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薏苡ClVQ12的表达模式、抗旱功能及互作蛋白分析
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作者 王永乐 路献勇 +2 位作者 王红娟 王玉娇 朱加保 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第4期865-877,共13页
【目的】薏苡(Coix lacryma-jobi L.)是重要的食药同源作物,干旱和土壤盐碱化对薏苡的产量与品质造成严重威胁,VQ基因家族在植物响应外界胁迫与激素诱导中发挥重要作用,克隆薏苡VQ基因家族成员ClVQ12,并分析其表达模式、抗旱能力及互作... 【目的】薏苡(Coix lacryma-jobi L.)是重要的食药同源作物,干旱和土壤盐碱化对薏苡的产量与品质造成严重威胁,VQ基因家族在植物响应外界胁迫与激素诱导中发挥重要作用,克隆薏苡VQ基因家族成员ClVQ12,并分析其表达模式、抗旱能力及互作蛋白,进一步探究VQ基因在薏苡生长发育和胁迫响应过程中所发挥的功能。【方法】以“皖薏2号”为材料,首先克隆ClVQ12和对其进行生物信息学分析;接着通过亚细胞定位试验确定其位置,使用qRT-PCR分析其在MEJA和ABA诱导、高温胁迫、盐胁迫和干旱胁迫下的表达模式,然后构建ClVQ12基因酵母表达载体并转入酵母,比较转基因酵母和对照酵母在干旱胁迫下的生长差异;并利用酵母双杂试验验证ClVQ12与ClVQs和ClWRKYs之间的相互作用。【结果】成功克隆ClVQ12,该基因开放阅读框长度为579 bp;编码192个氨基酸;等电点为5.06;平均亲水性系数为-0.52,是不稳定的亲水性蛋白;该基因定位于细胞膜和细胞核中;不含有跨膜结构域和信号肽,含有18个磷酸化位点。二级结构主要由不规则卷曲(61.46%)、α-螺旋(32.29%)、延长链(4.17%)和β-折叠(2.08%)组成。启动子顺式作用元件分析发现ClVQ12含有多个响应激素诱导和非生物胁迫的元件。表达模式分析表明,该基因受到MEJA、ABA处理和干旱胁迫的显著诱导,其表达量在高温胁迫和盐胁迫下被显著抑制。与pYES2空载酵母相比,ClVQ12转基因酵母在甘露醇模拟干旱胁迫下具有更高的存活率,生长状况更好。通过酵母双杂试验发现,ClVQ12与ClVQ4、ClVQ11、ClVQ26和ClWRKY51发生相互作用,与ClWRKY5不发生相互作用。【结论】ClVQ12基因具有典型的VQ基因家族特征,定位于细胞膜和细胞核,响应多个激素处理和非生物胁迫。ClVQ12与ClVQs和ClWRKY51发生相互作用,提高转基因酵母的耐旱性。 展开更多
关键词 薏苡 Clvq12 vq基因家族 生物信息学分析 抗旱验证 蛋白互作
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白刺VQ基因家族的鉴定及分析 被引量:1
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作者 王丽蓉 黄丽霞 +3 位作者 杜萌 易丹 王劼 杨鑫光 《西北农业学报》 北大核心 2025年第3期498-507,共10页
VQ蛋白(VQ motif-containing proteins)在高等植物的质体中起着转录调控作用且与植物耐干旱、盐碱有很大关系。为了获得白刺VQ基因家族蛋白的基本特征以及白刺VQ基因在干旱和盐胁迫下的表达特征,本研究基于白刺(Nitraria tangutorum Bob... VQ蛋白(VQ motif-containing proteins)在高等植物的质体中起着转录调控作用且与植物耐干旱、盐碱有很大关系。为了获得白刺VQ基因家族蛋白的基本特征以及白刺VQ基因在干旱和盐胁迫下的表达特征,本研究基于白刺(Nitraria tangutorum Bobr.)全长转录组数据,通过生物信息学手段鉴定并分析了白刺VQ家族蛋白的基本特征,基于白刺以及拟南芥VQ蛋白序列,利用MEGA软件建立了VQ蛋白的系统发育树,最后利用qRT-PCR方法对NtVQ7基因的组织特异性表达特征以及干旱和盐胁迫下的表达特征进行了分析。结果表明,从白刺转录组中共鉴定出7个具有完整FxxxVQxLTG保守结构域的NtVQ家族成员,分别命名为NtVQ1~NtVQ7;氨基酸数目为155~320,分子质量为17.13~34.86 ku,等电点分布为5.23~10.81,不稳定指数为37.4~93.77,且均为亲水性蛋白;除NtVQ2定位在细胞外或细胞核中,其余的成员均被定位在细胞核中;系统发育树显示NtVQ1与NtVQ2、NtVQ3与NtVQ7的亲缘关系最近;叶片中的NtVQ7对PEG和NaCl胁迫做出不同响应,相对于PEG胁迫NtVQ7对盐胁迫更加敏感,且在盐胁迫后恢复过程中其表达量恢复上调;另外,该基因在不同组织器官中呈现不同的表达特征。 展开更多
