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四川凉山地区黑绵羊Y染色体单核苷酸多态性的分析研究 被引量:1
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作者 晏曲颖 黄卫平 +3 位作者 范东婷 黄林 金素钰 郑玉才 《四川畜牧兽医》 2022年第3期21-24,共4页
为探索四川省凉山地区地方黑绵羊的遗传多样性和父系起源,本试验对黑绵羊Y染色体单核苷酸的多态性进行了分析研究。在凉山州盐源县、普格县、布拖县三个县采集43只黑绵羊公羊的抗凝全血,从血液中提取基因组DNA作为模板,通过PCR扩增Y染色... 为探索四川省凉山地区地方黑绵羊的遗传多样性和父系起源,本试验对黑绵羊Y染色体单核苷酸的多态性进行了分析研究。在凉山州盐源县、普格县、布拖县三个县采集43只黑绵羊公羊的抗凝全血,从血液中提取基因组DNA作为模板,通过PCR扩增Y染色体SRY基因片段后直接测序。结果显示:黑绵羊Y染色体上8个单核苷酸位点中仅一个位点检测到多态性(o Y1,G/A),据此将黑绵羊分为OAR1和OAR2两种单倍型,其个体数量占比分别为90.70%和9.30%,单倍型多样性为0.173±0.072,核苷酸多样性为0.000 38±0.000 13。本试验表明凉山地区黑绵羊Y染色体的遗传多样性较低,初步推测其可能存在两个父系起源。 展开更多
关键词 黑绵羊 y染色体 单核苷酸多态性 父系遗传
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微测序技术检测武汉汉族群体26个Y-SNPs的遗传多态性 被引量:2
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作者 黄代新 种书亚 +2 位作者 易少华 杨荣芝 梅焜 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期64-70,共7页
目的研究汉族群体26个Y-SNPs的遗传多态性,探讨其在法医学和人类进化研究中的应用价值。方法自行设计引物并构建用于检测26个Y-SNPs的3个SNaPshot复合分型检测体系,然后用构建的复合分型检测体系对120名武汉汉族男性无关个体进行分型。... 目的研究汉族群体26个Y-SNPs的遗传多态性,探讨其在法医学和人类进化研究中的应用价值。方法自行设计引物并构建用于检测26个Y-SNPs的3个SNaPshot复合分型检测体系,然后用构建的复合分型检测体系对120名武汉汉族男性无关个体进行分型。结果成功构建了用于检测26个Y-SNPs的3组荧光复合扩增检测体系,每一复合体系中,同一位点的2个不同等位基因显示为不同颜色的产物峰,不同位点的等位基因之间片段大小不同。所有26个Y-SNPs在武汉汉族群体中均具有遗传多态性,120名武汉汉族男性个体中共检出26种单倍型,其频率范围为0.008 3~0.125 0,单倍型多样性为0.934 9。结论所构建的26个Y-SNPs荧光复合扩增检测体系具有简便、高效、准确的特点,在法医学应用和群体进化研究中具有一定实用价值,可作为Y-STRs标记的有效补充。 展开更多
关键词 y染色体 单核苷酸多态性 SNaPshot微测序 单倍型
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济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性分析 被引量:1
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作者 韩淑毅 高洪梅 +4 位作者 张茂修 郑燕 郏雁飞 丁卜同 汪运山 《法医学杂志》 CAS CSCD 2011年第3期205-207,210,共4页
目的探讨济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性并评价其在法医学中的应用。方法采用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length difference allele specific PCR,FLDAS-PCR)对济南汉族群体共103名男性无关个体5个Y-SNP标记(M89、M9... 目的探讨济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性并评价其在法医学中的应用。方法采用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length difference allele specific PCR,FLDAS-PCR)对济南汉族群体共103名男性无关个体5个Y-SNP标记(M89、M9、M122、M134、M95)进行分型研究。结果 5个Y-SNP位点在济南汉族群体中均呈多态性分布,基因多样性(GD)为0.093 3~0.491 2,共检测到20种单倍型(HD为0.8679),根据国际Y染色体协会命名原则,共有6种单倍群。结论 5个Y-SNP位点及其单倍型在济南汉族具有较好的多态性分布,为该地区人群遗传结构的分析及法医遗传学研究提供了较多的信息量。 展开更多
