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烟草NtARF11基因克隆及功能初步分析
1
作者 朱紫童 喻奇伟 +6 位作者 李长 武博寒 解自健 孟岩 杨永霞 张松涛 贾宏昉 《中国烟草学报》 北大核心 2025年第2期104-113,共10页
【目的】为探究生长素响应因子NtARF11调控氮吸收利用的分子机制。【方法】克隆烟草NtARF11,比对该基因编码氨基酸序列并构建系统发育树。研究NtARF11在低氮胁迫条件下的表达模式,采用基因编辑技术创制响应低氮诱导的NtARF11基因突变体... 【目的】为探究生长素响应因子NtARF11调控氮吸收利用的分子机制。【方法】克隆烟草NtARF11,比对该基因编码氨基酸序列并构建系统发育树。研究NtARF11在低氮胁迫条件下的表达模式,采用基因编辑技术创制响应低氮诱导的NtARF11基因突变体材料,测定该突变体材料在田间表现出的光合能力、生物量、农艺性状和氮含量。通过实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)技术,分析NtARF11突变体中的氮吸收转运和同化相关基因的表达。【结果】(1)NtARF11基因CDS序列全长2016 bp,编码671个氨基酸,其编码氨基酸序列与枸杞LfARF11、番茄SlARF18和辣椒Ca ARF9均存在着较高的同源性,同源性分别为85.69%、85.84%和82.81%;(2)NtARF11的表达受到低氮条件的诱导,在低氮胁迫情况下,NtARF11的表达水平呈现出负相关,氮浓度越低时其表达量越高;(3)NtARF11突变后植株光合能力、生物量、氮积累能力均较野生型升高;(4)NtARF11突变后,与氮吸收转运和同化相关的基因表达显著高于野生型K326的水平。【结论】NtARF11是受低氮诱导表达增强基因,NtARF11突变体材料具有良好的氮吸收以及氮利用能力,推测NtARF11可能具有调控氮吸收和利用的功能。 展开更多
关键词 烟草 arf家族 基因功能 氮高效 基因编辑 生长素响应因子
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白木香ARF基因家族的鉴定及结香表达分析 被引量：5
2
作者 范思庆 谢钊启 +2 位作者 杨佳欣 郭敏 程春松 《广东农业科学》 CAS 2024年第5期44-55,共12页
【目的】 生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导中的重要转录因子,参与植物花果发育、器官形态形成、激素调节和应激反应等生理生化过程。旨在探究白木香〔Aquilaria sinensis (Lour.) Gilg〕ARF基因(AsARF)在结... 【目的】 生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导中的重要转录因子,参与植物花果发育、器官形态形成、激素调节和应激反应等生理生化过程。旨在探究白木香〔Aquilaria sinensis (Lour.) Gilg〕ARF基因(AsARF)在结香过程中的生物学功能。【方法】利用生物信息学方法对AsARF进行全基因组鉴定和分析,通过转录组数据分析白木香受到机械损伤时ARF基因家族成员的表达模式。【结果】从全基因组水平鉴定了21个AsARF基因,生物信息学分析结果显示,21个AsARF基因分为5个类群,同一类群的AsARF基因具有相似的基因结构和蛋白保守基序,而不同类群的AsARF基因在外显子和内含子的数量上存在显著差异。此外,顺式作用元件分析发现AsARF基因启动子区域含有大量与光、厌氧和赤霉素等响应元件有关的序列。基因复制和共线性分析结果表明,片段复制事件对于白木香ARF基因家族的进化和扩张起着重要作用。与水稻ARF基因相比,白木香和拟南芥的ARF基因更为密切相关。此外,转录组数据分析表明,白木香在受到机械损伤时,AsARF5、AsARF6、AsARF19、AsARF20和AsARF21的表达量明显下降。【结论】首次对白木香ARF基因家族进行全基因组鉴定,并对其理化性质、系统进化、基因结构、保守基序、启动子顺式作用元件、基因复制和共线性等进行了详细分析。通过RNA-seq分析探索AsARF基因在白木香结香过程中的潜在机制,发现部分AsARF基因可能参与白木香结香的防御和生长的动态平衡过程,可为深入了解白木香结香机制提供重要理论依据。 展开更多
关键词 生长素响应因子 白木香 Asarf 基因家族 RNA-seq分析 结香机制
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基于全长转录组的蛇足石杉ARF基因家族鉴定分析 被引量：1
3
作者 李海波 史济东 +5 位作者 张恺 谢锂波 化阳光 曹禹 李俊怡 汪得凯 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1091-1104,共14页
