谷子SiNF-YA亚家族基因的生物信息学分析与抗旱基因挖掘

1

作者 王春芳 张霈涵 +3 位作者 史慎奎 杨佳怡 王玉芳 祁东梅 《河北大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期82-90,共9页

为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析... 为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析,探究谷子SiNF-YA5亚家族基因在干旱敏感品种、耐旱品种各组织中的表达量差异.结果表明,谷子SiNF-YA亚家族基因分布在4条染色体上,主要定位于细胞核和胞外分泌中,其启动子区含有与非生物胁迫响应相关的顺式作用元件.同时该基因亚家族成员与抗旱性具有很强的相关性,并且谷子SiNF-YA5亚家族基因在PEG处理前后,叶片和根部的表达量具有显著性差异.本研究为谷子抗旱品种的育种提供理论支持. 展开更多

关键词 谷子 sinf-ya亚家族基因 抗旱 生物信息学分析 单倍型分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

甘蓝β-淀粉酶基因家族的鉴定及其响应低温胁迫的表达分析

2

作者 山溪 陶美奇 +4 位作者 潘永飞 秦文斌 张振超 姚悦梅 戴忠良 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第2期345-354,共10页

β-淀粉酶(BAM)是植物水解淀粉的重要酶类,在植物应对非生物胁迫响应中有重要作用。本研究基于甘蓝BRAD参考基因组的全基因组序列,分离鉴定得到20个BolBAM基因,并对其家族成员进行系统发育分析、蛋白质特征分析、基因结构分析、不同器官... β-淀粉酶(BAM)是植物水解淀粉的重要酶类,在植物应对非生物胁迫响应中有重要作用。本研究基于甘蓝BRAD参考基因组的全基因组序列,分离鉴定得到20个BolBAM基因,并对其家族成员进行系统发育分析、蛋白质特征分析、基因结构分析、不同器官/组织中的相对表达量分析、低温(2℃)胁迫下的基因表达模式分析。结果表明,从甘蓝中共鉴定得到20个BolBAM蛋白,BolBAM蛋白的氨基酸序列长度范围是193 aa(BolBAM3c)~678 aa(BolBAM7);甘蓝BAM蛋白家族成员兼有弱酸性、弱碱性蛋白质;除BolBAM11、BolBAM12、BolBAM14外,其他BolBAM蛋白均为亲水性蛋白质。RNA-Seq(转录组)分析结果表明,BolBAM1b、BolBAM5a、BolBAM9b在7个组织/器官中的相对表达量均较高,在花中BolBAM1b的相对表达量最高,在角果中BolBAM5a的相对表达量最高,在愈伤组织中BolBAM9b的相对表达量最高。本研究还发现,在甘蓝耐冷材料923、冷敏材料D9中,14个BolBAM基因受到低温诱导表达;冷敏材料D9中BolBAM3a的相对表达量在低温处理6 h时高于耐冷材料923,但在低温处理24 h时,其相对表达量显著低于923;耐冷材料923中BolBAM3b的相对表达量在低温处理6 h、24 h时均显著高于冷敏材料D9。本研究结果为后续开展BolBAM3a、BolBAM3b基因调控甘蓝应对低温胁迫的研究提供了重要参考。 展开更多

关键词 甘蓝 BAM基因家族 低温胁迫 亚细胞定位

在线阅读 下载PDF 职称材料

桑小头木虱FAR基因家族鉴定及其功能预测分析

3

作者 林雅婷 郝阳洋 +3 位作者 韦红显 耿涛 王树昌 卢芙萍 《热带作物学报》 北大核心 2025年第6期1502-1513,共12页

桑小头木虱(PaurocephalasauteriEnderlein)是热带亚热带桑树重要害虫,主要为害桑树顶芽和嫩叶,导致叶片卷曲,难以展开,同时可分泌蜡质,诱发煤烟病,导致桑叶产量和质量显著下降;为害小苗,可致其全株死亡,严重威胁热带蚕桑产业的多元化... 桑小头木虱(PaurocephalasauteriEnderlein)是热带亚热带桑树重要害虫,主要为害桑树顶芽和嫩叶,导致叶片卷曲,难以展开,同时可分泌蜡质,诱发煤烟病,导致桑叶产量和质量显著下降;为害小苗,可致其全株死亡,严重威胁热带蚕桑产业的多元化发展。脂酰辅酶A还原酶(FAR)存在于各种生物体内,参与脂肪酸衍生物的生物合成,进而参与繁殖、两性信息识别与交流、蜡质合成等多项生命活动过程。本研究共筛选到23个桑小头木虱FAR基因,蛋白分析表明,其中大多数为碱性蛋白,具有亲水性;亚细胞定位预测发现,17个FAR蛋白定位于细胞质,1个定位于线粒体,1个定位于细胞核,4个定位于质膜,说明PsmFAR基因发挥功能的主要场所是细胞质。结合其他已知昆虫FAR基因的功能,以及桑小头木虱若虫、雌成虫、雄成虫体内及不同部位FAR基因的表达分析发现,桑小头木虱FAR基因可能参与发育、繁殖、蜡质合成、体表角质层合成、信息素合成及解毒等多个生物学功能,除7个基因可能仅参与蜡质合成功能外,其余16个基因可能参与多个生物学功能,涉及繁殖的有16个(69.56%),涉及蜡质合成的亦有16个(69.56%),与其体表角质层合成相关的有12个(52.17%),与发育相关的有9个(39.13%),与解毒相关的有5个(21.74%),与信息素合成相关的有4个(17.39%)。本研究在转录组测序分析的基础上对桑小头木虱FAR基因家族进行鉴定、序列组成及表达分析,探究FAR基因在桑小头木虱生命活动中的功能,为其高效防控技术和针对性药剂的研发和应用提供理论依据。后续功能的进一步验证将为以FAR基因为靶标的精准防控药剂的研发提供依据。 展开更多

