梨Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 被引量：3

1

作者 张靖国 胡红菊 +2 位作者 田瑞 陈启亮 杨晓平 《湖北农业科学》 北大核心 2012年第19期4388-4390,共3页

根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,从10份梨属(Pyrus)材料中扩增该逆转座子片段。扩增产物经纯化后克隆于pMD18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得了14条梨Ty1-copia类逆转座子逆转录... 根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,从10份梨属(Pyrus)材料中扩增该逆转座子片段。扩增产物经纯化后克隆于pMD18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得了14条梨Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列。这些核苷酸序列长度为250～267 bp,具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,通过核苷酸聚类可将14条序列分为4个家族。对这些片段的氨基酸序列进行分析,结果显示有2个序列发生了终止密码子突变。该研究获得的梨属植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列与已报道的其他生物的相应序列有较高的一致性。 展开更多

关键词 ty1-copia类逆转座子逆转录酶 梨(Pyrus) 克隆 序列分析

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节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及比对 被引量：1

2

作者 赵芹 谢大森 +3 位作者 江彪 罗少波 彭庆务 李明珠 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期17-26,共10页

对8个节瓜（Benincasa hispida var.chieh-qua How）品系基因组DNA中的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列进行扩增,并对品系A39FA的29个克隆产物的核苷酸序列及翻译的氨基酸序列的系统进化和同源性进行了分析,还对29条氨基酸序列... 对8个节瓜（Benincasa hispida var.chieh-qua How）品系基因组DNA中的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列进行扩增,并对品系A39FA的29个克隆产物的核苷酸序列及翻译的氨基酸序列的系统进化和同源性进行了分析,还对29条氨基酸序列进行了比对。扩增结果表明：8个节瓜品系的基因组DNA中均包含长度约260 bp的逆转录酶核苷酸片段;从品系A39FA中获得的29条Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列（CqRt1至CqRt29）的长度为247~267 bp,同源率为46.2%~98.1%,而它们的氨基酸序列同源率为26.7%~98.8%。序列分析结果表明：节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列中碱基A、T、G和C的数量分别为65~96、47~92、45~74和32~49,所有序列均富含碱基A和T,AT/GC比为1.35~2.33;缺失突变是造成节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列长度差异的主要因素,在序列长度和碱基组成方面的明显差异表明节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列具有高度异质性。翻译后的氨基酸序列中有21条序列存在终止密码子突变、12条序列存在移框突变,表明Ty1-copia类逆转座子是节瓜基因组内序列重组的热点。通过聚类分析可将29个逆转录酶核苷酸序列分为5个家族（Family）,分别包括16、4、4、4和1条序列,其中Family 1可能是具有转座活性的逆转座子家族,但存在转录活性的逆转录酶序列仅占全部序列数量的20.69%。将每一家族中的1~2条序列与其他15种植物的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的氨基酸序列进行比对,显示出较高的同源性。研究结果表明：节瓜与其他植物的Ty1-copia类逆转座子可能有相同起源,而且Ty1-copia类逆转座子可在不同类群间横向传递。 展开更多

关键词 节瓜 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 序列分析 同源性 系统发育

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四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析 被引量：8

3

作者 阳太亿 刘俊仙 +9 位作者 刘菁 蒋菁 韩柱强 贺梁琼 唐秀梅 钟瑞春 黄志鹏 吴海宁 唐荣华 熊发前 《山东农业科学》 2019年第9期9-20,共12页

克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、... 克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析。结果显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257~269 bp,A+T所占比例范围为54.47%~68.77%,A+T与G+C比例为1.20~2.20。核苷酸序列间相似性范围为46.4%~98.9%,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3%~100%,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性。绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性。32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25%和37.50%。对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递。本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础。 展开更多

关键词 花生 四倍体野生种 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性

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石刁柏Ty1-copia反转座子逆转录酶序列克隆及异质性分析

