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鲤sPLA2-Ⅲ基因结构、系统发育和表达特征
被引量：
1
1
作者
许迪辉
李红霞
+5 位作者
李建林
唐永凯
王钦
张磊
沈泽恩
俞菊华
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期1172-1181,共10页
磷脂酶A2在磷脂代谢、炎症反应、细胞增殖和动脉粥样硬化等生理病理过程中发挥作用。为了探究sPLA2-Ⅲ在鲤(Cyprinus carpioLinnaeus)中的生物学功能,实验使用BLAST同源搜索和线性分析在鲤(Cyprinus carpio)基因组中挖掘得到5个sPLA2-...
磷脂酶A2在磷脂代谢、炎症反应、细胞增殖和动脉粥样硬化等生理病理过程中发挥作用。为了探究sPLA2-Ⅲ在鲤(Cyprinus carpioLinnaeus)中的生物学功能,实验使用BLAST同源搜索和线性分析在鲤(Cyprinus carpio)基因组中挖掘得到5个sPLA2-Ⅲ基因,分别位于5个连锁群,分别命名为Ccpla2g3a1、Ccpla2g3a2、Ccpla2g3b、Ccpla2g3c1和Ccpla2g3c2。基因结构和序列分析显示Ccpla2g3as含有7个外显子,Ccpla2g3b和Ccpla2g3cs则均含有4个外显子,分别编码530、525、461、752和753个氨基酸,均含有PLA2beevenomlike region和sPLA2-Ⅲ特征序列。线性分析显示, Ccpla2g3a1和Ccpla2g3a2, Ccpla2g3c1和Ccpla2g3c2来自鲤特异的染色体加倍事件。从2R (Two rounds of genome duplication)鱼雀鳝(Lepisosteus oculatus)到3R(Fish-specific genome duplication, FSGD)鱼斑马鱼(Danio rerio)等,雀鳝的pla2g3a(b)加倍为3R鱼的pla2g3a和pla2g3b, pla2g3c因在3R鱼的一个连锁群上丢失,故3R鱼中只保留一个基因。同源性分析表明已有鱼类Pla2g3a、Pla2g3b和Pla2g3c垂直同源蛋白之间相似性分别为48.8%-93.2%、37.6%-74.3%和49.6%-97.6%,鲤和斑马鱼的垂直同源基因之间相似性最高。系统发育结果显示,鱼类及其祖先雀鳝的Pla2g3c以100%的置信值归在一支,雀鳝Pla2g3a(b)与除了鲤科鱼类(鲤和斑马鱼) Pla2g3b外的Pla2g3a和Pla2g3b以96%置信值在一支,鲤和斑马鱼Pla2g3b单独形成一支表明在进化过程中该基因变异较大。荧光定量PCR结果表明Ccpla2g3as在整个鲤早期发育阶段表达量均较低,在成鱼肝脏中表达量最高(P<0.01);Ccpla2g3b在鲤受精后0.5h的表达量显著高于之后各取样点(P<0.05),在成鱼卵巢中表达量最高(P<0.01);Ccpla2g3cs在120h表达量达到最高,在成鱼脑中表达量最高(P<0.01)。实验比较全面地揭示了鲤sPLA2-Ⅲ亚家族基因结构、系统发育和表达特征。
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关键词
鲤
分泌型磷脂酶
a2
-
ⅲ
基因结构
系统发育
基因表达
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职称材料
题名
鲤sPLA2-Ⅲ基因结构、系统发育和表达特征
被引量：
1
1
作者
许迪辉
李红霞
李建林
唐永凯
王钦
张磊
沈泽恩
俞菊华
机构
南京农业大学无锡渔业学院
中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部淡水鱼类遗传育种和养殖生物学重点开放实验室
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期1172-1181,共10页
基金
中央级基本科研业务费(2018HY-ZD02)资助~~
文摘
磷脂酶A2在磷脂代谢、炎症反应、细胞增殖和动脉粥样硬化等生理病理过程中发挥作用。为了探究sPLA2-Ⅲ在鲤(Cyprinus carpioLinnaeus)中的生物学功能,实验使用BLAST同源搜索和线性分析在鲤(Cyprinus carpio)基因组中挖掘得到5个sPLA2-Ⅲ基因,分别位于5个连锁群,分别命名为Ccpla2g3a1、Ccpla2g3a2、Ccpla2g3b、Ccpla2g3c1和Ccpla2g3c2。基因结构和序列分析显示Ccpla2g3as含有7个外显子,Ccpla2g3b和Ccpla2g3cs则均含有4个外显子,分别编码530、525、461、752和753个氨基酸,均含有PLA2beevenomlike region和sPLA2-Ⅲ特征序列。线性分析显示, Ccpla2g3a1和Ccpla2g3a2, Ccpla2g3c1和Ccpla2g3c2来自鲤特异的染色体加倍事件。从2R (Two rounds of genome duplication)鱼雀鳝(Lepisosteus oculatus)到3R(Fish-specific genome duplication, FSGD)鱼斑马鱼(Danio rerio)等,雀鳝的pla2g3a(b)加倍为3R鱼的pla2g3a和pla2g3b, pla2g3c因在3R鱼的一个连锁群上丢失,故3R鱼中只保留一个基因。同源性分析表明已有鱼类Pla2g3a、Pla2g3b和Pla2g3c垂直同源蛋白之间相似性分别为48.8%-93.2%、37.6%-74.3%和49.6%-97.6%,鲤和斑马鱼的垂直同源基因之间相似性最高。系统发育结果显示,鱼类及其祖先雀鳝的Pla2g3c以100%的置信值归在一支,雀鳝Pla2g3a(b)与除了鲤科鱼类(鲤和斑马鱼) Pla2g3b外的Pla2g3a和Pla2g3b以96%置信值在一支,鲤和斑马鱼Pla2g3b单独形成一支表明在进化过程中该基因变异较大。荧光定量PCR结果表明Ccpla2g3as在整个鲤早期发育阶段表达量均较低,在成鱼肝脏中表达量最高(P<0.01);Ccpla2g3b在鲤受精后0.5h的表达量显著高于之后各取样点(P<0.05),在成鱼卵巢中表达量最高(P<0.01);Ccpla2g3cs在120h表达量达到最高,在成鱼脑中表达量最高(P<0.01)。实验比较全面地揭示了鲤sPLA2-Ⅲ亚家族基因结构、系统发育和表达特征。
关键词
鲤
分泌型磷脂酶
a2
-
ⅲ
基因结构
系统发育
基因表达
Keywords
Cyprinus carpio
secretory phospholipase a2 group ⅲ
Gene structure
Phylogeny
Gene expression
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鲤sPLA2-Ⅲ基因结构、系统发育和表达特征
许迪辉
李红霞
李建林
唐永凯
王钦
张磊
沈泽恩
俞菊华
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
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