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基于改进Seq2Seq的船舶轨迹预测模型
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作者 唐家乐 段兴锋 姚鹏 《上海海事大学学报》 北大核心 2025年第2期18-22,共5页
针对传统循环神经网络(recurrent neural network,RNN)模型收敛速度慢、精度低,导致海上船舶预测轨迹与真实轨迹之间差别较大的问题,构建由RNN组成的Seq2Seq(sequence to sequence)模型。引入注意力机制和卷积神经网络(convolutional ne... 针对传统循环神经网络(recurrent neural network,RNN)模型收敛速度慢、精度低,导致海上船舶预测轨迹与真实轨迹之间差别较大的问题,构建由RNN组成的Seq2Seq(sequence to sequence)模型。引入注意力机制和卷积神经网络(convolutional neural network,CNN)对模型进行改进,加强对数据特征的提取能力,加快模型收敛速度并提高轨迹预测精度。实验结果显示:与传统RNN模型相比,Seq2Seq模型的均方误差、均方根误差和平均绝对误差分别降低81.41%、12.67%和62.43%;与Seq2Seq模型相比,改进Seq2Seq模型的均方误差、均方根误差和平均绝对误差分别降低42.87%、69.27%和45.79%。 展开更多
关键词 船舶轨迹预测 seq2seq(sequence to sequence) 注意力机制 卷积神经网络(CNN) 循环神经网络(RNN)
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基于井-震联合的辫状河沉积微相分析--以鄂尔多斯盆地东胜气田锦77井区为例
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作者 李宏涛 《石油与天然气地质》 北大核心 2025年第1期91-107,共17页
为了弄清鄂尔多斯盆地东胜气田杭锦旗锦77井区下石盒子组1段(简称盒1段)层序沉积特征,通过岩心、测井和地震等资料研究岩石相测井曲线响应和地震反射特征,结合不同结构砂体地球物理正演结果,总结了盒1段沉积微相、测井相和地震相三相综... 为了弄清鄂尔多斯盆地东胜气田杭锦旗锦77井区下石盒子组1段(简称盒1段)层序沉积特征,通过岩心、测井和地震等资料研究岩石相测井曲线响应和地震反射特征,结合不同结构砂体地球物理正演结果,总结了盒1段沉积微相、测井相和地震相三相综合响应模式,划分了下石盒子组及其上、下地层各级层序界面,研究了内部沉积微相特征;利用地球物理属性地层切片技术,井-震结合、互为约束,确定了H1-2沉积微相平面展布。研究结果表明:①根据下石盒子组高频层序格架及砂体分布,将盒1段划分为4个小层。砂体主要分布在H1-1—H1-3小层,每个小层厚15~20 m。②综合盒1段岩性、沉积构造、沉积相标志、垂向组合和砂体分布特征,认为主要为低可容纳空间、物源供给充分、河道不固定的游荡性辫状河沉积,心滩、河道充填和泛滥平原是最主要的三种沉积微相。主要目的层H1-2小层发育近南北向条带状展布的辫状河道3~4条,宽度介于1~8 km,北部河道是心滩微相发育的有利部位。 展开更多
关键词 高频层序 井-震结合 地球物理正演 沉积微相平面展布 H1-2小层 锦77井区 东胜气田 鄂尔多斯盆地
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盐池滩羊背最长肌中与肌肉发育和肉质形成相关lncRNA的筛选与功能分析 被引量:1
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作者 刘依兰 胡亚美 +2 位作者 李惠侠 卢佳伟 刘媛 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第2期284-295,共12页
盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品... 盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品,通过转录物组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)筛选出可能在调控滩羊肌肉发育和肉质形成方面发挥重要作用的基因和长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。结果表明,两组LDM间共有504条mRNA和1483条lncRNA差异显著(P<0.05),还预测到了103个差异显著的潜在lncRNA-mRNA顺式调控关系对(P<0.05)。随后根据差异表达mRNA功能分析筛选出MSTN、CDKN1A、FHL 1等骨骼肌发育相关基因和LPL、SCD等骨骼肌代谢相关基因,根据差异表达lncRNA靶基因功能分析筛选出13个可能与肌肉发育相关(ADDIN CNKISM.UserStyleLNC.17926.1、LNC.981.1、LNC.16284.1等)和8个可能与骨骼肌代谢相关(LNC.15496.1、LNC.18149.1等)的lncRNA。随机选取2组均表达的5个lncRNA和4个mRNA进行qPCR验证,结果与RNA-seq一致,佐证了测序结果的可靠性。本研究为今后探究滩羊肌肉发育、肉质形成机制和开展分子育种打下了坚实基础,为改良国内其他绵羊品种的产肉性能提供了科学依据。 展开更多
关键词 滩羊 肌肉发育 肉质 长非编码RNA 转录物组测序
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凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)亲虾繁殖期水体微生物多样性 被引量:21
