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睡眠嗜组织菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 李富祥 高华峰 +1 位作者 赵文华 宋建领 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第7期706-712,共7页
睡眠嗜组织菌(H.somni)是牛、绵羊和山羊的重要致病菌。目前,国内尚无H.somni荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为建立H.somni TaqMan qPCR检测方法,本研究根据H.somni 16S rRNA基因序列设计1对引物和1条TaqMan探针,通过反应体系和反应条件的... 睡眠嗜组织菌(H.somni)是牛、绵羊和山羊的重要致病菌。目前,国内尚无H.somni荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为建立H.somni TaqMan qPCR检测方法,本研究根据H.somni 16S rRNA基因序列设计1对引物和1条TaqMan探针,通过反应体系和反应条件的优化,初步建立了H.somni TaqMan qPCR方法。利用建立的方法检测39种牛、绵羊和山羊源的不同细菌,结果显示该方法仅能检测到H.somni,而与溶血性曼氏杆菌、多杀性巴氏杆菌和海藻百伯史坦菌等38种细菌均无交叉反应,特异性较强。利用建立的方法检测6.3×10^(5)拷贝/μL~6.3×10^(-1)拷贝/μL的重组质粒标准品pMD-16S,结果显示该方法对其的检测限为6.3拷贝/μL,敏感性较高。以6.3×10^(5)拷贝/μL~6.3×10^(3)拷贝/μL的重组质粒标准品pMD-16S为模板,利用建立的方法进行批内和批间重复性试验,结果显示批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%,重复性较好。利用建立的TaqMan qPCR和文献报道的普通PCR方法同时检测124份患呼吸道疾病牛、山羊和绵羊的肺脏样品和鼻拭子样品,结果显示二者对H.somni的检出率分别为11.29%(14/124)和10.48%(13/124),TaqMan qPCR方法与普通PCR方法的总符合率、阳性符合率和阴性符合率分别为99.19%(123/124)、100%(13/13)和99.10%(110/111),表明该TaqMan qPCR方法的准确性较高。本研究首次在国内建立检测H.somni的qPCR方法,该方法特异性强、敏感性高、重复性和准确性好,为牛、绵羊和山羊H.somni高通量的快速检测提供新的技术支撑。 展开更多
关键词 睡眠嗜组织菌 taqman荧光定量PCR 绵羊 山羊
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鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 陈立功 穆英丽 +5 位作者 张诚 潘保革 范乐乐 魏忠华 王学静 刘聚祥 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期53-59,共7页
为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础... 为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 荧光定量RT-PCR taqman探针
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兔出血症病毒RHDV1和RHDV2一步法双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR体系的建立和应用
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作者 陈萌萌 王冠萱 +8 位作者 仇汝龙 范志宇 胡波 宋艳华 魏后军 徐为中 葛雷 李一鸣 王芳 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第5期937-942,共6页
兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体... 兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体系:2×One Step RT-PCR BufferⅢ10.0μL,上下游引物(10μmol/L)各0.6μL,ROX Reference DyeⅡ(50×)0.4μL,两种荧光探针(10μmol/L)各0.8μL,待测样本2.0μL,ddH_(2)O 4.8μL。反应程序:42℃5 min,95℃10 s,95℃5 s,60℃30 s,40个循环。试验结果表明,该体系特异性强,与轮状病毒、兔多杀性巴氏杆菌、兔支气管败血波氏菌、绿脓杆菌、沙门氏菌无交叉反应;灵敏度高,最低检测限为1μL 100拷贝。通过组内重复和组间重复进行重复性分析,Ct值变异系数为0.2%~2.9%,表明该体系稳定性较好。使用该体系对112份临床样本(60份肝脏组织、52份鼻肛拭子)进行检测,RHDV总检出率为69%,而常规RT-PCR体系的检出率仅为51%。本研究建立的双重荧光定量RT-PCR方法具有高灵敏度、强特异性和良好的重复性,可为RHDV的临床快速诊断及定量分析提供可靠技术支持。 展开更多
