【目的】建立一种猪A群轮状病毒(porcine rotavirus group A, PoRV A)快速检测方法,用于PoRV检测和流行病学调查。【方法】参考GenBank中猪A群轮状病毒(PoRVA)VP6基因序列(登录号MT025937.1、OP978242.1、PP566178.1)设计特异性引物和探...【目的】建立一种猪A群轮状病毒(porcine rotavirus group A, PoRV A)快速检测方法,用于PoRV检测和流行病学调查。【方法】参考GenBank中猪A群轮状病毒(PoRVA)VP6基因序列(登录号MT025937.1、OP978242.1、PP566178.1)设计特异性引物和探针,优化反应体系中引物和探针的浓度,建立Taq Man RT-qPCR检测方法,并通过特异性、灵敏性和重复性的结果以及临床应用对该方法进行评价。【结果】该方法可特异性扩增PoRV核酸,最低检出限度为27.0 copies·μL^(-1),灵敏度高于普通RT-PCR 100倍;与猪流行性腹泻病毒(porcine epidemicdiarrheavirus,PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(porcinedeltacoronavirus,PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis of swine, TGEV)核酸均无交叉反应;组内和组间变异系数均小于1.10%,重复性好。151份疑似PoRV的临床样品使用RT-qPCR进行检测,结果显示检出率为42.38%(64/151),优于常规RT-PCR的检出率(33.11%,50/151)。【结论】本研究基于猪A群轮状病毒VP6基因,建立了适用于PoRV A检测及其流行病学调查的Taq Man实时荧光定量PCR检测方法,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等优势,为猪轮状病毒检测和流行病学调查提供了技术手段。展开更多
【目的】建立快速检测棉花根际细菌的Taq Man探针实时荧光定量PCR,对新疆棉花不同生育时期根际细菌数量进行检测以及时空动态分析。【方法】根据棉花根际细菌16S r DNA基因序列,设计、合成特异性引物和Tag Man探针,以构建的重组质粒作...【目的】建立快速检测棉花根际细菌的Taq Man探针实时荧光定量PCR,对新疆棉花不同生育时期根际细菌数量进行检测以及时空动态分析。【方法】根据棉花根际细菌16S r DNA基因序列,设计、合成特异性引物和Tag Man探针,以构建的重组质粒作为阳性标准品,建立标准曲线,并对实际样品进行检测。【结果】新疆棉花不同生育时期根际细菌数量变化不尽相同:库尔勒、阿拉尔和哈密的棉花根际细菌数量变化趋势在苗期至花期之间相同,而花期至絮期之间变化各不相同;石河子、乌苏和图木舒克的棉花在整个生育时期内根际细菌数量变化趋势基本相同;精河的棉花根际细菌从苗期开始缓慢增加,蕾期至花期之间变化不大,花期之后快速增加。新疆不同采样地点棉花根际细菌数量变化也不尽相同:根际细菌数量变化趋势是东疆、南疆、北疆依次减少。其中,棉花根际细菌数量最多的是东疆地区的哈密,吐絮期达到1.7×10~7copies/g(FRW),最少的是北疆地区的精河,苗期仅为8.5×10~4copies/g(FRW)。【结论】建立的Taq Man探针实时荧光定量PCR方法可以快速检测棉花根际细菌的数量,新疆棉花根际细菌数量在时间和空间上变化不尽相同,其中,根际细菌数量最多的是哈密的吐絮期,最少的是精河的苗期。展开更多
文摘【目的】建立一种猪A群轮状病毒(porcine rotavirus group A, PoRV A)快速检测方法,用于PoRV检测和流行病学调查。【方法】参考GenBank中猪A群轮状病毒(PoRVA)VP6基因序列(登录号MT025937.1、OP978242.1、PP566178.1)设计特异性引物和探针,优化反应体系中引物和探针的浓度,建立Taq Man RT-qPCR检测方法,并通过特异性、灵敏性和重复性的结果以及临床应用对该方法进行评价。【结果】该方法可特异性扩增PoRV核酸,最低检出限度为27.0 copies·μL^(-1),灵敏度高于普通RT-PCR 100倍;与猪流行性腹泻病毒(porcine epidemicdiarrheavirus,PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(porcinedeltacoronavirus,PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis of swine, TGEV)核酸均无交叉反应;组内和组间变异系数均小于1.10%,重复性好。151份疑似PoRV的临床样品使用RT-qPCR进行检测,结果显示检出率为42.38%(64/151),优于常规RT-PCR的检出率(33.11%,50/151)。【结论】本研究基于猪A群轮状病毒VP6基因,建立了适用于PoRV A检测及其流行病学调查的Taq Man实时荧光定量PCR检测方法,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等优势,为猪轮状病毒检测和流行病学调查提供了技术手段。