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作者 陈琼 李贵阳 +6 位作者 罗坤 孔杰 莫照兰 栾生 李杰 曹宝祥 张玉玲 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期130-138,共9页
为了揭示凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)繁殖期亲虾养殖水体的微生物多样性,我们比较了雌雄虾养殖水体细菌群落结构差异,采用Illumina HiSeq高通量测序方法对凡纳滨对虾亲虾养殖水体细菌的16S rRNA基因的两个高变区(V3-V4)进行测序分... 为了揭示凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)繁殖期亲虾养殖水体的微生物多样性,我们比较了雌雄虾养殖水体细菌群落结构差异,采用Illumina HiSeq高通量测序方法对凡纳滨对虾亲虾养殖水体细菌的16S rRNA基因的两个高变区(V3-V4)进行测序分析,并进行了α-多样性指数和β-多样性指数分析。结果表明:雌雄虾养殖水体细菌群落的α-多样性指数中Chao1,ACE和Goods-coverage指数无显著差异(P>0.05),而Observed-species,Shannon和Simpson指数有显著性差异(P<0.05)。主坐标分析和聚类热图分析表明雌雄虾养殖水体的细菌群落结构不同,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为两者共同的优势菌门,但其相对丰度有一定差异,在雄虾养殖池水体中相对丰度分别为76.15%和21.28%;在雌虾养殖池水体中相对丰度分别为66.01%和29.02%。两者的核心微生物群(属水平)明显不同,雄虾养殖水体的核心属主要包括Glaciecola、Octadecabacter、Methylobacterium、Psychroserpens、Olleya;雌虾养殖水体的核心属主要包括Pseudomonas、Polaribacter、Pseudoalteromonas、Vibrio、Arcobacter、Synechococcus、Hyphomonas、Paracoccus、HTCC、Thalassomonas、Thalassobius、Owenweeksia等,其中包括了Vibrio、Pseudomonas和Owenweeksia等病原相关菌类。该实验结果对凡纳滨对虾育苗阶段亲虾的健康管理、病害诊断及防治具有重要意义。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 繁殖期 养殖水体 HiSeq测序 微生物多样性
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人胚胎干细胞向神经前体细胞分化的转录组与染色质可及性变化分析研究
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作者 李林颖 蔡晓东 +7 位作者 童冉 杨晨 王志明 贺潇宇 马子越 张丰 李令杰 周君梅 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期387-403,共17页
目的·利用人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)体外分化模型和高通量多组学测序技术研究hESC分化成神经前体细胞(neural progenitor cell,NPC)过程中转录组和染色质可及性的变化情况。方法·首先在体外利用拟胚体形... 目的·利用人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)体外分化模型和高通量多组学测序技术研究hESC分化成神经前体细胞(neural progenitor cell,NPC)过程中转录组和染色质可及性的变化情况。方法·首先在体外利用拟胚体形成法诱导hESC分化成NPC,并收集这2个阶段的细胞;通过反转录-实时荧光定量PCR(reverse transcriptionquantitative real-time PCR,RT-qPCR)和免疫荧光染色(immunofluorescence,IF)鉴定细胞表型。应用转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)检测并分析hESC和NPC的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)。应用染色质可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high throughput sequencing,ATAC-seq)技术获取hESC和NPC的染色质可及性变化情况,并对差异的染色质开放区域进行基序富集分析以发现具有潜在调控作用的转录因子。最后对RNA-seq和ATAC-seq多组学数据进行联合分析,并构建蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,寻找体外神经早期分化过程中的关键基因和调控通路。结果·RT-qPCR与IF均显示多能性标志物(NANOG、POU5F1)在hESC阶段表达量高而在NPC阶段表达量明显降低;同时神经早期分化标志物(PAX6、SOX1、NES)在hESC阶段基本不表达而在NPC阶段表达量显著升高。RNA-seq分析结果显示,与hESC阶段相比,NPC阶段中有5597个基因的表达水平呈现上调,而3654个基因的表达水平下降,基因功能富集分析显示NPC阶段上调的基因富集至神经发育相关的功能。ATAC-seq分析结果显示,共27491个基因组区域在hESC向NPC分化过程中染色质可及性发生了显著改变,其中有12381个区域染色质可及性增强,15110个区域染色质可及性减弱;基序富集分析揭示DLX1、LHX2等转录因子基因可能在hESC向NPC分化过程中发挥重要作用。RNA-seq和ATAC-seq的多组学数据联合分析结果显示,在NPC阶段高表达的重叠基因主要富集在轴突导向、前脑发育、神经元迁移等。神经分化后CTNND2、LHX2基因表达水平升高,且相关基因区域染色质可及性也增加。PPI网络分析发现,PRKACA、CDH2、ERBB4等是下游候选基因。结论·利用hESC体外分化模型结合高通量多组学测序技术可用于揭示hESC向NPC分化过程中的转录组及染色质可及性的变化规律;该过程中轴突导向、前脑发育、神经元迁移等通路的相关基因表达水平升高,染色质可及性增强。 展开更多
