InDel和SNP标记在水稻图位克隆中的应用 被引量：42

1

作者 潘存红 王子斌 +5 位作者 马玉银 殷跃军 张亚芳 左示敏 陈宗祥 潘学彪 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期447-453,共7页

在水稻功能基因的图位克隆中,常需要高密度的分子标记,而目前公布的各种标记的密度还远未达到令人满意的程度。InDel和SNP标记是新型的分子标记类型,基本可以满足精细定位目的基因的需要。InDel和SNP标记可以较容易地通过生物信息学的... 在水稻功能基因的图位克隆中,常需要高密度的分子标记,而目前公布的各种标记的密度还远未达到令人满意的程度。InDel和SNP标记是新型的分子标记类型,基本可以满足精细定位目的基因的需要。InDel和SNP标记可以较容易地通过生物信息学的方法获得,而且经济实用、特异性高、稳定性好。介绍了设计InDel和SNP标记的方法,并以一个水稻卷叶基因的研究为实例,介绍了在基因精细定位研究中利用这两种标记的方法和提高标记设计成功率的注意点。 展开更多

关键词 插入缺失长度多态性 单核苷酸多态性 分子标记 生物信息学 图位克隆 水稻 卷叶基因

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单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用 被引量：16

2

作者 杜春芳 刘惠民 +2 位作者 李润植 李朋波 任志强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期735-739,共5页

单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了... 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少 ,其结果使连锁不平衡 (linkagedise quilibrium ,LD)增加 ,这有利于目的基因座上SNP单元型 (haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 SNPS 分子标记 连锁不平衡 作物 遗传改良

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马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析 被引量：11

3

作者 王忠良 丁燏 +2 位作者 许尤厚 王蓓 张健东 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期403-412,共10页

本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平... 本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平均发生频率约为1个SNP/100bp;转换SNP数目与颠换SNP数目比值约为0.5,与理论比率相符;而6种单核苷酸变异类型中,以A/T颠换SNP最多。SNP-unigene功能注释分析表明,30376条unigenes(44.91%)匹配到GO分类条目;18150条unigenes(26.84%)获得COG注释信息,并以"一般功能预测"类最多;10981条unigenes(16.24%)富集到32条KEGG子集,其中以"信号转导"子集中富集的SNP-unigene最多。进一步富集分析显示629个SNP-unigenes注释到"Platelet activation"等多条免疫防御相关信号通路中;同时,根据SNP位点分布情况筛选到123个溶藻弧菌感染前、后转录组中特异分布的免疫防御相关候选SNP位点。基于标准化的基因表达水平分析,在17个差异表达免疫防御相关基因中共检测到1594个SNP位点。 展开更多

关键词 马氏珠母贝 单核苷酸多态性标记 转录组 分子标记

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SNPs在水产动物中的研究进展 被引量：10

4

作者 张晓萌 马普 +1 位作者 王洪迪 王秀利 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期7-11,共5页

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)是在基因组上分布最为广泛的分子标记,已成为分子生物学的研究热点。综述SNPs在水产动物疾病、生长性状和繁殖性能等方面的研究进展,以期为水产动物养殖及分子标记辅助育种提供参考。

关键词 SNPS 分子标记 水产动物

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芸薹属作物EST-SNP的发掘与分析 被引量：8

5

作者 李雪姣 张耿 +3 位作者 顾爱侠 轩淑欣 王彦华 赵建军 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期772-776,共5页

芸薹属作物是十字花科中重要的蔬菜和油用作物,经济价值和食用价值比较高。本研究通过生物信息学手段,从3个芸薹属物种EST序列中获得了大量的SNP和Indel资源,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性、Indel碱基数... 芸薹属作物是十字花科中重要的蔬菜和油用作物,经济价值和食用价值比较高。本研究通过生物信息学手段,从3个芸薹属物种EST序列中获得了大量的SNP和Indel资源,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性、Indel碱基数量与发生频率之间的关系进行了分析。分析结果对深入研究芸薹属基因组特点具有一定的参考价值,为进一步通过试验验证预测的SNP位点、开发该作物高通量SNP分子标记奠定了基础。 展开更多