关键词 法医遗传学 多态性 单核苷酸 y染色体 汉族
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河南汉族人群16个Y-SNP位点遗传多态性
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作者 孙许朋 杨世平 +3 位作者 武红艳 郭娟宁 岳俊涛 樊爱英 《法医学杂志》 CAS CSCD 2015年第1期64-65,共2页
Y 染色体呈父系遗传,不易受重组和回复突变的影响,在涉及性犯罪、追溯父系同代、隔代亲权鉴定等方面具有应用价值。本研究对河南汉族人群16个 Y-SNP 位点的多态性进行调查,旨在为法医学应用和群体进化研究提供基础数据。
关键词 法医遗传学 y 染色体 多态性 单核苷酸 河南 汉族
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MALDI-TOF-MS对Y染色体上66个二等位基因的检测 被引量:3
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作者 宋雨桐 李莉 +3 位作者 张立男 朱如心 柳燕 林源 《法医学杂志》 CAS CSCD 2017年第3期239-243,共5页
目的分析华东地区汉族人群Y染色体上66个二等位基因遗传标记的多态性,并评价其法医学应用价值。方法采用多重PCR联合基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometr... 目的分析华东地区汉族人群Y染色体上66个二等位基因遗传标记的多态性,并评价其法医学应用价值。方法采用多重PCR联合基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)技术对华东地区205名汉族男性无关个体Y染色体上66个二等位基因遗传标记进行分型研究,使用直接计数法统计待测位点的等位基因频率,用公式计算基因多样性和单倍型多样性,用Arlequin v3.5.2.2软件检测该体系的单倍型并且进行群体遗传学比较。结果其中60个二等位基因遗传标记在华东地区汉族男性人群中呈多态性分布,基因多样性为0.0385~0.501 9,共检测到85种单倍型,单倍型多样性为0.970 3。部分SNP位点的等位基因分布在华东地区汉族人群和新疆汉族人群、广东汉族人群差异具有统计学意义。结论 60个二等位基因遗传标记及其检测体系在亲权鉴定和个体识别中可补充提供遗传信息,MALDI-TOF-MS技术可以进行二等位基因遗传标记的分型检测。 展开更多
关键词 法医遗传学 y染色体 多态现象 遗传 基质辅助激光解吸电离 单核苷酸多态性 插入/缺失
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贵州水族人群11个Y-SNP位点的多态性及法医学应用 被引量:2
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作者 罗雪 张文飞 +5 位作者 杨林 钱恩芳 杨美庆 张晗 季晶焱 黄江 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期791-796,共6页
目的调查贵州水族人群Y染色体上11个SNP位点的频率分布情况,并探讨该人群与其他人群的遗传关系,评价其法医学应用价值。方法采用微测序技术对贵州地区180例水族男性无关个体样本11个Y-SNP位点进行复合扩增检测。采用直接计数法计算单倍... 目的调查贵州水族人群Y染色体上11个SNP位点的频率分布情况,并探讨该人群与其他人群的遗传关系,评价其法医学应用价值。方法采用微测序技术对贵州地区180例水族男性无关个体样本11个Y-SNP位点进行复合扩增检测。采用直接计数法计算单倍群频率,应用Multi-variate statistical package(MVSP)对贵州水族及参考人群进行主成分分析(principal component analysis,PCA),采用Arlequin v3.5软件计算贵州水族与其他群体的Fst遗传距离,使用MEGA 4.0软件根据Fst值绘制系统发生树。结果共观察到6种Y染色体单倍群,其中O-M175单倍群的分布频率最高(71.11%),其次为C-M130单倍群(25.00%)、D-M174单倍群(3.89%)。O单倍群中分布频率较高的是O1b-M268(31.11%)、O2a2-IMS-JST021354(28.33%)。贵州水族与同语族的贵州仡佬族父系的亲缘关系最近。结论贵州水族Y-SNP单倍群分布具有一定特异性,可为法医学族群地域推断提供基础数据。 展开更多