关键词 人胚胎干细胞 神经前体细胞 染色质可及性测序 转录组测序
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白介素-1β在极重症口腔颌面部感染中的预警价值及机制初探
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作者 朱晗懿 石欢 +1 位作者 俞创奇 郑凌艳 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第6期661-672,共12页
目的·探究白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)在预测口腔颌面间隙感染(oral and maxillofacial space infection,OMSI)严重程度的作用,并探索影响IL-1β释放的关键机制、关键细胞亚群及OMSI患者免疫细胞间通信网络。方法·选... 目的·探究白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)在预测口腔颌面间隙感染(oral and maxillofacial space infection,OMSI)严重程度的作用,并探索影响IL-1β释放的关键机制、关键细胞亚群及OMSI患者免疫细胞间通信网络。方法·选取2023年1月至2023年11月就诊于上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔外科的OMSI患者共62例,包括中度感染20例、重度感染21例和极重度感染21例,采用Logistic回归分析影响极重度感染的危险因素,绘制受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)评估上述指标预测极重度感染的能力。分别选取2例中度、重度和极重度患者的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC),结合2名健康对照(GSE224198)进行单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)分析,明确促炎关键细胞亚群及关键基因随着感染程度加重的变化趋势,通过CellChat分析细胞间通信。通过实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR)及Westernblotting验证PBMC中炎性小体激活水平。结果·与中度和重度感染患者相比,极重度感染患者降钙素原(procalcitonin,PCT)(P<0.05)和IL-1β(P<0.05)水平显著升高。Logistic回归显示IL-1β是极重度感染的独立危险因素(OR=1.814,95%CI 1.256~2.621,P=0.002)。联合IL-1β和PCT预测极重度感染的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.943。scRNA-seq显示,感染加重过程中单核细胞NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor family pyrin domain-containing 3,NLRP3)基因、IL1B基因表达持续上调,中间型单核细胞是表达IL1B基因的主要细胞亚群。IL-1Β-IL-1R信号通信、趋化因子配体(C-C motif chemokine ligand,CCL)和细胞间黏附分子(intercellular adhesion molecule,ICAM)信号通信在单核细胞中显著增强;T细胞与单核细胞间巨噬细胞迁移抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)信号通信亦显著增强。随着感染的加重,外周血NLRP3和IL1B的mRNA水平逐渐升高,NLRP3、caspase-1 p20、凋亡相关斑点样蛋白(apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD,ASC)、IL-1β蛋白表达水平持续升高。结论·联合入院IL-1β和PCT水平可有效预测OMSI极重度感染。感染患者PBMC中NLRP3炎性小体激活。IL-1β的升高与中间型单核细胞密切相关,同时单核细胞介导的IL-1Β-IL-1R、CCL、ICAM信号通信及T细胞介导的MIF信号通信共同促进炎症反应。 展开更多
关键词 口腔颌面间隙感染 白介素-1Β 中间型单核细胞 单细胞RNA测序 细胞通信
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HSVd靶向性ds-sRNA对感病番茄miRNA表达影响的分析
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作者 李经纬 唐文琨 +2 位作者 严溢 王娅 张万萍 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第2期262-274,共13页