关键词 兔出血症病毒 荧光定量RT-PCR taqman探针
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鲤疱疹病毒2型和3型双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 陈永聪 方勤美 +1 位作者 柯翎 施少华 《海洋渔业》 北大核心 2025年第5期619-628,共10页
为快速、高效鉴别鲤疱疹病毒2型(cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)和3型(cyprinid herpesvirus 3,CyHV-3),针对鲤疱疹病毒基因组的保守序列,设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测CyHV-2和CyHV-3的双重TaqMan qPCR方法,并对... 为快速、高效鉴别鲤疱疹病毒2型(cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)和3型(cyprinid herpesvirus 3,CyHV-3),针对鲤疱疹病毒基因组的保守序列,设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测CyHV-2和CyHV-3的双重TaqMan qPCR方法,并对该方法特异性、灵敏度和重复性进行了评价。同时利用该方法对实验室保存的金鱼(Carassius auratus var.)和锦鲤(Cryprinus carpiod haematopterus)临床样品进行检测。结果显示,该方法能特异性检测CyHV-2和CyHV-3,而对水产养殖中其他常见DNA或RNA病毒无交叉反应;敏感性实验显示,该方法的最低检测量为10 copies·μL^(-1),表明该方法具有较高的灵敏度;测定结果在组内和组间重复变异系数均小于3%,重复性良好。使用该方法对实验室保存的37份金鱼和78份锦鲤临床样品进行检测,病毒检出结果与用国家标准(GB/T 36194-2018)和行业标准(SC/T 7212.1-2011)方法检测的结果一致。对5份CyHV-2(金鱼样品)和5份CyHV-3(锦鲤样品)阳性的临床样品进行混合后检测,结果均为CyHV-2和CyHV-3双阳性。研究表明,本研究建立的双重TaqMan qPCR检测方法具有特异性强、灵敏度高和重复性好等优点,可以为临床上CyHV-2和CyHV-3的快速定量检测和鉴别诊断提供新的工具和方法。 展开更多
关键词 鲤疱疹病毒2型 鲤疱疹病毒3型 双重taqman qPCR
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H9N2亚型禽流感病毒双重TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 刘莉 张贺楠 +4 位作者 莫一群 徐亚亚 金丁丁 齐岩 胡增垒 《中国家禽》 北大核心 2025年第11期154-160,共7页
为建立一种快速、灵敏且特异的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法,试验根据H9N2 AIV的HA基因和NA基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,通过优化反应体系及条件,建立H9N2亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR检测方法,进... 为建立一种快速、灵敏且特异的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法,试验根据H9N2 AIV的HA基因和NA基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,通过优化反应体系及条件,建立H9N2亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR检测方法,进一步对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行评估,并将建立的方法用于临床样品的检测,与H9亚型AIV荧光RT-PCR检测试剂盒进行比较。结果显示:该方法与其他亚型AIV、新城疫病毒、传染性喉气管炎病毒、禽白血病病毒、传染性法氏囊病病毒和传染性支气管炎病毒无交叉反应,检测限为0.1 copies/μL,批内和批间变异系数均小于5%,临床样本检测阳性率(24.3%)高于H9亚型AIV荧光RT-PCR检测试剂盒(18.9%)。研究表明,建立的H9N2 AIV双重TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强,敏感性较高,能够应用于H9N2 AIV的快速检测。 展开更多