关键词 芸薹属 序列表达标签(EST) 单核苷酸多态性(SNP) 分子标记

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单核苷酸多态性在多倍体作物油菜中的研究进展 被引量：8

6

作者 王会 刘佳 +1 位作者 付丽 梅德圣 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期422-429,436,共9页

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是新型分子标记,广泛存在于生物基因组中,在人类及动物的许多研究领域得到了应用,但是在油菜等一些重要的多倍体植物中应用较少。本文以油菜为例,对作物中常用的SNP开发及检测方法... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是新型分子标记,广泛存在于生物基因组中,在人类及动物的许多研究领域得到了应用,但是在油菜等一些重要的多倍体植物中应用较少。本文以油菜为例,对作物中常用的SNP开发及检测方法作了概述,其中包括第二代测序方法和SNP芯片等快速发展的新技术;综述了SNP在油菜基因定位、遗传多样性研究、全基因组关联分析等研究中的应用进展;讨论了作物SNP研究的发展趋势;以期为SNP在油菜等重要多倍体作物中广泛应用提供参考。 展开更多

关键词 多倍体作物 单核苷酸多态性 分子标记 油菜

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SNPs及其在水产动物遗传学与育种学研究中的应用 被引量：17

7

作者 谭新 童金苟 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期348-354,共7页

1 SNP简介1.1 SNP的概念单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）指基因组DNA序列中某个特定位点的单个核苷酸发生变异而引起的序列多态性,包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式,其中一种等位基因在群体中的频不小于... 1 SNP简介1.1 SNP的概念单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）指基因组DNA序列中某个特定位点的单个核苷酸发生变异而引起的序列多态性,包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式,其中一种等位基因在群体中的频不小于1%^[1]. 展开更多

关键词 SNPS 水产动物 遗传学 育种学

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基于Keap1基因多态性的肾透明细胞癌分子标志物的研究 被引量：5

8

作者 李燕妮 齐士勇 +3 位作者 颜艳 何振 徐勇 邹慧儒 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期278-283,共6页

目的:探讨Keap1基因单核苷酸多态性与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)的相关性,为临床诊疗提供有效的分子靶点。方法:采集ccRCC组织108例与正常对照肾组织86例,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(polymeras... 目的:探讨Keap1基因单核苷酸多态性与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)的相关性,为临床诊疗提供有效的分子靶点。方法:采集ccRCC组织108例与正常对照肾组织86例,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)和基因测序技术检测Keap1基因单核苷酸多态性,判读两组样本基因型,实时荧光定量PCR法检测Keap1基因在两组中的表达情况。结果:Keap1基因rs1048289的不同基因型与等位基因频率在肿瘤组和对照组之间的分布不同,差异均有统计学意义(P<0.05)。AA基因型及A等位基因携带者患肾透明细胞癌的风险明显升高,AA基因型(OR=2.292,95%CI:1.159~4.533,P<0.05)及A等位基因(OR=2.067,95%CI:1.280~3.342,P=0.001)为肾透明细胞癌患病的危险因素。肿瘤组Keap1基因表达量比对照组明显降低(P<0.05),但不同基因型样本间Keap1基因表达量无明显差异(P>0.05)。结论:Keap1基因rs1048289与肾透明细胞癌患病显著相关,有望成为肾透明细胞癌早期诊断与基因治疗的有效分子靶点。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 肾透明细胞癌 分子标志物 早期诊断 基因治疗