关键词 vq基因家族 白刺 生物信息学 表达特征 胁迫
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柠檬VQ家族成员鉴定及其响应CYVCV侵染分析
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作者 方书洁 张晓男 +3 位作者 郭雪扬 李向 易龙 周俊 《桉树科技》 2025年第3期93-104,共12页
解析柠檬VQ家族基因特征及柠檬抗病毒侵染分子机制,为柠檬VQ基因的结构与功能及抗病机理研究提供可靠理论依据。通过生物信息学方法鉴定柠檬VQ家族成员,分析其理化性质、保守基序以及顺式作用元件等结构,将柑橘黄化脉明病毒(CYVCV)嫁接... 解析柠檬VQ家族基因特征及柠檬抗病毒侵染分子机制,为柠檬VQ基因的结构与功能及抗病机理研究提供可靠理论依据。通过生物信息学方法鉴定柠檬VQ家族成员,分析其理化性质、保守基序以及顺式作用元件等结构,将柑橘黄化脉明病毒(CYVCV)嫁接至‘尤力克’柠檬上,通过RT-q PCR验证候选基因表达量。结果表明:共鉴定52个柠檬VQ家族基因(ClVQs),分布于16条染色体,编码121~488个氨基酸,相对分子量为13.26~51.85 k Da,等电点为4.42~10.78,多为碱性不稳定蛋白,多数由含单外显子的基因编码,多数定位于细胞核。所有ClVQs均含有高度保守的VQ基序Fxxx VQx(L/V/F)TG,系统进化分析将其分为8个亚家族,其中7个与拟南芥、水稻同源基因聚簇;52个Cl VQs间存在39对片段复制基因;其启动子区域富含光敏、茉莉酸、脱落酸及逆境应答等顺式作用元件。在CYVCV侵染‘尤力克’柠檬后,RT-q PCR数据显示9个ClVQs呈现显著差异表达模式。 展开更多
关键词 柠檬 vq基因家族 表达分析 柑橘黄化脉明病毒
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荔枝VQ基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应 被引量:2
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作者 凡超 杨杰 +2 位作者 陈蓉 刘伟 向旭 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期739-750,共12页
【目的】VQ蛋白是一类含有保守VQ基序(FxxhVQxhTG)的植物特异性蛋白,在植物生长发育和非生物胁迫应答中发挥重要作用。研究鉴定了荔枝VQ基因家族,并分析其在不同组织的表达模式及在低温、高温、干旱和盐胁迫下的应答,为后续研究其抗逆... 【目的】VQ蛋白是一类含有保守VQ基序(FxxhVQxhTG)的植物特异性蛋白,在植物生长发育和非生物胁迫应答中发挥重要作用。研究鉴定了荔枝VQ基因家族,并分析其在不同组织的表达模式及在低温、高温、干旱和盐胁迫下的应答,为后续研究其抗逆机制奠定了基础。【方法】用生物信息学方法在荔枝全基因组中鉴定LcVQ基因,并对其理化性质、亚细胞定位、基因结构和保守基序等进行分析;用MEGA 6.0软件构建系统发育树,分析荔枝、拟南芥和水稻VQ蛋白的系统发育关系;用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证LcVQs对多种非生物胁迫的响应情况。【结果】荔枝中共鉴定获得可聚类为9个亚族的18个VQ基因(LcVQ1-18),依次分布在荔枝的11条染色体上,其编码蛋白的氨基酸数介于111~427之间,分子质量为12.48~45.49 kD;除LcVQ15和LcVQ17定位于细胞质之外,其余LcVQ蛋白均定位于细胞核。LcVQs启动子区域包含大量植物生长发育响应元件、激素响应元件及逆境响应元件。LcVQs的表达量在不同组织中具有明显差异,总体上分为普遍性表达和特异性表达。LcVQs可快速响应非生物胁迫,在低温、高温、干旱和盐胁迫处理3 h内分别有4,3,3,4个LcVQs明显上调表达。【结论】荔枝全基因组中有18个VQ家族成员,具有典型VQ保守结构域,能差异化响应多种非生物胁迫。 展开更多
