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胃癌组蛋白H3第4位赖氨酸的三甲基化修饰相关长链非编码RNA预后模型的构建与验证
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作者 胡震 祁玉忠 +3 位作者 赵绍基 王光熙 孙开宇 吴文辉 《消化肿瘤杂志(电子版)》 2024年第2期183-193,共11页
目的 探索胃癌组蛋白H3第4位赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 4 on histone H3,H3K4me3)修饰相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)特征,构建相关预后模型并预测胃癌免疫治疗疗效。方法 从癌症基因组图谱数据库下... 目的 探索胃癌组蛋白H3第4位赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 4 on histone H3,H3K4me3)修饰相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)特征,构建相关预后模型并预测胃癌免疫治疗疗效。方法 从癌症基因组图谱数据库下载胃癌相关转录组测序数据和对应的患者临床资料,通过构建H3K4me3相关调节因子基因与LncRNA的共表达网络识别H3K4me3修饰相关LncRNA,并将癌症基因组图谱数据库中370例符合筛选标准的胃癌患者样本(整体组)按1:1随机抽样划分为训练组(n=185)和验证组(n=185)。随后基于单因素Cox回归、Lasoo回归分析构建H3K4me3相关LncRNA预后风险评分模型并进行内部验证。Kaplan-Meier生存分析和受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)被用于验证模型的预测性能。通过单因素和多因素Cox回归分析评估风险评分等临床指标的预后预测价值。结合风险评分、年龄和肿瘤TNM分期构建预测胃癌患者总生存率的列线图模型,ROC曲线与校准图被用于评估列线图的预测准确性。借助共识聚类识别异质性聚类亚群并进行免疫治疗疗效预测。结果 基于共表达网络关系识别了14个具有预后价值的H3K4me3相关LncRNA并构建了相关风险模型及评价体系。根据训练组预后风险评分模型获得的中位风险评分将训练组、验证组和整体组胃癌患者划分为高、低风险,Kaplan-Meier生存曲线显示低风险患者的总体生存情况要优于高风险患者(P<0.05)。此外,该模型在训练组中预测胃癌患者1、3、5年总生存率的曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.708、0.730、0.770,在验证组中分别为0.690、0.648、0.713,而在整体组中分别为0.697、0.670、0.724。多因素Cox回归分析显示基于H3K4me3相关LncRNA构建的风险评分模型是预测胃癌患者预后的独立因素(P<0.001)。构建的列线图预测胃癌患者1、2、3年总生存率的AUC分别为0.727、0.780、0.717,且其校准曲线与理想曲线相接近。基于共识聚类算法进一步识别了2种具有异质性免疫特征的H3K4me3-LncRNA亚群,其中亚组Ⅱ具有更高的免疫细胞浸润水平和更强的免疫应答潜力,并对5-氟尿嘧啶、奥沙利铂等显示出更高的药物敏感性,而亚组Ⅰ则可能对磷脂酰肌醇3-激酶特异性抑制剂具有更高的敏感性。结论 本研究构建了一个H3K4me3-LncRNA风险评分模型以预测胃癌患者的预后,并揭示了其异质性微观特征及在预测免疫治疗疗效方面的潜在价值。 展开更多
关键词 胃癌 组蛋白h34位赖氨酸的三甲基化修饰 组蛋白修饰 长链非编码RNA 免疫治疗
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白念珠菌H3K4甲基转移酶N末端肽段Set1-208p的原核细胞表达及鉴定 被引量:6
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作者 孔倩倩 廖红 +3 位作者 李芳秋 马春芳 史利宁 胡毓安 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期919-921,930,共4页
目的原核细胞表达白念珠菌H3K4甲基转移酶N末端肽段Set1-208p,鉴定重组蛋白质的抗原性。方法用比对软件对白念珠菌H3K4甲基转移酶与其他物种甲基转移酶进行比对。选择与人类无同源性的抗原特异性片段,以白念珠菌C1标准株基因组DNA为模板... 目的原核细胞表达白念珠菌H3K4甲基转移酶N末端肽段Set1-208p,鉴定重组蛋白质的抗原性。方法用比对软件对白念珠菌H3K4甲基转移酶与其他物种甲基转移酶进行比对。选择与人类无同源性的抗原特异性片段,以白念珠菌C1标准株基因组DNA为模板,PCR扩增Set1-208p的编码基因,以pET28a(+)为载体,构建重组表达质粒,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导重组蛋白质表达。用抗His标签的单克隆抗体鉴定融合蛋白,并用确诊侵袭性白念珠菌感染(IC)患者血清进行抗原性鉴定。结果成功克隆了白念珠菌抗原特异性H3K4甲基转移酶片段Set1-208p基因并诱导表达,获得了纯化的重组肽段,所得蛋白质分子量(Mr)约为29 000,带有His标签,经western blot鉴定,诱导的重组蛋白可与IC患者血清特异性反应。结论成功诱导表达了具有良好抗原反应性的Set1-208p重组蛋白质,为建立相应的抗原、抗体ELISA检测方法提供基础。 展开更多
关键词 白念珠菌 h3K4甲基转移酶 基因克隆 原核细胞表达
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NF-E2:a Novel Regulator of Alpha-hemoglobin Stabilizing Protein Gene Expression 被引量:2