生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模... 生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模式,并通过生物信息学分析,对ARF基因家族的理化性质、结构域、保守基序、系统发育、组织表达模式及高温和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:(1)在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24个ARF家族成员,均为酸性蛋白且均为亲水蛋白。(2)亚细胞定位预测显示,所有24个HsARF均定位于细胞核。(3)系统发育分析发现,HsARF与被子植物拟南芥和水稻亲缘关系较远,与高等开花植物只有2个共同的ARF祖先。(4)结构域分析发现,除HsARF18/23/24外,大多数HsARF有B3结构域。二级结构分析发现,HsARF蛋白占比最多的为无规卷曲,其次为延伸链和α-螺旋。24个HsARF蛋白中所用的三级结构模型只有4种。(5)RNA-seq分析显示,7个HsARF在所有检测的组织中表达量均较高,10个HsARF在茎中的表达量高于根和叶,而HsARF13和HsARF14在叶中的表达量低于根和茎。(6)HsARF在高温和干旱胁迫下表达量发生显著变化,其中18个HsARF基因不同程度高温胁迫诱导,有7个HsARF基因响应干旱胁迫,其中有3个HsARF基因受干旱诱导,有4个HsARF基因受干旱抑制。该研究结果为蛇足石杉HsARF基因的功能和生物育种提供了理论参考。 展开更多
关键词 蛇足石杉 生长素反应因子(arf) 系统发育分析 全长转录组 非生物胁迫
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狗尾草ARF基因家族的鉴定与表达分析 被引量：1
4
作者 王其昕 张凌馨 +1 位作者 钟妮娜 熊王丹 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期227-235,共9页
【目的】生长素响应因子ARF(auxin response factor)可以调控生长素响应基因的表达,在植物生长发育中发挥着重要作用。从狗尾草全基因组范围内鉴定出SvARF基因家族成员,分析相关基因表达特征,为后续深入研究其与狗尾草生长发育的关系提... 【目的】生长素响应因子ARF(auxin response factor)可以调控生长素响应基因的表达,在植物生长发育中发挥着重要作用。从狗尾草全基因组范围内鉴定出SvARF基因家族成员,分析相关基因表达特征,为后续深入研究其与狗尾草生长发育的关系提供支撑。【方法】利用生物信息学方法从狗尾草基因组中鉴定了ARF转录因子成员,分析其系统进化、染色体定位和基因结构等情况。利用RT-qPCR(quantitative real-time polymerase chain reaction)分析该家族成员在生长素类除草剂2,4-D异辛酯处理后的表达响应情况。【结果】共鉴定到24个狗尾草SvARF基因家族成员,可分成4个亚家族,同一亚家族SvARF基因的结构相似且基因表达模式相近。不同SvARF基因的表达模式存在差异,且有组织特异性,III亚家族的SvARF基因在根茎分蘖处的表达量均较高。2,4-D异辛酯处理后,有9个SvARF基因的相对表达量发生显著变化,其中SvARF5、SvARF6、SvARF9、SvARF10、SvARF17和SvARF18表达量显著上调,SvARF14、SvARF22和SvARF24表达量显著下调。【结论】狗尾草SvARF基因家族有24个成员。生长素类除草剂影响SvARF基因的表达,暗示SvARF基因在抑制狗尾草植株分蘖中发挥重要作用。 展开更多
关键词 arf转录因子 狗尾草 系统进化 结构特征 表达分析 分蘖 2 4-D异辛酯
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用cDNA-AFLP技术分析山核桃嫁接过程中的CcARF基因表达 被引量：4
5
作者 郑炳松 陈苗 +4 位作者 褚怀亮 艾雪 黄有军 李雪芹 黄坚钦 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期467-472,共6页
利用cDNA-AFLP(互补脱氧核糖核酸-扩增片段长度多态性)技术,在山核桃Carya carthayensis嫁接过程中分离得到1个与山核桃嫁接相关的cDNA片段。与美国国家生物技术信息中心(NCBI)同源性比较分析表明,该cDNA片段与小麦生长素响应因子部分... 利用cDNA-AFLP(互补脱氧核糖核酸-扩增片段长度多态性)技术,在山核桃Carya carthayensis嫁接过程中分离得到1个与山核桃嫁接相关的cDNA片段。与美国国家生物技术信息中心(NCBI)同源性比较分析表明,该cDNA片段与小麦生长素响应因子部分区段有81%的同源性,命名为CcARF。荧光定量实时聚合酶链式反应(RT-PCR)分析表明:该基因在山核桃嫁接前砧木和接穗中都有强烈表达,但在嫁接后3d急剧下降,在这之后砧木中的表达增强不大,而接穗中嫁接后7d表达开始增强,到嫁接后14d表达明显,比嫁接后3d增强了4.7倍。该CcARF片段可能对山核桃嫁接起到基因表达调控的作用。 展开更多
关键词 植物学 CDNA-AFLP 山核桃 嫁接 生长素响应因子
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花生AhARF 基因家族鉴定与表达分析 被引量：5
6
作者 唐桂英 彭振英 +4 位作者 徐平丽 李鹏祥 朱洁琼 单雷 万书波 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1100-1110,共11页
