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利用CRISPR/Cas9编辑系统构建ACTA1基因敲除的PEFs细胞系
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作者 张雪萍 刘嘉仪 +1 位作者 王彦芳 吴添文 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2273-2284,共12页
【目的】利用CRISPR/Cas9技术获得α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因敲除的猪胎儿成纤维细胞(porcine embryo fibroblasts, PEFs),为后续在细胞水平上探究猪ACTA1基因功能及发掘友好基因座位奠定基础。【方法】通过实时荧光定量PC... 【目的】利用CRISPR/Cas9技术获得α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因敲除的猪胎儿成纤维细胞(porcine embryo fibroblasts, PEFs),为后续在细胞水平上探究猪ACTA1基因功能及发掘友好基因座位奠定基础。【方法】通过实时荧光定量PCR检测ACTA1基因在巴马小型猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背部皮下脂肪和背最长肌7种组织中的表达情况;利用CRISPOR在线网站在猪ACTA1基因第7外显子区域设计3条向导RNA(single guide RNA,sgRNA),并将其连接至pX330载体;通过T7E1酶切检测不同sgRNA活性,选择效率较高且符合目标的载体质粒共转染至PEFs中;利用有限稀释法筛选单克隆细胞,并对获得的单克隆细胞进行基因型鉴定和脱靶分析。【结果】实时荧光定量PCR结果表明,ACTA1基因在背最长肌中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01)。设计的3条sgRNA的基因编辑效率分别为24.87%(sgRNA1)、39.59%(sgRNA2)、36.93%(sgRNA3),综合切割位置和基因编辑效率,选用sgRNA1和sgRNA2共转染细胞。基因型鉴定结果表明,获得的69株单克隆细胞中有20株单克隆细胞发生了编辑,其中单等位基因片段敲除细胞3株,双等位基因片段敲除细胞1株,片段敲除效率为5.8%(4/69)。脱靶分析结果显示,在预测的脱靶位点未检测到脱靶效应。【结论】本研究利用CRISPR/Cas9基因编辑系统成功构建了ACTA1基因纯合敲除的PEFs,研究结果为进一步探究ACTA1基因对猪骨骼肌发育调控提供了技术支撑和理论基础,同时为挖掘猪组织特异性表达的友好位点提供新思路。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 acta1基因 猪胎儿成纤维细胞(PEFs)
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延边黄牛ACTA1基因的SNPs检测及其与肉质性状的关联分析 被引量:5
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作者 田万年 杨翰林 +1 位作者 夏广军 严昌国 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第4期1108-1114,共7页
试验旨在研究延边黄牛ACTA1基因的遗传变异,分析其多态性对肉质性状的影响。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法探讨ACTA1基因多态性及其与肉质性状的关联性。结果发现,延边黄牛ACTA1基因存在2个突变位点:A193G突变,导致氨基酸Arg→Gly的错义突... 试验旨在研究延边黄牛ACTA1基因的遗传变异,分析其多态性对肉质性状的影响。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法探讨ACTA1基因多态性及其与肉质性状的关联性。结果发现,延边黄牛ACTA1基因存在2个突变位点:A193G突变,导致氨基酸Arg→Gly的错义突变;A298G突变,导致氨基酸Lys→Arg的错义突变。χ2检验显示,A193G和A298G位点于检测群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析显示,延边黄牛ACTA1基因2个突变位点的不同基因型与肌肉中肉豆蔻酸、油酸含量、眼肌面积、大理石花纹等级呈显著相关(P<0.05)。初步认为ACTA1基因对延边黄牛肉质性状有显著影响,可作为延边黄牛新品种早期选择的候选基因。 展开更多
关键词 延边黄牛 acta1基因 多态性 肉质性状
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ACTA2基因在人肿瘤中致癌作用的泛癌分析
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作者 侯佳茂 陈东茂 +1 位作者 戚德峰 高兴成 《广州医科大学学报》 2023年第2期1-11,共11页
目的:研究ACTA2基因在人肿瘤组织的表达、预后相关性、基因变异和免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2、HPA数据库及仙桃学术网站,分析各种类型肿瘤组织中ACTA2的表达情况及其与预后的相关性。使用cBioPorta... 目的:研究ACTA2基因在人肿瘤组织的表达、预后相关性、基因变异和免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2、HPA数据库及仙桃学术网站,分析各种类型肿瘤组织中ACTA2的表达情况及其与预后的相关性。使用cBioPortal数据库分析ACTA2基因变异情况。使用TIME2.0分析ACTA2在肿瘤中的免疫浸润水平。使用STRING、GEPIA2、Veen网站和R包进行ACTA2相关基因的富集分析。结果:胶质细胞瘤、肝癌、胰腺腺癌等肿瘤组织中,ACTA2高表达与预后不良相关;子宫内膜癌组织中ACTA2低表达与预后不良相关(均P<0.05)。ACTA2最主要的变异类型是拷贝数缺失。ACTA2的表达与多形成性胶质细胞瘤及肺腺癌等的肿瘤相关成纤维细胞浸润水平呈正相关(均P<0.05)。ACTA2相关基因的富集分析显示,肌动蛋白细胞骨架调节、血管平滑肌收缩参与了ACTA2的功能机制。结论:ACTA2表达与临床预后、基因变异及免疫浸润水平相关,ACTA2可能作为多种肿瘤新的生物标记物。 展开更多
关键词 acta2基因 肿瘤相关成纤维细胞 预后 泛癌分析 肿瘤免疫
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延边黄牛α-肌动蛋白1基因的多态性及其与生长性状的相关分析 被引量:6
