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基于Super-GBS测序的非洲菊种质遗传多样性与遗传结构分析: 1; 作者曹奕鸯夏朝水 +3 位作者甘玮欣林发壮林辉锋陈玮婷《西南农业学报》北大核心 2025年第10期2129-2137,共9页; 【目的】分析151份7种不同类型非洲菊种质资源遗传多样性和遗传结构,为非洲菊种质资源的引进、保护及育种利用等提供依据。【方法】以151份非洲菊种质为材料,利用Super-GBS测序技术对基因组SNP位点进行检测,基于获得的高质量SNP对非洲... 展开更多; 关键词非洲菊 super-gbs SNP 遗传多样性遗传结构; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘被引量：1: 2; 作者焦阳姜晓旭 +4 位作者徐洋谌苗苗钟亮徐亮李喜升《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期213-221,共9页; 基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支... 展开更多; 关键词柞蚕基因组 SNP位点 super-gbs 遗传结构; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于Super-GBS技术的高粱籽粒酿造相关性状QTL定位被引量：7: 3; 作者丁延庆徐建霞 +5 位作者汪灿周棱波张国兵赵强邵明波张立异《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期241-250,共10页; 为探究酒用高粱籽粒酿造性状的遗传基础,本研究利用超级基因分型技术(Supper-GBS)技术对BTx623×红缨子的205个家系的重组自交系(RIL)群体开展基因分型,构建了包含1910个单核苷酸多态性标记(SNP),标记平均间距为0.47 cM的连锁图谱... 展开更多; 关键词高粱 super-gbs 酿造相关性状遗传定位 QTL; 在线阅读下载PDF 职称材料

乌鳢生长性状全基因组关联分析: 4; 作者李娴王亚 +6 位作者曹霄朱树人安丽朱永安孟庆磊董文董俊《渔业研究》 2026年第1期14-23,共10页; 【目的】乌鳢(Channa argus)是中国重要的淡水经济鱼类,近年来受环境和养殖方式等影响,其种质资源逐渐退化。本文利用全基因组关联分析(GWAS)方法研究乌鳢生长性状的遗传基础,以期为其种质资源保护和良种选育提供依据。【方法】利用Illu... 展开更多; 关键词乌鳢全基因组关联分析(GWAS) 生长性状 super-gbs; 在线阅读下载PDF 职称材料

作孚连蕊茶的形态特征观测和SNP位点分析被引量：1: 5; 作者沈琳周利张亚利《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期90-92,共3页; 对作孚连蕊茶(Camellia tsofui S.S.Chien)3个单株(分别采自重庆缙云山和浙江国际山茶物种园)的主要形态特征进行观测和比较,并采用Super-GBS技术进行SNP位点相似度分析。与原始文献描述相比,作孚连蕊茶在原生境和迁地栽培环境存在以下... 展开更多; 关键词作孚连蕊茶形态特征 super-gbs技术 SNP位点; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Super-GBS测序的非洲菊种质遗传多样性与遗传结构分析: 1; 作者曹奕鸯夏朝水甘玮欣林发壮林辉锋陈玮婷; 机构三明市农业科学研究院福建省(山区)作物遗传改良与创新利用重点实验室; 出处《西南农业学报》北大核心 2025年第10期2129-2137,共9页; 基金中央引导地方科技发展专项项目(2019L3025) 福建省科技计划引导性项目(2024N0067) 三明市科技计划项目(2024-N-036)。; 文摘【目的】分析151份7种不同类型非洲菊种质资源遗传多样性和遗传结构,为非洲菊种质资源的引进、保护及育种利用等提供依据。【方法】以151份非洲菊种质为材料,利用Super-GBS测序技术对基因组SNP位点进行检测,基于获得的高质量SNP对非洲菊种质进行遗传多样性参数、遗传距离、PCA主成分、系统进化、遗传结构等分析。【结果】151份非洲菊种质测序共获得有效数据88.2 Gb,高质量序列(Clean reads)604216282条,构建出的参考基因组含有269599条序列,经过滤后共获得41686个高质量SNP位点。不同类型非洲菊群体间观测杂合度(Ho)为0.1419~0.1888,期望杂合度(He)为0.1401~0.2293,多态信息含量(PIC)为0.1115~0.1888,核苷酸多样性(Pi)范围为0.1652~0.2289,观测等位基因数(Na)为1.3675~1.971,有效等位基因数(Ne)为1.2420~1.3630,卷曲花瓣、球型及盆栽类型群体遗传多样性较低,常规及复色类型非洲菊群体遗传多样性较丰富。不同类型非洲菊群体间的遗传距离为0.0047~0.2738,常规类型与复色类型非洲菊群体间的遗传距离最小,亲缘关系最近,卷曲花瓣型与盆栽型非洲菊群体间的遗传距离最大,亲缘关系最远。