生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导途径中的一类重要转录因子,在种子萌发、器官形成、果实成熟、胚胎发生等多个生长发育过程发挥作用。为了揭示花生基因组中AhARF基因家族的特征,本研究利用生物信息学方法从... 生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导途径中的一类重要转录因子,在种子萌发、器官形成、果实成熟、胚胎发生等多个生长发育过程发挥作用。为了揭示花生基因组中AhARF基因家族的特征,本研究利用生物信息学方法从花生基因组中鉴定了62个花生AhARF家族基因,它们不均匀分布于除1号和11号之外的其他18条染色体上,在A和B亚基因组对应关系的染色体上数目大体相同。依据系统发生关系,62个花生AhARFs与拟南芥AtARFs家族基因共同聚在除ClassIII(仅包含拟南芥AtARFs)外的其余4个分支。共线性分析共检测到33对片段重复基因,其Ka/Ks比值均小于1,受到环境压力的纯化选择。本研究还分析了它们的理化性质、蛋白保守结构域等特征。此外,基于22个组织转录组数据,绘制了62个花生AhARF家族基因的表达模式热图。进一步应用qRT-PCR方法,分析了可能与萌发相关的4个AhARF基因(AhARF10、AhARF20、AhARF23和AhARF46)的时空表达模式。本研究可为种子萌发相关AhARF基因的挖掘与功能鉴定提供基础。 展开更多
关键词 花生 arf基因家族 系统进化分析 蛋白保守结构域 表达分析
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生长素响应因子GmARF10正调节大豆叶片的衰老进程 被引量：2
7
作者 李小平 曾庆发 +1 位作者 张根生 赵娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1749-1756,共8页
采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析了GmARF10表达模式。通过挖掘大豆基因组信息并参考拟南芥同源基因序列,分析了大豆生长素响应因子GmARF10和小RNA分子Gm-miR160作用位点,构建了pGmARF10∷mGmARF10(mGmARF10)抗降解表达载体;利用农杆菌介... 采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析了GmARF10表达模式。通过挖掘大豆基因组信息并参考拟南芥同源基因序列,分析了大豆生长素响应因子GmARF10和小RNA分子Gm-miR160作用位点,构建了pGmARF10∷mGmARF10(mGmARF10)抗降解表达载体;利用农杆菌介导法转化大豆,并对转基因植株叶片发育表型进行了分析。结果表明:GmARF10在大豆[Glycine max(L.)Merri.]根、茎、叶、花和果荚中均有一定程度的表达,其中花内表达量最高,茎内最低,第一复叶表达量低于子叶和第一对真叶。mGmARF10转基因植株复叶形状和大小与对照组没有明显的差异,但其叶绿素含量和最大光量子效率(Fv/Fm)明显下降,叶片衰老标记基因GmCYSP1表达显著增加。研究认为,大豆生长素响应因子GmARF10参与了叶片衰老进程并可能是叶片衰老信号的重要组份。 展开更多
关键词 生长素响应因子 小RNA 抗降解表达 叶片衰老
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葡萄霜霉菌效应因子PvCRN91功能分析
8
作者 孙大运 刘露露 +4 位作者 郭泽西 韦淑梅 潘凤英 曲俊杰 尹玲 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期533-543,共11页
【目的】克隆葡萄霜霉菌PvCRN91基因并研究其功能,为揭示葡萄霜霉菌的致病机制提供理论参考。【方法】利用分子克隆技术扩增PvCRN91基因全长,并分析其编码蛋白的生物信息学特征。通过本氏烟上瞬时表达效应蛋白PvCRN91,观察其在烟草叶片... 【目的】克隆葡萄霜霉菌PvCRN91基因并研究其功能,为揭示葡萄霜霉菌的致病机制提供理论参考。【方法】利用分子克隆技术扩增PvCRN91基因全长,并分析其编码蛋白的生物信息学特征。通过本氏烟上瞬时表达效应蛋白PvCRN91,观察其在烟草叶片上的表现和对马铃薯疫霉激发子INF1和小鼠促凋亡蛋白BAX触发细胞坏死的影响。构建pBWA(V)HS-PvCRN91-GFP融合表达载体,在葡萄叶片和烟草叶片瞬时表达,并分别接种葡萄霜霉菌和烟草疫霉,分析其促进病原菌侵染的能力。构建pBI221-PvCRN91-GFP表达载体,并在烟草原生质体瞬时表达,分析PvCRN91蛋白的亚细胞定位情况。构建pBWA(V)HS-PvCRN91-3×Flag融合表达载体,通过免疫沉淀—质谱联用技术(IP-MS)方法筛选与PvCRN91互作的靶蛋白。【结果】PvCRN91基因编码区(CDS)全长351 bp,编码116个氨基酸残基,蛋白相对分子量约13.03 kD,不含有信号肽、核定位序列(NLS)和跨膜结构域,含有1个Crinkler结构域和consen‐sus disorder prediction区域;PvCRN91的二级结构含有α-螺旋(31.90%)、延伸链(22.41%)和无规则卷曲(45.69%)。序列比对发现,在多种疫霉菌、水霉菌、霜霉菌和丝囊霉菌中均存在与PvCRN91蛋白一致性较高(56.60%~74.77%)的序列,推测PvCRN91是一个保守的效应因子。PvCRN91蛋白不具有触发烟草细胞坏死的能力,但能完全抑制INF1和BAX诱导的细胞程序性死亡(PCD)反应。PvCRN91效应因子可促进葡萄霜霉菌和烟草疫霉菌的侵染。PvCRN91蛋白亚细胞定位于细胞质和细胞核,推测其在细胞质或细胞核中与寄主靶蛋白互作,抑制寄主的免疫反应。IP-MS方法初步筛选到252个可能与PvCRN91互作的靶蛋白,通过多个代谢途径影响烟草的生理生化和防御反应。【结论】PvCRN91是一个毒力因子,可能在细胞质或细胞核中操纵寄主的靶蛋白,降低植物的防卫反应,促进病原菌的侵染。 展开更多