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SNP标记在小麦遗传育种中的应用研究进展 被引量：9

9

作者 许陶瑜 唐朝晖 +4 位作者 王长彪 任永康 赵兴华 刘江 赵霞 《山西农业科学》 2017年第9期1549-1552,共4页

小麦遗传育种对于小麦产量的提高意义重大。高密度单核苷酸多态性(SNPs)广泛应用于小麦数量性状位点(QTL)定位和标记性状关联分析,这极大推动了小麦遗传学和基因组学领域的发展,并有助于阐明表型和基因型之间的复杂关系,提高了小麦的育... 小麦遗传育种对于小麦产量的提高意义重大。高密度单核苷酸多态性(SNPs)广泛应用于小麦数量性状位点(QTL)定位和标记性状关联分析,这极大推动了小麦遗传学和基因组学领域的发展,并有助于阐明表型和基因型之间的复杂关系,提高了小麦的育种效率。通过综述SNP在小麦遗传育种中的研究进展,为小麦育种提供进一步理论指导。 展开更多

关键词 SNP标记 遗传图谱 基因定位 遗传多样性分析 分子标记辅助育种

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单核苷酸多态性及其在油菜分子标记辅助育种中的应用 被引量：5

10

作者 任蔷 胥婷 +2 位作者 刘列钊 李加纳 李关荣 《生物技术通报》 CAS CSCD 2007年第1期37-41,49,共6页

油菜是一种重要的油料作物,油菜的基因组功能研究已引起了各国政府和科研工作者的高度重视。SNP是目前为止分布最广泛,存在数量最多且标记密度最高的一种遗传多态性标记。对油菜等作物的基因组功能研究提供了丰富的信息资源。综述了近... 油菜是一种重要的油料作物,油菜的基因组功能研究已引起了各国政府和科研工作者的高度重视。SNP是目前为止分布最广泛,存在数量最多且标记密度最高的一种遗传多态性标记。对油菜等作物的基因组功能研究提供了丰富的信息资源。综述了近来单核苷酸多态性的研究进展以及其在油菜的分子标记辅助品质育种中的可能用途。 展开更多

关键词 油菜 单核苷酸多态性 分子标记辅助品质育种 基因组学 突变

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关联分析及其在玉米中的研究进展 被引量：2

11

作者 文阳平 贺浩华 +2 位作者 王建革 徐景坤 孙晓磊 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第19期8947-8949,8956,共4页

阐述关联分析的概念、特点、方法、统计学原理以及第3代分子标记进行关联分析的基础-单核苷酸多态性和连锁不平衡。

关键词 关联分析 连锁不平衡 玉米 分子标记 单核苷酸多态性

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单核苷酸多态性及其在海洋动物遗传研究中的应用 被引量：2

12

作者 李军 喻子牛 《南方水产》 2010年第3期74-80,共7页

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及各种生物SNP数据库的不断完善,其逐渐被应用于遗传图谱的构建、群体遗传学、亲缘关系、关联分析和基因功能分析等方面。文章主要介绍了SNPs的发生、特点及常用检测方法,综述了SNPs在海洋生物遗传学中的研究进展,以期将SNPs更好地应用到海洋经济动物遗传育种中。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 分子标记 海洋生物 遗传研究与应用

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单核苷酸突变的检测及其在畜牧业中的应用前景 被引量：13

13

作者 屈彦纯 邓昌彦 刘桂兰 《国外畜牧科技》 2001年第4期39-42,共4页

单核苷酸多态性 ( SNP)是最新发展起来的第 3代分子标记 ,具有密度高、双等位基因、易实现自动化检测的特点。本文重点介绍了 SNP检测的方法和原理及其在畜牧业研究生产中的广泛利用前景。并提出

关键词 SNP 分子标记 等位基因 单核苷酸多态性 单核苷酸突变 检测 畜牧业 应用前景

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单核苷酸多态性及其在畜牧兽医领域的研究进展 被引量：8

14

作者 朱向博 张丽 《现代畜牧兽医》 2020年第7期48-51,共4页

研究介绍了单核苷酸多态性(SNP)的定义、类型等相关概念,以及SNP常用的检测方法,并综述SNP在动物分子标记辅助育种、品种鉴定以及疾病相关方面的研究现状,为下一步拓展SNP应用提供参考。