关键词 桑小头木虱 FAR基因家族 亚细胞定位 基因表达 功能预测分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

干旱胁迫下外源ABA对香樟R2R3-MYB亚家族转录因子表达的影响

4

作者 关信 郑洋群 +2 位作者 张亚东 王毅 郑元 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期51-63,共13页

R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模... R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,R2R3-MYB亚家族基因结构相似,功能多样,大多数基因与抗旱通路和植物激素反应相关;基于转录组数据基因表达谱分析,在干旱胁迫下CcMYB2、CcMYB9、CcMYB21、CcMYB46、CcMYB63、CcMYB84等通过正调控参与香樟抗旱物质的合成;结合顺式作用元件中参与涉及干旱诱导性的MYB结合位点,CcMYB16、CcMYB51、CcMYB52可能通过ABA信号通路中的去磷酸化过程,参与干旱胁迫调控,CcMYB2、CcMYB21、CcMYB22、CcMYB61、CcMYB63可能与干旱胁迫下ABA介导的气孔运动相关。 展开更多

关键词 香樟 外源ABA 干旱胁迫 R2R3-MYB亚家族 转录因子 基因表达

在线阅读 下载PDF 职称材料

谷子果胶甲酯酶抑制子PMEI基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应分析

5

作者 李新妮 李俊怡 +6 位作者 马雪华 何卫 李佳丽 于佳 曹晓宁 乔治军 刘思辰 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期150-163,共14页

【目的】PMEI(pectin methylesterase inhibitor)是控制细胞壁结构与特性的重要组成部分,在植物逆境胁迫响应方面发挥重要作用。探究谷子PMEI基因在非生物胁迫下的响应机制,为谷子的抗逆机理研究提供理论基础。【方法】运用生物信息学... 【目的】PMEI(pectin methylesterase inhibitor)是控制细胞壁结构与特性的重要组成部分,在植物逆境胁迫响应方面发挥重要作用。探究谷子PMEI基因在非生物胁迫下的响应机制,为谷子的抗逆机理研究提供理论基础。【方法】运用生物信息学方法对谷子PMEI基因家族进行鉴定,采用实时荧光定量PCR技术对其家族成员在低温、干旱、MeJA、ABA胁迫下的表达模式进行分析。【结果】谷子基因组中共鉴定出68个SiPMEI基因家族成员,不均匀地分布在9条染色体上,大多数成员定位于细胞壁或叶绿体上。SiPMEI家族成员主要有2种结构域,PMEI结构域和pectinesteras+PMEI结构域,含有同一结构域的成员间理化性质、亚细胞定位和基因结构均较相似。启动子顺式作用元件分析表明SiPMEI基因家族成员含有多种非生物胁迫和激素响应元件。本研究选择了8个含有2种以上胁迫响应元件且含数量较多的SiPMEI家族成员进行实时荧光定量表达分析。结果表明,SiPMEI在谷子的根、茎、叶和穗中差异表达;非生物胁迫(低温、干旱)和激素胁迫(MeJA、ABA)处理下,SiPMEI基因的表达量在0-24 h内整体呈现上升趋势,含PMEI结构域且定位于细胞壁上的成员SiPMEI30、SiPMEI32、SiPMEI36、SiPMEI63在胁迫下响应的最高表达量集中于8-24 h。亚细胞定位于叶绿体上的成员SiPMEI22、SiPMEI31、SiPMEI38、SiPMEI47最高表达量分布较为分散,且上调位点较多。【结论】SiPMEI在低温、ABA和MeJA的胁迫下均具有正向响应,并在干旱和MeJA胁迫下具有类似的表达趋势。这些差异表达表明SiPMEI可能通过不同的分子机制响应非生物胁迫。 展开更多

关键词 谷子 PMEI基因家族 干旱胁迫 低温胁迫 茉莉酸甲酯胁迫 脱落酸胁迫 亚细胞定位 结构域

在线阅读 下载PDF 职称材料

二斑叶螨多重抗性品系最优内参基因的筛选及CYP392A亚家族基因的表达分析 被引量：8

6

作者 周兴隆 杨顺义 +3 位作者 郝雨 王进军 张新虎 沈慧敏 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1229-1236,共8页