4

作者 石晓卫 李书粉 +2 位作者 邓传良 卢龙斗 高武军 《湖北农业科学》 2016年第18期4819-4823,共5页

对石刁柏(Asparagus officinalis)品种UC309及TD818的两个反转座子逆转录酶序列进行了PCR扩增并对其在基因组中的异质性进行了分析。结果表明,s101366和s107518两个转座子序列均属于Ty1-copia反转座子,是Ty1-copia反转座酶的部分保守区... 对石刁柏(Asparagus officinalis)品种UC309及TD818的两个反转座子逆转录酶序列进行了PCR扩增并对其在基因组中的异质性进行了分析。结果表明,s101366和s107518两个转座子序列均属于Ty1-copia反转座子,是Ty1-copia反转座酶的部分保守区序列,其长度分别为636和653 bp。对随机获得的两个反转座子测序表明两个反转座子存在一定的异质性,其突变主要是由于发生了碱基置换,其中碱基转换分别占到80.4%和80.0%,T圮C和G圮A转换的比例差异不显著。通过对两个石刁柏品种(TD818和UC309)中获得的序列聚类分析发现,s101366和s107518均未表现出性别间、品种间及近缘种间的保守性,甚至表现出了种内异质性大于种间的异质性特征。这说明了两个反转座子处于高度变异的状态,是产生染色体不稳定的重要因素之一。 展开更多

关键词 石刁柏(Asparagus officinalis) ty1-copia反转座子 逆转录酶 序列分析 异质性

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AA染色体组野生种花生Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列的多样性 被引量：1

5

作者 刘俊仙 刘菁 +10 位作者 唐荣华 阳太亿 韩柱强 唐秀梅 贺梁琼 钟瑞春 蒋菁 黄志鹏 吴海宁 韦荣昌 熊发前 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第9期43-54,共12页

以2份AA染色体组野生种花生为试验材料,扩增分离Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列,分析其序列特征、多样性及进化关系。利用根据Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶的保守区设计的简并引物进行PCR扩增,对目的条带进行回收、克隆和测序后,对逆... 以2份AA染色体组野生种花生为试验材料,扩增分离Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列,分析其序列特征、多样性及进化关系。利用根据Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶的保守区设计的简并引物进行PCR扩增,对目的条带进行回收、克隆和测序后,对逆转录酶序列进行生物信息学分析。目的条带大小均约为430 bp,分别从2份AA染色体组野生种花生材料中分离到32、33条逆转录酶序列,对于65条逆转录酶序列,其长度变化范围为397~440 bp,A+T所占比例范围为56.48%~68.14%,(A+T)/(G+C)为1.3~2.13,核苷酸序列间相似性范围为62.6%~97.9%;65条逆转录酶序列被划分为9个家族,其中家族Ⅰ为主要成分;翻译成氨基酸后,序列间相似性范围为12.4%~98.6%,相比核苷酸序列,氨基酸序列表现出更高的异质性;65条逆转录酶序列中有26条发生了无义突变,2份野生种花生材料的无义突变发生率相当;序列间保守基序大体一致,但也发生了一定的变异,呈现出一定的异质性;9个家族所选代表序列的蛋白质结构总体类似,但也在螺旋结构数、折叠结构数、转角数、氢键数、α-螺旋数、β-折叠数上存在差别;系统进化树显示,所有逆转录酶序列被分为13类,A类和B类中包含大部分逆转录酶序列,E类中的5条AA染色体组野生种花生与其他物种植物的逆转录酶序列具有较高相似性,表明这些序列在进化过程中有可能发生了横向传递;通过比对花生EST数据库,发现3条来自Archis duranensis(PI262133)和2条来自A.duranensis(PI219823)的Ty3-gypsy类逆转座子具有转录活性,本研究为下一步分离Ty3-gypsy类逆转座子全长序列、研究其转录转座活性和功能提供序列基础,也为基于Ty3-gypsy类逆转座子的花生属分子标记开发奠定基础。 展开更多

关键词 野生种花生 ty3-gypsy类逆转座子 逆转录酶 多样性

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不结球白菜Ty1-copia类逆转座子序列的克隆及表达 被引量：7

6

作者 肖栋 侯喜林 +3 位作者 马景蕃 王枫 齐莉 李音孜 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期643-649,共7页