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作者 Guo-wei Zhao Rui-feng Yang +3 位作者 Xiang Lu Mitchell J. Weiss De-pei Liu Chih-chuan Liang 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 2010年第4期193-198,共6页
Objective To investigate whether α-hemoglobin stabilizing protein (AHSP), the α-globin-specific molecular chaperone, is regulated by erythroid transcription factor NF-E2. Methods We established the stable cell line ... Objective To investigate whether α-hemoglobin stabilizing protein (AHSP), the α-globin-specific molecular chaperone, is regulated by erythroid transcription factor NF-E2. Methods We established the stable cell line with NF-E2p45 (the larger subunit of NF-E2) short hairpin RNA to silence its expression. Western blot, real-time polymerase chain reaction, and chromatin immunoprecipitation (ChIP) analysis were performed to detect the expression of AHSP, the histone modifications at AHSP gene locus, and the binding of GATA-1 at the AHSP promoter with NF-E2p45 deficiency. ChIP was also carried out in dimethyl sulfoxide (DMSO)-induced DS19 cells and estrogen-induced G1E-ER4 cells to examine NF-E2 binding to the AHSP gene locus and its changes during cell erythroid differentiation. Finally, luciferase assay was applied in HeLa cells transfected with AHSP promoter fragments to examine AHSP promoter activity in the presence of exogenous NF-E2p45. Results We found that AHSP expression was highly dependent on NF-E2p45. NF-E2 bound to the regions across AHSP gene locus in vivo, and the transcription of AHSP was transactivated by exogenous NF-E2p45. In addition, we observed the decrease of H3K4 trimethylation and GATA-1 occupancy at the AHSP gene locus in NF-E2p45-deficient cells. Restoration of GATA-1 in G1E-ER4 cells in turn led to increased DNA binding of NF-E2p45. Conclusion NF-E2 may play an important role in AHSP gene regulation, providing new insights into the molecular mechanisms underlying the erythroid-specific expression of AHSP as well as new possibilities for β-thalassemia treatment. 展开更多
关键词 α-hemoglobin stabilizing protein NF-E2 ERYTHROPOIESIS GATA-1 h3K4 trimethylation
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用HPLC法测定国内反应香精中的4,8-DiMeIQx和PhIP 被引量:2
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作者 崔俭杰 李琼 金其璋 《化学世界》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期87-90,86,共5页
建立同时测定反应香精中2-胺基-3,4,8-三甲基-3H-咪唑并[4,5-F]喹喔啉(4,8-DiMeIQx)和2-胺基-1-甲基-6-苯基咪唑[4,5-b]嘧啶(PhIP)的高效液相色谱(HPLC)分析方法。用强酸水解反应香精,在碱性环境下用二氯甲烷萃取分析物,弱酸净化。以乙... 建立同时测定反应香精中2-胺基-3,4,8-三甲基-3H-咪唑并[4,5-F]喹喔啉(4,8-DiMeIQx)和2-胺基-1-甲基-6-苯基咪唑[4,5-b]嘧啶(PhIP)的高效液相色谱(HPLC)分析方法。用强酸水解反应香精,在碱性环境下用二氯甲烷萃取分析物,弱酸净化。以乙腈和pH3.44的醋酸-醋酸胺缓冲溶液梯度洗脱,264 nm(测定4,8-DiMeIQx)和312 nm(测定PhIP)双波长扫描,进行高效液相色谱检测。4,8-DiMeIQx和PhIP在反应香精中的检出限均为0.01 mg/L;加标回收率分别为87.25%和102%。用该法对国内不同公司的不同产品进行检验适用性良好。 展开更多
关键词 反应香精 杂环胺 4 8-DiMeIQx PHIP 高效液相色谱法
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