籽粒苋copia类反转录转座子的初步研究 被引量：2

1

作者 江树业 孙梅 +2 位作者 何予卿 陈洪 陈启锋 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2002年第2期218-222,共5页

本研究首次报道了籽粒苋中也存在 copia类反转录转座子 ,进一步验证了 copia类反转录转座子广泛存在于高等植物中 .采用 PCR方法分离鉴定了来自 4个种 2 7个基因型中的 5 3个 RT酶区序列 .序列分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座... 本研究首次报道了籽粒苋中也存在 copia类反转录转座子 ,进一步验证了 copia类反转录转座子广泛存在于高等植物中 .采用 PCR方法分离鉴定了来自 4个种 2 7个基因型中的 5 3个 RT酶区序列 .序列分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子不但具有长度多样性、种间多样性、种内多样性 ,而且来自相同基因型的反转录转座子之间也存在高度异质性 .Southern杂交分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子以多拷贝形式存在 .Northern杂交分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子可能失去了转座活性 .本研究还对采用 PCR技术分离全长的 copia类反转录转座子进行了初步探讨 ,认为该方法可行 ,具有快速、经济等优点 。 展开更多

关键词 籽粒苋 copia类反转录转座子 RT酶区 异质粒 PCR

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栽培种花生Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析

2

作者 熊发前 刘菁 +9 位作者 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 唐秀梅 韩柱强 钟瑞春 吴海宁 黄志鹏 唐荣华 刘俊仙 《花生学报》 北大核心 2021年第3期1-10,共10页

克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA... 克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA进行扩增,目的条带经回收、克隆、测序,最后对序列进行生物信息学分析。目的条带大小约260 bp,克隆获得了34条反转录酶序列,序列长度变化范围为256~267 bp,AT所占比例范围为51.36%~67.79%,AT与GC比例范围为1.06~2.10,序列间相似性范围为44.9%~98.5%,序列存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;34条反转录酶序列系统聚类为3个家族,家族Ⅰ和家族Ⅱ分别占到了总序列数的55.88%和35.29%;翻译成氨基酸后,有14条序列发生了无义突变,序列间相似性范围为11.4%~98.9%,呈现高度异质性;序列间保守基序也存在较大差异,呈现较高异质性;对栽培种花生与其他物种植物该类型反转录酶的氨基酸序列构建系统进化树,结果显示所有序列被分为7类,其中Ⅰ类和Ⅱ类分别包含16条和11条栽培种花生反转录酶序列,表明栽培种花生反转录酶序列具有比较高的保守性,同时栽培种花生也与葡萄、马铃薯、辣椒、烟草、番茄、大豆、甜菜、草莓等物种植物的反转录酶序列之间具有较近的亲缘关系,表明不同物种植物的Ty1-copia类反转录转座子之间有可能存在着横向传递。本研究所获得的反转录酶序列为栽培种花生Ty1-copia反转录转座子的分子标记开发利用及花生分子育种奠定了一定基础。 展开更多

关键词 栽培种花生 Ty1-copia类反转录转座子 反转录酶 异质性

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裸燕麦Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的分离、鉴定与分析 被引量：1

3

作者 郭晓芳 贾举庆 +4 位作者 张晓军 张春来 张美俊 冯美臣 杨武德 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期721-728,共8页

本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示... 本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示,23条Ty1-copia类反转录转座子存在较高的异质性,序列间的一致性为45%～98%,存在插入、移码和终止密码突变,但频率不高;系统发育分析结果表明,燕麦Ty1-copia类反转录转座子在进化过程中主要为垂直传递。本研究通过检索燕麦基因表达数据库,发现了5个有转录活性的Ty1-copia类反转录转座子。 展开更多

关键词 裸燕麦 Ty1-copia类反转录转座子 进化 转录活性

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火龙果Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析 被引量：8

4

作者 彭磊 吴艳 +3 位作者 刘小翠 杨鵾 范付华 文晓鹏 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期186-195,共10页