【目的】筛选出二斑叶螨Tetranychus urticae Koch抗甲氰菊酯、阿维菌素及螺螨酯混剂的实时定量PCR最优内参基因。【方法】选取5.8S rRNA,α-tubulin,TBP,β-actin,ELFn,RPL13a,GAPDH和SDHA 8个候选内参基因,以Ge Norm,Best Keeper和Nor... 【目的】筛选出二斑叶螨Tetranychus urticae Koch抗甲氰菊酯、阿维菌素及螺螨酯混剂的实时定量PCR最优内参基因。【方法】选取5.8S rRNA,α-tubulin,TBP,β-actin,ELFn,RPL13a,GAPDH和SDHA 8个候选内参基因,以Ge Norm,Best Keeper和Normfinder 3个软件分析这8个基因在二斑叶螨多重抗性品系中的表达稳定性,并以筛选的内参基因分析二斑叶螨P450酶系CYP392A亚家族基因的表达水平。【结果】经Ge Norm,Best Keeper和Normfinder 3个软件综合评价确定ELFn基因为二斑叶螨敏感品系(susceptible strain,SS)和多重抗性品系(multipesticide resistant strain,Mp-R)各发育阶段的最优内参基因。以ELFn为内参基因对二斑叶螨CYP392A亚家族16个基因表达量进行分析,结果表明:经多重抗性选育40代后,Mp-R品系卵期CYP392A1表达量显著上调;CYP392A16基因在各发育阶段表达量极显著高于SS品系相应发育阶段;其他基因表达量在敏感品系和抗性品系之间差异不显著。【结论】筛选出了SS和Mp-R品系中各发育阶段最佳内参基因为EFLn;Mp-R品系CYP392A亚家族16个基因的表达量在幼螨和若螨阶段低于卵与成螨阶段,其中CYP392A16基因在二斑叶螨多重抗性的形成中起主要作用。该结果为二斑叶螨多重抗性研究奠定了一定基础。 展开更多

关键词 二斑叶螨 多重抗性 内参基因 CYP392A亚家族 基因表达量 RT-q PCR

在线阅读 下载PDF 职称材料

赤桉CCoAOMT亚家族的基因克隆及可变剪接分析 被引量：7

7

作者 谷振军 章怀云 +6 位作者 张党权 谢耀坚 何含杰 陈丽莉 彭宽 刘果 杨丹 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第5期62-69,共8页

通过同源克隆策略和RACE技术获得赤桉CCoAOMT亚家族2个成员的全长cDNA序列。CCoAOMT1基因的全长cDNA序列为1 020 bp,其中可读框ORF长度为738 bp,5’-UTR为106 bp,3’-UTR为176 bp;CCoAOMT2基因的全长cDNA序列为1 047 bp,其中可读框ORF... 通过同源克隆策略和RACE技术获得赤桉CCoAOMT亚家族2个成员的全长cDNA序列。CCoAOMT1基因的全长cDNA序列为1 020 bp,其中可读框ORF长度为738 bp,5’-UTR为106 bp,3’-UTR为176 bp;CCoAOMT2基因的全长cDNA序列为1 047 bp,其中可读框ORF长度为741 bp,5’-UTR为125 bp,3’-UTR为158bp。CCoAOMT1和CCoAOMT2基因都由5个外显子组成,主要的区别在于前者第1个内含子存在5’端可变剪接位点,形成2条不同长度的mRNA,一条的ORF长度为738 bp,而另一条比前者缺失了42 bp,但不影响其余氨基酸的读码框顺序。赤桉CCoAOMT1基因在茎段中可变剪接发生在5—9月间,是桉树一年中树高和直径增长最快的阶段,这个可变剪接可能与组织器官生长发育有关。蛋白质三维结构分析表明,CCoAOMT能形成正确的酶活性中心与底物结合位点。抑制CCoAOMT基因表达,降低桉树木质素对于减少制浆造纸工业污染具有重要意义。 展开更多

关键词 桉树 木质素 CCoAOMT亚家族 基因克隆 可变剪接 生物信息学注释

在线阅读 下载PDF 职称材料

中华按蚊CYP6Y亚家族基因的鉴定和生物信息学分析 被引量：8

8

作者 唐尧 乔梁 +3 位作者 张玉娟 车燕飞 洪瑞 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期663-672,共10页