关键词 单核苷酸多态性 检测方法 动物 分子标记辅助育种 品种鉴定 疾病研究

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单核苷酸多态性及其应用 被引量：1

15

作者 王建刚 刘芳宁 雷初朝 《黄牛杂志》 2002年第5期24-27,共4页

单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphisms,SNPs)是一种新的分子标记 ,是指基因组由于单个核苷酸的变异所产生的差异。由于其多态性高 ,便于自动操作等特点 ,在基因组、后基因组时代具有广泛的应用前景。本文对 SNPs的概念、特... 单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphisms,SNPs)是一种新的分子标记 ,是指基因组由于单个核苷酸的变异所产生的差异。由于其多态性高 ,便于自动操作等特点 ,在基因组、后基因组时代具有广泛的应用前景。本文对 SNPs的概念、特点、分析方法及应用等方面做了简要的概述。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 分子标记 SNPS 特点 分析法 应用

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栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析

16

作者 李玲 包振民 +4 位作者 李纪勤 王师 张玲玲 陆维 胡晓丽 《水产科学》 CAS 北大核心 2012年第12期732-740,共9页

应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析。根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型。其中,103对引物... 应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析。根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型。其中,103对引物扩增出目的产物,76个位点成功分型,58个多态位点中51个是二等位多态性单核苷酸多态性(34.0%)。进一步在荣成野生群体中对51个二态单核苷酸多态性位点进行多态性验证和群体遗传学分析,其中49个位点呈现多态性,且均为二态,最小等位基因频率为0.0610～0.5000,观测杂合度和期望杂合度分别为0.0833～0.8889和0.0833～0.5833。经Boferroni校正,有2个位点(C1630S115_AG和C19848S286_CA)在该群体中偏离Hardy-Weinberg平衡。各位点之间未检测到连锁不平衡。这些多态单核苷酸多态性位点可用于栉孔扇贝连锁图谱构建、分子标记辅助育种以及数量性状的基因定位等遗传学研究。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 分子标记 高分辨率熔解曲线 栉孔扇贝

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棉花单核苷酸多态性标记研究进展 被引量：6

17

作者 王振玉 李威 +11 位作者 周晓箭 裴小雨 刘艳改 周克海 张文生 孟清芹 王海风 葛勇 李莹 刘俊芳 马雄风 杨代刚 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2016年第4期399-406,共8页

单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花... 单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。 展开更多

关键词 棉花 分子标记 单核苷酸多态性 表达序列标签 基因组测序 遗传图谱 进展

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阿里牦牛经济性状相关遗传标记基因型频率研究 被引量：7

18

作者 张强 洛桑顿珠 +7 位作者 鲜莉莉 平措占堆 索朗多吉 巴多 旦巴 旦巴加参 支张 巴桑旺堆 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期1209-1215,共7页

【目的】进一步明确西藏阿里牦牛生态类群(Ali[AL])重要经济性状分子遗传改良潜力。【方法】利用SNaPshot基因分型技术对AL类群内7个已被证实与牦牛生长和泌乳经济性状显著相关的候选SNPs标记的基因型分布进行研究。【结果】在阿里牦牛... 【目的】进一步明确西藏阿里牦牛生态类群(Ali[AL])重要经济性状分子遗传改良潜力。【方法】利用SNaPshot基因分型技术对AL类群内7个已被证实与牦牛生长和泌乳经济性状显著相关的候选SNPs标记的基因型分布进行研究。【结果】在阿里牦牛群体内2个SNP位点(MyoD1_C1710T和ACSL1_G2409A)是中度多态位点(0.25<PIC<0.5),4个SNP位点(ACSL1_A2079T、Hesx1_T226C、TMEM-18_C1267T、TMEM-18_C4447T)为低度多态位点(0.25<PIC<0.5),另外Hesx1-G618C位点在全部个体中均为纯合子(G/G)。除Hesx1-G618C位点外,其他全部位点在阿里牦牛群体内均未显著偏离哈代温伯格平衡(P>0.05)。阿里牦牛群体内与生长相关的标记MyoD1_C1710T和TMEM18_C4447T位点均携带高频率的优势基因型。另外,有17.7419%的阿里牦牛个体在HesxI_T226C位点携带与牦牛12月龄体质量、体高和胸围相关的优势基因型(T/C),有11.2903%个体携带与牦牛产乳量和乳品质相关标记ACSL1_G2409A的优势基因型A/A。【结论】本研究结果表明阿里牦牛在多个已知经济性状相关SNP标记中携带高比例优势基因型,进一步明确了阿里牦牛分子选育遗传改良的潜力,同时为今后牦牛分子育种标记体系建立提供数据参考。 展开更多

