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基于SSR标记的54个大蒜种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建
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作者 帅正彬 孙悦 +4 位作者 郭江洪 张怡 黄志 孙勃 柴丹 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期267-277,285,共12页
【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13... 【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13个,平均有效等位基因数(Ne)为1.4791;Shannon信息指数(I)在0.1453~0.6903之间,平均值为0.4359;基因多样性指数(H)变幅在0.0640~0.4971之间,平均值为0.2853,表明供试材料具有较为丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析结果表明,54份大蒜在遗传相似系数0.63处被分为3个类群,第一类群包含7份种质;第二亚类仅包含3份种质;第三亚类包含44份种质,在遗传相似系数0.828分成了10个亚类。聚类结果与PCoA分析结果基本一致。此外,利用筛选的SSR引物构建了54份大蒜种质的指纹图谱二维码。【结论】结果为大蒜种质资源的鉴定、保护与利用提供了有力支撑,为分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 大蒜 SSR标记 遗传多样性 聚类分析 指纹图谱
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改进模糊聚类语义分割声环境功能区划图
2
作者 曾宇 姚琨 秦勤 《噪声与振动控制》 北大核心 2025年第2期210-215,共6页
声环境功能区划多采用地理信息系统进行研究,但公开发布的声环境功能区划方案中的文字和图片无法直接用于地理信息系统分析。首先提出改进模糊C均值聚类超像素方法,对声环境功能区划图进行语义分割以获取声功能区信息。接着采用简单线... 声环境功能区划多采用地理信息系统进行研究,但公开发布的声环境功能区划方案中的文字和图片无法直接用于地理信息系统分析。首先提出改进模糊C均值聚类超像素方法,对声环境功能区划图进行语义分割以获取声功能区信息。接着采用简单线性迭代聚类构建超像素,提取声环境功能区划图特征矩阵,基于K-means++改进模糊C均值聚类算法,语义分割超像素粒化的声环境功能区划图,并以声功能区面积占比计算结果偏差为评价指标,分析超像素尺度对分割结果的影响。然后基于不同图像特征矩阵构建方法和聚类中心初始化方法,使用模糊C均值聚类、高斯混合模型聚类、K-medoids聚类语义分割声环境功能区划图,最后比较不同组合方案的声功能区面积占比计算结果偏差,验证方法的有效性。 展开更多
关键词 声学 声环境功能区划图 彩色图像分割 模糊C均值聚类 简单线性迭代聚类 K-means++算法
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基于GEE云平台和Sentinel数据的滇池湿地制图
3
作者 罗蓉蓉 董燕 《安徽农业科学》 2025年第4期205-208,242,共5页
基于Google Earth Engine(GEE)和Sentinel数据,结合地形数据,提取影像的光谱指数、红边指数、纹理特征、雷达特征和地形特征,通过RF-RFE方法筛选特征得到最优特征数据集,使用基于像元的方法(随机森林)和面向对象的方法(简单非迭代聚类+... 基于Google Earth Engine(GEE)和Sentinel数据,结合地形数据,提取影像的光谱指数、红边指数、纹理特征、雷达特征和地形特征,通过RF-RFE方法筛选特征得到最优特征数据集,使用基于像元的方法(随机森林)和面向对象的方法(简单非迭代聚类+随机森林)实现滇池湿地制图,探讨不同分类方法、特征变量对滇池湿地制图的影响。结果表明,面向对象方法优于基于像元方法,总体精度为90.86%,Kappa系数为0.887。面向对象方法可以有效减轻“椒盐现象”,以及湿地和非湿地错分现象,RF-RFE方法可以去除冗余特征,有效提高分类效率。基于GEE平台的面向对象方法适合于高原湖泊滇池湿地制图。 展开更多
关键词 滇池 湿地 随机森林 简单非迭代聚类 Google Earth Engine SENTINEL
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水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析 被引量:1
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作者 邢啸林 陈丹 +3 位作者 况勇 徐文娟 黄然 甘德芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1285-1296,共12页