【目的】克隆Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶(RT)序列并分析其特性,为火龙果遗传变异和进化研究提供新的信息。【方法】根据Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物,从红肉和白肉火龙果及其突变体中扩增出430 bp左右的目标片段... 【目的】克隆Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶(RT)序列并分析其特性,为火龙果遗传变异和进化研究提供新的信息。【方法】根据Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物,从红肉和白肉火龙果及其突变体中扩增出430 bp左右的目标片段,回收、克隆、测序获得RT序列,并进行生物信息学分析;采用RT-PCR检测其转录活性。【结果】共获得82条RT序列,其中有55条序列发生终止密码子突变,5条序列发生移码突变;经RT序列对比,火龙果与水稻、拟南芥有较高的同源性;3条RT序列具有转录活性。【结论】火龙果Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列具有高度异质性,部分序列具有转录活性,与其他物种存在反转录转座子的横向传递。 展开更多

关键词 火龙果 Ty3-gypsy类反转录转座子 反转录酶 异质性 转录活性

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来自中间偃麦草基因组的类反转录转座子片段的克隆及其特征分析 被引量：5

5

作者 马有志 富田因则 +2 位作者 曹丽霞 李连城 安室喜正 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期299-303,T001,共6页

中间偃麦草 [Thinopyrumintermedium ,(Host)BarkworthandDewey]是普通小麦 (TriticumaestivumL )遗传改良的重要基因源 ,已有许多重要基因导入普通小麦。本研究从中间偃麦草基因组克隆到一个类反转录转座子片段 ,命名为pTi2 8。该序列... 中间偃麦草 [Thinopyrumintermedium ,(Host)BarkworthandDewey]是普通小麦 (TriticumaestivumL )遗传改良的重要基因源 ,已有许多重要基因导入普通小麦。本研究从中间偃麦草基因组克隆到一个类反转录转座子片段 ,命名为pTi2 8。该序列高丰度存在于中间偃麦草基因组 ,低丰度 (寡拷贝 )存在于普通小麦及其近缘种属硬粒小麦 (T durum)、黑麦 (Secalecereale)、小黑麦和簇毛麦 (Hynaldiavillosa)基因组 ,是中间偃麦草专化重复序列。序列对比分析结果显示 ,pTi2 8与大麦、小麦反转录转座子BARE 1和Wis 2 1A的同源性分别为 6 2 8%、70 8%。Southern及原位杂交结果表明 ,pTi2 8属散在型重复序列 。 展开更多

关键词 中间偃麦草 类反转录转座子 基因克隆 序列分析 普通小麦 原位杂交

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植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法 被引量：11

6

作者 侯小改 张曦 郭大龙 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1491-1500,共10页

LTR类反转录转座子(Long terminal repeat retrotransponson)是真核生物中的一类重要转座元件,具有分布广泛、异质性高等特点,在真核生物基因组进化中起着重要作用,现广泛应用于植物的基因功能分析和遗传多样性研究等方面。LTR类反转录... LTR类反转录转座子(Long terminal repeat retrotransponson)是真核生物中的一类重要转座元件,具有分布广泛、异质性高等特点,在真核生物基因组进化中起着重要作用,现广泛应用于植物的基因功能分析和遗传多样性研究等方面。LTR类反转录转座子的序列识别是其应用的前提条件,因此对LTR类反转录转座子的序列鉴定和分析方法的研究具有重要的理论意义和实际应用价值。LTR类反转录转座子序列的生物信息学分析软件按原理可大致分为序列比对分析和相关序列保守区域识别鉴定两类。比对软件如BLAST、DNAstar等,是一种序列相似性搜索程序,通过与已知的反转录转座子序列比对后的序列相似性来判断未知序列是否是反转录转座子序列,但这类软件不能直接获得具体的LTR等特征序列的相关信息,不能对反转录转座子序列的全长进行识别。识别鉴定软件按原理可分为从头算起法、比较基因组法、同源搜索法和结构基础法4种,如LTR-Finder等基于从头算起法的识别鉴定软件,可对LTR类反转录转座子全序列进行较准确地预测和注释,RepeatMasker等基于同源搜索法的软件,通过与数据库中的序列的相似性比对后发现可能存在的LTR类反转录转座子。文章对不同的LTR类反转录转座子预测方法进行了比较和分析,在此基础上归纳总结出一套分析LTR类反转录转座子序列的操作流程,旨在为LTR类反转录转座子序列的分析提供参考。 展开更多

