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贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
被引量：
19
1
作者
陈立杰
张素勤
+6 位作者
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期33-40,共8页
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF...
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.
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关键词
古茶树
特异位点扩增片段测序(
slaf
-seq)
SNP
进化树
PCA
遗传结构
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职称材料
中国野莲居群遗传多样性及群体结构分析
被引量：
4
2
作者
刘正位
肖彬
+6 位作者
朱红莲
匡晶
季群
彭静
李峰
孙亚林
柯卫东
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期278-287,共10页
以我国长江中下游地区和北方地区33个居群的195份野莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)为材料,基于SLAF简化基因组测序技术,对不同区域野莲居群的遗传多样性进行研究。结果显示:通过测序共得到742992个SLAF标签,挖掘高质量SNP位点1064789个;...
以我国长江中下游地区和北方地区33个居群的195份野莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)为材料,基于SLAF简化基因组测序技术,对不同区域野莲居群的遗传多样性进行研究。结果显示:通过测序共得到742992个SLAF标签,挖掘高质量SNP位点1064789个;供试材料基因型差异明显,主要可分为长江流域和东北区域2个亚群。研究结果支持长江流域野莲和东北区域野莲应分属为亚热带及温带生态型莲。我国野莲居群总多样性较低(π=1.04×10^(-5)),居群间平均分化系数较高(F_(ST)=0.42)。长江中下游地区不同湖泊野莲π值变幅为0.5×10^(-5)~2.2×10^(-5),梁子湖野莲多样性最为丰富。梁子湖区域内各个小湖π值为3.13×10^(-6)~2.3×10^(-5),表明小湖内不同居群仍存有较大遗传差异。北部地区不同湖泊野莲π值变幅为3.05×10^(-6)~1.50×10^(-5),山东梁山古代莲多样性最为丰富。长江中下游地区野莲遗传多样性高于北部地区且两者间分化程度较高(F_(ST)=0.34),表明野莲居群间和区域间均有较高的分化程度,原因可能是野莲居群内主要为克隆繁殖,而居群间基因交流少所致。
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关键词
莲
野莲居群
遗传多样性
slaf
简化基因组测序
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职称材料
题名
贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
被引量：
19
1
作者
陈立杰
张素勤
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
机构
贵州大学资产经营办公室
贵州大学农学院
贵州大学茶学院
贵阳市花溪区农业局
出处
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期33-40,共8页
基金
中央财政农业生产发展基金(黔财农[2015]240号)
贵州省农业攻关项目(黔科合支撑[2016]2603号,黔科合支撑[2018]2330号)
文摘
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.
关键词
古茶树
特异位点扩增片段测序(
slaf
-seq)
SNP
进化树
PCA
遗传结构
Keywords
ancient Camellia sinensis
specific-locus
amplified
fragment
sequencing
(
slaf
-seq)
SNP(single nucleotide polymorphism)
phylogenetic tree
PCA
genetic structure
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
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职称材料
题名
中国野莲居群遗传多样性及群体结构分析
被引量：
4
2
作者
刘正位
肖彬
朱红莲
匡晶
季群
彭静
李峰
孙亚林
柯卫东
机构
武汉市农业科学院
华中农业大学园艺林学学院
出处
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期278-287,共10页
基金
国家重点研发计划专项(2016YFD0100204)
国家特色蔬菜产业技术体系项目(CARS-24-A-12)。
文摘
以我国长江中下游地区和北方地区33个居群的195份野莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)为材料,基于SLAF简化基因组测序技术,对不同区域野莲居群的遗传多样性进行研究。结果显示:通过测序共得到742992个SLAF标签,挖掘高质量SNP位点1064789个;供试材料基因型差异明显,主要可分为长江流域和东北区域2个亚群。研究结果支持长江流域野莲和东北区域野莲应分属为亚热带及温带生态型莲。我国野莲居群总多样性较低(π=1.04×10^(-5)),居群间平均分化系数较高(F_(ST)=0.42)。长江中下游地区不同湖泊野莲π值变幅为0.5×10^(-5)~2.2×10^(-5),梁子湖野莲多样性最为丰富。梁子湖区域内各个小湖π值为3.13×10^(-6)~2.3×10^(-5),表明小湖内不同居群仍存有较大遗传差异。北部地区不同湖泊野莲π值变幅为3.05×10^(-6)~1.50×10^(-5),山东梁山古代莲多样性最为丰富。长江中下游地区野莲遗传多样性高于北部地区且两者间分化程度较高(F_(ST)=0.34),表明野莲居群间和区域间均有较高的分化程度,原因可能是野莲居群内主要为克隆繁殖,而居群间基因交流少所致。
关键词
莲
野莲居群
遗传多样性
slaf
简化基因组测序
Keywords
Nelumbo nucifera
Wild lotus population
Genetic diversity
specific-locus
amplified
fragment
sequencing
(
slaf
)
分类号
Q347 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
陈立杰
张素勤
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
19
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
中国野莲居群遗传多样性及群体结构分析
刘正位
肖彬
朱红莲
匡晶
季群
彭静
李峰
孙亚林
柯卫东
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
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