水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水... 水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。 展开更多
关键词 水芹 简单重复序列(SSR)分子标记 聚类分析 遗传多样性
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基于SLIC超像素分割的非局部均值船舶图像去噪算法 被引量:1
5
作者 王芝磊 冉鑫 《上海海事大学学报》 北大核心 2024年第2期62-67,共6页
针对传统船舶图像去噪算法难以对图像的边缘细节进行保留和分析,以及传统非局部均值去噪算法相似框选择困难等问题,提出基于简单线性迭代聚类(simple linear iterative clustering,SLIC)超像素分割的非局部均值船舶图像去噪算法。通过S... 针对传统船舶图像去噪算法难以对图像的边缘细节进行保留和分析,以及传统非局部均值去噪算法相似框选择困难等问题,提出基于简单线性迭代聚类(simple linear iterative clustering,SLIC)超像素分割的非局部均值船舶图像去噪算法。通过SLIC算法对图像进行分割处理,界定图像的纹理区域和平滑区域;使用相似框搜索和匹配策略,提升匹配效果,并适当保留更多边缘细节,从而改善图像去噪的效果。实验结果表明,所提出的算法相较于其他传统的船舶图像去噪算法不仅能很好地保留船舶图像的边缘细节特点,而且能在一定程度上提高船舶图像的峰值信噪比,具有良好的去噪效果,可以用于智能航海领域船舶图像的去噪。 展开更多
关键词 非局部均值去噪 船舶图像去噪 简单线性迭代聚类(SLIC) 超像素分割 相似框选择
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对萼猕猴桃多样性分析及其性别鉴定
6
作者 莫沙 石深深 +3 位作者 田洁 朱佳慧 王仁才 罗飞雄 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2182-2194,共13页
[目的]对萼猕猴桃是一种新型耐涝营养系砧木,生产中发现雄株作为砧木效果更好,其种质多样性分析可为选育雄性耐涝对萼猕猴桃砧木提供参考。[方法]以62份对萼猕猴桃种质为材料,根据表型性状及7个简单重复序列标记(SSR)基因型进行多样性分... [目的]对萼猕猴桃是一种新型耐涝营养系砧木,生产中发现雄株作为砧木效果更好,其种质多样性分析可为选育雄性耐涝对萼猕猴桃砧木提供参考。[方法]以62份对萼猕猴桃种质为材料,根据表型性状及7个简单重复序列标记(SSR)基因型进行多样性分析;同时使用性别相关分子标记进行性别鉴定,并观察其中开花的34份对萼猕猴桃的花朵形态以验证标记鉴定结果。[结果]所用62份对萼猕猴桃种质在7个SSR标记位点上共扩增出69个等位基因,平均等位基因数为9.86,有效等位基因数为2~18,平均多态性信息含量(PIC)为0.626,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)值分别为0.994和0.686。性别相关标记共鉴定出雌株18份,雄株43份;根据34份单株的花器官形态鉴定,发现有13份雌株和21份雄株(标记鉴定结果为9份雌株和25份雄株),标记与表型鉴定的一致性为79.14%。[结论]62份对萼猕猴桃种质多样性丰富,结合植株表型性状和DNA标记基因型可有效地鉴定对萼猕猴桃种质,可为进一步选育优良对萼猕猴桃雄性营养系砧木提供工具和材料。 展开更多
关键词 对萼猕猴桃 SSR 毛细管电泳 聚类分析 性别鉴定
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融合边缘优化SLIC和A*算法的影像镶嵌线提取 被引量:1
7
作者 常巧梅 张浩 张娟 《遥感信息》 CSCD 北大核心 2024年第3期90-96,共7页
针对遥感影像自动提取镶嵌线穿过独立地物损害地物完整性的问题,提出融合边缘信息优化SLIC和A*算法的影像镶嵌线提取方法。首先,提取影像边缘信息,并将边缘强度因子与影像光谱信息融合;然后,使用优化的简单线性迭代聚类方法对重叠区域... 针对遥感影像自动提取镶嵌线穿过独立地物损害地物完整性的问题,提出融合边缘信息优化SLIC和A*算法的影像镶嵌线提取方法。首先,提取影像边缘信息,并将边缘强度因子与影像光谱信息融合;然后,使用优化的简单线性迭代聚类方法对重叠区域影像进行超像素分割,获取地物完整的超像素,并利用数学形态学算子去除孤立噪声与不完整边界;最后,采用曼哈顿距离启发函数提升A*算法的镶嵌线提取效率,获取最优的镶嵌线提取。分析结果表明,该方法可有效提取影像镶嵌线,避免镶嵌线通过独立建筑物,满足后期正射影像制作要求。 展开更多
关键词 边缘信息 简单线性迭代聚类 A*算法 镶嵌线提取
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混合信息系统中基于邻域粗糙集的双评价三支聚类算法
8
