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大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析
被引量：
62
1
作者
张乐
金龙国
+4 位作者
罗玲
王跃平
董志敏
孙守红
邱丽娟
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期965-974,共10页
研究大豆核基因密码子的使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特点的因素,为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46430个高置信编码基因和2071条大豆全长转录本序列为数据来源,应用CodonW软件对大豆全基因组密码...
研究大豆核基因密码子的使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特点的因素,为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46430个高置信编码基因和2071条大豆全长转录本序列为数据来源,应用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析发现,基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关,且G+C和GC3s含量越高的基因密码子使用偏好性越高,并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明,密码子使用偏好性随编码区长度的增加而降低,编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子,且在转录组数据范围内,编码区长度介于400～600bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近,但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因,而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片特异表达基因。
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关键词
大豆
基因组
转录组
密码子
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职称材料
直立型半野生大豆叶绿体基因组分析
被引量：
4
2
作者
郭冉昊
赵淑文
+2 位作者
米福贵
候伟峰
赵力兴
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期3334-3342,共9页
采用Illumina高通量测序技术对直立型半野生大豆(Glycine gracilis)叶绿体基因组(Chloroplast DNA,cpDNA)进行测序和组装,获得完整基因组,以探究其结构特征,为后续基于cpDNA的相关分析以及大豆资源多样性保护和系统发育等研究提供基础...
采用Illumina高通量测序技术对直立型半野生大豆(Glycine gracilis)叶绿体基因组(Chloroplast DNA,cpDNA)进行测序和组装,获得完整基因组,以探究其结构特征,为后续基于cpDNA的相关分析以及大豆资源多样性保护和系统发育等研究提供基础或依据。结果表明,直立型半野生大豆cpDNA全长148320 bp,为典型四分体结构,注释基因108个,包含66个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因。基因组序列上共检测到87个SSR位点,其中与单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸对应的位点分别为55,19,4,7,2个。在系统发育上,直立型半野生大豆与已公布的普通型一年生半野生大豆(Glycine gracilis)、栽培大豆(Glycine max)及野大豆(Glycine soja)亲缘关系较近。
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关键词
半野生大豆
CPDNA
简单重复序列
密码子偏好性
系统发育
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职称材料
题名
大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析
被引量：
62
1
作者
张乐
金龙国
罗玲
王跃平
董志敏
孙守红
邱丽娟
机构
国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程/农业部作物种质资源利用重点开放实验室/中国农业科学院作物科学研究所
中国科学院遗传与发育研究所
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期965-974,共10页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2006AA10A110)
国家自然科学基金项目(30871621)
国家转基因生物新品种培育科技重大专项重点课题(2009ZX08009-088B)资助
文摘
研究大豆核基因密码子的使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特点的因素,为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46430个高置信编码基因和2071条大豆全长转录本序列为数据来源,应用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析发现,基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关,且G+C和GC3s含量越高的基因密码子使用偏好性越高,并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明,密码子使用偏好性随编码区长度的增加而降低,编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子,且在转录组数据范围内,编码区长度介于400～600bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近,但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因,而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片特异表达基因。
关键词
大豆
基因组
转录组
密码子
Keywords
soybean； genome； transcriptome； codon；
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
直立型半野生大豆叶绿体基因组分析
被引量：
4
2
作者
郭冉昊
赵淑文
米福贵
候伟峰
赵力兴
机构
内蒙古农业大学草原与资源环境学院
内蒙古农业大学植物学国家级实验教学示范中心
兴安盟农牧科学研究所
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期3334-3342,共9页
基金
兴安盟野生植物资源调查研究资助。
文摘
采用Illumina高通量测序技术对直立型半野生大豆(Glycine gracilis)叶绿体基因组(Chloroplast DNA,cpDNA)进行测序和组装,获得完整基因组,以探究其结构特征,为后续基于cpDNA的相关分析以及大豆资源多样性保护和系统发育等研究提供基础或依据。结果表明,直立型半野生大豆cpDNA全长148320 bp,为典型四分体结构,注释基因108个,包含66个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因。基因组序列上共检测到87个SSR位点,其中与单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸对应的位点分别为55,19,4,7,2个。在系统发育上,直立型半野生大豆与已公布的普通型一年生半野生大豆(Glycine gracilis)、栽培大豆(Glycine max)及野大豆(Glycine soja)亲缘关系较近。
关键词
半野生大豆
CPDNA
简单重复序列
密码子偏好性
系统发育
Keywords
Wild
soybean
Chloroplast
genome
Simple repeat sequence
codon
preference
Phylogeny analysis
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析
张乐
金龙国
罗玲
王跃平
董志敏
孙守红
邱丽娟
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
62
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
直立型半野生大豆叶绿体基因组分析
郭冉昊
赵淑文
米福贵
候伟峰
赵力兴
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
4
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职称材料
已选择
0
条
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引证文献
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