【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis CYP6Y亚家族基因,分析它们的结构和特征,推测其可能的功能。【方法】以冈比亚按蚊An.gambiae CYP6Y1作为询问序列,通过双向Blast方法检索中华按蚊转录组中CYP6Y亚家族基因,并通过生物信息学方... 【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis CYP6Y亚家族基因,分析它们的结构和特征,推测其可能的功能。【方法】以冈比亚按蚊An.gambiae CYP6Y1作为询问序列,通过双向Blast方法检索中华按蚊转录组中CYP6Y亚家族基因,并通过生物信息学方法分析基因结构、特征及可能的功能。【结果】从中华按蚊转录组测序数据中鉴定出2条CYP6Y亚家族基因,分别命名为AsCYP6Y1(GenBank登录号:KF709397)和AsCYP6Y2(GenBank登录号:KF709398)。序列分析显示,AsCYP6Y1和AsCYP6Y2全长分别为1 713 bp和1 815 bp,分别编码502和526个氨基酸。基因结构分析显示,该亚家族基因仅含有1个相位1型内含子并与其他P450基因形成保守的共线性分布。蛋白结构分析显示,这2个基因编码的蛋白含P450特有的5个特征序列和6个底物结合位点,且均不存在信号肽,其亚细胞定位为细胞质。3D结构分析显示,AsCYP6Y1有18条α螺旋和13股反向平行的β折叠,AsCYP6Y2有19条α螺旋和11股反向平行的β折叠。通过同样的方法,在达林按蚊An.darlingi中也鉴定出2个CYP6Y亚家族基因。系统进化分析显示,AsCYP6Y1和AsCYP6Y2分别与其他3种按蚊的CYP6Y1和CYP6Y2聚成一支,Bootstrap值均大于90%。替换率分析显示,中华按蚊AsCYP6Y1和AsCYP6Y2与其他3种按蚊同源基因的Ka/Ks均小于1。相对进化速率分析显示,中华按蚊CYP6Y和CYP6M亚家族的相对进化速率均显著快于CYP6P亚家族,而CYP6Y和CYP6M亚家族之间没有显著差异。【结论】在中华按蚊和达林按蚊中存在2个CYP6Y亚家族基因,之前在冈比亚按蚊和不吉按蚊An.funestus中也发现2个CYP6Y亚家族基因,表明CYP6Y亚家族基因可能在按蚊属广泛存在,且可能为按蚊属昆虫所特有。 展开更多

关键词 中华按蚊 CYP6Y亚家族 基因序列 生物信息学分析 基因结构 相对进化速率

在线阅读 下载PDF 职称材料

家蚕蛹和成虫期GOBP/PBP亚家族基因簇基因定位与表达分析 被引量：8

9

作者 张升祥 张瑶 +4 位作者 徐世清 王更先 胡增娟 赵春晓 崔为正 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1069-1076,共8页

昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding p... 昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding protein,GOBP/PBP)是鳞翅目昆虫OBP家族的一个重要单系群。为进一步明确家蚕Bombyx moriGOBP/PBP基因的结构、表达及功能,本研究利用染色体定位及半定量表达分析方法对其进行了分析。染色体定位分析显示,这些基因以基因簇的形式存在于第19染色体的nscaf3052上,基因结构相似,转录方向一致,表明这些基因可能由同源基因复制产生,并具有类似功能。对家蚕蛹和成虫不同发育阶段的雌、雄虫多种组织中进行表达分析发现,这些基因的表达在不同发育时期和不同组织间差异明显(P<0.05),相对表达量均以触角中为最高,其他非嗅觉组织中也多有表达,性别间差异不大,说明了该基因簇基因除了具有嗅觉相关的功能外,很可能具有其他尚未被发现的功能。 展开更多

关键词 家蚕 气味结合蛋白 PBP1-GOBP2亚家族 基因簇 表达分析 染色体定位

在线阅读 下载PDF 职称材料

普通烟草CESA基因家族成员的鉴定、亚细胞定位及表达分析 被引量：16

10

作者 徐宗昌 孔英珍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期512-524,共13页

纤维素合成酶蛋白(cellulose-synthase proteins,CESA)是一类质膜定位蛋白,以蛋白复合体的形式存在于质膜上合成纤维素,在细胞壁建成和植物生长发育过程中起着非常重要的作用。本研究利用CESA蛋白保守域序列PF03552检索普通烟草(Nicotia... 纤维素合成酶蛋白(cellulose-synthase proteins,CESA)是一类质膜定位蛋白,以蛋白复合体的形式存在于质膜上合成纤维素,在细胞壁建成和植物生长发育过程中起着非常重要的作用。本研究利用CESA蛋白保守域序列PF03552检索普通烟草(Nicotiana tabacum L.)蛋白序列,并通过拟南芥(Arabidopsis thaliana)10个CESA蛋白序列在普通烟草基因组数据库中利用TBLASTN程序进行比对,共获得21条NtCESA基因候选序列,对这些序列进行蛋白序列理化性质分析、系统进化树构建、基因结构分析、保守结构域及跨膜区分析和组织表达模式分析,并对NtCESA9和NtCESA14两个蛋白进行了亚细胞定位实验。结果表明:获得的21条NtCESA蛋白序列的理化性质相似;系统进化分析将21个NtCESA基因和10个At CESA基因分成5个分支,每一个分支各成员之间的进化相对保守,基因结构类似,不同分支之间的基因结构差异也较小;NtCESA蛋白结构域相对保守,都含有CESA蛋白典型的N端锌指结构、C端跨膜区和DDD-QXXRW保守功能域;组织表达分析结果表明,大部分NtCESA基因在幼苗和成熟期烟草的根、叶、胚芽和愈伤组织中都有表达,同一个分支中的基因表达模式基本一致,并且NtCESA基因参与初/次生细胞壁纤维素的合成与该基因编码蛋白的跨膜区数目存在关联,表明NtCESA基因家族成员功能上的复杂性;亚细胞定位结果证实NtCESA9和NtCESA14为质膜定位蛋白。本研究为烟草CESA基因家族功能的深入研究奠定了基础。 展开更多