作者 罗一羽 杨霁琳 +1 位作者 张贤勇 孟雄 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2024年第10期2394-2400,共7页
三支聚类将不确定性高的样本置于边界域,可有效解决由数据的不确定性带来的误决策问题,因此具有良好的聚类性能.为了在混合信息系统中更合理地刻画样本间的相似性和存在的不确定性,本文提出了一种基于邻域粗糙集的双评价三支聚类算法.首... 三支聚类将不确定性高的样本置于边界域,可有效解决由数据的不确定性带来的误决策问题,因此具有良好的聚类性能.为了在混合信息系统中更合理地刻画样本间的相似性和存在的不确定性,本文提出了一种基于邻域粗糙集的双评价三支聚类算法.首先,在混合信息系统中建立广义邻域关系,并分别从样本间相似属性个数和样本间距离两个角度来建立样本间相似性的两个评价函数.然后,通过引入基于双评价函数的三支决策规则,处理了广义邻域关系下样本间的相似性和存在的不确定性.最终在混合信息系统中建立了基于广义邻域关系的双评价三支聚类模型.在UCI数据集上的实验结果证明,与已有三支聚类算法相比,本文的算法在F1-score和兰德系数上都具有较好的聚类表现. 展开更多
关键词 三支聚类 邻域关系 双评价函数 混合信息系统 样本相似性
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基于后验概率空间变化向量分析的NSCT高分辨率遥感影像变化检测
9
作者 宋嘉鑫 李轶鲲 +1 位作者 杨树文 李小军 《自然资源遥感》 CSCD 北大核心 2024年第3期128-136,共9页
非下采样轮廓波变换(non-subsampled contourlet transform,NSCT)和变化向量分析法(change vector analysis,CVA)在高分辨率遥感影像变化检测中,会因不同地物的变化幅度有显著差异,而在单一阈值下无法保证较高的检测精度。为此,文章在... 非下采样轮廓波变换(non-subsampled contourlet transform,NSCT)和变化向量分析法(change vector analysis,CVA)在高分辨率遥感影像变化检测中,会因不同地物的变化幅度有显著差异,而在单一阈值下无法保证较高的检测精度。为此,文章在后验概率空间变化向量分析(change vector analysis in posterior probability space,CVAPS)的框架下,提出了一种基于模糊C均值聚类(fuzzy C-means,FCM)和简单贝叶斯网络(simple Bayesian network,SBN)的NSCT变化检测方法(FCM-SBN-CVAPS-NSCT)。该方法首先将FCM与SBN耦合,计算出后验概率变化强度图;之后,通过NSCT将后验概率变化强度图分解为不同尺度和方向的子图,通过保留高频子图中的细节并消除噪声,优化了重构后的后验概率变化强度图,实现了后验概率空间下的多尺度、多方向的变化检测,最终提高了变化检测的精度。实验结果表明,所提方法在3个研究区中得到的Kappa系数比FCM-SBN-CVAPS分别高出了0.1009,0.0566和0.0674,具有一定的优越性。 展开更多
关键词 简单贝叶斯网络 模糊C均值聚类 后验概率空间变化向量分析 非下采样轮廓波变换
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四川主栽小麦品种遗传多样性的SSR标记研究 被引量:50
10
作者 张志清 郑有良 +4 位作者 魏育明 吴卫 周永红 刘登才 兰秀锦 《麦类作物学报》 CAS CSCD 2002年第2期5-9,共5页
采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具... 采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具有多态性。这 4 6个位点共检测到 110个等位变异 ,每个 SSR位点能检测到 1~ 8个 ,平均为 2 .4个。聚类分析表明 ,SSR标记能将 4 0个品种相互区分开。品种间遗传相似系数 (GS)变幅为 0 .4 5 1~ 0 .76 7,平均 GS值为0 .6 0 1。据此认为 ,SSR标记揭示出四川主栽小麦品种具有较高的遗传多样性。各年代间 GS值变化趋势分析表明 ,2 0世纪 70年代后 。 展开更多
关键词 四川 品种 遗传多样性 小麦 SSR标记 遗传相似 聚类分析
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SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析 被引量:45
11
作者 赵庆勇 朱镇 +4 位作者 张亚东 赵凌 陈涛 张巧凤 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期141-147,共7页
利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片... 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数(PIC值)变化范围为0.064~0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361~0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。 展开更多