关键词 荔枝 vq基因家族 生物信息学 非生物胁迫 表达分析
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基于VQ-MAP和SVM融合的说话人识别系统 被引量:5
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作者 展领 景新幸 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2011年第13期136-138,共3页
针对传统支持向量机(SVM)在说话人识别中运算量过大的问题,提出了VQ-MAP和SVM融合的说话人识别系统。它应用仅自适应均值向量的最大后验概率矢量量化过程(VQ-MAP),来得到自适应的说话人模型,用此模型中的参数向量作为支持向量应用于SVM... 针对传统支持向量机(SVM)在说话人识别中运算量过大的问题,提出了VQ-MAP和SVM融合的说话人识别系统。它应用仅自适应均值向量的最大后验概率矢量量化过程(VQ-MAP),来得到自适应的说话人模型,用此模型中的参数向量作为支持向量应用于SVM来进行说话人识别。用Matlab进行仿真实验,结果表明,基于VQ-MAP和SVM融合的说话人识别系统大大降低了运算量,SVM训练时间短,且具有较高的识别率。 展开更多
关键词 矢量量化(vq) 最大后验概率(MAP)自适应 支持向量机(SVM) 说话人识别
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用于实时语声识别的连续VQ聚算法 被引量:3
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作者 陈锡先 蔡长年 郭鹏 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1990年第1期1-8,共8页
本文阐述了一个用于实时语声处理的连续矢量量化聚算法(CVQC)。该算法把语声信息的时变性质用于训练和识别过程。与通常的动态时间弯曲(DTW)和矢量量化VQ方法比较,这个新算法的训练和识别速度均较快,码本较小,但仍保留两种方法的优点。... 本文阐述了一个用于实时语声处理的连续矢量量化聚算法(CVQC)。该算法把语声信息的时变性质用于训练和识别过程。与通常的动态时间弯曲(DTW)和矢量量化VQ方法比较,这个新算法的训练和识别速度均较快,码本较小,但仍保留两种方法的优点。这个新开发的算法着重于实时实现。此外,本文还介绍了一个以CVQC为基础的语声控制计算机命令输入系统。 展开更多
关键词 语声识别 连续vq聚算法 通信
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基于VQ-HMM的无教师说话人自适应方法 被引量:1
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作者 赵力 刘怡龙 +2 位作者 邹采荣 高西奇 吴镇扬 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2001年第2期23-26,共4页
提出了一种新的语音识别方法 ,该方法综合了VQ ,HMM和无教师说话人自适应算法的优点 .该方法首先在每个状态通过用矢量量化误差值取代传统HMM的输出概率值来建立VQ HMM ,同时采用无教师自适应矢量量化算法 ,来改变VQ HMM的各状态的码字 ... 提出了一种新的语音识别方法 ,该方法综合了VQ ,HMM和无教师说话人自适应算法的优点 .该方法首先在每个状态通过用矢量量化误差值取代传统HMM的输出概率值来建立VQ HMM ,同时采用无教师自适应矢量量化算法 ,来改变VQ HMM的各状态的码字 ,从而实现对未知说话人的码本适应 .本文通过非特定人汉语数码 (孤立和连续数码 )识别实验 ,把新的组合方法同基于CHMM的自适应和识别方法进行了比较 ,实验结果表明该方法鲁棒性好 ,所需计算量较少 ,自适应和识别效果远优于基于CHMM的方法 . 展开更多
关键词 语音识别 vq-HMM 无教师说话人自适应方法
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一种基于VQ的说话人确认的阈值设计方法 被引量:1
