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猪圆环病毒2型SYBRGreen Real-time qPCR检测方法的建立 被引量:9
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作者 冯华 刘运超 +2 位作者 陈玉梅 魏蔷 张改平 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期98-103,共6页
为了建立一种基于SYBRGreen的猪圆环病毒2型(PCV2)荧光定量PCR诊断方法,以PCV2 ORF2基因序列为研究对象,构建p MD19T-ORF2重组质粒作为阳性标准品,设计特异性引物,对该方法的最适引物浓度、退火进行了优化,并对该方法的灵敏度、特异性... 为了建立一种基于SYBRGreen的猪圆环病毒2型(PCV2)荧光定量PCR诊断方法,以PCV2 ORF2基因序列为研究对象,构建p MD19T-ORF2重组质粒作为阳性标准品,设计特异性引物,对该方法的最适引物浓度、退火进行了优化,并对该方法的灵敏度、特异性、可重复性以及临床样品检出率进行了评价。结果表明,该方法引物的最佳终浓度为0. 2 mol/L,最适退火温度为55℃;检测限可达到3. 0×10~2个拷贝/mL,而普通PCR检测限在3. 0×10~4个拷贝/mL;溶解曲线分析显示,在77~79℃有单一的溶解峰出现,并与CSFV、PPV、PRRSV、PRV没有交叉反应;组内重复性变异系数为0. 29%~0. 32%,组间变异系数为0. 32%~0. 36%;此外,该方法对临床样品的检出率为81. 5%(31/38),而常规PCR为68. 4%(26/38)。因此,相比常规PCR,该方法更为快速、灵敏、特异、稳定,更适合PCV2临床样品的检测,可为该PCV2早期感染的快速检测提供新方法。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 PCV2 ORF2 sybrgreen real-time qpcr
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Real-Time PCR检测棘阿米巴方法建立及应用 被引量:1
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作者 秦茜 谷禾 +2 位作者 梁韶晖 韩真真 郑善子 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期158-162,共5页
目的采用TaqMan探针法建立检测棘阿米巴18srDNA的实时荧光定量PCR(Real—timePCR)方法,为早期诊断棘阿米巴病提供基因诊断标准方法。方法提取实验室培养的4株土壤中分离的和1株水中分离的不同基因型棘阿米巴DNA,测序后在物种保守区... 目的采用TaqMan探针法建立检测棘阿米巴18srDNA的实时荧光定量PCR(Real—timePCR)方法,为早期诊断棘阿米巴病提供基因诊断标准方法。方法提取实验室培养的4株土壤中分离的和1株水中分离的不同基因型棘阿米巴DNA,测序后在物种保守区域设计Real—time引物和TaqMan探针,用建立的方法检测动物模型兔眼分泌物、大肠杆菌、人巨细胞病毒、卡式肺孢子虫、疑似棘阿米巴角膜炎160例病人眼分泌物。结果与传统实验室培养病原相比,所建立的qPCR检测棘阿米巴角膜炎方法测定大肠杆菌、人巨细胞病毒和卡式肺孢子虫与该研究的实验室分离棘阿米巴物种没有交叉反应,检测结果均为阴性。而160例疑似病人,用培养法检测出感染棘阿米巴患者为5例,用qPCR方法检测出6例,其中5例为培养法测出患者,qPCR方法检测阳性率(3.75%)略高于普通培养法(3.13%),但无统计学意义(P〉O.05)。qPCR方法在95%置信区间中灵敏度100%(47.95%~100%)高于普通培养法83.33%(36.10%~97.24%)。结论所建立测定棘阿米巴18srDNA的Real-timePCR基因检测方法具有无创伤性、高效、特异、经济等特点,适用于疑似棘阿米巴角膜炎病人门诊筛选的有效方法。 展开更多
关键词 棘阿米巴 TAQMAN探针 18s RDNA real-time PCR qpcr
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VIGS介导的番茄转录因子SIDREB2基因的耐旱特征 被引量:6
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作者 于国红 马雪峰 +2 位作者 徐娜 辛世超 程宪国 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期93-100,共8页
SlDREB2基因是利用rd29A基因启动子的DRE元件通过酵母单杂交技术从番茄幼苗(丽春)cDNA文库中筛选得到的属于EREBP家族的一个转录因子基因。利用构建病毒VIGS载体,分别用含pBINTRB6、pTV00::SlDREB2-1和pTV00::SlDREB2-2重组载体的农杆菌... SlDREB2基因是利用rd29A基因启动子的DRE元件通过酵母单杂交技术从番茄幼苗(丽春)cDNA文库中筛选得到的属于EREBP家族的一个转录因子基因。利用构建病毒VIGS载体,分别用含pBINTRB6、pTV00::SlDREB2-1和pTV00::SlDREB2-2重组载体的农杆菌GV3101菌液灌根与叶片注射法侵染番茄植株,转化7 d后进行病毒DNA检测与验证。测定了干旱胁迫下侵染成功的番茄植株与野生型株系的生理指标,并通过Real-time qPCR分析了VIGS介导的SlDREB2转录因子基因的表达特征。番茄植株干旱3周胁迫处理后测定结果表明,野生番茄中脯氨酸和可溶性糖水平要高于被VIGS病毒侵染的番茄植株,而丙二醛水平要低于被侵染植株,并且指标显示被pTV00::SlDREB2-2重组载体的农杆菌GV3101菌液侵染的番茄植株抗旱性明显降低;复水1周后,受VIGS浸染株系丙二醛含量明显高于野生型,而可溶性糖与脯氨酸累积却低于野生型。Real-time qPCR结果表明,经VIGS病毒侵染过的番茄植株在胁迫处理时期SlDREB2基因的相对表达量都明显低于野生型株系,表明番茄SlDREB2基因保守域末端459 bp的特异片段具有较显著的沉默效果,说明VIGS介导的SlDREB2基因的表达受干旱诱导,该基因可以作为抗旱型作物品种改良的有价值基因。 展开更多