关键词 植物LTR类反转录转座子 序列比对 软件分析 遗传多样性

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植物LTR类反转录转座子的研究概述 被引量：1

7

作者 徐玲 陈自宏 +1 位作者 汪建云 艾薇 《安徽农业科学》 CAS 2012年第31期15129-15130,15149,共3页

LTR类反转录转座子是植物基因组中的重要成分,对基因组的大小、结构、功能和进化都有重要影响。文中从结构特征、转座机制、分类、分离鉴定及对基因组的影响等多个方面概述了植物LTR类反转录转座子的研究进展,为进一步揭示LTR类反转录... LTR类反转录转座子是植物基因组中的重要成分,对基因组的大小、结构、功能和进化都有重要影响。文中从结构特征、转座机制、分类、分离鉴定及对基因组的影响等多个方面概述了植物LTR类反转录转座子的研究进展,为进一步揭示LTR类反转录转座子在植物基因组中的功能奠定基础。 展开更多

关键词 LTR类反转录转座子 植物基因组 结构 转座 活性

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植物LTR类反转录转座子在植物基因组学研究中的应用 被引量：3

8

作者 郭玉双 陈静 +3 位作者 张建华 李祥羽 胡重怡 任学良 《黑龙江农业科学》 2011年第11期139-142,共4页

LTR类反转录转座子是植物基因组中的重要转座元件,对植物基因组的结构及功能有重要的影响。综述了近年来植物LTR类反转录转座子的类型和结构、在基因组中表达和调控,并探讨了它们在植物基因组学研究中的应用前景。

关键词 植物基因组 LTR类反转录转座子 表达调控 基因组学

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果蔗Ty3-gypsy类反转录转座子RT基因的多样性分析

9

作者 刘俊仙 阳太亿 +7 位作者 刘菁 张荣华 卢曼曼 雷敬超 高轶静 丘立杭 李松 熊发前 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期287-298,共12页

【目的】分析Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶基因(RT)序列特征、多样性、系统进化关系及转录活性,为深入研究果蔗Ty3-gypsy类反转录转座子全长序列、转录转座活性及生物学功能提供理论参考。【方法】以果蔗品种拔地拉为试材,根据Ty3-g... 【目的】分析Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶基因(RT)序列特征、多样性、系统进化关系及转录活性,为深入研究果蔗Ty3-gypsy类反转录转座子全长序列、转录转座活性及生物学功能提供理论参考。【方法】以果蔗品种拔地拉为试材,根据Ty3-gypsy类反转录转座子RT基因保守区设计简并引物对,利用其进行PCR扩增,将目的条带回收纯化后连接至pMD18-T载体,并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序。依据测序结果对RT基因序列进行生物信息学分析。【结果】从果蔗拔地拉中扩增获得51条序列(SoRT4-1~SoRT4-51),去除重复序列和非RT基因序列后共获得44条RT基因序列,长度为423~433 bp,AT含量为56.84%~64.97%,AT∶GC比值为1.32~1.85,核苷酸序列间相似性为44.4%~99.3%,其编码的氨基酸序列间相似性为10.8%~100.0%,说明氨基酸序列比核苷酸序列表现出更高异质性。44条RT基因序列被划分为4个家族,其中Ⅰ和Ⅲ为主要家族。44条RT基因编码的氨基酸序列中有20条发生了无义突变,说明其突变率较高。44条RT基因编码蛋白序列存在5种保守基序,其中,有29条序列同时包含Motif 1~Motif 4,其余15条序列的保守基序变异较大,说明保守基序存在一定异质性。4个家族代表性序列编码蛋白的三级结构在氢键和转角的数量方面差异较大;系统发育进化树分析结果显示,44条RT基因序列被分为七大类,Ⅰ类和Ⅱ类中的果蔗RT基因序列分别占序列总数的40.91%和27.27%,Ⅱ类和Ⅵ类中的部分果蔗RT基因序列与拟南芥的BAB40828.1、粳稻的BAB40824.1、菠菜的BAB40833.1和大豆的BAB40834.1亲缘关系较近,推测这些物种在进化过程中发生了Ty3-gypsy类反转录转座子的横向传递。初步发现1条Ty3-gypsy类反转录转座子(SoRT4-40)具有转录活性。【结论】获得44条果蔗Ty3-gypsy类反转录转座子RT基因序列,其中仅有1条序列具有转录活性,这些RT基因序列可用于开发基于Ty3-gypsy类反转录转座子的甘蔗分子标记。 展开更多

