPM)组织和正常胸膜组织DNA,构建基因文库,用Illumina HiSeqX Ten PE 150平台测序,将测序结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对、注释,并对测序结果...通过DNA从头测序分析人胸膜间皮瘤发生的高关联度突变基因。提取恶性胸膜间皮瘤(MPM)组织和正常胸膜组织DNA,构建基因文库,用Illumina HiSeqX Ten PE 150平台测序,将测序结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对、注释,并对测序结果进行过滤、错误率分布检查、GC含量分布检查分析。MPM组织DNA平均过滤37829946 bp,错误率小于0.12%,GC含量占41.17%,而正常胸膜组织DNA平均过滤39089681 bp,错误率小于0.1%,GC含量占41.7%,两者测序质量均在Q 30(≥80%)以上,MPM为87.43%,正常胸膜为88.36%。以上高质量测序数据通过BWA比对到参考基因组(GRCh 37/hg 19),得到最初比对序列,利用重复标记后的比对序列进行覆盖度、深度等统计,覆盖深度达到10 X以上该突变位点可信。结果显示,实验病例XL14覆盖深度达到10 X的占98.59%,覆盖率达到99.83%;对照病例Z5占98.50%,覆盖率达到99.79%。对该序列进行基因注释分析,发现一系列单核苷酸多态性、基因插入缺失、基因结构变异、基因拷贝数变异,筛选出总变异位点数29277个,可能致病的变异位点数22个,致病性的变异位点数5个,不确定变异有害性的位点数为3353个,其余变异位点均为良性。进一步对突变基因进行富集、关联性分析,预测出突变基因TXNDC2与人胸膜间皮瘤的发生高度相关,相关系数达到0.8以上;突变基因PIEN、ABCC1、UGT1A7、UGT1A3、UGT1A4、UGT1A9、ALDH3B1、UGT1A5等与人胸膜间皮瘤有一定关联性,关联度在0~0.2之间。基因TXNDC2、PIEN、ABCC1、UGT1A7、UGT1A3、UGT1A4、UGT1A9、ALDH3B1、UGT1A5的变异可能与人胸膜间皮瘤的发生发展有关。本实验为人胸膜间皮瘤分子诊断提供了参考。展开更多
目的:对1例产前B超提示骨骼系统发育异常,疑似宫内生长受限的胎儿进行基因检测及生物信息学分析以明确其致病原因。方法:采集胎儿羊水及父母外周血,提取基因组DNA,利用高通量测序平台进行家系全外显子组测序(whole exome sequencing,WES...目的:对1例产前B超提示骨骼系统发育异常,疑似宫内生长受限的胎儿进行基因检测及生物信息学分析以明确其致病原因。方法:采集胎儿羊水及父母外周血,提取基因组DNA,利用高通量测序平台进行家系全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)及拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术检测,可疑结果经Sanger测序进行验证。结果:胎儿高迁移率族蛋白A2(high mobility group protein AT-Hook-2,HMGA2)基因存在c.223C>T(p.R75W)新发变异,导致氨基酸改变为p.R75W(p.Arg75Trp),为错义突变。根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南评级,该变异判定为可能致病性(likely pathogenic):PS2+PM2_Supporting+PP3+PS4_Supporting。根据其临床表型,该胎儿被确诊为常染色体显性遗传的Silver-Russell综合征5型(Silver-Russell syndrome 5,SRS5)。Sanger测序确证了其变异的真实性。结论:HMGA2基因的c.223C>T(p.R75W)杂合致病性变异可能是SRS5的遗传学致病原因,扩充了该基因的变异谱,同时为该胎儿的产前遗传咨询和后续的干预措施提供了理论依据。展开更多
文摘目的分析高龄孕妇介入性产前诊断胎儿染色体异常结果的特征。方法回顾性选取2020年1月至2023年6月于唐山市妇幼保健院产前诊断遗传病诊断中心就诊的行羊膜腔穿刺术的638例高龄孕妇作为研究对象,按照孕妇预产年龄分为A组(35~<40岁,n=463)和B组(≥40岁,n=175),统计2组高龄孕妇羊水细胞染色体核型分析结果和全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)检测结果。统计学方法采用χ^(2)检验。结果638例高龄孕妇中,羊水细胞染色体异常核型检出率为8.3%(53/638),其中A组和B组的检出率分别为6.9%(32/463)和12.0%(21/175),B组高于A组(χ^(2)=15.241,P<0.05)。CNV-seq检测结果显示,羊水细胞染色体异常拷贝数变异(copy number variation,CNV)检出率为10.2%(65/638),其中A组和B组的检出率分别为8.9%(41/463)和13.7%(24/175),B组高于A组(χ^(2)=13.634,P<0.05)。结论在高龄孕妇中,胎儿染色体异常发生率随着孕妇年龄增长而上升,行产前诊断羊水细胞染色体核型分析及CNV-seq检测可提高胎儿染色体遗传病的检出率。
文摘目的:对1例产前B超提示骨骼系统发育异常,疑似宫内生长受限的胎儿进行基因检测及生物信息学分析以明确其致病原因。方法:采集胎儿羊水及父母外周血,提取基因组DNA,利用高通量测序平台进行家系全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)及拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术检测,可疑结果经Sanger测序进行验证。结果:胎儿高迁移率族蛋白A2(high mobility group protein AT-Hook-2,HMGA2)基因存在c.223C>T(p.R75W)新发变异,导致氨基酸改变为p.R75W(p.Arg75Trp),为错义突变。根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南评级,该变异判定为可能致病性(likely pathogenic):PS2+PM2_Supporting+PP3+PS4_Supporting。根据其临床表型,该胎儿被确诊为常染色体显性遗传的Silver-Russell综合征5型(Silver-Russell syndrome 5,SRS5)。Sanger测序确证了其变异的真实性。结论:HMGA2基因的c.223C>T(p.R75W)杂合致病性变异可能是SRS5的遗传学致病原因,扩充了该基因的变异谱,同时为该胎儿的产前遗传咨询和后续的干预措施提供了理论依据。