关键词 葡萄霜霉菌 PvCRN91基因 效应因子 Crinkler结构域 防卫反应
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草莓生长素响应因子FvARF10和FvARF18基因的克隆及表达分析 被引量：6
9
作者 苏丽艳 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1203-1211,共9页
该研究以森林草莓(Fragaria vesca)为试验材料,利用RT-PCR技术克隆草莓FvARF10、FvARF18基因全长cDNA序列。生物信息学分析表明,FvARF10、FvARF18基因开放阅读框(ORF)分别为2 056bp和2 100bp,编码685和699个氨基酸,预测其分子量和等电... 该研究以森林草莓(Fragaria vesca)为试验材料,利用RT-PCR技术克隆草莓FvARF10、FvARF18基因全长cDNA序列。生物信息学分析表明,FvARF10、FvARF18基因开放阅读框(ORF)分别为2 056bp和2 100bp,编码685和699个氨基酸,预测其分子量和等电点分别为75.73、76.78kD和8.12、6.55。系统进化树分析表明,FvARF10与苎麻BnARF10聚为一个分支,FvARF18与桑树MnARF18聚集在一个分支上,进化关系较密切。亚细胞定位预测分析表明,FvARF10、FvARF18蛋白均定位于细胞核或细胞质中。启动子分析显示,FvARF10、FvARF18基因均具有多样化的激素应答元件。荧光定量PCR结果显示,FvARF10和FvARF18基因在草莓不同组织中均有表达,FvARF10在果实中表达较高,且在半熟果中表达量最高,而FvARF18在茎中相对表达量最高;外源激素IAA处理1h后,FvARF10和FvARF18基因受到强烈诱导均呈上调表达,而后渐恢复正常水平。研究结果表明,FvARF10和FvARF18基因可能参与草莓的营养生殖及果实的生长发育调控,且与生长素信号转导过程相关。 展开更多
关键词 草莓 生长素响应因子 基因克隆 表达分析
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花生生长素响应因子基因AhARF3的克隆与表达分析 被引量：1
10
作者 唐桂英 崔维佩 +3 位作者 徐平丽 李鹏祥 朱洁琼 单雷 《山东农业科学》 2019年第9期50-55,共6页
生长素响应因子(auxin response factor, ARF)是调控生长素响应基因表达和信号转导的一类转录因子,在植物生长发育的各个阶段均起重要的调节作用。本研究基于花生种子萌发前后转录表达差异分析,克隆到1个生长素响应因子基因AhARF3。序... 生长素响应因子(auxin response factor, ARF)是调控生长素响应基因表达和信号转导的一类转录因子,在植物生长发育的各个阶段均起重要的调节作用。本研究基于花生种子萌发前后转录表达差异分析,克隆到1个生长素响应因子基因AhARF3。序列分析结果显示,该基因的ORF区为2 115 bp,编码704个氨基酸,推测相对分子量为72.92 kD,等电点6.86。不同器官表达谱分析结果显示,AhARF3为组成性表达,茎中的表达量最高,根与花中的表达量较低且近似,干种子中最低。种子萌发过程的表达分析显示,萌发10~72 h的种子中AhARF3表达量均比干种子中极显著增加,尤其是萌发48~72 h,AhARF3的表达水平不仅比萌发前期各阶段种子中的大幅上调,与根、茎、叶、花及各发育阶段的种子相比,也具有明显的表达优势。 展开更多
关键词 花生 生长素响应因子 基因表达 萌发
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针灸治疗膝骨关节炎的作用机制
11
作者 刘淑清 马学红 +6 位作者 刘晨 王玉 图娅 姜会梨 李秀芳 夏歆轶 张宇 《世界中医药》 北大核心 2025年第8期1313-1318,共6页