参照Tyl-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，分别从10个不结球白菜（Brassica campestris ssp．chinensis）品种的全基因组中均扩增出260bp左右的目标条带。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析，DNAstar分析发现，这些... 参照Tyl-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，分别从10个不结球白菜（Brassica campestris ssp．chinensis）品种的全基因组中均扩增出260bp左右的目标条带。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析，DNAstar分析发现，这些序列存在高度的异质性，28个核苷酸序列变化范围为224～278bp，同源性范围为16．7％～83．0％。28条序列通过核苷酸聚类分为8个家族。推导氨基酸序列有移框突变、终止子突变或二者兼有；与已登录的不同物种同一类型逆转录酶氨基酸系统进化树分析表明，不结球白菜Tyl-copia类逆转座子与芥菜型油菜、拟南芥、芜菁、甜菜可能有共同的起源。半定量和实时定量PCR检测表明，水杨酸（salicylicacid）和Peronospora parasitica均能激活不结球白菜Tyl-copia类逆转座子，逆转座子在不结球白菜叶片中的表达特征说明它可能参与寄主对病原菌的抗性。 展开更多

关键词 不结球白菜 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性 活性分析

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苹果Ty1-copia类逆转座子LTR_(10)序列及其在苹果属植物中的遗传多样性分析 被引量：5

7

作者 孙俊 房经贵 +3 位作者 王飞 孙其宝 章镇 王昆 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期43-48,共6页

应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-L... 应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-LTR,PPT起始于终止密码子内10 bp处,3′-LTR的起始标志末端倒转重复序列(inverted repeat,IR)TG紧随其后。LTR_(10)的正链和反链均含有多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box,α-淀粉酶启动子的保守序列及受不同胁迫条件作用的调控元件,如AuxRE、ABRE、HSE等。利用A-SAP技术研究了LTR_(10)逆转座子在苹果属8个野生种和22个栽培品种中的遗传多样性,多态性片段比例为86.5%;品种长祝较祝光少1条约400 bp的特异性扩增条带。 展开更多

关键词 苹果 ty1-copia类逆转座子LTRs 调控元件 遗传多样性

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苹果Ty1-copia类逆转座子家族鉴定及特性分析 被引量：4

8

作者 孙俊 房经贵 +1 位作者 孙其宝 章镇 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2373-2377,共5页

根据逆转座子RT保守序列设计引物,利用PCR方法从苹果‘嘎拉’中克隆了20条RT片段,分析苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子家族特性及进化关系。结果显示,20条逆转录酶保守序列表现出了高度的异质性。结合已报道的37条苹果Ty1-copia类逆转... 根据逆转座子RT保守序列设计引物,利用PCR方法从苹果‘嘎拉’中克隆了20条RT片段,分析苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子家族特性及进化关系。结果显示,20条逆转录酶保守序列表现出了高度的异质性。结合已报道的37条苹果Ty1-copia类逆转座子RT片段,构建了系统发育树,发现家族1、3和4中具有转座活性的逆转座子的可能性较大;序列分析表明,Ty1-copia类逆转座子是苹果基因组内序列重组的热点。用RT序列为探针进行Southern杂交,发现苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子拷贝数高、分布广泛。研究结果为进一步分离具有转座活性的苹果Ty1-copia类逆转座子及其人工诱导芽变奠定了基础。 展开更多

关键词 苹果 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 进化

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瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT基因的分离与序列分析 被引量：1

9

作者 赵芹 谢大森 +4 位作者 何晓明 江彪 罗少波 彭庆务 李明珠 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第8期1577-1585,共9页

以3个瓠瓜栽培种为供试材料,利用Ty1-copia逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得260bp左右序列条带,回收产物克隆至T载体进行测序,利用生物信息学软件分析获得的25条逆转录酶序列。结果表明,这些序列长度变化范围为218~267... 以3个瓠瓜栽培种为供试材料,利用Ty1-copia逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得260bp左右序列条带,回收产物克隆至T载体进行测序,利用生物信息学软件分析获得的25条逆转录酶序列。结果表明,这些序列长度变化范围为218~267bp,经DNAStar软件比对同源性在26.1%~99.6%之间,存在高度异质性,主要表现为缺失突变,核苷酸序列聚类分析分为6个家族,家族1与家族3分别占总序列数的24.0%与36.0%。翻译成氨基酸序列后,分别有2条与11条序列发生移码与终止密码子突变。与已发表物种的相应序列构建系统发育进化树,发现瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT序列具有一定保守性,同时也与杨树、草莓、马铃薯等有很近的亲缘关系。本研究为后续利用逆转座子开发分子标记研究瓠瓜遗传变异及进化途径奠定基础。 展开更多

