2010-2012年福建省H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析 被引量：8

1

作者 谢剑锋 沈晓娜 +7 位作者 王美爱 杨式芹 修文琼 黄萌 张炎华 翁育伟 严延生 郑奎城 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1157-1161,共5页

目的通过对2010—2012年福建省分离的H3N2亚型流感毒株血凝素HA1基因进行分析，了解2010-2012年福建省H3N2亚型流感病毒的基因特征和变异规律。方法随机选择28株毒株，提取病毒RNA，采用RT-PCR扩增目的片段，纯化PCR产物后进行测序；利... 目的通过对2010—2012年福建省分离的H3N2亚型流感毒株血凝素HA1基因进行分析，了解2010-2012年福建省H3N2亚型流感病毒的基因特征和变异规律。方法随机选择28株毒株，提取病毒RNA，采用RT-PCR扩增目的片段，纯化PCR产物后进行测序；利用DNAstar和Mega4．0等生物信患学软件进行核苷酸整理、拼接、校对、差异性比较以及基因进化树构建等分析研究。结果28株H3N2亚型流感病毒HAl区核苷酸同源性在96．4％～100％之间。基因系统进化分析显示，其进化规律都是沿着树枝主干随着时闻推移向，上延伸，序列的差异和年代成正比。2010—2012年间HAl区共出现43个氨基酸位点的变化，其中有10个氨基酸位点变异累计涉及4个抗原决定簇，2个变异位点发生在受体结合位点（RBS）及其附近，应予高度重视。结论相对于A／Perth／16／2009疫苗代表株，2012年的部分H3N2亚型流感出现了抗原漂移；部分毒株已出现氨基酸位点的改变，并涉及抗原决定簇及受体结合位点，提示2010—2012年福建省人群中流行的H3N2亚型流感正逐渐发生变异，应加强流感病原学监测，以及时发现新的流感变异株，为福建省流感防控提供科学依据。 展开更多

关键词 甲型流感 H3N2亚型 HA1基因 特征 变异

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蛋白激酶Cξ亚型基因及UrotensinⅡ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关 被引量：18

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作者 孙红霞 杜玮南 +10 位作者 左瑾 吴国栋 史贵彬 沈岩 强伯勤 姚志建 杭建梅 王姮 黄薇 陈竺 方福德 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期223-227,共5页

目的采用单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中... 目的采用单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应(singlebaseextension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者(192例)及对照组(172例)进行分型及病例-对照关联分析。结果23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因中的一个位点(rs436045)及urotensinⅡ(UTS2)基因中的一个位点(rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义(P<0.05)。结论上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。 展开更多

关键词 慢白激酶Cζ亚型基因 UROTENSIN Ⅱ基因 中国 北方汉族人群 单核苷酸多态性标记 2型糖尿病 病例-对照关联分析

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H3N2亚型流感病毒分离株全基因组序列特征分析及其临床意义 被引量：2

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作者 韦栋 张博 +5 位作者 张东华 王铭杰 于德敏 周敏 时国朝 张欣欣 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1593-1601,共9页

目的分析H3N2亚型流感病毒流行株的全基因组序列及其与临床特征的相关性。方法检测2014年12月—2015年3月收集的呼吸道感染患者鼻拭子样本,对其中H3N2亚型流感病毒株PCR扩增后直接进行全基因组测序,分析其核酸序列特征及氨基酸变异情况... 目的分析H3N2亚型流感病毒流行株的全基因组序列及其与临床特征的相关性。方法检测2014年12月—2015年3月收集的呼吸道感染患者鼻拭子样本,对其中H3N2亚型流感病毒株PCR扩增后直接进行全基因组测序,分析其核酸序列特征及氨基酸变异情况。结果与WHO推荐2014—2015流感疫苗株参考病毒株相比,来自不同患者的14个病毒株HA1蛋白抗原决定簇均发生不同程度突变,抗原决定簇结构改变较明显的病毒株其宿主具有更高的体温和更严重的临床表现。全部14个病毒株发生HA1蛋白E190D氨基酸突变。6个病毒株NA蛋白出现1个新增糖基化位点。1个病毒株存在导致金刚烷胺耐药的M2蛋白V27A突变。全部14个病毒株PB1-F2蛋白发生I18T突变。结论 M2蛋白耐药突变的出现和PB1-F2蛋白氨基酸突变提示分离获得的H3N2流感病毒株在进化过程中曾经结合H1N1亚型流感病毒基因片段。HA1蛋白抗原决定簇突变的增加可能引发患者更强的免疫反应。 展开更多