关键词 H9N2亚型禽流感病毒 taqman探针 荧光定量RT-PCR HA基因 NA基因
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鸭瘟病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 于江玮 程慧敏 +4 位作者 林健 杨宝琳 黄程 杨志远 胡格 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第2期765-773,共9页
为建立一种鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)TaqMan荧光定量PCR快速检测方法,基于DPV US 6基因保守序列设计特异性引物和探针,构建重组质粒DPV-US6标准品,对方法敏感性、特异性和重复性进行评价,并应用于DPV在鸡胚成纤维细胞(CEF)上增... 为建立一种鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)TaqMan荧光定量PCR快速检测方法,基于DPV US 6基因保守序列设计特异性引物和探针,构建重组质粒DPV-US6标准品,对方法敏感性、特异性和重复性进行评价,并应用于DPV在鸡胚成纤维细胞(CEF)上增殖及人工感染鸭器官组织上分布规律研究。结果显示,成功建立了DPV TaqMan荧光定量PCR检测方法,该方法最低检测限可以达到10 copies·μL^(-1),与番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鸭坦布苏病毒、鸭呼肠孤病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭甲型肝炎病毒(I型和III型)和鸭衣原体均无交叉反应,批间和批内变异系数均小于2.0%。DPV-AX株感染CEF细胞后,病毒核酸拷贝数检测结果表明,4~8 h病毒增殖缓慢,12~60 h迅速上升,60 h达到最高峰,72~144 h逐渐下降,与TCID 50法测定的病毒滴度相比,两种检测方法具有良好相关性,可实现拷贝数替代TCID 50。DPV人工感染鸭组织脏器的病毒载量分布检测表明,肝脏中的病毒载量最高。本试验建立的检测方法为研究DPV-AX株在CEF上的增殖规律提供工具。 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 US 6基因 taqman探针 荧光定量PCR 增殖规律 人工感染
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H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 龙凤 熊陈勇 +11 位作者 施开创 郑敏 林昌华 林宝江 杜忠 韦显凯 冯淑萍 屈素洁 陆文俊 李剑锋 周明旭 尹彦文 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期31-38,共8页
为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p... 为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p-H9,并均经PCR与测序鉴定正确后作为标准品。通过优化各反应条件,初步建立了检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。分别以H1、H3、H4、H5、H6、H7、H9亚型AIV、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭圆环病毒(DuCV)、番鸭细小病毒(MDPV)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新城疫病毒(NDV)的RNA或者DNA作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的特异性;将4个重组质粒标准品等体积混合物10倍倍比稀释后作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的敏感性;选择3个浓度的重组质粒标准品等体积混合物作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅H3、H4、H6和H9亚型AIV出现扩增曲线,其他相关禽病病原均为阴性,特异性较强;该方法对H3、H4、H6和H9亚型AIV的检测限均为1.0×101拷贝/µL,敏感性较高;批内和批间重复性试验的变异系数为0.06%~1.09%,重复性较好。利用该方法检测来自广西不同地区的3360份临床家禽咽喉、泄殖腔拭子样品,结果显示H3、H4、H6和H9亚型AIV的检出率分别为4.08%(137/3360)、0.21%(7/3360)、1.13%(38/3360)和3.51%(118/3360),与各亚型AIV单一RT-qPCR商品化试剂盒的检测结果均一致,符合率达100%。表明本研究建立的多重RT-qPCR准确性较好,可以用于临床各类样品的检测。本研究建立了一种同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重RT-qPCR方法,为AIV基因分型和流行病学调查提供便捷的技术手段。 展开更多