关键词 粳稻 微卫星标记 分子标记 聚类分析 遗传距离 杂种优势
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香稻资源遗传多样性的比较 被引量:13
12
作者 唐傲 邵高能 +4 位作者 焦桂爱 罗炬 吴建利 唐绍清 胡培松 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期412-419,共8页
利用60个水稻SSR标记,对来自国内外的370份香稻材料的遗传多样性进行了比较分析。结果共检测到361个等位基因,每个位点的等位基因变幅为2~10个,平均Nei基因多样性指数(He)为0.663,变幅为0.104(RM308)~0.885(RM2634)。籼粳亚种间的遗... 利用60个水稻SSR标记,对来自国内外的370份香稻材料的遗传多样性进行了比较分析。结果共检测到361个等位基因,每个位点的等位基因变幅为2~10个,平均Nei基因多样性指数(He)为0.663,变幅为0.104(RM308)~0.885(RM2634)。籼粳亚种间的遗传多样性具有明显差异,籼稻的等位基因数和Nei基因多样性指数均高于粳稻。地方品种的遗传多样性高于选育品种,选育品种等位基因数仅为地方品种的86.5%。分子方差分析表明,香稻材料中总变异的43.08%是由于亚种间的遗传差异引起的。不同稻区的遗传分化程度总体介于1.69%~14.40%之间。其中,华南与西南、华中与西南地方品种间遗传差异的分化程度达显著水平。聚类分析将参试材料明显分为籼粳两大类,同时地域相同(稻区)、相邻省份的香稻材料基本归为同一类群。 展开更多
关键词 香稻 遗传多样性 微卫星标记 聚类分析
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中国西南地区小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析 被引量:16
13
作者 陈先红 徐利远 +5 位作者 彭正松 杜文平 余桂蓉 钟昌松 曲继鹏 胡凤林 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期6-10,共5页
为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记(SSR)对2005~2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种(系)进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位... 为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记(SSR)对2005~2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种(系)进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位基因变异,每对引物检测等位基因3~11个,平均5.25个。33个品种(系)之间的遗传相似系数为0.373~0.794,平均为0.597。品种间遗传相似系数变幅较大,表明西南麦区小麦品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异。用UPGMA法可将33个品种(系)分为6个类群,聚类结果在一定程度上反映了它们之间的亲缘关系。 展开更多
关键词 小麦 SSR标记 遗传多样性 聚类分析
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中国黄瓜主栽品种SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建 被引量:33
14
作者 苗晗 张圣平 +2 位作者 顾兴芳 王烨 陈磊 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期333-341,共9页
应用简单重复序列(SSR)标记对从国内主要黄瓜育种单位征集到116份生产上主栽品种进行遗传多样性分析。结果表明35对引物共产生86个等位基因,每对引物平均扩增出2.46个等位基因,其中有效等位基因占70.99%,平均Shannon’s信息指数为0... 应用简单重复序列(SSR)标记对从国内主要黄瓜育种单位征集到116份生产上主栽品种进行遗传多样性分析。结果表明35对引物共产生86个等位基因,每对引物平均扩增出2.46个等位基因,其中有效等位基因占70.99%,平均Shannon’s信息指数为0.639,平均PIC为0.382。116个品种的遗传相似系数(GS),分布在0.5029~0.9797之间。聚类分析结果表明在遗传距离0.25处可将供试材料分为2大类群。第1类共106个品种,可分为5个亚族主要包括华北密刺型、华南型、日本少刺型这三大类;第2类包含10个欧洲温室型品种。 展开更多