系统进化树及遗传结构分析结果均显示不同类型种质可划分为5个类群,盆栽类型单独聚为一个类群,卷曲花瓣、球型等来源单一的种质分布较为集中,群内种质间亲缘关系较近,而常规、复色、丝状花瓣等类型种质较分散。【结论】不同类型非洲菊种质间遗传多样性差异较大,相同类型且来源单一的非洲菊种质遗传多样性较低,亲缘关系较近,不同类型种质可划分为5个类群。研究结果可为后续非洲菊种质资源的引进、保护及育种效率的提高等提供依据。; 关键词非洲菊 super-gbs SNP 遗传多样性遗传结构; Keywords Gerbera jamesonii super-gbs SNP Genetic diversity Genetic structure; 分类号 S682.1 [农业科学—观赏园艺]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘被引量：1: 2; 作者焦阳姜晓旭徐洋谌苗苗钟亮徐亮李喜升; 机构辽宁省蚕业科学研究所; 出处《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期213-221,共9页; 基金辽宁省农业科学院院长基金项目(2022MS0404) 辽宁省农业科学院柞蚕种质资源发掘创新与利用项目(2021GR2901) +3 种基金柞蚕品种选育项目(2022DD175629) 辽宁省兴辽英才计划项目(XLYC2005011)。; 文摘基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支撑。以白体色小白蚕为母本、黄体色H04为父本,获得BC1M群体(110个)、F_(1)(3个)、P_(1)(1个)、P_(2)(1个)总计115个柞蚕材料,利用PstⅠ-HF/MspⅠ双酶切基因组构建Super-GBS文库并测序,使用BWA软件将过滤后的序列数据比对到柞蚕参考基因组,采用GATK软件开发SNP标记,使用SnpEff软件注释SNP位点及R语言分析遗传结构。测序共产生序列数据量为106.39 Gb,过滤后的平均读长为0.89 Gb,Q30测序质量值平均为90.11%,比对率平均为98.48%。共得到有效SNP位点141100个,主要位于基因间隔区、内含子区、基因下游、上游,其中C/T、A/G变异类型最多,转换与颠换的比例为1.296187∶1。SNP位点变异主要为同义突变和错义突变,产生修饰(MODIFIER)影响。主成分与聚类分析将115个样品分为4组(P_(1)、P_(2)、F_(1)、BC_(1)M),反映了样品的遗传背景及亲缘关系,群体遗传分化指数F_(ST)在0.0003777~0.8272间,群体遗传距离DR分布在0.0004~1.7556,F_(ST)与DR均表现出明显的遗传背景上的聚类。结果表明,Super-GBS技术能够获得大量柞蚕SNP位点信息,可用于SNP标记开发,且开发的SNP标记能够对115个样品的亲缘关系、体色演变进行解释,为今后柞蚕种质资源评价与鉴定、分子标记辅助育种工作奠定基础。; 关键词柞蚕基因组 SNP位点 super-gbs 遗传结构; Keywords Antheraea pernyi Genome SNP site super-gbs Genetic structure; 分类号 S885.1 [农业科学—特种经济动物饲养] S881.26 [农业科学—特种经济动物饲养]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Super-GBS技术的高粱籽粒酿造相关性状QTL定位被引量：7: 3; 作者丁延庆徐建霞汪灿周棱波张国兵赵强邵明波张立异; 机构贵州省农业科学院旱粮研究所; 出处《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期241-250,共10页; 基金贵州省基础研究计划项目(黔科合基础[2020]1Y103) 国家自然科学基金(32160459) +1 种基金中央引导地方科技发展资金项目(黔科中引地[2022]4011)。; 文摘为探究酒用高粱籽粒酿造性状的遗传基础,本研究利用超级基因分型技术(Supper-GBS)技术对BTx623×红缨子的205个家系的重组自交系(RIL)群体开展基因分型,构建了包含1910个单核苷酸多态性标记(SNP),标记平均间距为0.47 cM的连锁图谱。结合两年4个环境的表型数据,利用完备区间作图法(ICIM)对籽粒总淀粉含量、支链淀粉含量、单宁含量、硬度和颜色等5个酿造性状进行了数量性状位点(QTL)定位。结果表明,在高粱的1~9号染色体上检测到9、7、11、5和3个QTL分别与总淀粉含量、支链淀粉含量、单宁含量、籽粒硬度和籽粒颜色相关,一共涉及到35个不同的QTL,其中15个QTL与前人定位结果一致。在多个性状和环境中检测到3个重要遗传区段,分别位于1号染色体(66.30~71.55 Mb)、4号染色体(54.00~62.3 Mb)以及6号染色体(54.59~57.57 Mb),其中包括已知的Tan1和Y1基因,以及6个与淀粉和类黄酮合成途径相关的候选基因,如编码β-淀粉酶、黄烷酮3-羟化酶和bHLH转录因子等。本研究结果为酿造性状相关基因的进一步克隆奠定了基础,也为利用标记辅助育种加快酒用高粱的新品种选育提供了理论依据。