关键词 普通烟草 CESA基因家族 基因表达 亚细胞定位

在线阅读 下载PDF 职称材料

基因扫描分析B-CLL的TCR Vβ亚家族T细胞的表达和克隆性 被引量：6

11

作者 李扬秋 汪明春 +3 位作者 杨力建 陈少华 SiegertW SchmidtCA 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 1998年第3期210-213,共4页

利用RT-PCR扩增12例B-CLL外周血单个核细胞的TCR Vβ基因24个亚家族的互补决定区3(CDR3),以了解T细胞的表达情况。PCR产物进一步经基因扫描分析CDR3长度而确定T细胞的克隆性。结果显示:12例B-CLL共表达13个TCRVβ亚家族T细胞,每例病人... 利用RT-PCR扩增12例B-CLL外周血单个核细胞的TCR Vβ基因24个亚家族的互补决定区3(CDR3),以了解T细胞的表达情况。PCR产物进一步经基因扫描分析CDR3长度而确定T细胞的克隆性。结果显示:12例B-CLL共表达13个TCRVβ亚家族T细胞,每例病人仅表达3-9个Vβ亚家族,主要为Vβ2,Vβ3,Vβ6,Vβ7,Vβ17或Vβ19,9例病人的一个或两个Vβ3家族T细胞里克隆性生长。提示B-CLL选择性地表达TCR VβT细胞,大部分B-CLL出现克隆性增殖T细胞,这可能是对白血病细胞相关抗原的免疫反应。 展开更多

关键词 基因扫描 B慢性淋巴细胞白血病 TCR VΒ亚家族 T细胞克隆性

在线阅读 下载PDF 职称材料

二斑叶螨不同抗性品系最佳内参基因的筛选及CYP392E亚家族基因的表达分析 被引量：7

12

作者 杨顺义 岳秀利 +1 位作者 王进军 沈慧敏 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1152-1159,共8页

【目的】筛选二斑叶螨Tetranychus urticae敏感品系(SS)、抗阿维菌素品系(Av-R)和抗螺虫乙酯品系(Sp-R)中合适的内参基因,研究二斑叶螨不同抗性品系CYP392E亚家族基因表达水平的变化。【方法】采用实时荧光定量PCR(quantitative real-ti... 【目的】筛选二斑叶螨Tetranychus urticae敏感品系(SS)、抗阿维菌素品系(Av-R)和抗螺虫乙酯品系(Sp-R)中合适的内参基因,研究二斑叶螨不同抗性品系CYP392E亚家族基因表达水平的变化。【方法】采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)技术,对二斑叶螨α-tubulin,β-actin,ELFn,GAPDH,5.8S rRNA基因和SDHA共6个看家基因的表达稳定性进行分析以期筛选出合适的内参基因,并在此基础上进一步分析二斑叶螨不同品系P450酶系CYP392E亚家族基因的表达量差异。【结果】在二斑叶螨SS,Av-R和Sp-R品系中稳定性最高的内参基因为ELFn。以ELFn为内参基因,CYP392E7基因相对表达量在二斑叶螨Av-R品系中显著高于SS品系(P<0.05),为后者的2.18倍,而在Sp-R品系和SS品系中差异不显著;其余基因的相对表达量在2个抗性品系中均没有增加,Av-R品系的CYP392E4,CYP392E9和CYP392E10基因以及Sp-R品系的CYP392E1和CYP392E9基因相对表达量甚至显著下调,分别为SS品系的48%,74%,65%,63%和73%。【结论】在二斑叶螨SS,Av-R和Sp-R品系中ELFn为理想的内参基因,Av-R品系CYP392E4,CYP392E7,CYP392E9和CYP392E10基因相对表达量的显著变化可能与二斑叶螨对阿维菌素的抗性形成有关,Sp-R品系CYP392E1和CYP392E9基因也可能与二斑叶螨对螺虫乙酯的抗性形成有一定联系。 展开更多

关键词 二斑叶螨 阿维菌素 螺虫乙酯 抗性品系 敏感品系 P450酶系 CYP392E亚家族 qRT—PCR 内参基因 表达量

在线阅读 下载PDF 职称材料

野桑蚕性信息素结合蛋白(PBP)亚家族基因的克隆与进化分析 被引量：1

13

作者 张升祥 崔为正 +2 位作者 王更先 孔令斐 徐世清 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期776-782,共7页

蛾类的性信息素信号传递是研究昆虫化学通讯的模型,性信息素结合蛋白(pheromone-binding protein,PBP)亚家族是研究热点之一。克隆了野桑蚕PBP亚家族的3个基因,命名为pbp1、pbp2、pbp3(GenBank登录号:GQ246497、GQ468569、GQ468570)。... 蛾类的性信息素信号传递是研究昆虫化学通讯的模型,性信息素结合蛋白(pheromone-binding protein,PBP)亚家族是研究热点之一。克隆了野桑蚕PBP亚家族的3个基因,命名为pbp1、pbp2、pbp3(GenBank登录号:GQ246497、GQ468569、GQ468570)。分析野桑蚕和家蚕pbp基因的编码区,发现碱基突变主要以转换为主(14/18),氨基酸变异主要为同义突变(16/18),成熟蛋白质的理化性质变化小,二级结构无变化,推测野桑蚕向家蚕的进化过程中PBP亚家族的基因功能没有变化。对具有PBP亚家族3个已知基因的6个昆虫物种进行氨基酸遗传距离和同源性分析,结果表明野桑蚕和家蚕间PBP1、PBP2、PBP3的遗传距离分别为0、0.02、0,同源性分别高达100%、98.6%和100%,物种间基因的进化速率很慢,进化分析显示PBP亚家族在这几个物种分化前已经产生。 展开更多