关键词 果蔗 Ty3-gypsy类反转录转座子 反转录酶 拔地拉 多样性

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家蚕微孢子虫和柞蚕微孢子虫LINE类反转录转座子R4的鉴定及系统进化分析 被引量：2

10

作者 刘兰兰 吴春漫 +2 位作者 张小燕 许金山 周泽扬 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期681-687,共7页

反转录转座子在物种基因组的进化中发挥重要作用,LINE元件属于non-LTR反转录转座子的类型之一。通过生物信息学分析方法,鉴定了一个全长3 855 bp的柞蚕微孢子虫(Nosema pernyi)LINE元件R4Na和一个全长3 970 bp的家蚕微孢子虫(Nosema bom... 反转录转座子在物种基因组的进化中发挥重要作用,LINE元件属于non-LTR反转录转座子的类型之一。通过生物信息学分析方法,鉴定了一个全长3 855 bp的柞蚕微孢子虫(Nosema pernyi)LINE元件R4Na和一个全长3 970 bp的家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)LINE元件R4Nb。R4Na在柞蚕微孢子虫基因组中有4个呈串联排列的完整拷贝,其余拷贝序列结构和R4Nb的拷贝序列结构有很大差异,显示二者的变异程度很大,暗示2种微孢子虫比较古老。利用转录组高通量测序库比对,R4Nb反转录酶编码区插入的外源序列具有转录活性,暗示这段外源序列可能被招募为外显子。依据LINE元件的反转录酶结构域序列构建2种微孢子虫以及东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)、西方蜜蜂微孢子虫(Nosema apis)、按蚊微孢子虫(Anncaliia algerae)的系统进化树,结果显示R4Na和R4Nb与其它昆虫微孢子虫的R4元件具有一定相似性,而且R4元件家族在昆虫微孢子虫基因组分化过程中形成明显的3个进化群。研究结果证明家蚕微孢子虫和柞蚕微孢子虫的基因组中均存在LINE类反转录转座子,为研究2种微孢子虫的基因组结构提供了新的线索。 展开更多

关键词 家蚕微孢子虫 柞蚕微孢子虫 基因组 LINE类反转录转座子 系统进化

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烟草中一个LTR类反转录转座子基因的克隆与功能分析 被引量：2

11

作者 郭玉双 陈静 +8 位作者 刘筱嘉 余世洲 余婧 林世锋 邹颉 付强 张孝廉 赵杰宏 任学良 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期936-942,共7页

[目的]分析烟草中LTR类反转录转座子对植物生长发育的影响。[方法]利用同源克隆及RACE的方法,从烟草栽培品种‘贵烟1号’c DNA中克隆得到了1个烟草反转录转座子的全长c DNA序列,命名为Ntrt1(Gen Bank登录号:KC899077)。利用实时定量RT-... [目的]分析烟草中LTR类反转录转座子对植物生长发育的影响。[方法]利用同源克隆及RACE的方法,从烟草栽培品种‘贵烟1号’c DNA中克隆得到了1个烟草反转录转座子的全长c DNA序列,命名为Ntrt1(Gen Bank登录号:KC899077)。利用实时定量RT-PCR研究了该基因在烟草不同组织中的表达水平;构建了基于双生病毒卫星诱导的Ntrt1的基因沉默载体,以中国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV)为辅助病毒在烟草中沉默了该基因,并调查了基因沉默后的表型。[结果]序列分析表明:该基因全长5 046 bp,编码3个ORF,分别为Gag/pol多聚蛋白、反转录转座子的中心蛋白以及一个整合酶。该基因能在烟草的根、茎、叶中表达,在叶片中的表达量最高。Ntrt1基因沉默烟草与对照相比,烟草植株明显变矮。[结论]Ntrt1在烟草的生长发育中具有重要作用。 展开更多