关键词 法医遗传学 y染色体 单核苷酸多态性 水族 贵州
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71个Y-SNP位点在西北汉族人群的多态性及法医学应用价值 被引量:3
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作者 张立男 宋雨桐 +2 位作者 姜磊 朱如心 李莉 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期23-29,38,共8页
目的分析Y染色体上71个SNP位点在西北地区汉族人群的多态性,评价其法医学应用价值,并整合前期研究成果,筛选出适用于华东、华南、西北地区汉族人群法医学检验的Y-SNP位点。方法采用多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)和... 目的分析Y染色体上71个SNP位点在西北地区汉族人群的多态性,评价其法医学应用价值,并整合前期研究成果,筛选出适用于华东、华南、西北地区汉族人群法医学检验的Y-SNP位点。方法采用多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)和基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)技术对西北地区202名汉族男性无关个体进行71个Y-SNP位点的分型,计算等位基因频率和基因多样性(gene diversity,GD)、单倍型多样性(haplotype diversity,HD)值,同时结合前期研究所取得的数据筛选出适用于西北、华南和华东汉族群体的Y-SNP位点。结果在所检测的71个位点中,有67个位点在西北汉族男性人群中呈多态性分布,GD值在0.0100~0.5022,中度信息量(0.2≤GD<0.3)的位点有22个,高度信息量(GD≥0.3)的位点有25个,同时适用于西北、华南和华东汉族群体的位点有26个。结论 Y-SNP位点在亲权鉴定和个体识别中具有应用价值,在判断人群分布及迁移信息方面亦具有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 法医遗传学 y染色体 多态性 单核苷酸 等位基因 汉族
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贵州壮侗语族7个少数民族21个Y-SNP多态性
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作者 张秀秀 喻艳琴 +4 位作者 田薇 张婷 王婵娟 单可人 何燕 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期125-132,共8页
调查贵州壮侗语族7个少数民族(水族、布依族、侗族、仡佬族、壮族、毛南族、仫佬族)人群Y染色体上21个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的遗传多态性,并探讨该人群与其他民族以及其他语族之间的遗传关系。采用SN... 调查贵州壮侗语族7个少数民族(水族、布依族、侗族、仡佬族、壮族、毛南族、仫佬族)人群Y染色体上21个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的遗传多态性,并探讨该人群与其他民族以及其他语族之间的遗传关系。采用SNapShot法对445例贵州壮侗语族7个少数民族男性个体21个Y-SNP位点进行复合扩增检测,用直接计数法计算等位基因频率、单倍型频率与单倍群频率,运用SPSS 24软件进行主成分分析。在贵州水族、布依族、侗族、仡佬族、壮族、毛南族和仫佬族中,21个Y-SNP组成的单倍型多态性值(haplotype diversity,HD)分别为0.5977、0.9456、0.8856、0.8869、0.7686、0.3587和0.7078;与已报道的其他9个民族人群单倍群分布频率进行主成分分析,壮侗语族与苗瑶语族聚在一起。从父系遗传角度分析,壮侗语族与苗瑶语族亲缘关系较近。 展开更多
关键词 壮侗语族 y染色体 单核苷酸多态性 遗传多态性 贵州
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利用Y染色体进行鹿科动物的起源和进化分析 被引量:2