关键词 阿里牦牛 经济性状 单核苷酸多态性 分子标记 优势基因型

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大豆GmDGK7和GmTPR基因与油脂相关性状的关联分析 被引量：3

19

作者 陆亮 贺建波 +5 位作者 苗龙 王晓婷 刘方东 王新通 盖钧镒 李艳 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期938-944,共7页

根据已知油脂相关同源基因分析,选择两个油脂代谢相关基因,分别编码甘油二酯激酶7(diacylglycerol kinase7,DGK7)和TPR蛋白(pentatricopeptide repeat-containing protein,TPR),并根据两个基因内部及非翻译区(untranslated region,UTR)... 根据已知油脂相关同源基因分析,选择两个油脂代谢相关基因,分别编码甘油二酯激酶7(diacylglycerol kinase7,DGK7)和TPR蛋白(pentatricopeptide repeat-containing protein,TPR),并根据两个基因内部及非翻译区(untranslated region,UTR)的SNP变异位置和突变类型,选取位于GmDGK7基因5'-UTR区的一个单核苷酸变异(SNP1)及位于Gm TPR基因外显子区的SNP2设计d CAPS标记。对200份育成大豆品种的SNP1和SNP2分型及其与大豆籽粒油脂相关性状的关联分析发现,GmDGK7基因的SNP1与油脂含量显著关联(P=6.21×10-5),GmTPR基因的SNP2与油脂含量、硬脂酸、油酸和亚油酸均显著关联(P值分别为4.9×10-11,1.6×10-6,3.4×10-5,4.09×10-8)。此外还筛选出14份高油脂(>23%)和5份高油酸(>33%)大豆种质,这些分子标记和种质资源可为改良大豆油脂性状和分子育种提供技术和材料基础。 展开更多

关键词 大豆 脂肪酸 单核苷酸多态性 功能分子标记

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鲁禽3号麻鸡优良肉质性状分子遗传标记筛选 被引量：3

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作者 王丹丹 周艳 +2 位作者 雷秋霞 韩海霞 林浴霜 《中国家禽》 北大核心 2016年第9期10-14,共5页

脂肪酸结合蛋白(FABP)参与细胞内脂肪代谢,在鲁禽3号麻鸡体内不同组织中特异性表达7种FABP基因。试验旨在从7种FABPs中寻找到能够应用于家禽优良肉质性状筛选及育种的分子遗传标记。提取鲁禽3号麻鸡血细胞基因组DNA,分别扩增出FABP1-7... 脂肪酸结合蛋白(FABP)参与细胞内脂肪代谢,在鲁禽3号麻鸡体内不同组织中特异性表达7种FABP基因。试验旨在从7种FABPs中寻找到能够应用于家禽优良肉质性状筛选及育种的分子遗传标记。提取鲁禽3号麻鸡血细胞基因组DNA,分别扩增出FABP1-7基因全部外显子,采用测序与酶切结合的方法检测SNP位点的位置,并进行基因型与生产性状的关联性分析。结果表明:7种FABP基因中存在9个SNP位点,其中在鲁禽3号麻鸡体内能够用作优良肉质筛选与育种的分子遗传标记是FABP1-E2-83(外显子2第83位)、FABP4-E1-51(外显子1第51位)两个SNP位点。 展开更多

关键词 FABP基因 单核苷酸多态性 分子遗传标记 肉质性状

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