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工业大麻XTH基因家族鉴定及不同发育时期表达模式分析
1
作者
隋月
闫博巍
+4 位作者
张元野
房郁妍
郑楠
张明
张利国
《草地学报》
北大核心
2025年第8期2443-2455,共13页
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases, XTH)参与纤维素/木葡聚糖交联构建和重塑,在植物细胞壁的可伸展性方面有非常重要的作用。但在工业大麻(Cannabis sativa)中还未有关于该酶的报道。为系统鉴定...
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases, XTH)参与纤维素/木葡聚糖交联构建和重塑,在植物细胞壁的可伸展性方面有非常重要的作用。但在工业大麻(Cannabis sativa)中还未有关于该酶的报道。为系统鉴定工业大麻XTH家族成员,本研究通过生物信息学手段,鉴定出10个工业大麻XTH基因(CsXTH),分别命名为CsXTH1~CsXTH10,分析了其理化性质、系统进化和不同生长时期表达模式等。结果表明,XTH家族成员相对分子量在31.14~63.64 kD之间。亚细胞定位预测结果显示,10个家族成员均定位在细胞壁上,CsXTH3和CsXTH8也能定位在细胞质中,均属于亲水性蛋白。CsXTH启动子区存在较多光响应、激素响应和逆境响应相关的顺式作用元件,表明CsXTH可能参与植物生长发育及逆境胁迫防御等多种生物学过程。CsXTH基因的表达在不同生长时期存在特异性,CsXTH3,CsXTH5在幼苗期表达量最高,CsXTH7在工艺成熟期表达量最高。上述结果为研究CsXTH家族基因在工业大麻纤维发育中的功能提供了参考依据。
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关键词
工业大麻
xth基因家族
纤维发育
生物信息学分析
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职称材料
柚XTH基因家族全基因组鉴定与分析
2
作者
谭烨欢
巫国军
+3 位作者
黄城
李国华
温清英
马瑞丰
《现代农业科技》
2024年第20期138-143,154,共7页
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)是植物细胞壁修饰和重塑的关键酶之一,在植物生长发育和抗逆性方面发挥着关键作用。利用生物信息学方法对柚XTH基因家族进行鉴定与分析,共鉴定出24个CgXTHs,分为4组;CgXTHs蛋白的氨基酸长度为212~564 aa...
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)是植物细胞壁修饰和重塑的关键酶之一,在植物生长发育和抗逆性方面发挥着关键作用。利用生物信息学方法对柚XTH基因家族进行鉴定与分析,共鉴定出24个CgXTHs,分为4组;CgXTHs蛋白的氨基酸长度为212~564 aa,等电点在4.99~9.12之间,分子量为24.85~64.68 kD;柚XTH基因家族成员之间基因结构和蛋白结构分布具有相似性;共线性分析发现,柚与拟南芥的共线性基因多于柚与水稻间的共线性基因;柚CgXTHs基因家族启动子区域中发现大量光响应、激素响应、生长发育、非生物胁迫相关的顺式作用元件;所有的成员都含有1个或多个非生物胁迫相关的顺式作用元件,揭示CgXTHs基因家族可能在非生物胁迫中起着重要作用。
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关键词
柚
xth基因家族
鉴定
染色体定位
系统进化树
基因
结构
顺式作用元件
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职称材料
小桐子XTH基因家族和与之互作的miRNAs的全基因组鉴定及其在低温适应中的作用
被引量：
2
3
作者
吕宇婧
吴丹丹
+2 位作者
孔春艳
杨宇
龚明
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期147-160,共14页
小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著...
小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著提高小桐子抗冷性,而XTH基因对冷锻炼过程高响应。本文基于小桐子低温锻炼期间的转录组、miRNA组和降解组数据,在全基因组层面上对小桐子XTH基因家族进行了鉴定、生物信息学分析、表达谱分析及互作miRNAs的鉴定和分析。结果表明,小桐子中鉴定到XTH基因家族成员29个,编码269-341个氨基酸,其蛋白主要定位于细胞壁,结构均具有Glyco_hyho_16和XET_C结构域以及保守位点ExDxE。29个家族成员可分为3个组别,定位于9条染色体上,其中存在8对基因重复事件。对小桐子植株不同器官、低温锻炼过程及干旱和盐胁迫下的表达谱及RT-qPCR分析显示,该基因家族在不同情况下各成员存在显著的差异化表达模式,表明该基因家族不同成员的作用不尽相同。对降解组和mi RNA组测序数据分析结果表明,68个miRNAs靶向调控JcXTH基因家族中的26个成员;选取低温锻炼下表达显著的miRNAs进行表达谱分析,并与其靶向的JcXTHs的基因表达进行相关性分析,显示二者之间呈现显著的负相关,表明在低温锻炼下miRNAs负调控JcXTHs基因的表达。研究结果有助于解析小桐子JcXTH基因家族的功能,以及靶向该家族基因的miRNAs与JcXTH基因互作如何来参与小桐子对低温胁迫的适应,从而为后续通过分子育种改良小桐子抗冷性提供参考。
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关键词
小桐子
xth基因家族
MIRNAS
互作
低温适应
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职称材料
题名
工业大麻XTH基因家族鉴定及不同发育时期表达模式分析
1
作者
隋月
闫博巍
张元野
房郁妍
郑楠
张明
张利国
机构
黑龙江省农业科学院经济作物研究所
出处
《草地学报》
北大核心
2025年第8期2443-2455,共13页
基金
黑龙江省农业科技创新跨越工程—经济作物突破性新品种选育及产业化应用(GX23GG04)资助。
文摘