序列与类病毒基因组一致的外源ds-sRNA可在短时间内沉默类病毒基因组,miRNAs广泛参与基因表达调控,在这一生物过程中发挥重要作用。为了挖掘参与外源ds-sRNA沉默类病毒基因组的核心miRNAs,通过对感染啤酒花矮化类病毒(HSVd)的番茄植株... 序列与类病毒基因组一致的外源ds-sRNA可在短时间内沉默类病毒基因组,miRNAs广泛参与基因表达调控,在这一生物过程中发挥重要作用。为了挖掘参与外源ds-sRNA沉默类病毒基因组的核心miRNAs,通过对感染啤酒花矮化类病毒(HSVd)的番茄植株外源施用靶向基因组不同分区的dssRNA,并在施用后不同时间段测定类病毒全基因组滴度,确定靶向HSVd中央保守区的ds-sRNA施用36 h对HSVd沉默效率最佳。基于最佳处理,对样本进行miRNA-seq、降解组测序以及关键miRNAs的实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果表明,与ddH2O处理对照相比,miRNA-seq中检出参与调控植物抗性的sly-MIR10528-p3和参与调控基因沉默的ptc-miR162a_R+1的表达量变化显著,qRT-PCR检出目标miRNA表达趋势与测序数据一致;降解组检测中,sly-MIR10528-p3和ptc-miR162a_R+1的表达趋势与miRNA-seq检测结果基本一致,另外检出参与调控病毒防御的sly-miR162、调控非生物胁迫抗性的vvi-miR3630-3p_L-2R-1_1ss21AT和参与调控基因沉默的bna-MIR169c-p3_2ss12GC17TG的表达量变化显著。本次检测共获得52个显著差异表达的新miRNA信息。本研究结果可为番茄抗病育种和分子药物开发提供新的理论基础和技术支持。 展开更多
关键词 番茄 啤酒花矮化类病毒 靶向性ds-sRNA miRNA-seq 降解组测序
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松针粉促进绣球菌菌丝生长的转录组分析
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作者 王昕 杨驰 +5 位作者 肖冬来 林辉 江晓凌 刘晓瑜 林衍铨 马璐 《食药用菌》 2025年第4期264-271,共8页
研究松针粉对绣球菌菌丝生长的影响,采用转录组测序技术分析了培养基中添加松针后菌丝的差异表达基因。结果表明:松针粉可显著提高菌丝生长速度,适宜的添加量为2 g/L,基础培养基中加入松针粉后,共获得1331个差异表达基因,其中上调基因44... 研究松针粉对绣球菌菌丝生长的影响,采用转录组测序技术分析了培养基中添加松针后菌丝的差异表达基因。结果表明:松针粉可显著提高菌丝生长速度,适宜的添加量为2 g/L,基础培养基中加入松针粉后,共获得1331个差异表达基因,其中上调基因448个、下调基因883个,对差异表达基因进行GO功能分析的结果显示,参与生物学过程(Biological process)、细胞组分(Cellular component)和分子功能(Molecular function)的差异表达基因分别为272个、326个和497个。显著富集(P<0.01)的代谢通路为丁酸代谢(Butanoate metabolism)、苯丙氨酸代谢(Phenylalanine metabolism)、乙醛酸和二羧酸代谢(Glyoxylate and dicarboxylate metabolism)、甘油脂代谢(Glycerolipid metabolism),以及二萜生物合成(Diterpenoid biosynthesis)途径。 展开更多
关键词 广叶绣球菌 RNA-Seq测序 差异表达基因 代谢通路
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DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子APETALA3-3调控铁皮石斛花型变化机理
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作者 宋雅蓉 朱洪凤 +3 位作者 敖叠 刘安祺 陆德银 和凤美 《热带作物学报》 北大核心 2025年第5期1052-1063,共12页
兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和... 兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和铁皮石斛DoAP3-3过表达植株的花器官为研究对象,通过DAP-seq和RNA-seq联合分析,从铁皮石斛转录因子DoAP3-3调控下游靶基因的角度探讨唇瓣多样性形成机制。结果表明:共鉴定出MADS6、NAC029、NAC054、WOX3、AS2、ERECTA、AG等7个关键候选靶基因,这些靶基因可能通过特异性调控或在DoAP3-3的作用下与其他基因互作调控花器官发育和花型发育。酵母单杂交实验验证表明转录因子DoAP3-3与MADS6之间存在相互作用,影响花型发育。该研究为初步解析花器官特征基因DoAP3-3与其靶基因之间的调控机制,探究兰科植物中高度特化和多样化的花形态形成机理奠定基础。 展开更多
关键词 APETALA3-3 铁皮石斛 DNA亲和纯化测序 DAP-seq 转录组测序 花型发育
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主动脉瘤单细胞转录组的系统性分析与探索
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作者 张星语 李若谷 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第6期735-744,共10页