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作者 苏莹 鞠贵春 +4 位作者 邵元臣 王洪亮 邢秀梅 高兵 常彤 《特产研究》 2016年第1期53-57,共5页
在现代分子遗传学研究中,线粒体DNA和Y染色体非重组区DNA是最主要的两种标记。线粒体方面的研究主要围绕Cytb基因、D-loop区、12sRNA和16sRNA等基因进行,而Y染色体遗传多样性研究主要包括Y染色体单核苷酸多样性研究、Y染色体微卫星多态... 在现代分子遗传学研究中,线粒体DNA和Y染色体非重组区DNA是最主要的两种标记。线粒体方面的研究主要围绕Cytb基因、D-loop区、12sRNA和16sRNA等基因进行,而Y染色体遗传多样性研究主要包括Y染色体单核苷酸多样性研究、Y染色体微卫星多态性研究、Y染色体基因拷贝数变异研究。目前,鹿科动物的研究主要集中在线粒体DNA方面进行母系起源的研究,但还需要Y染色体分子遗传多样性的研究来进行补充,以研究鹿科动物的起源、驯化历史及迁徙路线。本文对鹿科动物在Y染色体分子遗传多样性与起源进化方面的研究进展进行了综述,为以后研究鹿科动物起源进化进行铺垫。 展开更多
关键词 y染色体 分子遗传多样性 单核苷酸多样性 微卫星多态性 基因拷贝数变异
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贵州布依族、仡佬族、仫佬族、毛南族、壮族Y-SNP的初步研究 被引量:9
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作者 刘烜 单可人 +6 位作者 齐晓岚 何燕 赵艳 吴昌学 李毅 褚迅 任锡麟 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1350-1354,共5页
为分析贵州布依族、仡佬族、仫佬族、毛南族、壮族父系遗传结构,探讨其起源及迁徒。通过聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP)方法检测贵州境内5个民族10个SNP位点构成的Y染色体单倍型,并以省内苗族为对照分析其父系遗传结... 为分析贵州布依族、仡佬族、仫佬族、毛南族、壮族父系遗传结构,探讨其起源及迁徒。通过聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP)方法检测贵州境内5个民族10个SNP位点构成的Y染色体单倍型,并以省内苗族为对照分析其父系遗传结构。结果显示5个民族集中于Y-SNP中H8单倍型,苗族样本集中于Y-SNP中的H8、H11与H12单倍型。说明贵州省布依族、仡佬族、仫佬族、毛南族、壮族5个民族之间有密切联系,且与国内其他地域有较大的遗传差异,是一个相对独立的群体。 展开更多
关键词 贵州少数民族 y染色体-单核苷酸多态性 单倍型
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常熟地区人群Y染色体STR和SNP遗传结构分析
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作者 汤晓 田君哲 +6 位作者 张义为 殷才湧 汤真 李帅 姚均 黄嘉伟 李士林 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第4期538-544,共7页
目的通过对常熟地区家系特异性核心单倍群和区域特异性遗传结构进行分析,为构建特定地区的Y染色体数据库提供理论基础。方法采集常熟地区1702名汉族男性无关个体的血样,使用YfilerTM Plus PCR扩增试剂盒对27个Y-STR进行基因分型,再用Y-P... 目的通过对常熟地区家系特异性核心单倍群和区域特异性遗传结构进行分析,为构建特定地区的Y染色体数据库提供理论基础。方法采集常熟地区1702名汉族男性无关个体的血样,使用YfilerTM Plus PCR扩增试剂盒对27个Y-STR进行基因分型,再用Y-Predictor软件推测各样本的Y-SNP单倍群,并选取部分样本通过扩增受阻突变系统聚合酶链反应(amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction,ARMS-PCR)进行验证。结果1702例样本的27个Y-STR遗传标记共检出1556种单倍型,单倍型多样性(haplotype diversity,HD)值为0.999827,基因多样性(gene diversity,GD)值最高的是DYS385(0.933),最低的是DYS438(0.409)。通过Y-Predictor软件确定全部样本来自C、D、N、O、Q和R下游162种细支单倍群。随机选择样本对软件预测结果进行验证,预测正确率达95.74%。结论本研究发现27个Y-STR遗传标记在常熟地区人群中有较高的多态性,具备良好的法医学个体识别和亲权鉴定能力。 展开更多