关键词 禽流感病毒 荧光定量RT-PCR taqman
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禽腺病毒I群和禽腺病毒4型双重TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:2
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作者 薛晓岩 张振兴 +4 位作者 杨钦鸿 王位 张伟 李素华 宋建领 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第2期152-158,184,共8页
为建立能快速检测禽腺病毒I群(FAd V-I)和禽腺病毒4型(FAd V-4)的双重Taq Man探针荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究根据禽腺病毒(FAd V)的Hexon基因,设计针对FAd V-I和FAd V-4的通用型与特异型引物与探针。采用上述引物经PCR扩增靶基因并... 为建立能快速检测禽腺病毒I群(FAd V-I)和禽腺病毒4型(FAd V-4)的双重Taq Man探针荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究根据禽腺病毒(FAd V)的Hexon基因,设计针对FAd V-I和FAd V-4的通用型与特异型引物与探针。采用上述引物经PCR扩增靶基因并克隆至p MD19-T载体中,构建重组质粒标准品p MD19-T-FAd V-I和p MD19-T-FAd V-4,并均经PCR和测序鉴定。将两种重组质粒标准品分别10倍倍比稀释后等体积混合作为模板,采用棋盘法对反应体系和反应条件进行优化,建立了能检测上述病原的双重Taq Man探针q PCR方法,同时对该方法的特异性、敏感性、重复性及对临床样品的适用性进行评价。结果显示,两种重组质粒标准品标准曲线的相关系数(R2)均大于0.996,表明两种质粒标准品混合物的拷贝数与其Ct值具有良好的线性关系;该方法能够特异性检测和区分FAd V-I和FAd V-4,与其他禽类传染病病原核酸不发生交叉反应,具有较强的特异性;该方法对FAd V-I和FAd V-4重组质粒标准品的检测限分别为4.6×10~2拷贝/μL和2.01×10~2拷贝/μL,比常规PCR方法敏感性高10倍,具有较高的敏感性;批内和批间重复性试验的变异系数均小于1.0%,具有较好的重复性和稳定性。采用该方法和常规PCR法对32份疑似感染FAd V-I的家禽组织样品、8份疑似感染FAd V-4的家禽粪便样品进行检测,结果显示二者检测结果的符合率均为100%。结果表明,本研究建立的FAd V-I/FAd V-4双重Taq Man探针q PCR检测方法特异性强、敏感性高、准确性好,为快速诊断FAd V-I的同时鉴别FAd V-4提供了技术支持。 展开更多
关键词 禽腺病毒I群 禽腺病毒4型 HEXON taqman探针 荧光定量PCR
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析 被引量:1
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 taqman探针实时荧光定量PCR 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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斯里兰卡木薯花叶病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 黄境珊 王国芬 +6 位作者 时涛 李超萍 陈奕鹏 蔡吉苗 李博勋 刘先宝 黄贵修 《热带作物学报》 北大核心 2025年第9期2056-2062,共7页
由斯里兰卡木薯花叶病毒(Sri Lankan cassava mosaic virus,SLCMV)侵染引起的斯里兰卡木薯花叶病是近年来我国木薯种植中新发的危险性病害。现有检测技术存在灵敏度低、效率不高等不足,限制了相关工作的开展。本研究根据病毒基因序列设... 由斯里兰卡木薯花叶病毒(Sri Lankan cassava mosaic virus,SLCMV)侵染引起的斯里兰卡木薯花叶病是近年来我国木薯种植中新发的危险性病害。现有检测技术存在灵敏度低、效率不高等不足,限制了相关工作的开展。本研究根据病毒基因序列设计引物和探针,制备阳性质粒标准品,建立SLCMV的TaqMan荧光定量检测技术,并对其应用效果等进行验证。结果发现,该方法仅对SLCMV DNA样品产生特异性荧光信号,对阳性质粒标准品的最低检出量为4.5×10^(1)copies/μL。标准曲线显示,Ct值与拷贝数的对数呈良好线性关系,曲线斜率为-3.1312,相关系数(R^(2))为0.9969,扩增效率(E)为97.9%,标准曲线方程为y=-3.1312x+34.599。利用该技术对广西和福建的2个木薯种植园供试样品进行检测,叶片阳性检出率分别达95.45%和78.57%,最低检测拷贝数为1.45×10^(5)copies/g,而田间烟粉虱携毒率为86%,最低带毒量为9.42×10^(4)copies/头。该技术具有良好的灵敏度、特异性和重复性,可为该病的田间鉴定、早期诊断、无毒种茎评价等监控工作提供有效的技术支持。 展开更多