关键词 VIGS 番茄 DREB 干旱胁迫 real-time qpcr
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渗透胁迫下扁穗冰草生理变化与PLD基因的表达差异 被引量:5
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作者 焦志军 韩冰 +2 位作者 王树彦 黄文华 赵萌莉 《内蒙古农业科技》 2014年第4期1-3,76,共4页
为分析扁穗冰草(Agropyron cristatum)抗旱特性,以扁穗冰草实生苗为研究材料,进行干旱胁迫条件下脯氨酸、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)、丙二醛(MDA)、可溶性糖生理指标的测定及用Real-time qPCR方法分析扁穗冰草PLD基因表达差异... 为分析扁穗冰草(Agropyron cristatum)抗旱特性,以扁穗冰草实生苗为研究材料,进行干旱胁迫条件下脯氨酸、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)、丙二醛(MDA)、可溶性糖生理指标的测定及用Real-time qPCR方法分析扁穗冰草PLD基因表达差异。结果表明,不同渗透胁迫条件下扁穗冰草的脯氨酸、POD和可溶性糖含量的变化以及扁穗冰草PLD基因表达量都与扁穗冰草渗透胁迫相关。 展开更多
关键词 扁穗冰草 渗透胁迫 生理指标 PLD基因 real-time qpcr
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大豆转录因子GmC2H2基因转化拟南芥效果分析 被引量:4
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作者 单曙光 于国红 +1 位作者 徐娜 程宪国 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期75-81,共7页
GmC2H2转录因子基因是本实验室获得的一个编码172个氨基酸携带516 bp核苷酸的转录因子,属于经典C2H2型锌指蛋白。通过构建植物表达载体GmC2H2-pCAMBIA1304,借助优化的Floral-dip法转化模式植物拟南芥,经潮霉素Hygromycine(45-50 mg/L)... GmC2H2转录因子基因是本实验室获得的一个编码172个氨基酸携带516 bp核苷酸的转录因子,属于经典C2H2型锌指蛋白。通过构建植物表达载体GmC2H2-pCAMBIA1304,借助优化的Floral-dip法转化模式植物拟南芥,经潮霉素Hygromycine(45-50 mg/L)抗性筛选获得转基因拟南芥植株。GUS组织染色分析表明,GmC2H2基因在生长12 d的转基因拟南芥幼苗中,表达部位主要集中在根部。对转基因拟南芥进行了低温(1℃)和脱落酸(200μmol/L)胁迫处理,测定其生理生化指标,通过real-time qPCR确定目的基因在转基因拟南芥中的表达情况。结果表明,携带GmC2H2目的基因的转基因拟南芥中脯氨酸和可溶性糖水平要高于野生型植株,而丙二醛水平要低于野生型,在抗逆性方面明显优于野生型拟南芥植株;并且胁迫处理下的转基因拟南芥中GmC2H2基因的表达量要高于未胁迫处理的转基因植株,说明GmC2H2基因的表达受低温和ABA的诱导,初步明确了该转录因子基因的功能。 展开更多
关键词 GmC2H2 锌指蛋白 转基因拟南芥 GUS检测 real-time qpcr
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内蒙古苜蓿锈菌越冬的分子定量检测 被引量:1
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作者 马丽杰 武占敏 +5 位作者 张俊杰 吕文 张伟 杨政伟 卓玛曲措 胡小平 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期517-524,共8页
苜蓿是世界上种植面积最大的豆科牧草,内蒙古的苜蓿商品草种植面积和产量均居全国第二。但近年来,苜蓿锈病发生日趋严重,很大程度上影响着内蒙古苜蓿产业的发展。2018年-2020年,笔者建立了基于RNA水平的real-time quantitative PCR(qPCR... 苜蓿是世界上种植面积最大的豆科牧草,内蒙古的苜蓿商品草种植面积和产量均居全国第二。但近年来,苜蓿锈病发生日趋严重,很大程度上影响着内蒙古苜蓿产业的发展。2018年-2020年,笔者建立了基于RNA水平的real-time quantitative PCR(qPCR)技术体系,对内蒙古苜蓿主产区乌兰察布市、呼和浩特市、包头市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市的越冬苜蓿锈菌进行qPCR定量检测。结果显示,5个地区越冬苜蓿锈菌的平均分子病情指数MDI分别为0.139、0.284、0.196、0.569和0.280,其中鄂尔多斯市的平均MDI显著高于其他4个地区(P<0.001)。2019年,越冬苜蓿锈菌的平均MDI为0.43,显著高于2018年的平均MDI 0.24(P<0.05)和2020年的平均MDI 0.13(P<0.001)。苜蓿锈菌可在苜蓿地下根茎组织内越冬,越冬苜蓿锈菌量与返青后苜蓿锈病植株发病率呈正相关(r=0.806,P<0.001)。 展开更多
关键词 苜蓿锈菌 越冬菌量 real-time qpcr
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白砂糖DNA提取方法的比较