目的:分析针灸治疗改善膝骨关节炎(KOA)的炎症水平及其作用机制。方法:将40只SD大鼠随机分为假手术组、模型组、艾灸组和针灸组,每组10只。除假手术组外,其余大鼠均按照改良Hulth法建立KOA模型。假手术组和模型组不进行干预,艾灸组和针... 目的:分析针灸治疗改善膝骨关节炎(KOA)的炎症水平及其作用机制。方法:将40只SD大鼠随机分为假手术组、模型组、艾灸组和针灸组,每组10只。除假手术组外,其余大鼠均按照改良Hulth法建立KOA模型。假手术组和模型组不进行干预,艾灸组和针灸组取内膝眼、外膝眼、足三里3穴位,分别给予艾灸、针灸进行治疗,每次治疗时间为6 min,1次/d,共治疗4周。治疗结束后,对各组大鼠运动能力进行评估,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)、荧光定量聚合酶反应(qPCR)以及蛋白质印迹法等技术分别检测各组的炎症水平、脑和肌肉芳香烃受体核转运样蛋白1(Bmal1)、昼夜节律输出循环钟基因(Clock)及Toll样受体4(TRL4)、核因子κB(NF-κB)、髓系分化初级反应蛋白88(MyD88)的mRNA和蛋白表达情况。结果:模型组中大鼠的步态、爪压评分较假手术组升高,而在艾灸和针刺组中,步态和爪压评分较模型组下降;模型组中的炎症介质水平较假手术组显著上升,Bmal1、Clock的mRNA与蛋白表达水平降低,TLR4、NF-κB、MyD88的mRNA及蛋白表达水平也表现显著升高,差异有统计学意义(P<0.05)。与模型组比较,艾灸组和针刺组的相关指标均显著性逆转,且针灸组的改善效果均优于艾灸组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论:针灸治疗可能通过抑制TRL4/NF-κB信号通路降低KOA的炎症介质水平,上调Bmal1、Clock的表达,进而缓解KOA疾病进程。 展开更多
关键词 膝骨关节炎 TOLL样受体4 核因子ΚB 炎症反应 针灸 作用机制 脑和肌肉芳香烃受体核转运样蛋白1 昼夜节律输出循环钟基因
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象草PHR家族基因的鉴定及表达分析
12
作者 方婷 罗佳佳 +4 位作者 张语歌 毛昱烨 郭雨彤 董荣书 蔡泽坪 《草地学报》 北大核心 2025年第7期2099-2113,共15页
磷饥饿响应因子PHR(Phosphate starvation response,PHR)在调节植物磷稳态中发挥重要作用,但象草(Pen-nisetum purpureum)PHR仍未被报道。本研究分析了低磷胁迫对象草生长的影响,鉴定了象草PHR家族成员,检测了转录表达水平。同时,克隆... 磷饥饿响应因子PHR(Phosphate starvation response,PHR)在调节植物磷稳态中发挥重要作用,但象草(Pen-nisetum purpureum)PHR仍未被报道。本研究分析了低磷胁迫对象草生长的影响,鉴定了象草PHR家族成员,检测了转录表达水平。同时,克隆了两个关键基因PpPHR8/13,分析了表达模式和亚细胞定位。结果表明:低磷胁迫显著抑制象草生长;象草全基因组鉴定到42个PpPHRs,而共线性基因对来源于全基因组复制或片段复制事件;转录组中,15个PpPHRs在象草叶片(或/和根系)中受低磷诱导显著上调表达,且PpPHR8/13相对表达量较高。此外,组织表达显示PpPHR8/13分别在根系和茎中的表达量最高;定量PCR显示低磷处理增强了PpPHR8/13在根系和叶片中的表达;亚细胞定位显示PpPHR8/13蛋白均定位于细胞核。本研究结果为象草响应磷养分缺乏的机理提供了候选基因资源。 展开更多
关键词 象草 低磷胁迫 磷饥饿响应因子 基因表达 亚细胞定位
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基于TLR4/MyD88/NF-κB信号通路探讨豆甾醇抗肝细胞癌的作用机制
13
作者 于春 马燕花 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第5期867-873,共7页
目的采用分子对接和体外实验,探讨豆甾醇(stigmasterol)对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中TLR4/MyD88/NF-κB信号通路的调节机制。方法使用AutoDock程序进行分子对接,研究豆甾醇与Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)、... 目的采用分子对接和体外实验,探讨豆甾醇(stigmasterol)对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中TLR4/MyD88/NF-κB信号通路的调节机制。方法使用AutoDock程序进行分子对接,研究豆甾醇与Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)、髓样分化因子88(myeloid differentiation primary response gene 88,MyD88)和核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)的结合亲和力。通过CCK-8、愈合实验和Transwell实验评估其对细胞增殖和迁移的影响,同时通过克隆形成实验测定克隆形成能力。利用流式细胞术检查细胞凋亡和细胞周期。Western blot分析用于评估豆甾醇处理后的TLR4、MyD88和NF-κB蛋白表达情况。结果分子对接显示豆甾醇与TLR4、MyD88和NF-κB具有良好的结合构象。豆甾醇在体外对肝细胞癌细胞的增殖、迁移、侵袭和克隆形成能力表现出抑制作用。此外,它促进了细胞凋亡,抑制了细胞周期,并减少了TLR4/MyD88/NF-κB信号通路的蛋白表达(P<0.05)。结论豆甾醇通过调节TLR4/MyD88/NF-κB信号通路抑制了肝细胞癌细胞的活性。 展开更多