关键词 瓠瓜 ty1-copia逆转座子 逆转录酶 克隆 序列分析

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栽培种花生Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析

10

作者 熊发前 刘菁 +9 位作者 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 唐秀梅 韩柱强 钟瑞春 吴海宁 黄志鹏 唐荣华 刘俊仙 《花生学报》 北大核心 2021年第3期1-10,共10页

克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA... 克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA进行扩增,目的条带经回收、克隆、测序,最后对序列进行生物信息学分析。目的条带大小约260 bp,克隆获得了34条反转录酶序列,序列长度变化范围为256~267 bp,AT所占比例范围为51.36%~67.79%,AT与GC比例范围为1.06~2.10,序列间相似性范围为44.9%~98.5%,序列存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;34条反转录酶序列系统聚类为3个家族,家族Ⅰ和家族Ⅱ分别占到了总序列数的55.88%和35.29%;翻译成氨基酸后,有14条序列发生了无义突变,序列间相似性范围为11.4%~98.9%,呈现高度异质性;序列间保守基序也存在较大差异,呈现较高异质性;对栽培种花生与其他物种植物该类型反转录酶的氨基酸序列构建系统进化树,结果显示所有序列被分为7类,其中Ⅰ类和Ⅱ类分别包含16条和11条栽培种花生反转录酶序列,表明栽培种花生反转录酶序列具有比较高的保守性,同时栽培种花生也与葡萄、马铃薯、辣椒、烟草、番茄、大豆、甜菜、草莓等物种植物的反转录酶序列之间具有较近的亲缘关系,表明不同物种植物的Ty1-copia类反转录转座子之间有可能存在着横向传递。本研究所获得的反转录酶序列为栽培种花生Ty1-copia反转录转座子的分子标记开发利用及花生分子育种奠定了一定基础。 展开更多

关键词 栽培种花生 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶 异质性

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裸燕麦Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的分离、鉴定与分析 被引量：1

11

作者 郭晓芳 贾举庆 +4 位作者 张晓军 张春来 张美俊 冯美臣 杨武德 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期721-728,共8页

本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示... 本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示,23条Ty1-copia类反转录转座子存在较高的异质性,序列间的一致性为45%～98%,存在插入、移码和终止密码突变,但频率不高;系统发育分析结果表明,燕麦Ty1-copia类反转录转座子在进化过程中主要为垂直传递。本研究通过检索燕麦基因表达数据库,发现了5个有转录活性的Ty1-copia类反转录转座子。 展开更多

关键词 裸燕麦 ty1-copia类反转录转座子 进化 转录活性

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AA野生种花生Ty1-copia类反转座子RT基因的克隆与序列分析

12

作者 蔡铁城 刘俊仙 +8 位作者 张冲 刘菁 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 韩柱强 唐荣华 庄伟建 熊发前 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期100-112,共13页