目的·利用单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术探究主动脉瘤(aortic aneurysm,AA)的单细胞图景。方法·通过系统性检索高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO),收集所有符合纳入标准的数据... 目的·利用单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术探究主动脉瘤(aortic aneurysm,AA)的单细胞图景。方法·通过系统性检索高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO),收集所有符合纳入标准的数据集。使用R语言和Seurat软件包分析AA组织与正常对照组织的细胞构成占比变化;使用CellChat软件包通过细胞受体-配体对的基因表达水平评估细胞间相互作用;使用AUCell软件包依据SenMayo Senescence基因集进行细胞衰老程度评分并进行对比;通过将单细胞转录数据模拟为普通转录组数据,对周细胞进行差异基因筛选及基因通路富集分析。结果·共纳入9组数据集,经质量控制及合并后获得104570个细胞的RNA计数数据,其中对照组48311个、AA组56259个。细胞被划分为19个簇,被注释为14种细胞类型。与对照组相比,AA组的周细胞比例显著降低(P<0.001),而单核/巨噬细胞和树突状细胞的数量占比显著上升(P=0.020,P=0.045)。此外,AA组细胞相互作用多于对照组,但血管平滑肌细胞参与的相互作用减少,周细胞与自身相互作用的强度亦有所降低。对照组特有的细胞相互作用有5种,AA组特有的细胞相互作用有13种,其中相对信息流量最大的相互作用是SPP1。除脂肪细胞外,AA组其余细胞种类的衰老评分均显著升高(均P<0.001),衰老阳性细胞数量明显增加(P<0.001),其中成纤维细胞占比最大。周细胞差异表达基因分析结果显示,AA组相比对照组有185个基因表达上调、151个表达下调,上调幅度最大的基因为Spp1。趋化因子活动通路及CXC趋化因子受体结合通路等促炎作用通路显著富集。结论·AA组织中的细胞构成发生显著变化,细胞间相互作用增强,细胞衰老程度上升,Spp1是关键基因。 展开更多
关键词 主动脉瘤 单细胞测序 细胞通信 细胞衰老
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融合卷积收缩门控的生成式文本摘要方法 被引量:1
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作者 甘陈敏 唐宏 +2 位作者 杨浩澜 刘小洁 刘杰 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期98-104,共7页
在深度学习技术的推动下,基于编码器-解码器架构并结合注意力机制的序列到序列模型成为文本摘要研究中应用最广泛的模型之一,尤其在生成式文本摘要任务中取得显著效果。然而,现有的采用循环神经网络的模型存在并行能力不足和时效低下的... 在深度学习技术的推动下,基于编码器-解码器架构并结合注意力机制的序列到序列模型成为文本摘要研究中应用最广泛的模型之一,尤其在生成式文本摘要任务中取得显著效果。然而,现有的采用循环神经网络的模型存在并行能力不足和时效低下的局限性,无法充分概括有用信息,忽视单词与句子间的联系,易产生冗余重复或语义不相关的摘要。为此,提出一种基于Transformer和卷积收缩门控的文本摘要方法。利用BERT作为编码器,提取不同层次的文本表征得到上下文编码,采用卷积收缩门控单元调整编码权重,强化全局相关性,去除无用信息的干扰,过滤后得到最终的编码输出,并通过设计基础Transformer解码模块、共享编码器的解码模块和采用生成式预训练Transformer(GPT)的解码模块3种不同的解码器,加强编码器与解码器的关联,以此探索能生成高质量摘要的模型结构。在LCSTS和CNNDM数据集上的实验结果表明,相比主流基准模型,设计的TCSG、ES-TCSG和GPT-TCSG模型的评价分数增量均不低于1.0,验证了该方法的有效性和可行性。 展开更多
关键词 生成式文本摘要 序列到序列模型 Transformer模型 BERT编码器 卷积收缩门控单元 解码器
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单细胞RNA测序联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病中的核心基因 被引量:2
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作者 薛廷 郑乐婷 +2 位作者 董菲 周广 钟小宁 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期97-105,共9页
目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及... 目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及组间树突状细胞差异表达基因(DC-DEG)鉴定。GSE38974差异分析得到的差异基因(DEG)与DC-DEG取交集获取共有DC-DEG,评估共有DC-DEG对COPD的诊断效能和共有DC-DEG富集分析及其与GSE38974免疫细胞浸润中激活的树突状细胞(DC)、浆细胞样树突状细胞(pDC)和Th17细胞的相关性。肺气肿小鼠模型肺组织对共有DC-DEG的mRNA表达量进行实验验证。结果 GSE173896得到组间DC-DEG 18个,GSE38974得到646个DEG,两者取交集得到3个DC-DEG,包括白细胞介素1受体拮抗剂(IL1RN)、 S100钙结合蛋白A8(S100A8)和S100A9,曲线下面积(AUC)值分别为0.841、 0.804和0.966。基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)主要富集于慢性炎症反应、含胶原蛋白的细胞外基质、晚期糖基化终产物受体(RAGE)结合、 Toll样受体(TLR)结合、白细胞介素17(IL-17)信号通路等。IL1RN、 S100A8和S100A9均与激活的DC、 pDC及Th17细胞呈正相关。实验验证结果显示肺气肿小鼠肺组织IL1RN、 S100A8和S100A9的mRNA相对表达量上调。结论 IL1RN、 S100A8和S100A9可能是DC在COPD发病机制中的核心基因,为后续COPD的免疫治疗提供潜在靶点和理论依据。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病(COPD) 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) 树突状细胞(DC) 核心基因
