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雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析被引量：3: 1; 作者杨闯吴龙飞 +3 位作者柳广斌李耀坤刘德武孙宝丽《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1951-1963,共13页; 旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测,挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4... 展开更多; 关键词陆丰牛雷琼牛背最长肌 lncRNA cerna网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

多房棘球蚴诱导小鼠枯否氏细胞极化相关ceRNA调控网络的构建与分析被引量：2: 2; 作者李艳萍刘婷丽 +4 位作者李红陈国梁王立群郭小腊骆学农《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期4410-4418,共9页; 多房棘球蚴(Em)是一种危害严重的人畜共患寄生虫。为探索非编码RNA在多房棘球蚴感染诱导小鼠肝枯否氏细胞(KCs)极化中的作用机制,本研究用多房棘球蚴原头蚴感染BALB/c小鼠,分离感染2月小鼠肝KCs,通过RNA测序分析,构建与多房棘球蚴感染... 展开更多; 关键词多房棘球蚴 M2型巨噬细胞极化 cerna 调控网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析被引量：4: 3; 作者李雨濛马佳康 +5 位作者任凯凯李南王健孙金旗张亚丽马军《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第7期715-719,共5页; 目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管... 展开更多; 关键词食管鳞癌食管腺癌转录组分子特征 cerna网络生存分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

六味地黄汤治疗新生儿缺血缺氧性脑病lncRNA-miRNA-mRNA转录网络整合分析被引量：4: 4; 作者陈博威郑飘 +1 位作者易健刘柏炎《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2021年第7期27-34,共8页; 目的运用生物信息学方法挖掘六味地黄汤治疗新生儿缺血缺氧性脑病(HIE)的lncRNA-miRNA-mRNA转录网络,探讨其作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘六味地黄汤活性成分及预测靶点,从GEO、miRDB、miRTarBase、Targ... 展开更多; 关键词六味地黄汤新生儿缺血缺氧性脑病 lncRNA MIRNA 竞争性内源RNA 生物信息学网络药理学分子对接; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析被引量：3: 1; 作者杨闯吴龙飞柳广斌李耀坤刘德武孙宝丽; 机构华南农业大学动物科学学院; 出处《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1951-1963,共13页; 基金广东省重点领域研发计划(2022B0202110002)。; 文摘旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测,挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头,取背最长肌组织用于RNA测序,测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明,以雷琼牛为对照组,两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达,46个下调表达;差异表达的miRNAs共有13个,其中7个上调表达,6个下调表达;差异表达的mRNAs共有599个,其中155个上调表达,444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示,与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等,KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO富集分析显示,与肌生成相关的GO条目主要为肌肉结构的发展、肌肉器官的发育等,KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为MAPK信号传导途径以及局部粘附等。本研究筛选了雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,构建了竞争调控网络并搜寻了lncRNA的顺式靶向调控基因,为进一步对华南地区地方品种黄牛肉用价值进行合理的开发与利用提供理论支持。; 关键词陆丰牛雷琼牛背最长肌 lncRNA cerna网络; Keywords Lufeng cattle Leiqiong cattle longissimus dorsi lncRNA cerna networks; 分类号 S823.2 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名多房棘球蚴诱导小鼠枯否氏细胞极化相关ceRNA调控网络的构建与分析被引量：2: 2; 作者李艳萍刘婷丽李红陈国梁王立群郭小腊骆学农; 机构中国农业科学院兰州兽医研究所扬州大学; 出处《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期4410-4418,共9页; 基金国家自然科学基金(32072889)。; 文摘多房棘球蚴(Em)是一种危害严重的人畜共患寄生虫。为探索非编码RNA在多房棘球蚴感染诱导小鼠肝枯否氏细胞(KCs)极化中的作用机制,本研究用多房棘球蚴原头蚴感染BALB/c小鼠,分离感染2月小鼠肝KCs,通过RNA测序分析,构建与多房棘球蚴感染引起的KCs M2型极化相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA)调控网络,并通过qPCR和miRNA过表达进行验证。结果表明,多房棘球蚴感染小鼠2月后,KCs M1型标志分子均显著下调,而M2型标志分子均显著上调。