针对香菇育种过程中表型性状考察困难、人工测量费时费力的问题,提出一种适用于Jetson Orin Nano平台部署的香菇菌棒表型测量方法。使用手机和工业相机对3种不同数据来源的香菇菌棒进行图像采集,标注香菇菌落数据集并进行增强;比较了Bis...针对香菇育种过程中表型性状考察困难、人工测量费时费力的问题,提出一种适用于Jetson Orin Nano平台部署的香菇菌棒表型测量方法。使用手机和工业相机对3种不同数据来源的香菇菌棒进行图像采集,标注香菇菌落数据集并进行增强;比较了Bisenet、Stdcseg、U-net、Deeplabv3p、PP-liteseg 5个分割模型在Test-A、Test-B和Test-C测试集上的分割效果,结果表明PP-liteseg的普适性优于其他网络,PP-liteseg分割模型在3个测试集上的平均交并比超过97.53%,平均像素准确率高于99.49%,推理单幅图像耗时660 ms;为进一步平衡模型准确性和实时性,采用量化蒸馏方式对PP-liteseg模型进行压缩,并部署到Jetson Orin Nano平台上,压缩后的模型在Test-B测试集上的平均交并比和平均像素准确率分别为97.50%和99.51%,推理单幅图像耗时43.63 ms,比压缩前缩短近64%;采用PP-liteseg分割香菇菌棒图像,提取菌落表型,再根据菌落径向长度和轴向宽度得到菌丝生长长度,与人工测量值相比,菌丝生长长度平均绝对百分比误差、均方根误差和决定系数分别为1.874%、0.148 cm、0.918;采用该方法测量了6个菌株在连续4 d内的菌丝生长长度,结果表明,6个菌株的菌丝生长速度无论在单日还是在整个培养期内均有差异,其中49号和168号菌株差异最大。研究表明,本文方法适用于香菇菌棒表型测量,并能够以良好的准确性和实时性在Jetson Orin Nano平台上运行。展开更多
文摘针对香菇育种过程中表型性状考察困难、人工测量费时费力的问题,提出一种适用于Jetson Orin Nano平台部署的香菇菌棒表型测量方法。使用手机和工业相机对3种不同数据来源的香菇菌棒进行图像采集,标注香菇菌落数据集并进行增强;比较了Bisenet、Stdcseg、U-net、Deeplabv3p、PP-liteseg 5个分割模型在Test-A、Test-B和Test-C测试集上的分割效果,结果表明PP-liteseg的普适性优于其他网络,PP-liteseg分割模型在3个测试集上的平均交并比超过97.53%,平均像素准确率高于99.49%,推理单幅图像耗时660 ms;为进一步平衡模型准确性和实时性,采用量化蒸馏方式对PP-liteseg模型进行压缩,并部署到Jetson Orin Nano平台上,压缩后的模型在Test-B测试集上的平均交并比和平均像素准确率分别为97.50%和99.51%,推理单幅图像耗时43.63 ms,比压缩前缩短近64%;采用PP-liteseg分割香菇菌棒图像,提取菌落表型,再根据菌落径向长度和轴向宽度得到菌丝生长长度,与人工测量值相比,菌丝生长长度平均绝对百分比误差、均方根误差和决定系数分别为1.874%、0.148 cm、0.918;采用该方法测量了6个菌株在连续4 d内的菌丝生长长度,结果表明,6个菌株的菌丝生长速度无论在单日还是在整个培养期内均有差异,其中49号和168号菌株差异最大。研究表明,本文方法适用于香菇菌棒表型测量,并能够以良好的准确性和实时性在Jetson Orin Nano平台上运行。
文摘目的检测PP1A与GSDME在结直肠癌组织中的表达与CD8^(+)T淋巴细胞丰度,探讨PP1A与GSDME介导焦亡的相关性和临床意义。方法应用GEPIA数据库分析PP1A与GSDME在结直肠癌组织与正常组织中mRNA的表达。采用Western blot法检测结直肠癌组织与对应癌旁正常黏膜中PP1A蛋白表达水平,运用免疫组化法检测107例结直肠癌与癌旁正常黏膜中PP1A、GSDME蛋白的表达和CD8^(+)T淋巴细胞丰度。利用Spearman等级相关性分析PP1A、GSDME和CD8^(+)T淋巴细胞丰度的相关性。结果GEPIA数据库检索显示,PP1A与GSDME的mRNA在结直肠癌组织和正常组织中的表达差异有统计学意义(P<0.05)。Western blot法检测结果显示,结直肠癌组织中PP1A相对表达量明显高于癌旁组织(0.937 vs 0.643,P<0.001)。免疫组化结果显示,结直肠癌组织中PP1A的表达明显高于正常黏膜,而GSDME的表达明显低于正常黏膜(P<0.05),GSDME表达与结直肠癌患者年龄、临床分期和错配修复蛋白密切相关(P<0.05);CD8^(+)T细胞在癌浸润前沿的分布明显高于癌旁正常黏膜,且CD8^(+)T细胞在癌组织中的分布与pT分期、临床分期及淋巴结转移相关。Spearman相关性分析显示,PP1A与GSDME表达呈负相关(r=-0.196,P<0.05)。PP1A阳性结直肠癌患者的总生存期低于PP1A阴性患者(P<0.05),患者预后与分化程度、淋巴结转移、pT分期和临床分期相关。PP1A表达、肿瘤分化程度、临床分期、pT分期和淋巴结转移均是影响结直肠癌患者预后的独立危险因素。结论PP1A在结直肠癌中高表达,与GSDME介导的细胞焦亡呈负相关,两者表达差异性与结直肠癌的发生、发展及预后均密切相关,可作为判断结直肠癌患者预后的潜在指标,CD8^(+)T细胞的差异性分布可能与GSDME介导的细胞焦亡及肿瘤的发展相关。