关键词 木薯 斯里兰卡木薯花叶病毒 taqman荧光定量PCR
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牛呼吸道疾病综合征中4种病毒性病原多重TaqMan qPCR检测方法的建立及应用
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作者 徐雪可 张乾义 +10 位作者 赵文娟 何高明 吴桐忠 王莉莉 黎雪勤 姜美奇 韩猛立 张星星 张倩 钟发钢 黄新 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第7期697-705,共9页
为建立一种能同时检测牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)这4种病原的方法,本研究分别以BPIV3和BRSV的P基因、IBRV的gI基因和BVDV的5'UTR基因为靶基因设计特... 为建立一种能同时检测牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)这4种病原的方法,本研究分别以BPIV3和BRSV的P基因、IBRV的gI基因和BVDV的5'UTR基因为靶基因设计特异性引物和探针,构建质粒标准品pUC57-BPIV3-P、pUC57-BRSV-P、pUC57-IBRV-gI和PVC57-BVDV-5'UTR,并经PCR和测序鉴定正确后等体积比混合作为模板,采用方阵法对引物、探针和各反应条件等的优化,初步建立引起牛呼吸道疾病综合征(BRDC)4种病毒性病原的多重TaqMan qPCR检测方法。结果显示,建立的多重qPCR仅能特异性检测BPIV3、BRSV、IBRV和BVDV,与引起BRDC其他病原的牛冠状病毒(BCoV)、牛支原体(M-bov)、牛多杀性巴氏杆菌(Pm)、牛溶血性曼氏杆菌(Mh)均无交叉反应;对1:1:1:1混合的4种质粒标准品的检测限均为10拷贝/μL;组内和组间重复性试验的变异系数均小于1%;以本研究方法和国家标准检测法对149份临床样品平行检测BVDV,结果显示两种方法的总符合率分别为80.85%,以本研究方法和已有专利中的多重qPCR方法对149份临床样品平行检测BPIV3、BRSV、IBRV,结果显示两种方法的总符合率分别为75.07%、100%和92.83%,临床样品中存在4种病原8种混合感染情况。结果表明,本研究建立的致BRDC的4种病毒多重Taq Man qPCR方法特异性强、敏感性高、重复性和准确性均较好,可用于BPIV3、BRSV、IBRV和BVDV这4种常见牛病毒的鉴别检测和流行病学调查,为养殖场BRDC的防控奠定基础。 展开更多
关键词 牛副流感病毒3型 牛呼吸道合胞体病毒 牛传染性鼻气管炎病毒 牛病毒性腹泻-黏膜病 taqman qPCR
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兔轮状病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立和初步应用
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作者 李嘉逸 伍孟婷 +10 位作者 陈萌萌 仇汝龙 魏后军 范志宇 胡波 葛雷 李一鸣 徐为中 董海龙 宋艳华 王芳 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期210-215,共6页
为了能够快速、灵敏地检测出发病家兔临床样本中的兔轮状病毒(Lapine rotavirus,LaRV),根据GenBank已登录的LaRV非结构蛋白5(NSP5)基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了一种TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法并进行了初步应... 为了能够快速、灵敏地检测出发病家兔临床样本中的兔轮状病毒(Lapine rotavirus,LaRV),根据GenBank已登录的LaRV非结构蛋白5(NSP5)基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了一种TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法并进行了初步应用。结果表明,阳性质粒标准品所建立的标准曲线在使用稀释度为1×10^(7) copies/μL至1×10^(2) copies/μL之间具有良好的线性关系,r 2为0.999,扩增效率为98.781%;该方法对LaRV具有高度特异性,与兔出血症病毒1型、兔出血症病毒2型及兔多杀性巴氏杆菌、肺炎克雷伯杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌等其他病原间无交叉反应;该方法灵敏度高,最低检测值为1×10^(2) copies/μL,比普通PCR灵敏度提高了约100倍;该方法重复性良好,组内和组间变异系数在0.15%~1.41%之间,均小于2%。对45份临床样本采用构建的TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法和常规RT-PCR检测方法进行对比,符合率为100%。因此,本研究建立的TaqMan探针荧光定量RT-PCR具有特异性强、敏感性高、重复性好等优势。 展开更多