关键词 豆甾醇 TOLL样受体4 髓样分化因子88 核因子-ΚB 肝细胞癌 凋亡
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番茄生长素应答因子SlARF8-1的分离与SlARFs表达特征分析 被引量：5
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作者 王飞燕 吴健 +4 位作者 张佳景 程琳 孔福苓 彭真 卢钢 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期237-244,共8页
根据番茄基因组序列,以cDNA为模板扩增获得1个生长素应答因子新基因,其与番茄SlARF8基因同源性高达94%,编码区全长2 535 bp,编码844个氨基酸,但这2个基因存在于番茄的不同染色体上,是区别于SlARF8的一个新基因,将其命名为SLARF8-1,NCBI... 根据番茄基因组序列,以cDNA为模板扩增获得1个生长素应答因子新基因,其与番茄SlARF8基因同源性高达94%,编码区全长2 535 bp,编码844个氨基酸,但这2个基因存在于番茄的不同染色体上,是区别于SlARF8的一个新基因,将其命名为SLARF8-1,NCBI登录号为HM560979.利用半定量反转录酶-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分析4种ARF基因(SlARF3、SlARF4、SlARF6和SlARF8-1)的时空表达特性,发现SlARF8-1基因在中蔬6号"番茄的5个器官(茎、叶、花前子房、花后子房和不同时期果实)中均有表达;SlARF3在叶片和子房中几乎没有表达;SlARF6在番茄叶片中表达量低,而在果实中的表达量较高;在果实发育的不同时期,4个SlARFs的表达量变化不大.利用2,4-二氯苯氧乙酸(2,4-D)和赤霉酸(GA3)处理番茄花蕾均可诱导单性结实,但外源激素并没有引起果实内SlARFs表达水平的显著改变,4个SlARFs基因在番茄单性果实中均有表达. 展开更多
关键词 番茄 果实发育 生长素应答因子 基因表达
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石榴ARF基因家族鉴定及表达分析 被引量：13
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作者 黄贤斌 张太奎 +4 位作者 刘翠玉 赵玉洁 魏洪珉 周涧青 苑兆和 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期43-55,共13页
【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结... 【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据。【结果】石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类。PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象。RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能。【结论】整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxin_resp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域。石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关。 展开更多
关键词 石榴 arf基因家族 进化分析 表达分析
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杜仲ARF基因家族全基因组鉴定和表达分析 被引量：9
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作者 刘闵豪 李龙 +4 位作者 叶靖 周轩辕 李周岐 范睿深 徐郡儡 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期170-180,共11页
【目的】杜仲是我国特有的传统药用和胶用木本植物,其生长发育相关基因研究对杜仲育种有重要意义。生长素响应因子(ARF)是生长素信号转导途径中重要的转录因子,了解ARF在杜仲器官发育中的作用具有重要的理论和实际应用价值。【方法】利... 【目的】杜仲是我国特有的传统药用和胶用木本植物,其生长发育相关基因研究对杜仲育种有重要意义。生长素响应因子(ARF)是生长素信号转导途径中重要的转录因子,了解ARF在杜仲器官发育中的作用具有重要的理论和实际应用价值。【方法】利用杜仲全基因组测序数据鉴定杜仲ARF基因,并对这些基因进行生物信息学分析;根据杜仲EuARFs与拟南芥、水稻和欧美杨ARF蛋白的序列比对,构建系统进化树;根据转录本全长测序数据分析杜仲叶片不同生长时期的ARF基因表达谱,并利用qRT-PCR分析杜仲ARF基因与调控ARF基因的miRNA在不同器官不同发育时期的表达模式。【结果】共鉴定出18个杜仲ARF基因,根据系统进化树可以将EuARFs分为5类;miRNA靶位点分析表明eu-miR160s调控Ⅱ亚族的EuARFs,eu-miR167s调控除了EuARF8.2的V亚族的EuARFs。