关键词 甲型流感病毒 H3N2亚型 氨基酸突变 基因组

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云南野鸟源H9N2亚型AIV的遗传进化分析 被引量：1

4

作者 杨佳 杨钦鸿 +4 位作者 王位 张永仙 代红炀 尹红斌 李素华 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期4899-4910,共12页

【目的】分析云南纳帕海国际重要湿地H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征,掌握H9N2亚型AIV在野禽中的流行特点,为禽流感疫情防控提供数据支持。【方法】采集2022―2023年云南省香格里拉纳帕海国际重要... 【目的】分析云南纳帕海国际重要湿地H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征,掌握H9N2亚型AIV在野禽中的流行特点,为禽流感疫情防控提供数据支持。【方法】采集2022―2023年云南省香格里拉纳帕海国际重要湿地野禽粪样及其周边家禽喉头、泄殖腔和环境水样,经尿囊腔接种10日龄SPF鸡胚分离病毒,结合HA试验和RT-PCR扩增鉴定AIV亚型。利用MBTuni-12/13引物同时扩增H9N2亚型AIV毒株的8个基因(HA、NA、M、PB2、NS、NP、PA及PB1)节段,利用二代测序获取全基因组序列,并分析遗传进化关系及关键氨基酸突变位点。【结果】分离到的4株野鸟源H9N2亚型AIV的HA、NA基因源自Y280-like亚系,M、PB 2基因为G1-like亚系,NS、NP、PA、PB 1基因为F/98-like亚系,表明4株分离株为多种亚型的重组毒株,重组模式与2013年以后在中国流行的G57基因型一致。序列相似性分析结果显示,4株H9N2亚型AIV分离株内部基因与H7N9、H5N6、H5N2等亚型AIV相似性较高,遗传多样性特征突出。HA蛋白裂解位点均符合低致病性禽流感特征,获得了多个可增加跨种感染风险及与哺乳动物致病力增强相关的氨基酸突变位点,包括A198T、Q234L、N166D(HA),I292V、A558V(PB2),I368V、L13P(PB1),N30D、T215A(M1),以及P42S(NS1)等。4株野鸟源H9N2亚型AIV毒株具有家禽源同亚型毒株特征,野禽源AIV可能源于家禽。【结论】从云南纳帕海国际重要湿地分离到的4株野鸟源H9N2亚型AIV可能是由家禽传播的多源重配病毒,属于G57基因型,且具有多个适应哺乳动物宿主相关的氨基酸突变位点。 展开更多

关键词 野鸟 H9N2亚型禽流感病毒 G57基因型

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三株H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析 被引量：3

5

作者 葛兆宏 《中国家禽》 北大核心 2010年第3期63-65,共3页

禽流感（Avian influenza，AI）是由A型流感病毒引起的一种严重危害禽类健康的传染性疾病。低致病性的H9N2亚型禽流感病毒（AIV）近几年来在国内一些地区发生，不仅造成蛋鸡产蛋下降，也可能诱发青年鸡发生呼吸道感染，从而造成很高的... 禽流感（Avian influenza，AI）是由A型流感病毒引起的一种严重危害禽类健康的传染性疾病。低致病性的H9N2亚型禽流感病毒（AIV）近几年来在国内一些地区发生，不仅造成蛋鸡产蛋下降，也可能诱发青年鸡发生呼吸道感染，从而造成很高的死亡率.AIV存在着广泛的抗原漂移和抗原转变现象，其抗原变异频率很高。本研究采用RT—PCR方法测定了江苏地区某养鸡场2006-2008年分离的3株H9N2亚型AIV血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因，对其变异情况进行了探讨。 展开更多

关键词 H9N2亚型禽流感病毒 基因序列分析 鸡产蛋下降 NA HA A型流感病毒 抗原漂移 变异频率

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TIMP-2基因转染在裸鼠胃癌中Ⅳ型胶原酶及Ⅳ型胶原改变的研究

6

作者 李楠 徐采朴 +1 位作者 刘为纹 宋波 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期289-291,共3页