关键词 兔轮状病毒 taqman探针 荧光定量RT-PCR 检测方法
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猪腺病毒3型TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立
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作者 解佳 刘静宜 +4 位作者 孙彤 郭伟强 俞赵荣 陈鸿军 陈立功 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期106-111,共6页
猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别P... 猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别PAdV-3与其他猪病病毒,最低检测限为10 copies/μL,敏感性高于常规PCR 100倍。该检测方法的建立为PAdV-3的快速诊断提供了重要的分子诊断工具。 展开更多
关键词 猪腺病毒3型 hexon基因 taqman探针 实时荧光定量PCR
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副结核分枝杆菌三重TaqMan qPCR检测方法的建立
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作者 刘添 吴雨伦 +1 位作者 姚火春 潘子豪 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第9期4750-4758,共9页
副结核分枝杆菌(Mycobacterium avium subsp.paratuberculosis,MAP)是造成反刍动物约翰病的病原,每年给全球畜牧业带来难以估计的经济损失。由于治疗困难,目前对患畜的及时诊断和尽早淘汰是副结核防控的主要手段。MAP的金标准培养检测... 副结核分枝杆菌(Mycobacterium avium subsp.paratuberculosis,MAP)是造成反刍动物约翰病的病原,每年给全球畜牧业带来难以估计的经济损失。由于治疗困难,目前对患畜的及时诊断和尽早淘汰是副结核防控的主要手段。MAP的金标准培养检测周期长,而qPCR技术直接检测样本核酸能够快速确定病原,目前广泛应用。本研究旨在针对MAP非插入序列(insertion sequence,IS)靶标建立一种检测MAP的三重TaqMan qPCR方法,能够提高检测的敏感性和特异性。针对MAP基因组中MAP2765c、F57和hspX基因设计引物探针;以本实验室分离的MAP菌株为对照,建立三重qPCR检测体系;临床采集奶肉牛样品181份,和国标(GB/T 27637—2011)进行符合性试验。结果显示,本研究建立的三重qPCR方法灵敏度能达到10 copies·μL^(-1);重复结果变异系数均小于5%;特异性试验中仅MAP核酸出现扩增曲线;标准曲线R2均大于0.999且扩增效率为97%~100%;三重qPCR方法检测临床样品的阳性率为22.65%(41/181),比国标方法高(15.47%),两种方法的检测符合率为76.28%(138/181);根据牧场检测需求对样品进行分类分析:国标方法和三重qPCR方法在“高MAP风险样品”的样品中检出率分别为25%(17/68)和44.12%(30/68),而两种方法检测较低MAP风险样品的阳性率均为9.73%(11/113)。本研究设计的三重qPCR方法,灵敏度、特异性和重复性良好,线性和定量准确性高,且能比国标方法更灵敏地在高MAP风险样品中检出MAP。研究结果为奶牛和肉牛养殖场开展副结核病的监测、预警、控制和净化提供优选方案。 展开更多
关键词 约翰病 副结核分枝杆菌 qPCR 三重taqman
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牛病毒性腹泻病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 王亚新 陈萌萌 +4 位作者 王露 李欣 赵洪哲 温永俊 王凤雪 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第4期131-138,共8页