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作者 田万年 张守发 +3 位作者 李香子 高青山 金鑫 严昌国 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第8期153-157,共5页
试验旨在寻找肌内脂肪含量差异极显著的两组个体延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,并分析其遗传多态性对生长性状的影响。应用引物退火技术获得了在肌内脂肪含量差异极显著的两组个体背最长肌组织差异表达α-肌动蛋白1(actin alpha 1,A... 试验旨在寻找肌内脂肪含量差异极显著的两组个体延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,并分析其遗传多态性对生长性状的影响。应用引物退火技术获得了在肌内脂肪含量差异极显著的两组个体背最长肌组织差异表达α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因及其全长cDNA序列,该基因主要在心脏和背最长肌中表达。序列比对结果发现,在5′端非编码区193bp处存在1个突变。采用PCR-RFLP方法对100头延边黄牛群体进行检测,发现AA、AG、GG 3种基因型,基因型频率分别为0.24、0.50、0.26;A、G等位基因频率分别为0.37、0.63。对该突变位点的多态性与生长性状的关联性进行分析,结果发现,在体长、体重和平均日增重上,GG基因型个体显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);在胸围上,GG基因型个体显著高于AG基因型个体,但与AA基因型个体差异不显著(P>0.05);在体高上,不同基因型之间差异不显著(P>0.05)。初步认为GG基因型是提高延边黄牛体质量和体尺指标性状的有利基因型,提示ACTA1基因有可能作为延边黄牛生长性状的候选基因。 展开更多
关键词 延边黄牛 acta1基因 生长性状
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中国烟雾病患者主动脉平滑肌肌动蛋白α2基因编码区的研究 被引量:2
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作者 张谦 刘雅萍 +5 位作者 张东 王嵘 张岩 于兰冰 张学 赵继宗 《中国微创外科杂志》 CSCD 北大核心 2015年第11期1041-1044,共4页
目的探讨主动脉平滑肌肌动蛋白α2(actin alpha 2,ACTA2)编码区基因多态性/突变与中国烟雾病患者遗传易感性的关系。方法我院2012年6月~2013年5月经脑血管造影或磁共振血管造影检查明确诊断132例烟雾病,抽取患者的静脉血,通过聚合酶... 目的探讨主动脉平滑肌肌动蛋白α2(actin alpha 2,ACTA2)编码区基因多态性/突变与中国烟雾病患者遗传易感性的关系。方法我院2012年6月~2013年5月经脑血管造影或磁共振血管造影检查明确诊断132例烟雾病,抽取患者的静脉血,通过聚合酶链式反应Sanger方法对外显子2~9进行直接测序分析ACTA2编码区多态性及罕见突变,对比分析人类基因突变数据库中报道的ACTA2基因突变。结果 132例中国烟雾病ACTA2基因编码区未检测到突变。结论ACTA2基因不是中国烟雾病患者的主要易感基因。 展开更多
关键词 烟雾病 acta2基因 易感基因
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应用LAMP检测方法检测肉制品中的单增李斯特菌 被引量:12
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作者 高宏伟 徐彪 +3 位作者 朱来华 肖西志 郑小龙 梁成珠 《食品安全质量检测学报》 CAS 2010年第1期12-17,共6页
本研究使用恒温环介导技术,以单增李斯特菌的肌动蛋白大会诱导蛋白聚集因子A(actA)基因设计引物,建立单增李斯特菌的LAMP快速检测方法。不同来源的13株单增李斯特菌LAMP检测均显示阳性,其他21种细菌LAMP检测显示阴性。使用使用本研究建... 本研究使用恒温环介导技术,以单增李斯特菌的肌动蛋白大会诱导蛋白聚集因子A(actA)基因设计引物,建立单增李斯特菌的LAMP快速检测方法。不同来源的13株单增李斯特菌LAMP检测均显示阳性,其他21种细菌LAMP检测显示阴性。使用使用本研究建立的LAMP方法检测肉类样品中的单增李斯特菌结果与细菌分离方法检测结果一致。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 acta基因 环介导等温核酸扩增
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单核细胞增生李斯特菌LAMP检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 陈平亚 何翠华 +3 位作者 张亮亮 吴少荣 王绥家 赵光远 《安徽农业科学》 CAS 2023年第10期74-78,共5页
[目的]建立一种单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并对其检测敏感性、特异性进行评价。[方法]针对单增李斯特菌的actA基因序列,设计6条LAMP特异性引... [目的]建立一种单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并对其检测敏感性、特异性进行评价。[方法]针对单增李斯特菌的actA基因序列,设计6条LAMP特异性引物,通过对LAMP反应体系中的反应温度、内外引物浓度比、镁离子浓度等各参数进行优化,确定最优反应体系。以单增李斯特菌株CMCC54006株为阳性对照,其他菌株为阴性对照,验证LAMP检测方法的特异性。将纯培养的单增李斯特菌菌液提取DNA后10倍梯度稀释为模板进行LAMP检测,以测定该检测方法灵敏度。[结果]建立了特异性检测单增李斯特菌的LAMP检测方法,优化后确定了检测体系中FIP/BIP与F3/B3的终浓度比为1.6∶0.2,镁离子浓度为6 mmol/L,dNTPs浓度为1.6 mmol/L,反应温度为65℃。特异性检测结果显示,仅单增李斯特菌反应管中的反应液呈绿色,表明建立的检测方法具有较高特异性。以单增李斯特菌DNA为模板进行的LAMP检测结果显示,LAMP检测方法灵敏度为64 copies/mL。[结论]建立单增李斯特菌的LAMP检测方法,高效特异,灵敏度高,可直接观察检测结果,适合现场检测。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 环介导等温扩增 acta基因
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