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RPS6亚基肽段抑制S180肿瘤细胞的分子机制 被引量:1
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作者 蒲帝宏 叶姿妤 +4 位作者 周丽倩 刘欣岚 鲁艳 侯怡铃 丁祥 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期32-38,共7页
为探究核糖体蛋白RPS6亚基肽段对S180肿瘤细胞基因表达的影响及抑制肿瘤细胞的关键分子和信号通路,以S180荷瘤小鼠为模型,用RPS6亚基肽段处理S180荷瘤小鼠,对S180肿瘤细胞进行Illumina测序获得差异表达的基因,并对这些差异基因进行GO和K... 为探究核糖体蛋白RPS6亚基肽段对S180肿瘤细胞基因表达的影响及抑制肿瘤细胞的关键分子和信号通路,以S180荷瘤小鼠为模型,用RPS6亚基肽段处理S180荷瘤小鼠,对S180肿瘤细胞进行Illumina测序获得差异表达的基因,并对这些差异基因进行GO和KEGG分析。基因表达结果显示,RPS6亚基肽段会导致mt-Cytb、mt-Nd1、Rpl13基因表达降低,阻碍S180肿瘤细胞的氧化磷酸化过程。GO分析结果显示,RPS6亚基肽段抑制肿瘤细胞关键门类集中于质膜和质膜外侧组成成分的变化及免疫反应调节和免疫细胞的激活。差异基因结果显示,RPS6亚基肽段通过增强PRL/PRLR信号,上调Uchl1基因表达,诱导肿瘤细胞周期停滞。KEGG通路富集分析结果显示,穿孔素(PRF1)和颗粒酶B(GZMB)表达诱导细胞凋亡,同时自然杀伤细胞(natural killer cell,NK)介导的细胞毒性与NF-κB信号通路信号增强,IFN-γ和TNF-α表达上调共同参与RPS6亚基肽段作用下的S180肿瘤细胞凋亡,抑制S180肿瘤细胞增殖。RPS6亚基肽段导致S180肿瘤细胞细胞周期停滞,并诱导自然杀伤细胞介导的细胞毒性及NF-κB信号通路的上调导致S180肿瘤细胞凋亡,为RPS6亚基肽段在抗肿瘤研究的应用提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 核糖体蛋白RPS6 小分子多肽 RNA-Seq测序 差异表达基因 NF-κB信号通路
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基于单细胞测序技术解析冠状动脉粥样硬化患者平滑肌细胞的细胞间通信及关键基因
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作者 司春婴 王建茹 +2 位作者 李晓辉 王永霞 关怀敏 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期169-182,共14页
目的·利用单细胞RNA测序技术(single-cell RNA sequencing,scRNA-Seq)阐释冠状动脉粥样硬化(coronary atherosclerosis,CA)的细胞通信景观,挖掘主导细胞亚群及其关键基因。方法·下载GSE131778数据集并进行预处理、质控、降维... 目的·利用单细胞RNA测序技术(single-cell RNA sequencing,scRNA-Seq)阐释冠状动脉粥样硬化(coronary atherosclerosis,CA)的细胞通信景观,挖掘主导细胞亚群及其关键基因。方法·下载GSE131778数据集并进行预处理、质控、降维聚类及注释;利用CellChat包进行细胞通信分析,识别主导细胞亚群。利用FindAllMarker函数,筛选主导细胞亚群与其他细胞亚群间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并构建其蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,将Degree算法排序前五位的DEGs作为关键基因。将关键基因与CellChat分析出的细胞通信网络进行匹配和挖掘,获取关键基因参与的配体-受体对(ligand-receptor pair,L-R)及其介导的信号通路,并对结果进行可视化。构建动脉粥样硬化小鼠模型,并利用反转录聚合酶链式反应检测关键基因在颈动脉粥样硬化病变处的表达情况。结果·在CA病变处共鉴定出11个细胞亚群,包括平滑肌细胞、内皮细胞、巨噬细胞、单核细胞等。细胞通信分析结果显示,CellChat在11个细胞亚群中检测到70对显著的L-R和26条相关的信号通路;平滑肌细胞处于通信活跃状态,与其他细胞亚群间相互作用的次数和强度最显著,是主导细胞亚群。DEGs筛选结果显示,平滑肌细胞亚群和其他细胞亚群之间共有206个DEGs,其中ITGB2、PTPRC、CCL2、DCN、IGF1被识别为关键基因。关键基因介导的细胞通信分析结果显示:CCL2与ACKR1形成L-R,通过介导CCL信号通路参与平滑肌细胞与内皮细胞间的通信网络;ITGB2分别与ITGAM、ITGAX组成受体复合物,再与C3形成L-R介导补体信号通路,参与平滑肌细胞与巨噬细胞、单核细胞间的通信网络。动物实验对关键基因的验证结果同生物信息学分析的结果一致。结论·平滑肌细胞在CA病理过程中是主导细胞,与其他细胞间有广泛的通信网络,可通过CCL2-ACKR1、C3-(ITGAM+ITGB2)和C3-(ITGAX+ITGB2)介导的CCL和补体信号通路,与内皮细胞、巨噬细胞和单核细胞构建细胞通信网络。 展开更多