关键词 黄瓜 SSR标记 遗传多样性 聚类分析 指纹图谱
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香蕉A基因组品种间遗传关系的SSR检测 被引量:12
15
作者 冀小蕊 陈业渊 +4 位作者 王静毅 郑丽珊 魏守兴 谢子四 武耀廷 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期783-787,共5页
应用SSR技术,对32个香蕉A基因组类型品种(系)的遗传关系进行了检测。40对SSR引物在32个品种(系)中分别扩增带数在3~15个,平均每个SSR座位可检测2.99个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.00~0.88,平均0.62。依据SSR数据计算的品种间... 应用SSR技术,对32个香蕉A基因组类型品种(系)的遗传关系进行了检测。40对SSR引物在32个品种(系)中分别扩增带数在3~15个,平均每个SSR座位可检测2.99个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.00~0.88,平均0.62。依据SSR数据计算的品种间遗传距离在0.00%~34.27%,平均12.45%,大多数品种间的遗传变异非常有限,但也存在着遗传差异突出的品种:FHIA25、Yangambi KM5、Pisang Jari Buaya、Rose和皇帝蕉。依据26%的遗传距离,除了FHIA25和Pisang Jari Buaya单独化成1组外,其它30个品种可以分为2组:品种间遗传差异相对较高的组I和品种间遗传差异相对较低的组Ⅱ。Williams与引进的洪都拉斯3号、M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间,高脚青芽蕉和高脚顿地雷分别没有区分开来,这可能是同物异名,也可能是同一品种未能分辨的突变体。 展开更多
关键词 香蕉 A基因 品种 SSR 遗传距离 聚类分析
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利用SSR标记和表型性状聚类分析食味优良粳稻多样性 被引量:16
16
作者 张春红 李金州 +3 位作者 朱镇 张亚东 赵凌 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期573-582,共10页
用SSR分子标记、食味性状、农艺性状3种数据对来自国内外不同地域的食味表现优良的常规粳稻品种(系)进行了多样性分析。72对SSR引物在60份供试材料中检测到290个等位基因变异,以第5染色体上平均等位基因数目最多。大部分食味优良粳稻材... 用SSR分子标记、食味性状、农艺性状3种数据对来自国内外不同地域的食味表现优良的常规粳稻品种(系)进行了多样性分析。72对SSR引物在60份供试材料中检测到290个等位基因变异,以第5染色体上平均等位基因数目最多。大部分食味优良粳稻材料之间的遗传相似性较高,遗传相似系数范围为0.600~0.924,检测的标记是以3~4个等位基因为主的SSR引物位点。利用SSR标记检测等位基因的材料分群结果表现出一定程度的地域性,江苏省内大多材料可聚为一类,而其他少数及北方粳稻材料多与国外食味优异粳稻品种亲缘关系较近,与其系谱分析结果基本一致。以食味鉴定表型性状为依据,部分产地来源不同而食味优良的材料明显聚为一类,表明遗传基础是决定其食味的主要因素。农艺性状表现与材料来源有一致性,而与食味优良的关系有待进一步明确。 展开更多
关键词 粳稻 微卫星标记 聚类分析 表型性状 食味 遗传多样性
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布朗族当前种植稻作地方品种的SSR位点多样性分析 被引量:6
17
作者 董超 徐福荣 +5 位作者 杨文毅 张恩来 杨雅云 汤翠凤 阿新祥 戴陆园 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期175-181,共7页
调查收集了80份布朗族当前仍在种植的稻作地方品种,利用分布于水稻12条染色体上的72对SSR引物,进行了遗传多样性分析。共检测出271个等位基因,平均每对引物3.764个;197个有效等位基因,平均每对引物2.739个;多态性信息含量变幅为0.163~0.... 调查收集了80份布朗族当前仍在种植的稻作地方品种,利用分布于水稻12条染色体上的72对SSR引物,进行了遗传多样性分析。共检测出271个等位基因,平均每对引物3.764个;197个有效等位基因,平均每对引物2.739个;多态性信息含量变幅为0.163~0.827,平均为0.582;稀有等位基因数20个。云南省内3个不同地区布朗族种植的地方品种遗传多样性有差异,表现为勐海县〉双江县〉墨江县。地方品种的遗传相似系数变幅为0.111~0.875,平均为0.411;在相似系数0.266处可以将供试品种分为籼粳两大类,但不能再将布朗族同一集居区的地方品种完全聚成同一亚类,暗示着布朗族不同集居区的条件对地方品种进化的影响还比较有限。最后还就布朗族对地方品种多样性的贡献及可能的原因等进行了讨论分析,对如何防止地方品种收集中同名异种和同种异名问题发生提出了建议。 展开更多