关键词 野桑蚕 家蚕 性信息素结合蛋白 亚家族基因 进化

在线阅读 下载PDF 职称材料

脊椎动物ABCA基因亚家族研究进展 被引量：1

14

作者 李光 王义权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期1015-1022,共8页

ABC(ATP-binding cassette)基因家族编码膜蛋白,其成员负责多种物质的跨膜运输。基于氨基酸序列的同源性,人的48个ABC成员被分为7个亚家族:ABCA^ABCG。与其他亚家族相比,ABCA基因编码的蛋白具有独特的拓扑结构,并且其家族成员在两栖动... ABC(ATP-binding cassette)基因家族编码膜蛋白,其成员负责多种物质的跨膜运输。基于氨基酸序列的同源性,人的48个ABC成员被分为7个亚家族:ABCA^ABCG。与其他亚家族相比,ABCA基因编码的蛋白具有独特的拓扑结构,并且其家族成员在两栖动物和哺乳动物分化之后各发生过一次大的扩展(expanding)。基因结构分析发现这两次扩展均是通过基因倍增实现的,这些倍增的产物在啮齿目和食肉目中得到保留,而在灵长目中却有一半变成假基因或被删除。ABCA成员主要负责不同组织器官脂类和胆固醇的跨膜运输,部分成员的突变与疾病相关。 展开更多

关键词 ABCA亚家族 基因倍增 进化 基因功能

在线阅读 下载PDF 职称材料

异基因造血干细胞移植患者外周血TCR Vβ亚家族克隆性增殖动态变化及其与GVHD的关系 被引量：1

15

作者 贾新颜 王健民 +3 位作者 李扬秋 陈少华 章卫平 陈莉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2007年第4期795-800,共6页

本研究观察异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)患者外周血T细胞受体(TCR)Vβ亚家族克隆性增殖的动态变化,分析T细胞的克隆性演变与GVHD的关系。利用RT-PCR方法扩增70例次allo-HSCT后患者(其中17例次出现GVHD)外周血单个核细胞中24个TCRV... 本研究观察异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)患者外周血T细胞受体(TCR)Vβ亚家族克隆性增殖的动态变化,分析T细胞的克隆性演变与GVHD的关系。利用RT-PCR方法扩增70例次allo-HSCT后患者(其中17例次出现GVHD)外周血单个核细胞中24个TCRVβ基因的互补决定区3(CDR3),PCR产物经荧光标记和基因扫描分析CDR3长度,确定T细胞的克隆性。结果表明:移植患者T细胞增殖一般都经历由单克隆向多克隆演变的过程,在移植后60-90天时,逐渐由单克隆转为单克隆和多克隆表达大致各占一半。120天以后,无GVHD患者大多转为多克隆性表达;而GVHD患者受免疫抑制剂和GVHD的影响,直到1年以上仍有部分呈单克隆表达趋势。GVHD患者发生GVHD或靶器官受累最明显的时候,外周血TCRVβ亚家族的表达主要呈现单/双克隆的表现,而经过免疫抑制治疗病情好转后,部分患者出现由寡克隆表达转为多克隆增殖趋势。结论:移植后早期患者尤其是合并GVHD的患者,T细胞呈克隆性增殖和T细胞受体的倾向性利用;随着造血和免疫的恢复,TCRVβ亚家族表达重新恢复趋向正常的多克隆性演变。 展开更多

关键词 造血干细胞移植 移植物抗宿主病 T细胞受体Vβ亚家族 T细胞克隆性 基因扫描

在线阅读 下载PDF 职称材料

玉米PDI基因家族鉴定和表达模式分析 被引量：2

16

作者 吴金丽 汤泽洋 +3 位作者 鲁鑫 周志强 郭长虹 李新海 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期97-110,共14页

蛋白质二硫键异构酶(PDI,protein disulfide isomerase)作为硫氧还蛋白家族的一员,是一种氧化还原酶,广泛存在于动物、植物及微生物中。在植物中,蛋白质二硫键的形成和异构主要由二硫键蛋白催化完成,在参与蛋白质正确组装折叠方面至关... 蛋白质二硫键异构酶(PDI,protein disulfide isomerase)作为硫氧还蛋白家族的一员,是一种氧化还原酶,广泛存在于动物、植物及微生物中。在植物中,蛋白质二硫键的形成和异构主要由二硫键蛋白催化完成,在参与蛋白质正确组装折叠方面至关重要。本研究以拟南芥PDI家族基因序列信息为基础,利用同源序列比对方法,从玉米中鉴定出21个PDI基因,除8号染色体外,非均匀地分布在其余玉米9条染色体上。进化树分析表明,玉米PDI基因家族分为4个进化分支11个发育组,同一发育组的基因结构和保守基序相似。顺式作用元件分析表明,PDI基因家族启动子含响应逆境胁迫、植物激素及胚乳特异表达的顺式作用元件。表达模式分析表明,PDI基因家族在胚、胚乳和籽粒中表达量较高,在授粉后10~20 d的胚乳中表达量呈下降趋势,然后表达量又呈现上升趋势。生物多样性分析发现:ZmPDIL1-1基因存在多样性。亚细胞定位结果表明ZmPDIL1-1定位在内质网。本研究结果为玉米PDI家族基因功能研究提供参考。 展开更多