关键词 法医遗传学 短串联重复 单核苷酸多态性 y染色体 遗传结构 单倍群 汉族 常熟
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苏州市吴江地区人群Y染色体STR和SNP的遗传结构分析
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作者 吴泽 陈天发 +5 位作者 曾志凡 张义为 汤真 苏开元 范辰韵 李士林 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期448-454,共7页
目的分析苏州市吴江地区男性汉族人群Y染色体STR和SNP的基因分型,探索吴江地区人群的遗传结构,以进一步发掘具有该地区特异性的Y-SNP遗传标记祖先单倍群。方法随机采集472名吴江地区汉族男性个体的血样,采用YfilerTMPlus PCR扩增试剂盒... 目的分析苏州市吴江地区男性汉族人群Y染色体STR和SNP的基因分型,探索吴江地区人群的遗传结构,以进一步发掘具有该地区特异性的Y-SNP遗传标记祖先单倍群。方法随机采集472名吴江地区汉族男性个体的血样,采用YfilerTMPlus PCR扩增试剂盒进行基因分型,通过直接计算法得出各基因座的等位基因频率和单倍型频率,用Y-Predictor软件推测各样本的Y-SNP单倍群,并通过扩增阻滞突变系统聚合酶链反应(amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction,ARMS-PCR)进行实验验证。结果 472名吴江地区汉族男性群体的27个Y-STR遗传标记中,共检出453种单倍型,单倍型多样性(haplotype diversity,HD)为0.997 696 93,其中基因多样性(gene diversity,GD)值最高的是DYF387S1a/b(0.953 1)、最低的是DYS438(0.321 8)。根据472个样本27个Y-STR的基因分型数据,推测并实验验证得到来自C、D、N、O和Q等单倍群下游的132种单倍群。结论本研究基于Y染色体STR单倍型,通过Y-Predictor软件预测Y-SNP单倍群并利用ARMS-PCR进行验证,引入Y-SNP遗传标记,实现了对吴江地区3个镇区人群男性家系的精细遗传结构解析。 展开更多
关键词 法医遗传学 短串联重复 单核苷酸多态性 y染色体 遗传结构 单倍群 汉族 苏州
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我国Y染色体数据分析研究取得进展
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《生物学教学》 2014年第5期78-79,共2页
据光明网2013年12月3日援引报道,中科院昆明动物所张亚平院士研究团队开发成针对DNA芯片数据中Y染色体单核苷酸多态性位点(Y—SNPs)的分析策略。相关研究11月27日在线发表于《欧洲人类遗传学》。
关键词 y染色体 数据分析 多态性位点 DNA芯片 人类遗传学 单核苷酸 中科院 动物
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23-plex Y-SNPs复合扩增体系在法医学应用的研究 被引量:2
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作者 张爱平 刘超 +4 位作者 李越 刘长晖 陈丽伟 葛璐璐 陈晓晖 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期685-691,共7页
【目的】应用SNaPshot技术建立23-plexY-SNPs的复合扩增体系,研究其在法医学中的应用价值。【方法】从Y染色体单体群命名树上选择23个Y-SNP位点:P164、P203、P148、P145、M89、P151、M216、P128、P157、P149、P131、P199、P123、P191、P... 【目的】应用SNaPshot技术建立23-plexY-SNPs的复合扩增体系,研究其在法医学中的应用价值。【方法】从Y染色体单体群命名树上选择23个Y-SNP位点:P164、P203、P148、P145、M89、P151、M216、P128、P157、P149、P131、P199、P123、P191、P201、M111、M9、P132、P200、P197、M119、P136和M134,进行复合PCR扩增,PCR产物纯化后利用荧光标记单碱基延伸技术(SNaPshot试剂盒)结合毛细管电泳技术对单核苷酸多态性进行检测,应用该体系调查了290名广东地区无亲缘关系的男性个体。【结果】所建立的23个Y-SNPs检测体系,各位点均具有遗传多态性,基因多样性范围为0.0137~0.4912。在290名男性中检测到143个单体型,单体型多样性为0.9907。【结论】该23个Y-SNPs检测体系能快速而准确的对样本进行SNP分型,在法医学、人类学和相关学科的研究中具有较高的应用价值。 展开更多