该研究旨在克隆Ty1-copia类反转录转座子RT(reverse transcriptase)基因,为分离花生属Ty1-copia类反转录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT基因的保守区设计简并引物,以两份AA染色体组野生种花生Arachis duranensis为试材... 该研究旨在克隆Ty1-copia类反转录转座子RT(reverse transcriptase)基因,为分离花生属Ty1-copia类反转录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT基因的保守区设计简并引物,以两份AA染色体组野生种花生Arachis duranensis为试材,利用PCR扩增其基因组DNA,回收、克隆和测序目的条带后,对所获得序列进行生物信息学分析。结果表明:(1)目的条带大小约为260 bp,分别从两份野生种花生材料中克隆到41条和27条RT基因序列,68条序列的长度变化范围为256~270 bp,AT所占比例范围为55.86%~68.42%,AT与GC比例范围为1.27~2.17,核苷酸序列间相似性范围为49.8%~99.2%,存在较高异质性。(2)68条序列被分为6个家族,家族Ⅰ和Ⅳ为主要家庭。(3)68条序列中的19条发生了无义突变,A.duranensis(PI219823)要比A.duranensis(PI262133)的无义突变率高。(4)氨基酸序列间相似性为4.7%~100%,呈现高度异质性。(5)各家族中代表序列的蛋白质三级结构在整体构型上一致,但在螺旋结构数、折叠结构数、转角数和氢键数上存在较大差别。(6)序列间保守基序总体一致,但也存在一定变异,呈现一定异质性;系统进化树将68条序列分为10类,大部分序列都聚在A和B两大类中。(7)另有部分AA染色体组野生种花生的RT基因序列与其他物种植物的RT基因序列亲缘关系较近,推测不同物种植物间可能发生过Ty1-copia类反转录转座子的横向传递。该研究为花生属基于Ty1-copia类反转录转座子的新分子标记开发和应用奠定基础。 展开更多

关键词 花生 ty1-copia 类反转录转座子 反转录酶 野生种 异质性

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甘蔗Ty3-gypsy类逆转座子RT基因的克隆及分析 被引量：1

13

作者 刘俊仙 刘菁 +9 位作者 阳太亿 高轶静 段维兴 雷敬超 刘丽敏 刘红坚 张荣华 何为中 李松 熊发前 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期989-998,共10页

【目的】从甘蔗基因组中分离Ty3-gypsy类逆转座子的RT基因序列,分析序列的特点、差异及系统进化关系,为研究其转录活性和调控功能奠定基础。【方法】根据Ty3-gypsy类逆转座子RT基因序列的保守区设计简并引物,对甘蔗品种新台糖22的基因组... 【目的】从甘蔗基因组中分离Ty3-gypsy类逆转座子的RT基因序列,分析序列的特点、差异及系统进化关系,为研究其转录活性和调控功能奠定基础。【方法】根据Ty3-gypsy类逆转座子RT基因序列的保守区设计简并引物,对甘蔗品种新台糖22的基因组DNA进行PCR扩增,目的条带经回收、克隆和测序后,对所获得序列进行生物信息学分析。【结果】目的条带大小约430 bp,成功分离到36条RT基因序列,只有1条序列的长度为430 bp,其余序列的长度均为432 bp,AT所占比为56.71%~64.81%,AT与GC比值为1.31~1.84;核苷酸序列间相似性为46.2%~99.3%。聚类分析后,36条RT基因序列被划分为5个家族,家族Ⅰ和家族Ⅳ是包含序列最多的家族。翻译后,有6条序列发生了无义突变;氨基酸序列间相似性为10.1%~100%,呈现高度异质性;36条RT基因序列中的34条序列的保守基序完全一致,呈现高度保守性。各家族中代表序列的蛋白质三级结构整体构型基本类似,但在氢键数和转角数上存在着较大差别,呈现一定异质性和多态性。系统进化树显示,所有RT基因序列被分为7类,Ⅰ类中的18条甘蔗RT基因序列与拟南芥的BAB40828.1具有较高相似性,Ⅶ类中的SoRT3-26与大豆的BAB40834.1、菠菜的BAB40833.1和粳稻的BAB40824.1的亲缘关系最近,暗示在进化过程中甘蔗与这些物种植物之间可能发生了Ty3-gypsy类逆转座子的横向传递;通过比对甘蔗EST数据库,发现了10条具有转录活性的甘蔗品种新台糖22的Ty3-gypsy类逆转座子。【结论】获得甘蔗Ty3-gypsy类逆转座子RT基因序列及其具有转录活性序列,为下一步分离Ty3-gypsy类逆转座子全长序列及研究Ty3-gypsy类逆转座子转录转座活性和功能提供序列基础,也为开发甘蔗LTR逆转座子的分子标记奠定基础。 展开更多

关键词 甘蔗 ty3-gypsy类逆转座子 逆转录酶 新台糖22 异质性

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