关键词 冠状动脉粥样硬化 单细胞RNA测序 平滑肌细胞 细胞通信
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干扰素调节因子3促结直肠癌细胞增殖与侵袭相关探索
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作者 徐文晖 杨畅 +3 位作者 李瑞卿 卞京 李夏伊 郑磊贞 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期301-311,共11页
目的·分析结直肠癌中干扰素调节因子3(interferon regulatory factor 3,IRF3)表达水平与临床病理特征及患者预后的关系,观察IRF3过表达对结直肠癌细胞增殖与侵袭能力的影响及其相关蛋白通路。方法·下载癌症基因组图谱(The Can... 目的·分析结直肠癌中干扰素调节因子3(interferon regulatory factor 3,IRF3)表达水平与临床病理特征及患者预后的关系,观察IRF3过表达对结直肠癌细胞增殖与侵袭能力的影响及其相关蛋白通路。方法·下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据,分析IRF3表达水平与恶性肿瘤患者(肾癌、结直肠癌、肝癌、前列腺癌)预后的关系。采用免疫组织化学法检测10例结直肠癌或肾癌患者的癌组织与癌旁正常组织切片中IRF3表达水平的差异。针对IRF3蛋白的C端残基位点进行改造,构建拟磷酸化IRF3-5D(396/398/402/404/405-D)高表达的HEK-293T细胞。分别在细胞培养12、24 h时,采用TANK结合激酶1(TANK-binding kinase 1,TBK1)抑制剂进行处理,并采用蛋白质印迹法检测细胞IRF3、p-IRF3(Ser386)蛋白表达水平。采用RNA测序技术探索IRF3-5D高表达与肿瘤相关蛋白表达水平的相关性。构建野生型IRF3(IRF3-WT)和IRF3-5D过表达的结直肠癌细胞CT26、COLON26,采用细胞计数法、细胞划痕试验和克隆形成试验检测细胞增殖及迁移能力。结果·TCGA数据分析提示癌组织中IRF3蛋白表达水平与患者的不良预后呈正相关。癌症患者病理组织免疫组织化学法显示,结直肠癌、肾癌组织中IRF3的表达水平显著上调,且蛋白表达集中于细胞核内。TBK1抑制剂分别在细胞培养12、24 h时间点作用后,HEK-293T细胞p-IRF3(Ser386)蛋白表达减弱。RNA测序和蛋白质印迹法结果显示,多个与癌症预后不良相关的蛋白[IRF9、细胞程序性死亡-配体1(programmed cell death 1-ligand 1,PD-L1)等]表达水平在IRF3-5D高表达的条件下显著上调。结直肠癌细胞中过表达IRF3-5D,可导致癌细胞的增殖、迁移能力显著上调。结论·结直肠癌中IRF3表达水平与患者不良预后呈正相关。IRF3-5D蛋白在结直肠癌细胞内高表达后,促进癌细胞恶性生物学行为。此外,IRF3-5D依赖于TBK1介导的IRF3活化激活通路,并上调多个肿瘤相关蛋白的表达水平。 展开更多
关键词 结直肠恶性肿瘤 靶向治疗 干扰素调节因子3 TANK结合激酶1 RNA测序
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单细胞转录组测序技术在脊髓损伤免疫微环境研究中的应用进展
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作者 张楠 闫华筝 +5 位作者 高建雄 张霖 赵成辰 包芊慧 胡建国 吕合作 《细胞与分子免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第12期1133-1137,共5页
脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)... 脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术通过一系列测序技术实现高分辨检测单个细胞水平表达谱,以提供有关细胞异质性和功能、潜在分子机制、细胞命运转变和参与疾病发展的细胞间相互作用的信息,为基础和转化研究提供有价值的基因表达数据,有利于从中找出针对性治疗的干预靶点。本综述讨论了有关scRNA-seq技术及其在SCI后损伤局部免疫微环境中的多方面应用,将有助于更全面了解SCI免疫微环境的病理生理过程。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序技术(scRNA-seq) 脊髓损伤免疫微环境 中性粒细胞 小胶质细胞 单核/巨噬细胞 星形胶质细胞 细胞间相互作用 综述
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重金属污染对鄱阳湖底泥微生物群落结构的影响 被引量:43
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作者 江玉梅 张晨 +4 位作者 黄小兰 倪才英 王金凤 宋鹏飞 张志斌 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3475-3486,共12页
