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题名三角网格模型的快速树搜索算法及可设计性分析
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作者
李小妹
王能超
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机构
华中科技大学计算机科学与技术学院
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2005年第12期164-167,共4页
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基金
国家自然科学基金
编号70271069
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文摘
在蛋白质折叠格子模型的可设计性特征研究中,为了克服以往方格模型具有奇偶问题这一缺点,本文利用三角网格模型来进行穷举搜索。在简化的网格模型中,序列折叠为某一结构的能量值为在结构心部疏水氨基酸的个数取负值。在蛋白质折叠模型的二维4+5+6+5+4三角网格中穷举了所有的序列和致密结构。其中序列由两类氨基酸(疏水氨基酸和亲水氨基酸)组成,排除正反对称序列共2^(12)+2^(23)=8392704种不同序列。在由24个格点组成的三角网格模型中共得到219093种简化结构串。在穷尽搜索算法中,为实现快速搜索,通过树结构将相似的结构串尽量聚类,通过计算各树结点的目标能量值以减少搜索算法中所需的计算量。经并行实验验证,利用该树结构可使快速搜索算法达到指数级加速比。最后对计算所得结果进行了统计分析。
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关键词
三角网格模型
蛋白质折叠
聚类树
可设计性
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Keywords
triangular lattice model,protein folding,fast search tree,designability
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分类号
TP391.72
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP391.41
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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