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题名繁缕核糖体失活蛋白基因克隆及序列分析
被引量：2
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作者
郑玉红
赵海光
单宇
周建建
何树兰
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机构
江苏省中国科学院植物研究所
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期14-20,共7页
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基金
江苏省药用植物研究中心开放基金资助项目(200802)
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文摘
采用同源克隆结合RACE法,克隆了繁缕核糖体失活蛋白的全长cDNA,命名为q3(GenBank accession GQ870262)。序列分析结果表明,q3的开放阅读框(ORF)长780 bp,编码259个氨基酸。序列G+C含量为41.5%,与大部分Ⅰ型RIP基因相近。q3编码的蛋白质命名为Q3,理论分子量为28.16 kD,pI为9.44,均与Ⅰ型核糖体失活蛋白相近;包含由23个氨基酸组成的信号肽。功能结构域分析发现,该蛋白含有3个蛋白激酶磷酸化位点、4个络氨酸蛋白激酶磷酸化位点和7个N-肉豆蔻酰化位点。三级结构预测发现,有35.52%的氨基酸残基参与了α螺旋,24.32%的氨基酸残基组成延伸链,40.15%的氨基酸残基随机缠绕其中。基于繁缕及其近缘种核糖体失活蛋白的氨基酸序列构建的系统发育树显示,其结构与经典分类结果基本一致。
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关键词
繁缕
核糖体失活蛋白
基因克隆
序列分析
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Keywords
stellaria media ribosome inactivating proteins gene cloning sequence analysis
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分类号
Q785
[生物学—分子生物学]
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题名6个植物核糖体失活蛋白新基因片段的克隆及特征分析
被引量：1
- 2
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作者
阮小蕾
刘丽芳
陈秀
何自福
李华平
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机构
华南农业大学植物病毒研究室
广东省农业科学院植物保护研究所
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出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期7-11,共5页
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基金
国家自然科学基金(30370929)
广东省植物保护新技术重点实验室开放基金(植重2007-01)
广东省科技攻关项目(C20209)资助
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文摘
通过分析多种不同来源的植物RIPs的氨基酸序列,据其保守区域设计1对植物通用简并引物P1、P2,对基因组进行PCR扩增,分别从海芋Araceae macrorrhiza、烟草Nicotiana tobaccum、剑麻Agavaccae aga-ve、望江南Cassia occidentalis、那坡指天蕉Musaspp.(BB)、邻水野蕉Musaspp.(AA)中获得1个基因片段。BLAST分析表明:它们推导的氨基酸序列只与多种不同来源的RIPs有相似性。其中,与葫芦科2个代表RIP相应区段的相似性最高,与-βluffin基因的相似性分别为97.2%、98.5%、97.9%、89.4%、97.9%、97.2%,与天花粉蛋白(trichosanthin,TCS)的相似性分别为63.6%、64.5%、64.1%、60.8%、64.8%、和63.6%。多重序列比对发现:6个序列中分别有10、9、11、11、9、10个残基氨基酸与TCS的N-糖苷酶活性位点的残基完全相同,只是残基位置不一致,仅有个别残基发生了变化。所有的N-糖苷酶活性位点都在P1/P2扩增区段内。
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关键词
核糖体失活蛋白
基因克隆
序列分析
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Keywords
ribosome-inactivating proteins
gene clone
sequence analysis
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分类号
Q753
[生物学—分子生物学]
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