利用Illumina平台高通量测序技术,分析了鄱阳湖4大河流(信江XS,饶河RS,修河SS,赣江GS)河口底泥微生物群落结构和多样性对底泥重金属污染的响应情况.结果表明,在测试的6种重金属离子中,Cu、Zn全量和有效态表现为RS、XS显著高于SS、GS,Mn... 利用Illumina平台高通量测序技术,分析了鄱阳湖4大河流(信江XS,饶河RS,修河SS,赣江GS)河口底泥微生物群落结构和多样性对底泥重金属污染的响应情况.结果表明,在测试的6种重金属离子中,Cu、Zn全量和有效态表现为RS、XS显著高于SS、GS,Mn全量和有效态在GS中显著最高,Pb有效态在XS显著最高,Pb全量、Cd全量和有效态、Cr全量和有效态在4条河流中无显著差异;经检测,鄱阳湖4河口底泥微生物群落主要有5大类,它们分别是:变形菌门(Proteobacteria)(32.54%~50.35%),酸杆菌门(Acidobacteria)(6.13%~13.13%),拟杆菌(Bacteroidetes)(4.38%~14.92%),疣微菌门(Verrucomicrobia)(6.42%~10.70%)和绿湾菌门(Chloroflexi)(3.21%~11.73%).多样性指数结果表明:GS、SS微生物多样性指数(Chao1和Shannon)高于RS,与重金属含量成反相关.相关性分析表明:重金属Cu、Zn、Cd、Pb、Cr、Mn和138个主要OTU显著相关,其中Cu、Cd和微生物门、属显著相关的OTU数量最多.变形菌门中有9个属和Cu有效量,5个属和Cd有效量显著正相关,这些正相关的菌群是土壤重金属污染修复的重要微生物种质资源. 展开更多
关键词 Mi-seqsequencing 土壤微生物 重金属 鄱阳湖
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转录组测序技术的研究和应用进展 被引量:93
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作者 崔凯 吴伟伟 刁其玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1-9,共9页
转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。高通量测序技术的快速发展,为从整体水平系统地研究转录组学研究提供快捷可靠的平台。综述了当前主流的高通量测序技术及其在转... 转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。高通量测序技术的快速发展,为从整体水平系统地研究转录组学研究提供快捷可靠的平台。综述了当前主流的高通量测序技术及其在转录组学研究中的应用,并讨论了转录组数据分析中一些值得关注的问题,以及转录组测序技术在生物学研究中的应用方向。 展开更多
关键词 转录组 RNA-SEQ 二代测序 三代测序 单细胞转录组
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转录组与RNA-Seq技术 被引量:63
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作者 张春兰 秦孜娟 +2 位作者 王桂芝 纪志宾 王建民 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期51-56,共6页
转录组是特定细胞或组织在特定时间或状态下转录出来的所有RNA的集合。通过对转录组的研究可以揭示生物体的基因表达、研究结构变异及发现新基因等。转录组分析的研究方法、研究平台发生着日新月异的变化,同时生物信息学分析的内容也在... 转录组是特定细胞或组织在特定时间或状态下转录出来的所有RNA的集合。通过对转录组的研究可以揭示生物体的基因表达、研究结构变异及发现新基因等。转录组分析的研究方法、研究平台发生着日新月异的变化,同时生物信息学分析的内容也在逐渐完善。RNA-Seq作为一种新的转录组研究手段,利用新一代测序技术能够更为快速、准确地为人们提供更多的生物体转录信息。主要比较近年来转录组研究的几种方法和几种RNA-Seq的研究平台,并着重介绍RNA-Seq的原理、用途、步骤和生物信息学分析等及在相关领域的应用等内容,为相关的研究和应用提供参考。 展开更多
关键词 转录组 RNA-SEQ 新一代测序技术
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典型生活垃圾填埋场覆盖土微生物群落分析 被引量:28
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作者 何芝 赵天涛 +1 位作者 邢志林 袁建华 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第12期3744-3753,共10页
采用第二代高通量测序技术Illumina MiSeq对典型生活垃圾填埋场覆盖土样(山东莱芜,SD;广东深圳,GD;上海老港SH;重庆长生桥,CQ)进行16S rDNA V3~V4区高通量测序,并分析了Alpha多样性、物种组成和丰度、菌群结构及环境因子对群落结构的... 采用第二代高通量测序技术Illumina MiSeq对典型生活垃圾填埋场覆盖土样(山东莱芜,SD;广东深圳,GD;上海老港SH;重庆长生桥,CQ)进行16S rDNA V3~V4区高通量测序,并分析了Alpha多样性、物种组成和丰度、菌群结构及环境因子对群落结构的影响.结果表明:取自垃圾填埋场GD土样的物种种类多于其他土样,GD,SD,SH,CQ土样的Shannon指数分别为5.52±0.026,4.76±0.030,4.89±0.037,3.4310.027;所有覆盖土样的优势菌为Alphaproteobacteria(α-变形杆菌纲)和Betaproteobacteria(β-变形杆菌纲),所占比例范围分别为12.67%~25.54%,14.35%~18.88%;SD,GD和SH三种覆盖土样的优势菌为Sphingomonas(鞘氨醇单胞菌属),分别占7.25%、10.67%、11.30%;Deltaproteobacteria(德耳塔变形杆菌纲)和Gammaproteobacteria(y一变形菌杆纲)的相对丰度分别与TN(r=1.00,P〈0.001)和TP(r=1.00,P〈0.001)呈正相关关系,且结合RDA图,TN,TP和OM含量可能是SD土样区别于其他土样群落组成的主要因素. 展开更多
关键词 ILLUMINA MI Seq测序 垃圾填埋场覆盖土 微生物多样性 群落结构 环境因子
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