目的：探讨组织金属蛋白酶抑制剂（TIMP－2）基因体外转染胃癌SGC－7901细胞系后建立的裸鼠侵袭模型中的Ⅳ型胶原和Ⅳ型胶原酶改变的情况。方法：用TIMP－2基因体外转染的胃癌SGC－7901细胞系建立裸鼠肿瘤侵袭模型，并应用免疫组化对侵... 目的：探讨组织金属蛋白酶抑制剂（TIMP－2）基因体外转染胃癌SGC－7901细胞系后建立的裸鼠侵袭模型中的Ⅳ型胶原和Ⅳ型胶原酶改变的情况。方法：用TIMP－2基因体外转染的胃癌SGC－7901细胞系建立裸鼠肿瘤侵袭模型，并应用免疫组化对侵袭部位的组织Ⅳ型胶原和Ⅳ型胶原酶前体（MT－MMP）的改变作了研究。结果：正常肾脏组织Ⅳ型胶原酶反应阳性率与在种植肿瘤中阳性率两者差异显著（P＜0．01）。Ⅳ型胶原染色显示，肾小管及肾小球基底膜完整呈连续性线状分布，肿瘤部位的Ⅳ型胶原在基底膜处出现断裂和缺失，而肿瘤浸润部见Ⅳ型胶原酶表达异常丰富。结论：组织金属蛋白酶抑制剂TIMP－2基因转染参与肿瘤细胞分泌胶原酶的调控过程，抑制了Ⅳ型胶原的降解，是肿瘤侵袭、转移的重要负作用因子。 展开更多

关键词 胃肿瘤 Ⅳ型胶原酶 Ⅳ型胶原 TIMP-2 基因转染

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EZH2与乳腺癌分子亚型的关系及对临床病理的意义 被引量：2

7

作者 刘佳 王鸿雁 +2 位作者 邓元 曹培龙 李晓锋 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期443-449,477,共8页

目的:研究EZH2与乳腺癌分子亚型和临床病理参数的关系,探讨EZH2对评价乳腺癌分子亚型预后的价值。方法:回顾分析80例临床病理资料及术后随访资料均完整的乳腺癌患者,通过免疫组织化学Max Vision快捷法,检测ER、PR、HER-2、CK5/6、CK14、... 目的:研究EZH2与乳腺癌分子亚型和临床病理参数的关系,探讨EZH2对评价乳腺癌分子亚型预后的价值。方法:回顾分析80例临床病理资料及术后随访资料均完整的乳腺癌患者,通过免疫组织化学Max Vision快捷法,检测ER、PR、HER-2、CK5/6、CK14、EGFR、EZH2蛋白的表达,分析EZH2阳性表达与乳腺癌分子亚型及临床病理参数的关系,观察EZH2对患者预后的影响。结果:80例乳腺癌病例中,Luminal型49例,HER-2(+)型8例,Basal-like型20例,Normal breast-like型3例;各分子亚型只与患者绝经与否具有相关性;Luminal型乳腺癌总生存率最高,Basal-like型最低(P<0.05)。EZH2阳性表达率45.00%,其阳性表达与患者同侧腋窝淋巴结转移与否和肿瘤组织学分级及术后临床分期相关(P<0.05);EZH2在Luminal型、HER-2(+)型、Basal-like型乳腺癌阳性表达率分别为34.60%、50.00%和70.00%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:EZH2阳性表达提示患者预后不良;EZH2有望成为Basal-like型乳腺癌的特异性标记物之一。 展开更多

关键词 乳腺肿瘤 病理学 乳腺肿瘤 病因学 基因 肿瘤 基因表达 免疫组织化学 乳腺癌 分子亚型 基底细胞样型 EZH2

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4株猪圆环病毒2型凉山州分离株全基因组进化分析

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作者 郝桂英 韩松伟 +7 位作者 郑晶 何金川 王辉 蒲响林 郭嘉玲 张涛 周国燕 黄剑锋 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第1期42-50,共9页

为了解猪圆环病毒2型(PCV2)凉山州分离株的基因型,本研究采用PCR方法对采自凉山州3个发病猪场的4个PCV2阳性样品进行全基因组序列的扩增、克隆、测序分析,并绘制遗传进化树。结果显示:4个PCV2凉山州分离株全基因组序列长度均为1767 bp,... 为了解猪圆环病毒2型(PCV2)凉山州分离株的基因型,本研究采用PCR方法对采自凉山州3个发病猪场的4个PCV2阳性样品进行全基因组序列的扩增、克隆、测序分析,并绘制遗传进化树。结果显示:4个PCV2凉山州分离株全基因组序列长度均为1767 bp,核苷酸同源性为99.4%~99.8%,与国内外101株PCV2参考毒株核苷酸同源性为93.8%~99.9%,与4个PCV2国产疫苗株核苷酸同源性为95.1%~96.0%;4个分离株ORF1和ORF2基因核苷酸同源性分别为99.3%~99.8%和99.6%~100%;构建的系统进化树显示,4个分离株均为PCV2d亚型,与YA1株(四川雅安,MH094769)的亲缘关系最近。本研究为凉山州PCV2疫苗毒株的选择提供了科学依据。 展开更多