表达谱结果显示EuARFs在叶片不同生长时期的表达不同,其中V亚族EuARFs与Ⅵ亚族EuARF19.2在3 cm长的生长叶和完全展开的幼叶中表达量较高。qRT-PCR试验结果显示,EuARFs在正常生长条件下不同发育阶段(幼嫩和成熟)的器官(根、茎和叶)中均有表达,在根中表现为在成熟阶段上调表达,叶和茎段中表现为在成熟的器官中下调表达;eu-miR160s主要在幼嫩的根中表达,eu-miR167s则主要在成熟的叶片中表达。【结论】共鉴定出18个杜仲ARF基因,这些EuARFs在正常生长条件下不同发育阶段(幼嫩和成熟)的器官(根、茎和叶)中均有表达,根据表达量可以预测V亚族的EuARFs对幼苗的生长发育具有调控作用,EuARF19.2对杜仲叶片生长具有重要调控作用。 展开更多
关键词 杜仲 生长素响应因子 基因表达模式 miRNA调控
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桑树ARF基因家族的鉴定与表达分析 被引量：2
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作者 刘江 黄盖群 +9 位作者 代洁 曾益春 危玲 姚永权 佟万红 唐清霞 郑继川 李永远 莫西 刘刚 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期193-200,共8页
生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是真核生物中普遍存在的转录因子之一,主要调控生长素应答基因的表达,与植物的生长发育和信号转导等多个生理过程密切相关。从桑树基因组数据库中共鉴定了16个ARF基因家族成员。理化性质分析... 生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是真核生物中普遍存在的转录因子之一,主要调控生长素应答基因的表达,与植物的生长发育和信号转导等多个生理过程密切相关。从桑树基因组数据库中共鉴定了16个ARF基因家族成员。理化性质分析表明桑树ARF蛋白的氨基酸个数为606~1144,分子质量为67.35~127.75 kD,等电点为4.86~8.37,大部分表现为酸性且都为亲水蛋白。根据系统发育及蛋白质结构分析,可将桑树ARF成员分为4个亚家族,同一亚族中的成员具有相同保守基序及类似基因结构,ARF蛋白至少具备B3、Auxin_resp、AUX_IAA等结构域中的一种;表达模式分析表明,ARF基因在桑树的根、桑皮、叶、芽、花等组织中的时空表达存在显著差异,在芽中呈现较高的表达,这可能与桑树芽器官的细胞分化程度大密切相关;MnARF9、MnARF10、MnARF11、MnARF12、MnARF15和MnARF16等6个基因在桑芽不同发育阶段的转录水平呈逐渐下调趋势,表明这些基因可能在桑芽前期的生长发育和细胞分化等生理反应中发挥作用。上述结果为后续桑树ARF家族基因的功能和进化分析以及桑树分子育种及良种选育等研究工作提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 桑树 arf转录因子 生物信息学 基因表达
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基于转录组的百香果ARF基因家族的鉴定及表达分析 被引量：4
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作者 张小雪 韦晓霞 陈发兴 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2021年第2期236-243,共8页
基于转录组数据对百香果ARF基因家族(PeARFs)进行鉴定,利用生物信息学软件分析其编码蛋白的理化性质、保守结构域、保守基序、系统进化情况,同时比较了它们在‘福建3号’(黄果)和‘福建1号’(紫果)不同果实成熟阶段的表达差异.共鉴定得... 基于转录组数据对百香果ARF基因家族(PeARFs)进行鉴定,利用生物信息学软件分析其编码蛋白的理化性质、保守结构域、保守基序、系统进化情况,同时比较了它们在‘福建3号’(黄果)和‘福建1号’(紫果)不同果实成熟阶段的表达差异.共鉴定得到13个PeARF成员,其编码的蛋白质含有365~970个氨基酸,分子质量约为39.95~106.33 ku,等电点为5.40~8.94.保守结构域分析结果显示,所有PeARF蛋白质均具有典型的B3和Auxin-resp结构域,仅4个成员(PeARF6、PeARF8、PeARF12、PeARF13)具有Aux/IAA结构域.保守基序分析表明,PeARFs共包含15个保守基序,每个成员包含保守基序类型和数目不同.亚细胞定位预测结果显示,13个PeARFs均定位于细胞核.系统进化分析结果显示,PeARFs蛋白可分为4个亚家族.13个PeARFs基因在果实不同发育期呈现一定的时间和品种表达特异性,其中PeARF1、PeARF6、PeARF7、PeARF8和PeARF10在两品种中的表达均随着果实的成熟而下降,而PeARF12则随着果实的成熟而上升.本研究表明PeARFs家族中的部分成员可能与果实的成熟密切相关,结果可为进一步揭示百香果ARF基因的功能提供依据. 展开更多
关键词 百香果 arf 基因家族 转录组 表达分析