为建立一种针对牛病毒性腹泻病毒的检测方法,本研究针对牛病毒性腹泻病毒的5'UTR设计特异性引物及TaqMan探针,进行扩增,进而构建阳性重组质粒。经过条件优化建立了牛病毒性腹泻病毒的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示:建立的实... 为建立一种针对牛病毒性腹泻病毒的检测方法,本研究针对牛病毒性腹泻病毒的5'UTR设计特异性引物及TaqMan探针,进行扩增,进而构建阳性重组质粒。经过条件优化建立了牛病毒性腹泻病毒的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示:建立的实时荧光定量PCR检测方法在阳性标准质粒拷贝数在1×10^(4)~1×10^(8)拷贝/μL时,线性关系良好,线性相关系数R2=0.998;该方法最低检测限为10拷贝/μL;可以特异性检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV),与牛冠状病毒(BCV)、牛轮状病毒(BRV)、牛副流感病毒3型(BPIV-3),以及牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)不发生交叉反应,病毒滴度与拷贝数线性关系良好,线性相关系数R2=0.997;与商品化检测试剂盒的符合率为97.5%。该方法为牛病毒性腹泻病毒的早期快速诊断提供了有力的技术支持。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 taqman荧光定量PCR 5'UTR
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猪巨细胞病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法
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作者 张岳 孙彤 +5 位作者 郭洁真 魏晓锋 熊炜 刘静宜 陈鸿军 陈丹清 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期119-124,共6页
猪巨细胞病毒(PCMV)感染可导致猪食欲废绝,母猪流产,产木乃伊胎,仔猪发育不良等临床症状,且分布广泛,对异种器官移植也存在潜在威胁。本研究针对PCMV保守基因DPOL设计引物探针,建立TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示:检测限可达10拷... 猪巨细胞病毒(PCMV)感染可导致猪食欲废绝,母猪流产,产木乃伊胎,仔猪发育不良等临床症状,且分布广泛,对异种器官移植也存在潜在威胁。本研究针对PCMV保守基因DPOL设计引物探针,建立TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示:检测限可达10拷贝,灵敏度高;变异系数<2%,标准曲线R2=0.998,重复性好,具有高特异性;对上海市及江苏省常州市170份血清样本进行检测,5份样品为可疑结果。本研究建立的方法可用于养殖场猪感染PCMV的筛查,对该病防控具有重要意义。 展开更多
关键词 猪巨细胞病毒 DPOL基因 taqman探针 实时荧光定量PCR
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盖塔病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 顾志刚 郭洁真 +4 位作者 王子涵 孙彤 陈鸿军 孙竹筠 陈丹清 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期112-118,共7页
盖塔病毒(GETV)是一种在我国广泛分布的虫媒病毒,可通过蚊虫传播感染人畜,导致猪、马等动物出现发热、出疹及淋巴结肿大等症状,可致妊娠母猪流产或死胎。目前尚无特效治疗方式。本研究根据GenBank公布的盖塔病毒nsP1基因序列,设计3组引... 盖塔病毒(GETV)是一种在我国广泛分布的虫媒病毒,可通过蚊虫传播感染人畜,导致猪、马等动物出现发热、出疹及淋巴结肿大等症状,可致妊娠母猪流产或死胎。目前尚无特效治疗方式。本研究根据GenBank公布的盖塔病毒nsP1基因序列,设计3组引物探针,筛选出最佳的引物探针,建立一种灵敏度高、特异性强的针对盖塔病毒的TaqMan探针实时荧光定量RTPCR检测方法。对该方法进行敏感性、特异性、重复性试验和临床样品检测。标准曲线Ct值与相应质粒标准品浓度存在良好的线性关系,相关系数(R^(2))为0.9989;对含GETV基因的重组质粒pCDNA3.1-nsP1体外转录RNA进行敏感性试验,最低检出限达10 copies,是普通RT-PCR方法的1000倍,敏感性高;与PRRSV、CSFV与PEDV的核酸不发生交叉反应,特异性好;变异系数小于2%,重复性好。本研究建立了一种敏感、特异的GETV检测方法,对GETV的快速诊断具有重要意义。 展开更多
关键词 盖塔病毒 nsP1 taqman探针 实时荧光定量RT-PCR
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PDCoV N基因TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 马翮斯 罗灵芝 +2 位作者 王元红 虞凌雪 李国新 《中国猪业》 2025年第5期65-72,共8页