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases, XTH)参与纤维素/木葡聚糖交联构建和重塑,在植物细胞壁的可伸展性方面有非常重要的作用。但在工业大麻(Cannabis sativa)中还未有关于该酶的报道。为系统鉴定工业大麻XTH家族成员,本研究通过生物信息学手段,鉴定出10个工业大麻XTH基因(CsXTH),分别命名为CsXTH1~CsXTH10,分析了其理化性质、系统进化和不同生长时期表达模式等。结果表明,XTH家族成员相对分子量在31.14~63.64 kD之间。亚细胞定位预测结果显示,10个家族成员均定位在细胞壁上,CsXTH3和CsXTH8也能定位在细胞质中,均属于亲水性蛋白。CsXTH启动子区存在较多光响应、激素响应和逆境响应相关的顺式作用元件,表明CsXTH可能参与植物生长发育及逆境胁迫防御等多种生物学过程。CsXTH基因的表达在不同生长时期存在特异性,CsXTH3,CsXTH5在幼苗期表达量最高,CsXTH7在工艺成熟期表达量最高。上述结果为研究CsXTH家族基因在工业大麻纤维发育中的功能提供了参考依据。
关键词
工业大麻
xth基因家族
纤维发育
生物信息学分析
Keywords
Cannabis sativa
xth
gene family
Fiber development
Bioinformatics analysis
分类号
S563.3 [农业科学—作物学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
柚XTH基因家族全基因组鉴定与分析
2
作者
谭烨欢
巫国军
黄城
李国华
温清英
马瑞丰
机构
梅州市农林科学院果树研究所
出处
《现代农业科技》
2024年第20期138-143,154,共7页
基金
乡村振兴战略专项项目(农业科技能力提升)“柚果品质提升生产技术集成与示范”(2023TS-1-1)
国家柑橘产业技术体系建设专项(CARS-26)。
文摘
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)是植物细胞壁修饰和重塑的关键酶之一,在植物生长发育和抗逆性方面发挥着关键作用。利用生物信息学方法对柚XTH基因家族进行鉴定与分析,共鉴定出24个CgXTHs,分为4组;CgXTHs蛋白的氨基酸长度为212~564 aa,等电点在4.99~9.12之间,分子量为24.85~64.68 kD;柚XTH基因家族成员之间基因结构和蛋白结构分布具有相似性;共线性分析发现,柚与拟南芥的共线性基因多于柚与水稻间的共线性基因;柚CgXTHs基因家族启动子区域中发现大量光响应、激素响应、生长发育、非生物胁迫相关的顺式作用元件;所有的成员都含有1个或多个非生物胁迫相关的顺式作用元件,揭示CgXTHs基因家族可能在非生物胁迫中起着重要作用。
关键词
柚
xth基因家族
鉴定
染色体定位
系统进化树
基因
结构
顺式作用元件
Keywords
Citrus maxima
xth
gene family
identification
chromosome orientation
phylogenetic tree
gene structure
cis-acting element
分类号
S666.3 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
小桐子XTH基因家族和与之互作的miRNAs的全基因组鉴定及其在低温适应中的作用
被引量：
2
3
作者
吕宇婧
吴丹丹
孔春艳
杨宇
龚明
机构
云南师范大学生命科学学院生物能源持续开发利用教育部工程研究中心云南省生物质能与环境生物技术重点实验室
云南省农业科学院甘蔗研究所
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期147-160,共14页
基金
国家自然科学基金项目(31860062,31460059)。
文摘
小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著提高小桐子抗冷性,而XTH基因对冷锻炼过程高响应。本文基于小桐子低温锻炼期间的转录组、miRNA组和降解组数据,在全基因组层面上对小桐子XTH基因家族进行了鉴定、生物信息学分析、表达谱分析及互作miRNAs的鉴定和分析。结果表明,小桐子中鉴定到XTH基因家族成员29个,编码269-341个氨基酸,其蛋白主要定位于细胞壁,结构均具有Glyco_hyho_16和XET_C结构域以及保守位点ExDxE。29个家族成员可分为3个组别,定位于9条染色体上,其中存在8对基因重复事件。对小桐子植株不同器官、低温锻炼过程及干旱和盐胁迫下的表达谱及RT-qPCR分析显示,该基因家族在不同情况下各成员存在显著的差异化表达模式,表明该基因家族不同成员的作用不尽相同。对降解组和mi RNA组测序数据分析结果表明,68个miRNAs靶向调控JcXTH基因家族中的26个成员;选取低温锻炼下表达显著的miRNAs进行表达谱分析,并与其靶向的JcXTHs的基因表达进行相关性分析,显示二者之间呈现显著的负相关,表明在低温锻炼下miRNAs负调控JcXTHs基因的表达。研究结果有助于解析小桐子JcXTH基因家族的功能,以及靶向该家族基因的miRNAs与JcXTH基因互作如何来参与小桐子对低温胁迫的适应,从而为后续通过分子育种改良小桐子抗冷性提供参考。
关键词
小桐子
xth基因家族
MIRNAS
互作
低温适应
Keywords
Jatropha curcas
xth
gene family
miRNAs
interaction
low temperature adaptation
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
工业大麻XTH基因家族鉴定及不同发育时期表达模式分析
隋月
闫博巍
张元野
房郁妍
郑楠
张明
张利国
《草地学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
柚XTH基因家族全基因组鉴定与分析
谭烨欢
巫国军
黄城
李国华
温清英
马瑞丰
《现代农业科技》
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
小桐子XTH基因家族和与之互作的miRNAs的全基因组鉴定及其在低温适应中的作用
吕宇婧
吴丹丹
孔春艳
杨宇
龚明
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
2
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