关键词 猪圆环病毒2型 全基因组 PCV2d亚型 凉山州

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双表达H9N2禽流感病毒HA基因的假型重组杆状病毒系统的构建

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作者 林文耀 樊惠英 +3 位作者 程晓亮 陈筱薇 叶煜 廖明 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期80-84,92,共6页

以含有H9N2禽流感病毒HA基因的重组质粒pMD18-H9HA为模板,扩增HA基因,将其亚克隆入杆状病毒表面展示质粒pBACsurf-1中,再次将含有H9HA及gp64的基因片段克隆到质粒pcDNA3.1(+),获得重组质粒pcDNA-H9-HA.然后将含有CMV启动子、H9HA及gp64... 以含有H9N2禽流感病毒HA基因的重组质粒pMD18-H9HA为模板,扩增HA基因,将其亚克隆入杆状病毒表面展示质粒pBACsurf-1中,再次将含有H9HA及gp64的基因片段克隆到质粒pcDNA3.1(+),获得重组质粒pcDNA-H9-HA.然后将含有CMV启动子、H9HA及gp64的基因片段克隆到杆状病毒转移质粒pFastBac-G,得到重组质粒pFastBac-G-H9-HA.将该重组质粒转化到DH10Bac感受态细胞中,得到重组穿梭载体Bacm id-G-H9-HA.利用脂质体转染Sf9昆虫细胞,获得重组杆状病毒BV-Dual-H9-HA.间接免疫荧光实验表明,该重组杆状病毒可以转导哺乳动物细胞并表达HA蛋白.免疫电镜观察结果表明,HA蛋白可以在该重组杆状病毒表面展示. 展开更多

关键词 禽流感病毒 H9N2亚型 双表达 HA基因 重组假型杆状病毒

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COL6A2基因3′-UTR区域功能单核苷酸多态性位点rs1044598参与miR-4252调节中国汉族人群先天性房间隔缺损

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作者 杨骏艺 许晶 +3 位作者 徐骁晗 王屹丰 林苑 王晓伟 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1057-1062,共6页

目的 :探讨COL6A2基因3′非翻译区(3′-UTR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对先天性房间隔缺损(congenital atrial septal defect,ASD)发病风险的影响及其可能的作用机制。方法:搜索Pub Med及Hapmap数据库获得... 目的 :探讨COL6A2基因3′非翻译区(3′-UTR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对先天性房间隔缺损(congenital atrial septal defect,ASD)发病风险的影响及其可能的作用机制。方法:搜索Pub Med及Hapmap数据库获得COL6A2基因3′-UTR区域中国汉族人群最小等位基因频率>0.05的SNP位点,随后通过mi RNA-SNP功能网站预测SNP位点的功能情况并与本课题组前期ASD全基因组关联研究数据库比对,研究SNP位点与ASD的发病关联,最后对可能的功能位点进行功能学研究。结果:rs1044598位点AA基因型较野生TT基因型显著减少了36%的患病风险。HEK293T细胞、H9C2细胞以及SD乳鼠原代心肌细胞荧光素酶报告基因转染实验证实,mi R-4252与COL6A2基因rs1044598不同基因型表达质粒共转染后,荧光强度在3个细胞系中均有显著差异(P<0.05)。结论:COL6A2基因rs1044598位点的变异可能与ASD的发病风险相关。mi R-4252可通过与COL6A2的3′-UTR区域发生有效结合而下调基因的表达,而rs1044598位点的变异参与这一机制并减少ASD的发生。 展开更多

关键词 先天性房间隔缺损 vi型胶原酶基因α2亚型 单核苷酸多态性 非编码单链RNA 全基因组关联研究

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猪圆环病毒2型灭活疫苗及其亚单位疫苗对PCV2d流行毒株攻毒保护试验 被引量：1

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作者 夏伟 王石 +5 位作者 宋松林 廉维 边少国 王富猛 张建磊 何玉友 《畜牧兽医科技信息》 2023年第10期40-43,共4页