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作者 陈明义 周昆湘 余伶俐 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2007年第13期117-119,共3页
基于矢量量化的说话人确认系统的阈值的选取是影响系统性能的重要因素之一,而传统的采用固定的经验值作为阈值的方法鲁棒性差,且需要进行大量的实验。提出了用训练语音得到的码本以及平均失真作为表征说话人的模型,并基于此模型对说话... 基于矢量量化的说话人确认系统的阈值的选取是影响系统性能的重要因素之一,而传统的采用固定的经验值作为阈值的方法鲁棒性差,且需要进行大量的实验。提出了用训练语音得到的码本以及平均失真作为表征说话人的模型,并基于此模型对说话人确认系统中阈值的确定提出了一种新的解决方法,实验结果表明由该方法得出的阈值比传统的经验值具有更好的鲁棒性,系统的识别率也有了显著的改善。 展开更多
关键词 说话人确认 矢量量化(vq) 确认阈值 文本无关
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基于FVQ/HMM的无教师说话人自适应 被引量:1
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作者 赵力 邹采荣 吴镇扬 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第7期967-969,共3页
本文提出了一种新的语音识别方法 ,它综合了VQ、HMM和无教师说话人自适应算法的优点 ,在每个状态通过用矢量量化误差值取代传统HMM的输出概率值来建立FVQ/HMM ,同时采用基于模糊矢量量化的无教师自适应算法 ,来改变FVQ/HMM的各状态的码... 本文提出了一种新的语音识别方法 ,它综合了VQ、HMM和无教师说话人自适应算法的优点 ,在每个状态通过用矢量量化误差值取代传统HMM的输出概率值来建立FVQ/HMM ,同时采用基于模糊矢量量化的无教师自适应算法 ,来改变FVQ/HMM的各状态的码字 ,从而实现对未知说话人的码本适应 .本文通过非特定人汉语数码 (孤立和连续数码 )语音识别实验 ,把该新的组合方法同基于CHMM的自适应和识别方法进行了比较 ,实验结果表明该方法的自适应和识别效果优于基于CHMM的方法 . 展开更多
关键词 语音识别 模糊集 vq HMM 无教师说话人自适应 矢量量化法 隐马尔可夫模型法
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VQ话者模型中失真测度的鲁棒性研究 被引量:1
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作者 方绍武 戴蓓倩 《数据采集与处理》 CSCD 2000年第2期157-161,共5页
文中研究表明 ,反映说话人特征信息的特征参数矢量的各个分量通常具有不同的分布 ,对正确识别说话人身份的有效性是有差别的。文中将这种有效性差别作为权重矢量反映到失真测度计算公式中 ,提出了一种新的失真测度 ,即方差归一化失真测... 文中研究表明 ,反映说话人特征信息的特征参数矢量的各个分量通常具有不同的分布 ,对正确识别说话人身份的有效性是有差别的。文中将这种有效性差别作为权重矢量反映到失真测度计算公式中 ,提出了一种新的失真测度 ,即方差归一化失真测度。该失真测度可有效提高话者识别系统的识别性能。进一步的实验还表明 ,该失真测度能提高话者识别系统的时间鲁棒性。文中同时还给出了适合于话者识别的参数归正方法 :帧内幅度归正。 展开更多
关键词 失真测度 鲁棒性 vq话者模型 话者识别
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基于VQ的说话人识别算法与实验 被引量:4
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作者 江太辉 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2004年第9期77-79,共3页
介绍一种基于矢量量化(VQ)的说话人识别算法。用不同语音参数进行实验,得到令人满意的结果,说明VQ用于说话人识别是一种有效的方法。
关键词 说话人识别 矢量量化(vq) 码本搜索 MFCC参数