5个circRNA和9个miRNA参与M2型标志分子IL10、IL13、Arg1基因的表达调控,而且其表达趋势与测序结果及circRNA-miRNA-mRNA调节关系基本一致。另外,miR-466c-5p过表达导致了circ_0000372和IL13的表达下调,说明可能存在circ_0000372-miR-466c-5p-IL13轴的调节关系,并在多房棘球蚴感染诱导小鼠肝KCs极化中发挥重要作用。本研究为进一步揭示多房棘球蚴调控宿主巨噬细胞极化的相关机制提供了重要理论依据。; 关键词多房棘球蚴 M2型巨噬细胞极化 cerna 调控网络; Keywords Echinococcus multilocularis polarization of M2-type macrophages cerna regulation networks; 分类号 S852.734 [农业科学—基础兽医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析被引量：4: 3; 作者李雨濛马佳康任凯凯李南王健孙金旗张亚丽马军; 机构郑州大学第二附属医院肿瘤科郑州大学第二附属医院检验科郑州大学第二附属医院消化疾病研究所; 出处《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第7期715-719,共5页; 文摘目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因。结果ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用。miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因。GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程。KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路。生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA。食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK。食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个)。结论食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。; 关键词食管鳞癌食管腺癌转录组分子特征 cerna网络生存分析; Keywords esophageal squamous cell carcinoma esophageal adenocarcinoma transcriptome molecular characteristics cerna network survival analysis; 分类号 R735.1 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名六味地黄汤治疗新生儿缺血缺氧性脑病lncRNA-miRNA-mRNA转录网络整合分析被引量：4: 4; 作者陈博威郑飘易健刘柏炎; 机构湖南中医药大学湖南中医药大学第一附属医院益阳医学高等专科学校; 出处《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2021年第7期27-34,共8页; 基金国家自然科学基金(82074251) 湖南省卫生健康委员会科研计划项目(C2018032)。; 文摘目的运用生物信息学方法挖掘六味地黄汤治疗新生儿缺血缺氧性脑病(HIE)的lncRNA-miRNA-mRNA转录网络,探讨其作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘六味地黄汤活性成分及预测靶点,从GEO、miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库挖掘HIE差异表达的lncRNAs、miRNAs及mRNAs,使用R语言及Perl软件筛选六味地黄汤治疗HIE的关键lncRNAs、miRNAs及mRNAs,借助Cytoscape3.7.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络,并进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后予以分子对接评估。结果挖掘出六味地黄汤33个活性成分,33个靶点与HIE相关。得到由13个关键lncRNAs、20个关键miRNAs及33个关键mRNAs构成的三元转录网络,这些靶点主要通过PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路及IL-17信号通路等发挥抑制氧化应激、炎症反应及凋亡等作用。结论六味地黄汤通过多靶点、多通路协同治疗HIE,可为相关临床及实验研究提供依据。; 关键词六味地黄汤新生儿缺血缺氧性脑病 lncRNA MIRNA 竞争性内源RNA 生物信息学网络药理学分子对接; Keywords Liuwei Dihuang Decoction neonatal hypoxic-ischemic encephalopathy lncRNA miRNA cerna bioinformatics network pharmacology molecular docking; 分类号 R272.974.2 [医药卫生—中医儿科学] R285 [医药卫生—中药学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析	杨闯吴龙飞柳广斌李耀坤刘德武孙宝丽	《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心	2023	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	多房棘球蚴诱导小鼠枯否氏细胞极化相关ceRNA调控网络的构建与分析	李艳萍刘婷丽李红陈国梁王立群郭小腊骆学农	《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心	2022	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析	李雨濛马佳康任凯凯李南王健孙金旗张亚丽马军	《医学研究生学报》 CAS 北大核心	2019	4	在线阅读下载PDF 职称材料
4	六味地黄汤治疗新生儿缺血缺氧性脑病lncRNA-miRNA-mRNA转录网络整合分析	陈博威郑飘易健刘柏炎	《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD	2021	4	在线阅读下载PDF 职称材料