关键词 个体识别 单碱基延伸(微测序) SNaPshot试剂盒 单核苷酸多态性 y染色体
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广西6个民族Y-STR网络图分析及其法医学意义 被引量:1
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作者 肖月 邓盼 +6 位作者 常开创 马泉 钱恩芳 余建华 程宝文 李彩霞 江丽 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第3期314-318,共5页
目的探究Y-SNP和Y-STR遗传标记信息在不同民族中的遗传结构分布及其法医学应用。方法采用SNaPshot微测序技术对广西汉族、广西京族、广西苗族、广西瑶族、广西壮族和广西侗族6个民族439名男性个体12个Y-SNP位点多态性进行检测,采用DNATy... 目的探究Y-SNP和Y-STR遗传标记信息在不同民族中的遗传结构分布及其法医学应用。方法采用SNaPshot微测序技术对广西汉族、广西京族、广西苗族、广西瑶族、广西壮族和广西侗族6个民族439名男性个体12个Y-SNP位点多态性进行检测,采用DNATyper^TM Y26试剂盒对26个Y-STR基因座进行复合扩增,3130xl 基因分析仪进行基因分型。对同一Y-SNP单倍群下不同个体Y-STR单倍型使用Network5.0绘制网络图并分析。结果12个Y-SNP位点在6个民族中检出6个单倍群,26个Y-STR基因座检出362个单倍型,单倍型多样性为0.996 6。C单倍群中,广西瑶族、广西壮族和广西侗族样本聚集在不同簇上;O1单倍群中,广西壮族、广西苗族和广西京族样本相对独立并分别聚集一簇;O2单倍群中部分广西苗族和广西瑶族样本聚集一簇。结论基于同一Y-SNP单倍群下Y-STR网络图分析,能初步对部分民族进行区分,为相关地区利用犯罪现场遗留男性生物检材的检验推断族群来源。 展开更多
关键词 法医遗传学 多态性 单核苷酸 y染色体 短串联重复 单倍型 广西
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藏羚Y染色体雄性特异区遗传多样性
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作者 成若通 陈一博 +2 位作者 孟祥琼 陈家瑞 魏青 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期609-614,共6页
遗传多样性反映了物种应对环境变化与进化的潜力,遗传多样性越高,对环境变化的适应能力就越强(沈浩和刘登义,2001)。对于经历过人类猎杀导致种群危机的野生物种,随着短时间内大量个体的消亡,很多潜在的优良基因单倍型也会丧失,在后续种... 遗传多样性反映了物种应对环境变化与进化的潜力,遗传多样性越高,对环境变化的适应能力就越强(沈浩和刘登义,2001)。对于经历过人类猎杀导致种群危机的野生物种,随着短时间内大量个体的消亡,很多潜在的优良基因单倍型也会丧失,在后续种群数量恢复过程中,这些单倍型并不会随着种群个体数量的增加而迅速恢复,即遗传多样性的恢复明显滞后于种群数量的恢复(Frankham et al.,2002)。 展开更多
关键词 藏羚 y染色体 单核苷酸多态性 遗传多样性
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支气管哮喘易感区域5q31-33内Tim-3基因单体型分析 被引量:1
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作者 武其文 胡丽华 +2 位作者 蔡鹏程 崔天盆 陈凤花 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期693-698,共6页