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静态PV-VQ约束下电网风电最大接纳容量研究 被引量:1
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作者 罗庆 晁勤 +2 位作者 罗建春 罗君 肖良剑 《电源技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期331-334,共4页
提高电网风电最大接纳容量有利于洁净能源的利用。在PSS/E软件中建立了风电场并入某区域电网的模型,采用电网电压静态稳定特性中PV-VQ曲线方法分析了两种调度运行方式下不同母线电压随有功功率和无功功率变化率特征,依据电压灵敏度d V/... 提高电网风电最大接纳容量有利于洁净能源的利用。在PSS/E软件中建立了风电场并入某区域电网的模型,采用电网电压静态稳定特性中PV-VQ曲线方法分析了两种调度运行方式下不同母线电压随有功功率和无功功率变化率特征,依据电压灵敏度d V/d P和d Q/d V临界值判据确定该区域电网并入大规模风电穿透功率极限值。通过接纳风电容量最大值下的潮流计算仿真验证了电网运行电压合格性和稳定性。 展开更多
关键词 穿透功率极限 潮流计算 PV-vq曲线 电压灵敏度
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采用遗传算法的VQ码本设计及说话人识别 被引量:2
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作者 芮贤义 俞一彪 《信号处理》 CSCD 北大核心 2005年第3期289-292,共4页
矢量量化(VQ)方法是文本无关说话人识别中广泛应用的建模方法之一。在矢量量化过程中,经典的LBG算法收敛速度快,但极易收敛于局部最优点,无法保证根据有限样本数据得到最优码本,并最终影响系统识别性能。考虑到遗传算法(GA)是一种具有... 矢量量化(VQ)方法是文本无关说话人识别中广泛应用的建模方法之一。在矢量量化过程中,经典的LBG算法收敛速度快,但极易收敛于局部最优点,无法保证根据有限样本数据得到最优码本,并最终影响系统识别性能。考虑到遗传算法(GA)是一种具有全局化寻优搜索能力的算法,本文提出了遗传算法和K均值算法相结合的综合分析方法GA-K进行码本设计,改善了码本的质量。讨论了具体的算法实现,分析了在不同的特征参数LPCC及MFCC、不同测试语音长度下的说话人识别性能。实验结果显示,GA-K方法优于传统的LBG算法,可以很好地协调收敛性和识别率之间的关系。 展开更多
关键词 说话人识别 码本设计 矢量量化(vq) 遗传算法(GA) LBG算法 综合分析方法 识别性能 建模方法 文本无关 收敛速度 样本数据 影响系统 搜索能力 均值算法 算法实现 MFCC LPCC 特征参数 最优点 识别率 收敛性
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BCK代数的区间值(∈,∈vq)-模糊子代数 被引量:1
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作者 刘春辉 《计算机工程与应用》 CSCD 2012年第4期33-36,共4页
将Zadeh提出的区间值模糊集的概念应用于BCK代数,提出BCK代数的区间值(∈,∈vq)模糊子代数的概念并研究其性质。给出了区间值模糊集成为区间值(∈,∈vq)模糊子代数的充要条件;讨论了区间值(∈,∈vq)模糊子代数与子代数以及(∈,∈vq)模... 将Zadeh提出的区间值模糊集的概念应用于BCK代数,提出BCK代数的区间值(∈,∈vq)模糊子代数的概念并研究其性质。给出了区间值模糊集成为区间值(∈,∈vq)模糊子代数的充要条件;讨论了区间值(∈,∈vq)模糊子代数与子代数以及(∈,∈vq)模糊子代数间的关系;定义了区间值模糊集的象与原象,获得了区间值(∈,∈vq)模糊子代数的象与原象成为区间值(∈,∈vq)模糊子代数的条件。 展开更多
关键词 BCK代数 子代数 区间值模糊集 区间值(∈ vq)-模糊子代数
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一种基于VQ的有限非特定人汉语短语识别方法
15
作者 王让定 杜呈透 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第17期146-148,共3页
