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水牛信号转导子和转录激活子1基因电子克隆及序列分析 被引量:8
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作者 邓廷贤 庞春英 +3 位作者 陈明棠 王建 杨炳壮 梁贤威 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第8期9-13,共5页
本研究运用生物信息学方法对水牛信号转导子和转录激活子1(signal transduction and activators of transcription1,STAT1)基因进行电子克隆及其序列分析。以牛STAT1基因序列作为探针电子克隆了水牛STAT1基因完整的编码序列并进行了RT-... 本研究运用生物信息学方法对水牛信号转导子和转录激活子1(signal transduction and activators of transcription1,STAT1)基因进行电子克隆及其序列分析。以牛STAT1基因序列作为探针电子克隆了水牛STAT1基因完整的编码序列并进行了RT-PCR验证。序列分析结果表明,水牛的STAT1基因序列长3437bp,包含1个2244bp的开发阅读框,共编码747个氨基酸。该基因cDNA编码区序列与普通牛、绵羊、人、猪、大鼠、小鼠和山羊同源性比对结果表明,其相似性分别为99%、98%、89%、93%、86%、85%和87%。经聚类分析结果表明,水牛与普通牛的分子进化关系最近。 展开更多
关键词 水牛 信号转导子和转录激活子1基因 电子克隆 生物信息学
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陆地棉GhNIP5.1基因的电子克隆及生物信息学分析 被引量:7
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作者 巩元勇 郭书巧 +2 位作者 束红梅 何林池 倪万潮 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第3期682-684,共3页
水通道蛋白(Aquaporin,AQP)是古老的通道蛋白MIP(Membrane intrinsic protein)家族成员之一,是广泛存在于动植物和微生物中,负责转运水分子和某些小分子物质的一类膜嵌入式蛋白。1992年,第一个植物水通道蛋白从拟南芥中分离获... 水通道蛋白(Aquaporin,AQP)是古老的通道蛋白MIP(Membrane intrinsic protein)家族成员之一,是广泛存在于动植物和微生物中,负责转运水分子和某些小分子物质的一类膜嵌入式蛋白。1992年,第一个植物水通道蛋白从拟南芥中分离获得,由于其定位在液泡膜,因此被命名为液泡膜内在蛋白(TIP)。 展开更多
关键词 陆地棉 水通道蛋白 GhNIP5 1基因 电子克隆 生物信息学
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水牛FADS2基因的电子克隆及序列分析 被引量:4
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作者 马小娅 庞春英 +5 位作者 梁莎莎 陆杏蓉 朱鹏 段安琴 梁贤威 邓廷贤 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第10期2829-2836,共8页
试验旨在利用电子克隆法对水牛Δ6脂肪酸脱氢酶(Δ6-fatty acid desaturases,FADS2)基因进行克隆和生物信息学分析,为探究FADS2基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛FADS2基因序列(Gen Bank登录号:NM_001083444.1)为探针设计引... 试验旨在利用电子克隆法对水牛Δ6脂肪酸脱氢酶(Δ6-fatty acid desaturases,FADS2)基因进行克隆和生物信息学分析,为探究FADS2基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛FADS2基因序列(Gen Bank登录号:NM_001083444.1)为探针设计引物,利用电子克隆法克隆水牛FADS2基因,并通过RT-PCR验证,对FADS2基因的序列特征进行生物信息学分析。测序结果表明,水牛FADS2基因序列全长为36 600 bp,由12个外显子和11个内含子组成,包含一个长1 335 bp的开放阅读框,可编码444个氨基酸。序列同源性分析显示,水牛FADS2基因编码序列与牦牛、黄牛、人、猪、家兔、虎鲸和褐家鼠序列的同源性分别为98.88%、98.88%、89.66%、90.79%、90.85%、92.35%和87.11%。蛋白质预测分析表明,水牛FADS2蛋白分子质量为52.51 ku,理论等电点(p I)为8.75,呈弱碱性,属于亲水性蛋白,无信号肽。系统进化树分析结果表明,FADS2基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性,其中水牛与牦牛、黄牛亲缘关系较近,与褐家鼠亲缘关系较远。水牛FADS2基因的成功克隆为今后阐明水牛泌乳性能的作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 水牛 FADS2基因 电子克隆 生物信息学分析
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水牛LPIN 1基因克隆及序列分析 被引量:2
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作者 段安琴 庞春英 +4 位作者 邓廷贤 陆杏蓉 马小娅 梁莎莎 梁贤威 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第10期2653-2660,共8页
试验旨在克隆获得水牛脂素1(LPIN1)基因,并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛脂肪沉积、生殖发育和泌乳调控中的作用奠定基础。本研究以水牛卵巢组织cDNA为模板,PCR扩增获得了LPIN1基因CDS区全长后测序,并结合生物信息学分析... 试验旨在克隆获得水牛脂素1(LPIN1)基因,并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛脂肪沉积、生殖发育和泌乳调控中的作用奠定基础。本研究以水牛卵巢组织cDNA为模板,PCR扩增获得了LPIN1基因CDS区全长后测序,并结合生物信息学分析方法预测及分析蛋白质理化性质、二级结构及三级结构等。结果表明,水牛LPIN1基因编码区长2 793bp,编码930个氨基酸。MegAlign软件分析显示,水牛LPIN1基因核苷酸序列与水牛(预测)、牦牛、黄牛、山羊、藏羚羊、绵羊、猪、骆驼、人和小鼠LPIN1基因的同源性分别为99.6%、97.9%、97.7%、97.5%、97.4%、97.1%、89.9%、89.8%、86.2%和83.5%;水牛lipin1蛋白氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、藏羚羊、骆驼、猪及人的同源性分别为99%、99%、99%、99%、94%、94%及90%。应用Mega 5.0软件构建系统进化树发现,水牛与黄牛的亲缘关系最近,其次为绵羊和山羊,LPIN1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性。对lipin1蛋白分析发现,其二级结构由α-螺旋、β-折叠、T-转角和无规则卷曲组成;蛋白呈弱酸性,无信号肽,亚细胞主要定位于细胞核中,存在Lipin_N、LNS2和AF1Q等结构域,其中Lipin_N、LNS2为保守结构域。 展开更多
关键词 水牛 脂素1基因(LPIN1) 克隆 生物信息学分析
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