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小麦生长素响应因子TaARF6转基因烟草植株分子鉴定 被引量：1
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作者 智一鸣 陈芳 +1 位作者 刘晓曼 肖凯 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期85-93,共9页
【目的】生长素响应因子(ARF)在介导生长素信号传递和调控下游生长素响应基因的表达中发挥着重要功能。本文旨在以在富集丰磷特异表达基因的小麦根系c DNA差减文库中鉴定的1个ARF类别的家族成员TaARF6为基础,对该基因c DNA序列、分子特... 【目的】生长素响应因子(ARF)在介导生长素信号传递和调控下游生长素响应基因的表达中发挥着重要功能。本文旨在以在富集丰磷特异表达基因的小麦根系c DNA差减文库中鉴定的1个ARF类别的家族成员TaARF6为基础,对该基因c DNA序列、分子特征、不同供磷水平下该基因在根、叶中表达模式及遗传转化TaARF6对丰磷和缺磷条件下植株形态的影响进行较全面研究,阐明该小麦生长素响应因子基因介导不同供磷水平下对植株生长特性的影响。【方法】采用生物信息学工具预测TaARF6编码蛋白特征;采用溶液培养法培养丰、缺磷处理小麦幼苗,采用半定量RT-PCR技术鉴定TaARF6在丰、缺磷处理下的表达特征。采用DNA重组技术构建将TaARF6编码阅读框融合至表达载体中的表达质粒,利用农杆菌介导的遗传转化法建立超表达TaARF6转基因烟草植株。采用琼脂培养和溶液培养法,培养丰、缺磷不同供磷水平下野生型植株和转基因烟草植株,进而利用常规分析方法鉴定不同磷水平下植株长势、根系和茎叶生物量和植株根叶形态及性状。【结果】1)TaARF6编码生长素响应因子(ARF)型转录因子,编码蛋白中含有ARF家族成员具有的保守结构域。该基因在氨基酸水平上与源于短柄草Bd ARF6和源于水稻的Os ARF6具有高度同源特征。表达分析表明,TaARF6在根、叶中均呈典型低磷下表达下调、复磷后表达再度回升模式,表明该基因表达受到外界供磷水平的调节。2)遗传转化结果表明,在正常生长和低磷逆境下,与野生型植株相比,转基因烟草株系幼苗和植株形态明显增大。3)丰、缺磷不同供磷水平下,与未转化的野生型(WT)对照植株相比,转基因系(Line 3和Line 5)植株幼苗和植株根系、茎叶和单株鲜、干重均较野生型显著增加。此外,与WT相比,转基因系植株根系数量增多、主侧根长度、根体积、叶面积和根冠比增加。【结论】TaARF6编码典型的生长素响应因子,其编码蛋白具有生长素响应因子特有结构域。TaARF6对环境中的低磷胁迫逆境能产生明显应答。上调表达TaARF6基因,具有增加植株根、叶鲜、干重和改善根叶及植株形态的生物学功能。本研究表明,通过对植株体内生长素响应基因的转录调控,TaARF6在介导植株不同供磷水平下的根叶形态建成和干物质累积过程中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 小麦(Triticum AESTIVUM L.) 生长素响应因子 分子特征 遗传转化 根叶生长
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红地球葡萄生长素响应因子VvARF7基因克隆及其光响应分析 被引量：1
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作者 袁苗 刘鑫 +4 位作者 党仕卓 黄嘉俊 高迎东 周娟 张亚红 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期1052-1061,共10页
生长素是一类重要的植物内源激素,在植物的生长发育过程中具有重要作用,而生长素响应因子(ARF)是一类受生长素调节的转录因子,在生长素信号调控途径中起重要作用。因此,本研究以设施栽培的红地球葡萄VvARF7基因为对象,对其进行生物信息... 生长素是一类重要的植物内源激素,在植物的生长发育过程中具有重要作用,而生长素响应因子(ARF)是一类受生长素调节的转录因子,在生长素信号调控途径中起重要作用。因此,本研究以设施栽培的红地球葡萄VvARF7基因为对象,对其进行生物信息学及在红蓝光处理下的表达响应分析,为进一步研究其作用机制提供参考。结果显示,VvARF7基因全长3468 bp,编码1155个氨基酸,相对分子质量为12958,蛋白质等电点为6.66。VvARF7与河岸葡萄VrARF7-like亲缘关系最近,为亲水蛋白质;二级结构中β-转角占8.14%,延伸链占14.63%,α-螺旋占27.27%,无规则卷曲占49.96%,属于核定位蛋白质。启动子序列分析结果表明,VvARF7主要包括激素应答和光调控顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,在花芽分化过程中处理组VvARF7相对表达量在5月30日-8月15日低于对照组,花芽分化后期(6月30日-7月30日)在处理组中的相对表达量显著低于对照组。由此推测VvARF7响应红蓝光(4∶1)参与葡萄花芽分化过程的调控。 展开更多
关键词 红地球葡萄 生长素响应因子(arf) 基因克隆 瞬时表达 基因表达
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