关键词 水稻 地方品种 微卫星标记 聚类分析 遗传多样性
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不同派别杨树无性系SSR遗传距离及聚类分析 被引量:13
18
作者 李树春 夏辉 +6 位作者 严冬 孟丙南 姚立新 刘婷婷 崔永洪 程玉飞 赵曦阳 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期68-76,共9页
利用SSR分子标记对不同派别的48个杨树无性系进行遗传分析,计算不同无性系间的遗传距离。结果表明:16对引物共检测到81个多态性位点(从100—600bp),不同无性系间的分子遗传距离在0.0617~0.5309,平均距离为0.2504。派内种间遗... 利用SSR分子标记对不同派别的48个杨树无性系进行遗传分析,计算不同无性系间的遗传距离。结果表明:16对引物共检测到81个多态性位点(从100—600bp),不同无性系间的分子遗传距离在0.0617~0.5309,平均距离为0.2504。派内种间遗传距离平均值变化范围为0.1482—0.2741,派间遗传距离平均值变化范围为0.3302~0.4012。聚类分析结果表明在聚类分析自检举值为0.70时,可以清晰的将48个无性系分成白杨派(Leuce)、黑杨派(Aigeiros)、青杨派(Tacamahaca)、大叶杨派(Leucoides)和胡杨派(Turanga)等5类。本研究利用分子手段检测不同派别杨树的遗传距离,为杨树杂交育种、分子育种等提供理论依据。 展开更多
关键词 杨树 SSR 遗传距离 聚类分析
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花生表型及SSR遗传多样性的研究 被引量:21
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作者 康红梅 李保云 孙毅 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期66-71,76,共7页
对山西省农业科学院经济作物研究所保存的75份花生材料(包括28个已审定的花生品种和47个地方品种)进行了包括株型、茸毛的有无、叶色、粒形、叶形、生长习性、开花习性、粒大小、粒色等表型性状的Shannon-Weaver遗传多样性指数(简称SWI)... 对山西省农业科学院经济作物研究所保存的75份花生材料(包括28个已审定的花生品种和47个地方品种)进行了包括株型、茸毛的有无、叶色、粒形、叶形、生长习性、开花习性、粒大小、粒色等表型性状的Shannon-Weaver遗传多样性指数(简称SWI)和Simpson遗传多样性指数(简称SI)分析。结果表明:参试的75份花生品种遗传多样性指数分别为SWI=0.924,SI=0.500,其中以开花习性最低(SWI=0.139,SI=0.014),而Shannon-Weaver指数以粒色最高为1.841,Simpson指数为0.712。利用48对SSR引物对这些材料进行了遗传多样性分析,结果如下:(1)在48对花生的SSR引物中,有35对(占所用引物总数的72.9%)具有多态性,共检测到215条多态性条带,平均每对引物可扩增6条多态性带。(2)根据SSR扩增结果对75份材料的聚类分析结果表明,这些材料的相似系数(GS)为0.25~0.85,平均GS值为0.55。28个审定品种的相似系数为0.39~0.85,平均为0.60。 展开更多
关键词 花生 SSR标记 相似系数 聚类分析
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9种耐寒杜鹃花亲缘关系ISSR分析 被引量:24
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作者 刘旭颖 沈向群 张艳红 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期89-92,共4页
利用ISSR分子标记研究了辽宁9种耐寒杜鹃花的亲缘关系,从100个引物中筛选出13个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出了576条DNA片段,分子量为300~2000 bp,平均每条引物扩增出44.31条DNA片段。采用DPS软件,计算9种杜鹃花的Nei氏距... 利用ISSR分子标记研究了辽宁9种耐寒杜鹃花的亲缘关系,从100个引物中筛选出13个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出了576条DNA片段,分子量为300~2000 bp,平均每条引物扩增出44.31条DNA片段。采用DPS软件,计算9种杜鹃花的Nei氏距离,并用UPGMA法构建了系统树。结果表明,9种杜鹃花明显聚为3大类:照白杜鹃、牛皮杜鹃聚为一类;迎红杜鹃、缘毛迎红杜鹃、兴安杜鹃聚为一类;黄杨杜鹃、淀川杜鹃、红枫杜鹃和大字杜鹃聚为一类,其中第2类与形态学分类结果一致。 展开更多
关键词 杜鹃花 ISSR 聚类分析 亲缘关系
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