; 关键词高粱 super-gbs 酿造相关性状遗传定位 QTL; Keywords sorghum super-gbs brewing related traits genetic mapping QTL; 分类号 S514 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乌鳢生长性状全基因组关联分析: 4; 作者李娴王亚曹霄朱树人安丽朱永安孟庆磊董文董俊; 机构山东省淡水渔业研究院微山县渔业发展服务中心; 出处《渔业研究》 2026年第1期14-23,共10页; 基金山东省重点研发计划(2021LZGC029) 国家淡水水产种质资源库(FGRC:18537)。; 文摘【目的】乌鳢(Channa argus)是中国重要的淡水经济鱼类,近年来受环境和养殖方式等影响,其种质资源逐渐退化。本文利用全基因组关联分析(GWAS)方法研究乌鳢生长性状的遗传基础,以期为其种质资源保护和良种选育提供依据。【方法】利用Illumina Nova(PE150)平台和Super-GBS技术对405尾乌鳢进行简化基因组测序;利用EMMAX软件的高效混合模型进行GWAS分析,寻找与乌鳢生长性状显著关联的单核苷酸多态性(SNP)位点;扫描显著性位点上下游50 kb的序列,查找潜在候选基因,根据NCBI数据库和文献检索结果,注释候选基因的生物学功能,筛选与目标性状相关的候选功能基因。【结果】测序数据过滤后,共获得47 536个SNP位点,GWAS分析筛选到3个与体质量性状显著关联的SNP位点,即2831060、2830864、2830886。扫描显著性位点上下游50 kb序列,注释到7个与体质量相关联的候选功能基因;此外,还筛选到6个全长性状潜在关联的SNP位点,注释到17个与全长性状相关联的潜在候选功能基因。在这些功能基因中,有7个基因与全长和体质量性状均存在关联,分别是irak3、tuba1a、hspa14、prl、rint1、helb和net1,其主要参与乌鳢的生长代谢、发育调控、细胞增殖和免疫调控等生物学过程。【结论】本研究挖掘的SNP及功能基因与乌鳢的体质量和全长性状存在显著关联,可为乌鳢生长性状的机制解析、良种选育和资源保护提供重要参考。; 关键词乌鳢全基因组关联分析(GWAS) 生长性状 super-gbs; Keywords Channa argus genome-wide association study(GWAS) growth traits super-gbs; 分类号 S917.4 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名作孚连蕊茶的形态特征观测和SNP位点分析被引量：1: 5; 作者沈琳周利张亚利; 机构上海上园苗木有限公司南山植物园上海市农业科学院林木果树研究所; 出处《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期90-92,共3页; 基金上海市花卉产业技术体系建设〔沪农科产字(2022)第8号〕。; 文摘对作孚连蕊茶(Camellia tsofui S.S.Chien)3个单株(分别采自重庆缙云山和浙江国际山茶物种园)的主要形态特征进行观测和比较,并采用Super-GBS技术进行SNP位点相似度分析。与原始文献描述相比,作孚连蕊茶在原生境和迁地栽培环境存在以下变异:生活型为灌木或小乔木,花顶生和腋生,花蕾白色或紫红色,花梗及萼片总长6~12 mm,游离花丝疏被毛或近无毛,柱头3裂,裂片长不足1 mm,或1~3 mm。此外,幼叶绿色或紫红色;蒴果近球形,横径5~13 mm,1室,种子1粒;种子近球形,深褐色。作孚连蕊茶3个单株两两之间的SNP位点相似度均在93%以上,为作孚连蕊茶的种内变异。; 关键词作孚连蕊茶形态特征 super-gbs技术 SNP位点; Keywords Camellia tsofui S.S.Chien morphological character super-gbs technology SNP site; 分类号 Q944 [生物学—植物学] Q946-33 [生物学—植物学] S684 [农业科学—观赏园艺]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于Super-GBS测序的非洲菊种质遗传多样性与遗传结构分析	曹奕鸯夏朝水甘玮欣林发壮林辉锋陈玮婷	《西南农业学报》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘	焦阳姜晓旭徐洋谌苗苗钟亮徐亮李喜升	《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于Super-GBS技术的高粱籽粒酿造相关性状QTL定位	丁延庆徐建霞汪灿周棱波张国兵赵强邵明波张立异	《核农学报》 CAS CSCD 北大核心	2023	7	在线阅读下载PDF 职称材料
4	乌鳢生长性状全基因组关联分析	李娴王亚曹霄朱树人安丽朱永安孟庆磊董文董俊	《渔业研究》	2026	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	作孚连蕊茶的形态特征观测和SNP位点分析	沈琳周利张亚利	《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料