猪德尔塔冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV)是一种对哺乳仔猪致病性较强的病原体,感染后可导致急性水样腹泻、呕吐以及高死亡率(30%-50%),对全球养猪业危害严重。为建立一种灵敏且准确的PDCoV检测方法,本研究基于PDCoV N基因的... 猪德尔塔冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV)是一种对哺乳仔猪致病性较强的病原体,感染后可导致急性水样腹泻、呕吐以及高死亡率(30%-50%),对全球养猪业危害严重。为建立一种灵敏且准确的PDCoV检测方法,本研究基于PDCoV N基因的保守序列设计特异性引物和探针,优化反应体系,成功构建了一种TaqMan荧光定量PCR(qPCR)检测方法。以PDCoV N基因重组质粒作为标准品,该方法在8.79×10^(1)-8.79×10^(8) copies/μL范围内线性关系良好(R^(2)=0.997,斜率=-3.236),最佳引物和探针浓度分别为0.4μmol/L和0.2μmol/L。结果显示,该方法敏感性高,最低检测限为8.79 copies/μL;特异性强,与猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)均无交叉反应;重复性好,组间变异系数和组内变异系数均小于1.5%。本研究建立的qPCR方法可为PDCoV的临床检测和流行病学调查提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 猪德尔塔冠状病毒 核衣壳基因 taqman qPCR 仔猪腹泻
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犊牛轮状病毒TaqMan荧光定量PCR快速检测方法的建立
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作者 王小月 代广 +4 位作者 董李学 孙月川 常丽云 王睿尧 张子佳 《现代畜牧科技》 2025年第9期1-4,共4页
通过分析GenBank中BRV的VP6基因序列特征,该研究成功优化设计了特异性引物与探针,绘制标准曲线,并对该方法的灵敏度、特异性及重复性等核心指标进行全面的验证。结果显示,质粒标准品Ct值与浓度间呈现优良的线性相关性(R^(2)=0.9995),灵... 通过分析GenBank中BRV的VP6基因序列特征,该研究成功优化设计了特异性引物与探针,绘制标准曲线,并对该方法的灵敏度、特异性及重复性等核心指标进行全面的验证。结果显示,质粒标准品Ct值与浓度间呈现优良的线性相关性(R^(2)=0.9995),灵敏性可达2.18×10^(1)拷贝/μL,同时,该方法仅检测出BRV质粒标准品的特异扩增曲线,阴性对照没有出现荧光信号,说明其具有良好的特异性。该方法的变异系数小于1%,说明此方法具有良好重复性。对临床样本进行检测,该方法检测出的牛轮状病毒感染阳性率为14.0%,常规的PCR方法检测出的病毒感染阳性率为12.0%,该方法适用于临床检测。 展开更多
关键词 犊牛 taqman 荧光定量PCR 轮状病毒 检测
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DNA实验室人源性DNA污染TaqMan qPCR检测方法的建立及应用
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作者 沈高芳 周咏松 +4 位作者 张健球 嵇世有 吴应锋 尚昊 朱波峰 《法医学杂志》 北大核心 2025年第1期66-73,共8页
目的基于实时定量PCR(real time quantitative PCR,qPCR)技术,建立一种灵敏度高、特异性好的人源性DNA检测方法,以实现对DNA实验室中潜在DNA污染源的快速检测。方法以人18S rRNA基因的参考序列为模板,用Primer ExpressTM设计引物和探针... 目的基于实时定量PCR(real time quantitative PCR,qPCR)技术,建立一种灵敏度高、特异性好的人源性DNA检测方法,以实现对DNA实验室中潜在DNA污染源的快速检测。方法以人18S rRNA基因的参考序列为模板,用Primer ExpressTM设计引物和探针,用矩阵法筛选最优引物-探针组合。用人18S rRNA基因靶标序列的PCR扩增产物构建质粒,并用质粒标准品绘制qPCR体系的标准曲线。参照《实时定量PCR实验发表的最少信息要求指南》(the MIQE guidelines)要求,评估qPCR体系的特异性、灵敏度、重复性及应用效果。结果建立的qPCR体系的分析灵敏度为5.3×10^(-5) ng/μL,对人源性DNA样本具有较好的特异性。qPCR体系的相关系数为-0.999,扩增效率为100%,批次内和批次间变异系数均小于2%。结论建立的人源性DNA qPCR检测方法的特异性好、灵敏度高、稳定性好,可用于DNA实验室污染的快速检测和实验室环境中累积的人源性DNA的日常监控。 展开更多
关键词 法医遗传学 DNA污染 实验室 实时定量PCR(qPCR) taqman探针 法医DNA分析
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