关键词 玉米 PDI基因家族 基因表达 亚细胞定位

在线阅读 下载PDF 职称材料

苹果TIPs亚家族成员鉴定与干旱胁迫响应分析 被引量：2

17

作者 刘河 卢世雄 +2 位作者 梁国平 毛娟 陈佰鸿 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1083-1093,共11页

【目的】鉴定并分析苹果液泡膜内在蛋白(TIP)亚家族成员,探究该亚家族成员在苹果干旱胁迫下的表达模式,为研究苹果抗旱性基因资源挖掘和利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法对苹果MdTIPs全基因组进行鉴定,分析其家族成员的理化性... 【目的】鉴定并分析苹果液泡膜内在蛋白(TIP)亚家族成员,探究该亚家族成员在苹果干旱胁迫下的表达模式,为研究苹果抗旱性基因资源挖掘和利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法对苹果MdTIPs全基因组进行鉴定,分析其家族成员的理化性质、基因结构、保守基序、顺式作用元件、系统进化树等,并结合实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析其在干旱胁迫下不同器官中的表达模式。【结果】在苹果基因组中,共检索到13个MdTIP基因,大部分成员亚细胞定位预测在质膜上,分布于10条染色体上,且每条染色体定位有1~3个成员;该基因家族成员的启动子区域包含多种响应激素和逆境胁迫的应答元件;qRT-PCR显示,MdTIPs亚家族成员在根中除MdTIP1;1外其余均受上调表达,且MdTIP1;3和MdTIP1;4与对照相比,分别上调表达了5.27倍和5.69倍,表明其是参与调控干旱胁迫的关键基因。【结论】鉴定并提供了MdTIPs亚家族成员信息,10个MdTIPs亚家族成员在根、茎、叶中差异表达,12个亚家族成员在根中高表达。 展开更多

关键词 苹果 水通道蛋白 TIPs亚家族基因 水分运输 生物信息学

在线阅读 下载PDF 职称材料

拟南芥ABI5亚家族基因表达特性的比较研究 被引量：5

18

作者 王新文 王世伟 +2 位作者 苟琦敏 王永刚 马建忠 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1101-1108,共8页

拟南芥ABI5亚家族转录因子AtDPBFs(DC3 promoter binding factors)/ABFs(ABRE binding factors)由9个高度同源的成员组成,它们参与了植物生长发育过程中种子成熟和休眠、开花时间、根的生长、ABA信号转导和逆境响应等过程。该研究采用qR... 拟南芥ABI5亚家族转录因子AtDPBFs(DC3 promoter binding factors)/ABFs(ABRE binding factors)由9个高度同源的成员组成,它们参与了植物生长发育过程中种子成熟和休眠、开花时间、根的生长、ABA信号转导和逆境响应等过程。该研究采用qRT-PCR方法分析了拟南芥ABI5亚家族9个基因在不同组织和生长阶段、以及苗期对ABA、高盐、高渗和低温等响应下mRNA的相对含量变化,以明确9个基因的生物学功能及其异同。结果显示:(1)在拟南芥种子刚萌发时有6个基因较5 d龄幼苗均极显著大量表达;在营养生长阶段,未检测到At5G42910基因的信号,其余8个基因均随幼苗生长mRNA相对含量也相应增加,且AtDPBF2和AtDPBF4的增加幅度最大;13 d龄幼苗中ABF3的相对含量最高,约为ABI5的59倍。(2)在生殖生长阶段,茎和根中9个基因均少量表达,而在花和种子中均大量表达,且ABI5表达量最高,分别约为根中表达量的122倍和730倍;叶片中ABF2表达量最高,果荚中AtDPBF2表达量最高,两者分别约为根中表达量的10倍和12倍;At5G42910基因在花和果荚中高表达,约为其他器官表达量的5倍。(3)100 mmol·L^(-1) NaCl、50μmol·L^(-1)山梨醇、10μmol·L^(-1)ABA分别处理8 d后,各处理幼苗生长发育较对照明显减缓,且随着处理浓度上升抑制效应进一步加剧。(4)20μmol·L^(-1) ABA处理13 d龄拟南芥幼苗后,ABF1和ABI5基因的mRNA相对含量增加最高,二者的增幅均接近30倍;100 mmol·L^(-1)山梨醇处理使ABF1和ABI5基因的mRNA相对含量增加最高,两者的增幅分别接近120倍和30倍;100 mmol·L^(-1) NaCl处理导致大多数ABI5亚家族基因表达下调,但仅ABF3基因有较明显的上调;4℃低温处理使ABF1和ABI5基因的mRNA相对含量分别上升了约110倍和25倍。研究表明,在营养生长阶段ABI5亚家族8个成员的表达逐渐增加,进入生殖生长阶段后各基因的表达大幅上升且存在组织差异性,花和种子中9个基因均大量表达而根和茎中少量表达,叶片中ABFs基因发挥主要作用,在种子形成及成熟过程中ABI5和AtDPBF2基因发挥主要作用;在非生物胁迫响应方面,ABF1和ABI5主要响应ABA和渗透胁迫,ABF3主要响应盐胁迫,应对冷胁迫时除ABF1外,ABI5也发挥重要作用,推测At5G42910基因在种子形成以及成熟过程中具有重要作用。 展开更多