研究了基于VQ的有限非特定人汉语语音命令的识别方法,识别对象是有限的特定人群(如5到6人)、有限汉语短语。该文采 用MFCC作为识别特征,利用改进的LBG算法训练VQ码本,为了提高识别率和拒识率,提出了采用倒谱距离法的有效语音端点检测方... 研究了基于VQ的有限非特定人汉语语音命令的识别方法,识别对象是有限的特定人群(如5到6人)、有限汉语短语。该文采 用MFCC作为识别特征,利用改进的LBG算法训练VQ码本,为了提高识别率和拒识率,提出了采用倒谱距离法的有效语音端点检测方法以及实用的拒识方法。实验结果证明,系统在具有背景噪声的一般办公环境下由有限人训练后,当训练的说话人与识别系统的距离在0 .5m的范围内时,测试识别率达到99%以上,未训练说话人的拒识率达82%。 展开更多
关键词 语音识别 有限非特定人 vq 识别策略
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一种基于并行结构的快速VQ编码算法
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作者 张如亮 王冬芳 +1 位作者 余宁梅 高勇 《现代电子技术》 2003年第17期46-49,共4页
为提高编码速度 ,本文提出了一种新的快速矢量量化编码搜索算法。文中首先讨论了码书矢量平均值与失真测度之间的变化关系 ,并根据其结果提出基本的四分法均值排序搜索算法 ;然后结合并行硬件的优点 ,提出一种基于并行结构的四分法均值... 为提高编码速度 ,本文提出了一种新的快速矢量量化编码搜索算法。文中首先讨论了码书矢量平均值与失真测度之间的变化关系 ,并根据其结果提出基本的四分法均值排序搜索算法 ;然后结合并行硬件的优点 ,提出一种基于并行结构的四分法均值排序搜索 VQ编码算法。测试结果表明 ,与传统的完全搜索算法及部分快速搜索算法相比 ,本文算法大大减少了编码时间。 展开更多
关键词 并行结构 矢量量化编码 vq编码算法 四分法 均值排序搜索 图像压缩
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籼稻VQ6基因的克隆与植物表达载体构建 被引量:1
17
作者 唐蛟 刘清 +2 位作者 曾娟 黄明亮 黄志刚 《江西农业学报》 CAS 2015年第10期50-53,共4页
采用CTAB法提取籼稻的基因组DNA;根据TIGR数据库中Os VQ6基因序列设计合成特异性引物,通过PCR扩增成功地获得了籼稻Os VQ6基因。该基因具有VQ结构域,其编码区全长为351 bp,编码116个氨基酸残基。经T载体连接转化后测序,进一步构建了Ca M... 采用CTAB法提取籼稻的基因组DNA;根据TIGR数据库中Os VQ6基因序列设计合成特异性引物,通过PCR扩增成功地获得了籼稻Os VQ6基因。该基因具有VQ结构域,其编码区全长为351 bp,编码116个氨基酸残基。经T载体连接转化后测序,进一步构建了Ca MV 35S启动子驱动Os VQ6基因的植物表达载体p SN1301-Os VQ6。 展开更多
关键词 籼稻 vq6基因 克隆 植物表达载体 构建
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基于改进MFCC和VQ的变压器声纹识别模型 被引量:93
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作者 王丰华 王邵菁 +2 位作者 陈颂 袁国刚 张君 《中国电机工程学报》 EI CSCD 北大核心 2017年第5期1535-1542,共8页
为准确地获取变压器的噪声特性,该文提出了一种基于改进梅尔频率倒谱系数和矢量量化算法的变压器声纹识别模型。首先对变压器噪声信号进行分帧和加窗处理,然后综合运用加权处理法和主成分分析法对现有的MFCC特征向量提取算法进行改进,... 为准确地获取变压器的噪声特性,该文提出了一种基于改进梅尔频率倒谱系数和矢量量化算法的变压器声纹识别模型。首先对变压器噪声信号进行分帧和加窗处理,然后综合运用加权处理法和主成分分析法对现有的MFCC特征向量提取算法进行改进,进而基于VQ算法对变压器噪声信号进行识别。以某10k V变压器为对象进行空载试验,对不同铁芯松动下的噪声信号进行测试。计算结果表明,改进后的MFCC特征向量提取算法具有识别效率高和计算速度快的特点,所得到的MFCC特征向量能准确反映不同铁芯压紧程度下的变压器噪声特征,且基于VQ算法的识别结果与预设铁芯工况吻合良好。研究结果可为变压器结构优化设计及噪声治理提供依据。 展开更多