关键词 反转录转座子 烟草植株 基因沉默 同源克隆 R类 全长CDNA序列 实时定量RT-PCR 中国番茄黄化曲叶病毒

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AA野生种花生Ty1-copia类反转座子RT基因的克隆与序列分析

12

作者 蔡铁城 刘俊仙 +8 位作者 张冲 刘菁 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 韩柱强 唐荣华 庄伟建 熊发前 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期100-112,共13页

该研究旨在克隆Ty1-copia类反转录转座子RT(reverse transcriptase)基因,为分离花生属Ty1-copia类反转录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT基因的保守区设计简并引物,以两份AA染色体组野生种花生Arachis duranensis为试材... 该研究旨在克隆Ty1-copia类反转录转座子RT(reverse transcriptase)基因,为分离花生属Ty1-copia类反转录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT基因的保守区设计简并引物,以两份AA染色体组野生种花生Arachis duranensis为试材,利用PCR扩增其基因组DNA,回收、克隆和测序目的条带后,对所获得序列进行生物信息学分析。结果表明:(1)目的条带大小约为260 bp,分别从两份野生种花生材料中克隆到41条和27条RT基因序列,68条序列的长度变化范围为256~270 bp,AT所占比例范围为55.86%~68.42%,AT与GC比例范围为1.27~2.17,核苷酸序列间相似性范围为49.8%~99.2%,存在较高异质性。(2)68条序列被分为6个家族,家族Ⅰ和Ⅳ为主要家庭。(3)68条序列中的19条发生了无义突变,A.duranensis(PI219823)要比A.duranensis(PI262133)的无义突变率高。(4)氨基酸序列间相似性为4.7%~100%,呈现高度异质性。(5)各家族中代表序列的蛋白质三级结构在整体构型上一致,但在螺旋结构数、折叠结构数、转角数和氢键数上存在较大差别。(6)序列间保守基序总体一致,但也存在一定变异,呈现一定异质性;系统进化树将68条序列分为10类,大部分序列都聚在A和B两大类中。(7)另有部分AA染色体组野生种花生的RT基因序列与其他物种植物的RT基因序列亲缘关系较近,推测不同物种植物间可能发生过Ty1-copia类反转录转座子的横向传递。该研究为花生属基于Ty1-copia类反转录转座子的新分子标记开发和应用奠定基础。 展开更多

关键词 花生 Ty1-copia 类反转录转座子 反转录酶 野生种 异质性

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绿豆Copia类反转座子全基因组注释及进化分析

13

作者 李阳 袁娜 +4 位作者 刘大亮 翟小杰 徐照龙 程静 杜建厂 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期858-867,共10页

利用基于结构从头寻找和同源比对的方法,从绿豆基因组中鉴定出插入位置明确的1198个完整的Copia类反转座子和1038个solo LTR转座子元件。这些元件不均匀分布在绿豆的22条染色体上,并和功能基因的分布呈现显著的负相关关系。绝大部分Copi... 利用基于结构从头寻找和同源比对的方法,从绿豆基因组中鉴定出插入位置明确的1198个完整的Copia类反转座子和1038个solo LTR转座子元件。这些元件不均匀分布在绿豆的22条染色体上,并和功能基因的分布呈现显著的负相关关系。绝大部分Copia类反转座子(91.8%)在最近5.0 MYA内插入到寄主基因组中,并在1.0~2.0 MYA呈现1个明显的活跃峰值。此外,每个家族的solo LTR转座元件数量与完整转座元件数量的比值与进化时间无关,而与LTR的长度呈现显著的正相关关系。尽管这些Copia类反转座子可划分为Angela、Ale、Bianca、Ivana、Maximus和TAR等6个谱系,但各谱系内所包含的家族数和元件数差异较大。通过染色体上的位置比较,发现67个Copia类反转座子家族的713个元件插入到629个功能基因的内部或附近区域(<1 kb),提示这些元件可能对基因的结构、表达和功能产生一定的影响。 展开更多

关键词 copia类反转座子 插入时间 进化树 绿豆

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