为了评价商品化猪圆环病毒2型(PCV2)全病毒灭活疫苗与PCV2-Cap亚单位疫苗对PCV2d亚型流行毒株的保护情况。选用5周龄PCV2抗原和抗体均为阴性仔猪15头,随机分成3组,每组5头,其中两组分别进行PCV2全病毒灭活疫苗和PCV2-Cap亚单位疫苗免疫... 为了评价商品化猪圆环病毒2型(PCV2)全病毒灭活疫苗与PCV2-Cap亚单位疫苗对PCV2d亚型流行毒株的保护情况。选用5周龄PCV2抗原和抗体均为阴性仔猪15头,随机分成3组,每组5头,其中两组分别进行PCV2全病毒灭活疫苗和PCV2-Cap亚单位疫苗免疫,首次免疫1mL,间隔21d以相同剂量和途径重复免疫1mL。二次免疫14d采血分离血清,采用IPMA法检测抗体,PCV2全病毒灭活疫苗于免疫第2周抗体转阳,第5周抗体效价达到均不低于800倍,其中PCV2-Cap重组亚单位病毒样颗粒疫苗免疫组试验猪抗体效价为最高,可达到1:3200。以PCV2d流行毒株进行攻毒,免疫组试验猪的相对增重率显著高于对照组,病理组织学观察显示,免疫组试验猪均未见明显的病理变化,攻毒对照试验猪腹股沟淋巴结出现一定程度的病理损伤。PCV2全病毒灭活疫苗与PCV2-Cap亚单位疫苗均可获得完全保护。 展开更多

关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) PCV2d基因亚型毒株 免疫保护

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猪圆环病毒2型主要蛋白编码序列的密码子偏性分析 被引量：1

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作者 冯华 刘运超 +2 位作者 李青梅 金前跃 张改平 《动物医学进展》 北大核心 2022年第5期36-41,共6页

为进一步了解猪圆环病毒2型(PCV2)分子进化特点,以PCV2主要蛋白编码序列ORF1和ORF2为研究对象,对74株不同亚型(2a-2e)PCV2进行核酸组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)、中性绘图和密码自适应指数等生物信息学分析... 为进一步了解猪圆环病毒2型(PCV2)分子进化特点,以PCV2主要蛋白编码序列ORF1和ORF2为研究对象,对74株不同亚型(2a-2e)PCV2进行核酸组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)、中性绘图和密码自适应指数等生物信息学分析,以了解PCV2密码子使用模式及其影响因素。结果显示,相比AU含量,PCV2 GC含量较低(低于50%),但更倾向于使用以C和U结尾的密码子;RSCU值和对应分析显示在密码子使用上,各亚型PCV2间差异较小,但PCV2各亚型与寄主Sus.s间则存在较大的差异;ENC分析和中性分析显示,相比突变压力,各亚型PCV2密码子使用模式受到较大程度的自然选择的影响;CAI值分析结果进一步确定,相比PCV2c和PCV2e,PCV2a、2b和2d在密码子使用上更适应其寄主。论文揭示了自然选择是影响PCV2密码子使用模式的重要因素,并分析了影响各PCV2亚型流行的因素,该结果有助于PCV2分子进化的研究和理解该病毒在其寄主内翻译的机制。 展开更多

关键词 猪圆环病毒2型 亚型 基因 密码子 密码子偏性

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江苏省首例人感染H9N2禽流感病毒分子溯源研究 被引量：7

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作者 邓斐 祁贤 +4 位作者 余慧燕 王慎骄 许可 黄昊頔 鲍倡俊 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2021年第10期1057-1061,共5页

目的近年来,H9N2亚型禽流感对人类健康的危害越来越受到关注。文中旨在对1例人感染H9N2禽流感病毒进行分子溯源研究。方法选取2019年3月18日江苏省疾病预防控制中心1份禽流感病毒感染患者的咽拭子标本及从患者住处附近的农贸市场采集禽... 目的近年来,H9N2亚型禽流感对人类健康的危害越来越受到关注。文中旨在对1例人感染H9N2禽流感病毒进行分子溯源研究。方法选取2019年3月18日江苏省疾病预防控制中心1份禽流感病毒感染患者的咽拭子标本及从患者住处附近的农贸市场采集禽类和外环境样本共40份。标本的流感病毒分型检测采用荧光定量PCR法,病毒分离采用SPF鸡胚,用特异性引物对病毒分离物进行全基因组测序,利用Blasts、ClustalX和Mega 6.1等软件进行序列比对和系统进化分析。结果标本中的病毒为A型H9N2亚型流感病毒。分子进化分析表明,4株病毒的HA和NA都属于H9N2禽流感Y280-like基因型。HA和NA进化树显示,人分离株和3株农贸市场分离病毒同处于一个进化分支上,遗传关系较近。HA蛋白的受体结合位点有4个氨基酸位点(包括I155T、H183N、A190T/V和Q226L)发生突变,增强了病毒对人类SAα2-6Gal受体的结合力。NA蛋白274(H→Y)位点没有发生突变。结论江苏省首例人感染H9N2禽流感病毒属于Y280-like基因型,对人类SAα2-6Gal受体的亲和力增加,跨种传播感染人的能力增强,病毒的进化值得关注。 展开更多

关键词 禽流感病毒 H9N2亚型 Y280-like基因型 跨种传播

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