关键词 拟南芥 ABI5亚家族 转录因子 基因表达 ABA 逆境

在线阅读 下载PDF 职称材料

甜橙AP2亚家族转录因子的鉴定与分析

19

作者 赵鑫悦 谢婧蘅 +6 位作者 王天 杨莉 胡威 宋杰 匡柳青 刘勇 刘德春 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1490-1503,共14页

【目的】AP2亚家族转录因子具有调控植物种子、叶、花、根、茎等器官发育和响应非生物及生物胁迫的功能。对甜橙AP2亚家族进行基因鉴定、生物信息学分析和表达分析,为深入研究甜橙AP2亚家族基因的生物学功能提供理论基础。【方法】利用... 【目的】AP2亚家族转录因子具有调控植物种子、叶、花、根、茎等器官发育和响应非生物及生物胁迫的功能。对甜橙AP2亚家族进行基因鉴定、生物信息学分析和表达分析,为深入研究甜橙AP2亚家族基因的生物学功能提供理论基础。【方法】利用生物信息学分析方法,对甜橙AP2亚家族基因进行筛选与鉴定,通过qRT-PCR分析基因在不同组织部位以及不同非生物胁迫下的表达模式。【结果】鉴定出14个甜橙AP2亚家族基因,不均等分布在6条染色体上,其编码蛋白均为不稳定的亲水性蛋白。甜橙AP2亚家族基因在根、茎、叶中的表达存在差异,且多数基因可以被干旱和高盐胁迫诱导表达。【结论】鉴定出14个甜橙AP2亚家族基因,它们可能在甜橙响应非生物胁迫过程中起重要作用。 展开更多

关键词 甜橙 AP2亚家族 基因鉴定 非生物胁迫 生物信息学 表达分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

刺梨SOD基因家族鉴定与表达模式分析

20

作者 文洁 杜元欣 +4 位作者 吴安波 杨广容 鲁敏 安华明 南红 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期153-166,共14页

【目的】超氧化物歧化酶(SOD)是植物体内氧自由基的天然清除剂,对于保护植物免受环境胁迫起着关键作用,了解其在刺梨响应干旱胁迫中的作用,为深入研究刺梨SOD基因家族的功能提供基础。【方法】通过生物信息学对刺梨SOD基因家族进行系统... 【目的】超氧化物歧化酶(SOD)是植物体内氧自由基的天然清除剂,对于保护植物免受环境胁迫起着关键作用,了解其在刺梨响应干旱胁迫中的作用,为深入研究刺梨SOD基因家族的功能提供基础。【方法】通过生物信息学对刺梨SOD基因家族进行系统鉴定和分析,对其理化性质、染色体位置、基因结构、亚家族进化、顺式作用元件和WGCNA进行全面分析,并利用RT-qPCR分析刺梨SOD基因家族在干旱胁迫下的表达模式。【结果】刺梨SOD基因家族有9个成员,包括4个Cu/ZnSOD基因、3个MnSOD基因和2个FeSOD基因,分布在5条染色体上。基因结构显示,同一亚家族成员的基序组成较为相似,但内含子/外显子排列和数量差异较大。亚家族进化分析发现,MnSOD亚家族较原始,其在所有蛋白质位置都表现出高度保守性,其次是FeSOD和Cu/ZnSOD,Cu/ZnSOD亚家族各序列之间差异较大,又可以分为3个亚类。顺式作用元件分析显示,该家族基因参与多种植物激素、生长发育以及胁迫响应,特别是RrCSD2启动子区含有类黄酮生物合成元件(MBSI)。进一步通过转录组和WGCNA分析发现,RrCSD2所在模块的基因显著富集到黄酮和黄酮醇生物合成、类黄酮生物合成和花生四烯酸代谢等途径,表明RrCSD2可能参与类黄酮代谢过程。RT-qPCR结果显示,在干旱胁迫下,除RrMSD1和RrMSD2的表达水平显著下降外,其余7个基因的表达水平总体呈现上升趋势,特别是RrCSD2和RrCSD3的表达水平显著上调。【结论】刺梨SOD基因在干旱胁迫中起到重要作用。 展开更多

关键词 刺梨 SOD基因 亚家族进化 WGCNA分析 干旱胁迫

在线阅读 下载PDF 职称材料