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作者 齐玲倩 刘秀 +3 位作者 丁梦璇 李静媛 刘远远 尹建军 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期244-248,共5页
为了得到高效的白砂糖DNA提取方法,以5种白砂糖为研究对象,从前处理方法、裂解液成分及DNA纯化方法等方面对传统CTAB法进行改良,并比较了CTAB法和改良CTAB法的提取效果,结果表明:改良CTAB法提取的白砂糖DNA浓度都在2.60μg/m L以上,纯度... 为了得到高效的白砂糖DNA提取方法,以5种白砂糖为研究对象,从前处理方法、裂解液成分及DNA纯化方法等方面对传统CTAB法进行改良,并比较了CTAB法和改良CTAB法的提取效果,结果表明:改良CTAB法提取的白砂糖DNA浓度都在2.60μg/m L以上,纯度在1.8左右,且通过实时荧光定量PCR能扩增出18Sr DNA基因的对应荧光信号。因此,改良CTAB法能够高效地提取白砂糖的DNA,可为后续的分子检测奠定基础。 展开更多
关键词 白砂糖 DNA提取 改良CTAB法 实时荧光定量PCR(real-time FLUORESCENCE quantification PCR qpcr)
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From Phenotypes to Molecules: Revolutionizing Gut Microbiota Identification Methods
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作者 WANG Xuan LV Chang-Long ZHAI Jing-Bo 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1065-1077,共13页
The gut microbiota is a complex ecosystem composed of many bacteria and their metabolites.It plays an irreplaceable role in human digestion,nutrient absorption,energy supply,fat metabolism,immune regulation,and many o... The gut microbiota is a complex ecosystem composed of many bacteria and their metabolites.It plays an irreplaceable role in human digestion,nutrient absorption,energy supply,fat metabolism,immune regulation,and many other aspects.Exploring the structure and function of the gut microbiota,as well as their key genes and metabolites,will enable the early diagnosis and auxiliary diagnosis of diseases,new treatment methods,better effects of drug treatments,and better guidance in the use of antibiotics.The identification of gut microbiota plays an important role in clinical diagnosis and treatment,as well as in drug research and development.Therefore,it is necessary to conduct a comprehensive review of this rapidly evolving topic.Traditional identification methods cannot comprehensively capture the diversity of gut microbiota.Currently,with the rapid development of molecular biology,the classification and identification methods for gut microbiota have evolved from the initial phenotypic and chemical identification to identification at the molecular level.This review integrates the main methods of gut microbiota identification and evaluates their application.We pay special attention to the research progress on molecular biological methods and focus on the application of high-throughput sequencing technology in the identification of gut microbiota.This revolutionary method for intestinal flora identification heralds a new chapter in our understanding of the microbial world. 展开更多
关键词 gut microbiota 16S rRNA real-time fluorescent qpcr high-throughput sequencing mass spectrum
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