关键词 变压器 梅尔频谱倒谱系数 声纹识别 矢量量化 主成分分析 噪声
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大麦VQ基因家族鉴定及表达分析 被引量:1
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作者 倪守飞 母景娇 +7 位作者 耿梓瀚 王孜逸 丛钰莹 王月雪 刘梦迪 蔡倩 赵彦宏 王艳芳 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1374-1386,共13页
【目的】鉴定大麦VQ基因家族成员并进行表达分析,为大麦VQ基因的功能挖掘提供理论依据。【方法】从大麦基因组中鉴定VQ基因家族成员,利用生物信息学方法对其结构特征及编码蛋白序列进行分析,基于转录组测序数据及实时荧光定量PCR方法进... 【目的】鉴定大麦VQ基因家族成员并进行表达分析,为大麦VQ基因的功能挖掘提供理论依据。【方法】从大麦基因组中鉴定VQ基因家族成员,利用生物信息学方法对其结构特征及编码蛋白序列进行分析,基于转录组测序数据及实时荧光定量PCR方法进行大麦组织表达模式、盐胁迫和生物胁迫分析。【结果】在大麦基因组中鉴定出29个HvVQ基因(HvVQ1~HvVQ29),HvVQ蛋白序列平均长度较短(214 aa),多数HvVQ蛋白为碱性或偏中性蛋白,HvVQ基因不均地分布在大麦染色体上,定位于细胞核中。29个HvVQ蛋白均含有保守基序FxxxVQxhTG,近90%的HvVQ基因不含内含子。进化分析将大麦、拟南芥与水稻的VQ基因家族成员分为7个亚族(Ⅰ~Ⅶ),HvVQs基因不均地分布在Ⅱ~Ⅶ亚族中。大麦与水稻的共线性基因对数(17对)远多于与拟南芥的共线性基因对数(1对),种内共线性分析发现1对共线性基因对,非同义替换率/同义替换率(Ka/Ks)计算发现HvVQ蛋白主要处于纯化选择状态。HvVQ基因启动区富含生长发育作用元件、非生物胁迫反应元件和激素反应元件,种类及分布均呈多样性。对蛋白网络预测分析推断其与HvWRKY的2类亚族(Ⅱ-c和Ⅲ)存在互作关系。大多数HvVQ基因在组织中表达,HvVQ19在受到盐胁迫时表达量明显上调,在根尖和根伸长区表达量分别上调1.40和1.10倍;对其中10个HvVQ基因进行实时荧光定量PCR检测,HvVQ2基因在蚜虫和黄矮病毒胁迫下表达量均显著下调(倍数变化<0.5为显著抑制,>2.0为显著诱导),HvVQ7和HvVQ15基因在蚜虫和黄矮病毒胁迫下表达量上调最显著,其他7个HvVQ基因也均表现出差异表达。【结论】HvVQ基因家族成员存在序列保守性和进化性,其表达具有组织特异性,大多数成员表达水平受盐胁迫调控,有大量的激素响应元件,推测在生物和非生物胁应答中发挥重要调控作用。 展开更多
关键词 大麦 vq基因家族 鉴定 生物信息学 表达分析
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模糊聚类与LBG级联的VQ算法 被引量:4
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作者 姜占才 孙燕 姚刚 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2011年第5期155-159,共5页
针对LBG算法初始码本随机选取后易出现空胞腔、易陷入局部极小、迭代次数大等缺陷,本文依据模糊聚类理论引入了矢量量化码本设计训练的模糊聚类与LBG级联算法:先用模糊聚类算法训练码本,将训练得到的码本作为传统LBG算法的初始码本,再... 针对LBG算法初始码本随机选取后易出现空胞腔、易陷入局部极小、迭代次数大等缺陷,本文依据模糊聚类理论引入了矢量量化码本设计训练的模糊聚类与LBG级联算法:先用模糊聚类算法训练码本,将训练得到的码本作为传统LBG算法的初始码本,再用传统LBG算法训练。论述了模糊聚类和LBG联合算法的原理与方法;用该算法分别训练了语音线性预测系数的对数面积比(LAR)码本和语音子带浊音度码本;训练过程显示,模糊聚类训练阶段能训练到码本设计目标或接近目标,再经LBG训练阶段,都能达到设计的最佳目标。将训练得到的码本用于多种声码器中进行仿真实验,得到了可懂度高且较自然、清晰的解码语音。 展开更多
关键词 矢量量化 模糊聚类 LBG 码本 训练样本集
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