目的:探讨染色体上支气管哮喘易感区域5q31-33内Tim-3基因多态性与支气管哮喘的关系。方法:应用限制性片段长度多态性技术方法,分析了118个儿童变应性哮喘核心家系Tim-3基因4个SNPs(rs10053538、rs10515746、rs13170556和rs9313441)的... 目的:探讨染色体上支气管哮喘易感区域5q31-33内Tim-3基因多态性与支气管哮喘的关系。方法:应用限制性片段长度多态性技术方法,分析了118个儿童变应性哮喘核心家系Tim-3基因4个SNPs(rs10053538、rs10515746、rs13170556和rs9313441)的基因型;采用基于家系传递不平衡检验(TDT),分析基因分型数据;应用TRANSMIT软件构建单体型并进行单体型关联分析。结果:①基于家系的TDT分析显示,Tim-3基因的4个SNPs由杂合子父母传递给患病子代的等位基因频率不比预期值高,与哮喘无关(P>0.05)。②Transmit多个位点单体型分析结果显示由Tim-3基因rs10053538、rs13170556、rs9313441构建的单体型与支气管哮喘有关联(Global 2=10.83,P<0.05)。父母传递给患病子女GGG单体型的观察值小于期望值,差异显著(2=8.24,P<0.01)。结论:中国汉族人群中,位于染色体5q31-33区域的Tim-3基因本身或其附近的基因可能与儿童变应性哮喘的易感性相关。 展开更多
关键词 基因 TIM-3 儿童变应性哮喘 单核苷酸多态性 染色体5q31-33
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青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体父系遗传分子评估
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作者 曹萍 李瑞哲 +7 位作者 陈生梅 薛斌 韩生兰 梅萨 达桑 才加 孙永刚 马志杰 《中国畜牧兽医》 CAS 2024年第9期3948-3957,共10页
【目的】探究青海省果洛藏族自治州牦牛的父系起源、群体遗传结构、遗传多样性水平以及分化状况。【方法】通过基因组DNA提取、PCR扩增和测序分型,利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNPs)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个... 【目的】探究青海省果洛藏族自治州牦牛的父系起源、群体遗传结构、遗传多样性水平以及分化状况。【方法】通过基因组DNA提取、PCR扩增和测序分型,利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNPs)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y染色体微卫星(Y-STR)标记(INRA189)对玛多、久治、甘德、班玛4个牦牛群体共144头牦牛个体进行父系遗传分析。通过软件计算单倍型多样度(Hd)和群体间固定分化指数(Fst),评估各牦牛群体的父系遗传多样性水平、群体间遗传分化程度。利用Mega 5.05和Network 10.1软件分别构建UPGMA树状图和网络中介图,探究各牦牛群体间的父系遗传关系和群体结构组成。【结果】青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体中共鉴定出7种Y染色体单倍型。玛多、久治、甘德、班玛牦牛群体分别鉴定出6、4、4、4种单倍型。玛多、班玛牦牛群体中分别检测到2种(H2Y1和H3Y1)和1种(H7Y1)特有单倍型。遗传多样性分析表明,4个牦牛群体的父系遗传多样性较为丰富(Hd=0.506),其中玛多牦牛的单倍型多样度最高(Hd=0.632),甘德牦牛的单倍型多样度最低(Hd=0.324)。遗传分化分析结果显示,除班玛牦牛与甘德、玛多牦牛群体间均呈中等遗传分化外(0.05<Fst<0.15),其他牦牛群体间分化程度均较弱(0<Fst<0.05)。聚类分析结果显示,4个牦牛群体明显地聚为2类,其中久治、玛多牦牛群体最先聚在一起,再与甘德牦牛群体聚为一类,而班玛牦牛群体单独为一类。系统发育分析表明,除班玛牦牛群体由1个父系支系(Y1)组成外,其他3个牦牛群体均由2个父系支系(Y1和Y2)组成。【结论】本研究基于Y染色体分子标记初步揭示了青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体的父系遗传多样性、分化程度和群体遗传结构,4个牦牛群体拥有较为丰富的父系遗传多样性,存在2个父系起源;群体间父系遗传分化程度较弱,但父系遗传结构存在一定差异。研究结果为当地牦牛遗传资源的保种选育和开发利用提供了理论依据。 展开更多
关键词 牦牛 遗传多样性 父系起源 群体结构 y染色体单核苷酸多态性 y染色体微卫星
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